Етничко чистење во Босанската војна се случило за време на конфликтот (1992–95). За време на настанот голем број босански муслимани (Бошњаци) и босански Хрвати биле принудени да ги напуштат своите домови или биле протерани од нивните домови од страна на Армијата на Република Српска и српските паравоени формации. Бошњаците и босанските Срби исто така биле принудени да избегаат или биле протерани од страна на силите на босанските Хрвати, иако во помал број. „Завршниот извештај“ од Советот за безбедност на ООН (1994) навел дека иако постоеле случаи каде што Бошњаците исто така довеле до „сериозни прекршувања на Женевските конвенции и на меѓународното хуманитарно право “, тие не биле вклучени во „систематско етничко чистење“ како што бил случајот со босанските Срби. Било заведено дека „не постои фактичка основа за тврдењето дека постои морална еквивалентност меѓу завојуваните фракции“.ANNEX IV: Policy of Ethnic Cleansing - Part Two: Ethnic Cleansing in BiH - I: Introduction, 27 May 1994, pp. 36–37
Почнувајќи од 1991 година, политичките немири во Босна и Херцеговина раселиле околу 2.700.000 луѓе до средината на 1992 година, од кои над 700.000 побарале азил во други европски земји, што претставува еден од најголемите егзодуси во Европа од Втората светска војна. Севкупно, се проценува дека меѓу 1,0 и 1,3 милиони луѓе биле поместени во кампањите за етничко чистење и биле убиени десетици илјади.
Методите користени за време на босанските кампањи за етничко чистење вбројувале „убиство на цивили, силување, измачувањео, уништување на граѓанска, јавна и културна сопственост, грабежи и пљачки, и присилно преместување на цивилното население“.ANNEX IV: Policy of Ethnic Cleansing: Ethnic Cleansing in BiH - I: Introduction, 27 May 1994, p. 33 Поголемиот дел од извршителите на кампањите на етничко чистење биле српски сили, додека повеќето од жртвите беа Бошњаци. Меѓународниот кривичен трибунал за поранешна Југославија, поддржан од ООН, осудил неколку функционери за прогон од политички, расен и верски карактер, принудна размена и депортација што претставува кривично дело против човештвото. Покрај тоа, масакрот во Сребреница, исто така спроведен како дел од кампањата за етничко чистење, бил утврден како геноцид.
Историска позадина Османлиското Царство управувала со Босна и Херцеговина од 1463 до 1878 година и во овој период, голем дел населението, претежно Бошњаци или босански муслимани, ја смениле религијата во ислам, давајќи му на општеството свој мултиетнички карактер. Трите етнички групи, Бошњаците, босанските Срби и босанските Хрвати живееле претежно мирно од 1878 до Првата светска војна во 1914 година. Повремени тензии меѓу трите групи се појавувале главно како резултат на економски проблеми, иако Србија изразувала територијални претензии кон Босна и Херцеговина уште од 1878 година. Некои историчари истакнуваат дека одредени српски и хрватски националисти, кои практикувале православно и католичко христијанство, никогаш не ги прифатиле Бошњаците како националност и се обиделе да ги асимилираат. Втората светска војна довела до меѓуетнички судири, иако трите групи дури и таму биле поделени во различни фракции кои не секогаш соодветсвувале на етничка припадност. По Втората светска војна, Босна и Херцеговина се нашла во составот на Социјалистичка Федеративна Република Југославија.
По смртта на водичот Јосип Броз Тито, Југославија доживеала големи нефукнционални промени во политичкиот систем и економска несреќа во осумдесеттите години на минатиот век. Со намалувањето на влијанието на комунизмот, се појавиле нови националистички водачи, како Слободан Милошевиќ во Србија и Фрањо Туѓман во Хрватска.Prosecutor v. Delalić et al. – Judgement, 16 November 1998, p. 41 Словенија и Хрватска повикувале на реформи во Југославија и создавање на полабава конфедерација на државата при што наишле на пречки од страна на белградската влада. На 25 јуни 1991 година, Словенија и Хрватска прогласиле независност. Следува краток вооружен конфликт во Словенија, а хрватската војна за независност ескалира во голем воен конфликт. Македонија исто така прогласила независност која за разлика од другите југословенски држави, била прифатена мирно од страна Југославија. Рам планот започнал да се спроведува, поставувајќи темели за новите граници на „Трета Југославија“ во обид да се формира земја во која „сите Срби и териториите кои ги населувале би биле обединети заедно во иста држава“.
Планот Изетбеговиќ-Глигоров претставил реструктуирање на Југославија, засновано врз принципот 2+2+2, со што Србија и Црна Гора би биле сржта на асиметричната федерација, додека Босна и Македонија би биле во лабава федерација, а Хрватска и Словенија во уште полабава конфедерација. Ваквиот план не бил прифатен од ниту една страна. Србите започнале да формираат автономни субјекти во Босна во есента 1991 година. Кога претставниците на партијата СДА во Собранието на Република Босна и Херцеговина го објавила својот план за референдум за независност од Југославија, на 14 октомври 1991 година, полтичарот Радован Караџиќ, предводник на босанските Срби, одржал говор на седницата на парламентот со кој јавно се заканил со војна и истребување на Бошњаците како народ. На 9 јануари 1992 година, Собранието на босанските Срби ја прогласи „ Република на српскиот народ на Босна и Херцеговина “, која во својот склоп ќе вклучува територија со српско мнозинство и „дополнителни територ кои не прецизно утврдени, но ќе вклучуваат области каде што Србите биле мнозинство пред втората светска војна.Prosecutor v. Karadžić – Judgement, 24 March 2016, p. 1114 На 29 февруари и 1 март 1992 година, Босна и Херцеговина одржала референдум за независност, по што самата прогласила независност од Југославија. Поголемиот дел од босанските Срби сакале да останат во иста држава со Србија. За време на 16-та седница на Собранието на босанските Срби, на 12 мај 1992 година, Караџиќ, тогашен предводник на самопрогласената прото-држава Република Српска, ги претставил своите „шест стратешки цели“, од кои две биле „одвојување од другите две национални заедници и раздвојување на државите“ и „создавање на коридор во долината на Дрина со што истата ќе се елиминира како граница меѓу српските држави“. Генералот на Република Српска Ратко Младиќ ги идентификувал „муслиманите и хрватите орди“ како непријатели и му предложил на Собранието дека мора да дефинира дали истите ќе бидат исфрлени со политички средства или со користење на сила.Prosecutor v. Karadžić – Judgement, 24 March 2016, p. 1093
Босанската војна ескалирала брзо. Српските сили беа составени од Армијата на Република Српска (АРС), Југословенската народна армија (ЈНА) и паравоени франциски сили на Србите и босанските Срби. Нивната цел била или да формираат оставнина на Југославија или Голема Србија. Српските власти во Белград сакале да создадат нови територии за Србите во Босна и Хрватска, кои на крајот ќе бидат додадени во Србија и Црна Гора.Prosecutor v. Delalić et al. – Judgement, 16 November 1998, p. 46
На почетокот на војната, бошњачките сили, организирани во Армијата на Република Босна и Херцеговина (АРБиХ) и хрватските сили, организирани во Хрватскиот совет за одбрана (ХВО), првично соработувале против ЈНА и ВРС. ХВО била официјалната армија на Хрватската Република Херцег-Босна (ХР ХБ), посебен „политички, културен, економски и територијален ентитет“ во Босна, прогласен од страна на Мате Бобан на 18 ноември 1991 година. Партијата тврдела дека нема цели за одделување и ветила дека ќе ја почитува централната власт во Сараево. ХР ХБ била финансирана и вооружена од Хрватска. Се претпоставува дека ХР ХБ исто така планирала отцепување на областите со мнозинство Хрвати во Босна и нивно обединување со Хрватска, всушност, разделувајќи ја Босна и Херцеговина помеѓу проширените Србија и Хрватска.
Дефиниции мини| Уништена куќа во општината Вишеград Етничкото чистење е умислена политика на „создавање на етнички хомогена област со употреба на сила или заплашување со цел да се отстрани одредена етничка група од одредена област“.ANNEX IV: Policy of Ethnic Cleansing: Summary and Conclusions I. Introduction, 27 May 1994
Во извештајот од 24 мај 1994 година на Комисијата на експерти на ООН, се утврдува дека етничко чистење било извршено преку „убиство, измачување, произволно апсење и притвор, вонсудски погубувања, силување и сексуална злоупотреба, затворање на цивилно население во гето области, присилно отстранување, раселување и депортирање на цивилното население, умислени воени напади или закани за напад врз цивили и цивилни области и неконтролирано уништување на имот“. Ваквите форми на гонења на една група биле дефинирани како злосторства против човештвото, иако тие исто така можат да бидат толкувани според Конвенцијата за геноцид.
Етничкото чистење е различно од геноцид. Овие термини не се синоними, но сепак академски се смета дека двата концепти постојат во рамките на скалата на напади врз нации или религиско-етнички групи. Етничкото чистење е слично на присилното депортирање или пренесување на населението од една група со цел да се постигне промена на етничкиот состав на територијата, додека геноцидот е насочен кон уништување на група.
Меѓународниот суд на правдата (МСП) донел пресуда во случајот „Босански геноцид“ за да се направи разлика помеѓу етничко чистење и геноцид. Тоа [т.е. етничкото чистење ] може да биде форма на геноцид во рамките на дефиницијата на Конвенцијата [за Геноцид], ако соодветствува или впаѓа во една од категориите на акти забранети со член II од Конвенцијата. Намерата, како политичка алатка, да се создаде „етнички хомогена“ област, и операциите што може да се искористат за спроведување на ваквата политика, не можат како такви да се означат како геноцид: намерата што го карактеризира геноцидот е „да се уништи, целосно или делумно“ одредена група, и депортацијата или раселувањето на членовите на таа групата, дури и ако се изврши со употреба на сила, не мора да соодветствуваат на уништување на таа група, ниту пак таквото уништување да е автоматска последица на раселувањето. Ова не значи дека делата кои се опишани како „етничко чистење“ не може да претставуваат геноцид, доколку тие можат да се одликуваат како, на пример, „намерно воведување на групни услови за живот кои ќе доведат до целокупно или делумно физичко уништување “, спротивно на членот 2, став (в) од Конвенцијата, доколку таквиот акт се спроведува со потребната определена намера (dolus specialis), што значи да се тргне со замисла за уништување на групата, што е различно од нејзиното отстранување од регионот. - МСП.
Меѓународни извештаи Комисијата за надворешни односи на Сенатот на Соединетите Држави објавила извештај за етничкото чистење во Босна во август 1992 година и одржала расправа за воените злосторства на Балканот на 9 август 1995 година.
На 17 ноември 1992 година, специјалниот известувач на Обединетите нации Тадеуш Мазовиецки го објавил извештајот Ситуацијата на човековите права на територијата на поранешна Југославија во ООН. Во него, било издвоено етничкото чистење во Босна и Херцеговина и било опишано како политичка цел на српските националисти кои сакаат да воспостават контрола на териториите со српско мнозинство, како и „соседните територии асимилирани за нив“. Според извештајот, паравоените сили играле голема улога во етничкото чистење.Mazowiecki, 17 November 1992, pp. 6–7
На 18 декември 1992 година, Генералното собрание на Обединетите нации издало резолуција 47/147, во која ја одбило „преземање на територија со сила“ и ја осудило „со најсилни можни термини одвратната практика на ' етничко чистење' и е ја изразило свесноста дека српското раководство на териториите што се под контрола на Босна и Херцеговина, Југословенската армија и политичкото раководство на Република Србија ја имаат главната одговорност за ваквата акција што заслужува прекор“.