Историјата на Естонија се настаните на територијата на современа Естонија од моментот кога луѓето почнале да се населуваат таму до денес.
Првите човечки населби настанале во оваа област околу 9500-9600 п.н.е. како дел од таканаречената Кундска култура. До X-XIII век, се развила рана феудална структура на општеството, каде старешините и водачите на воените одреди биле на чело на земјите.
Во 13 век, крстоносците, откако го потиснале отпорот на Естонците, ги вклучиле овие земји во Ливонскиот ред. Оттогаш, Германците зазеле клучни позиции во Естонија во структурите на моќ, културата, економијата итн., неколку векови. Во 16 век, Естонија поминала низ период на реформацијата, и оттогаш протестантството станало главна религиозна деноминација на нејзината територија. Во истиот век, по резултатите од Ливонската војна, северна Естонија станала дел од Шведска, а половина век подоцна, јужна Естонија исто така била вклучена во Шведска.
По Северната војна меѓу Шведска и Русија, Естонија била инкорпорирана во Руското Царство во 1721 година. Според пописот од 1897 година, во Естонија живееле 958,000 луѓе, од кои Естонците сочинувале нешто повеќе од 90%, Русите - 4% и Германците - 3,5%.
По распадот на Руското Царство, на 24 февруари 1918 година била прогласена независна и демократска Република Естонија. Независноста била постигната во текот на војната за независност. На 2 февруари 1920 година, Советска Русија и Естонија потпишале мировен договор за меѓусебно признавање. На 22 септември 1921 година, Естонија станала членка на Лигата на народите.
Како резултат на поделбата на сферите на влијание меѓу СССР и Германија во 1939 година, на Естонија во септември 1939 година бил наметнат „Пактот за заемна помош“ од страна на Советскиот Сојуз, а на 6 август 1940 година, Естонија била вклучена во СССР. Во периодот од 7 јули 1941 година до 24 ноември 1944 година, територијата на Естонија била окупирана од Нацистичка Германија. Откако советските трупи ја вратиле контролата над територијата на Естонија, таа повторно била вклучена во СССР. Соединетите Американски Држави и голем број други земји го признале ова вклучување де факто и не го признавале де јуре.
На 8 мај 1990 година, независноста на Естонија била вратена. На 17 септември 1991 година, Естонија била примена во ООН. Во 2004 година Естонија станала членка на Европската Унија и НАТО.
Праисториски период мини|Секири во облик на чамец и керамика од територијата на Естонија, 2000 години п.н.е. лево|мини|220x220пкс| Камени гробишта од бронзеното време во северна Естонија Човечкиот живот на територијата на денешна Естонија станал возможен по повлекувањето на ледникот во последното ледено доба. Според археолошките податоци, најстарата позната населба овде била местото на антички луѓе на бреговите на реката Перну во близина на селото Пули, во близина на градот Синди, околу 9500-9600 п.н.е. Овие и подоцнежните населби на ловци и рибари припаѓаат на таканаречената Кундска култура. Постоел до мезолитската ера (V милениум п.н.е.) . Од V до III милениум п.н.е. територијата на Естонија била населена со народите од културата Нарва и културата Пит-Комб Вер . Во неолитскиот период (IV - II милениум п.н.е.), тие биле заменети со културата шнуркерамик. Во втората половина на неолитот, од околу 2900 п.н.е. п.н.е на територијата на Естонија почнало да се одгледува говеда - крави, кози, овци и свињи . Пред 3470-3545 години, метеоритот Кали паднал на островот Сарема Bianca Mikovitš. Teadlaste töö tulemus Kaali kraatri vanuse määramisel ühtib vana regilauluga // Maaleht, 26.01.2016. . До 1-ви милениум п.н.е. д. сточарството станало главна гранка на стопанството .
Во првиот милениум п.н.е. населението на територијата на денешна Естонија преминува на населен начин на живот и ги започнало да ги гради првите утврдени населби. Најпознати од нив се Асва и Ридала на островот Сарема и Иру во близина на Талин. Од средината на I милениум п.н.е. започнало развивање на копнени и поморски контакти со соседите. Овој период е познат во археологијата како култура на камени гробишта, чија традиција потекнува од Скандинавија . Во првите векови од нашата ера, земјоделството станало основа на економијата; во втората половина на 1-виот милениум, обработливото земјоделство што го користело добитокот станало широко распространето.
Името Естонија може да потекнува од зборот „Aestii“, кој првпат бил спомнат од римскиот историчар Такит во 98 година од нашата ера во расправата „За потеклото на Германците и локацијата на Германија”. Така, според него, Германците ги повикале претставниците на балтичките народи кои живееле североисточно од реката Висла. Политикологот Реин Таагепера го забележува фактот дека Естонците се домороден народ кој живеел на оваа земја неколку милениуми . Естонскиот јазик по потекло припаѓа на фино-угрската група , племињата - носители на овие јазици - се појавиле на територијата на денешна Естонија како резултат на миграција од исток и север околу 3300-3200 п.н.е. мини|300x300пкс| Макондас во Естонија на почетокот на 13 век 11 век бил пресвртница во природата на населбата Естонија: многу стари населби биле напуштени, но биле изградени нови и помоќни. Населението и земјоделската површина се зголемиле. До крајот на железното време, бил формиран систем на административна поделба. Главната административно-територијална единица во античка Естонија била кихелконд, од кои имало вкупно околу 45. Тие се состоеле од вакови области, кои вклучувале од неколку десетици до стотици фарми (семејни фарми). Тие биле комбинирани во маконди. До почетокот на 13 век имало осум од нив: Вирума, Ланема, Равала, Сарема, Сакала, Уганди, Харјуума, Јарвама . Основна социо-економска единица била семејната фарма . До 10-13 век, се развила рана феудална структура на општеството, каде старешините и водачите на воените одреди биле на чело на земјите . Културата од овој период подоцна се одразила во епот Калевипоег .
Околу 1030 година, принцот Јарослав Мудриот марширал во естонските земји. Резултатот од кампањата бил основањето на градот Јуриев (Тарту). Во 1061 година локалните племиња повторно го зазеле градот . Во иднина, тие, од една страна, и Псковците со Новгородците, од друга, правеле меѓусебни напади до почетокот на 13 век Слични конфликти се случиле меѓу Естонците и скандинавските Викинзи од 9 век .
Средновековен период Средниот век во Естонија се смета за период од почетокот на 13 до втората половина на 16 век, односно од почетокот на ширењето на христијанството до Ливонската војна .
Христијанството пристигнало во Естонија многу подоцна отколку во другите европски земји. Отпрвин, на оваа територија се појавиле мисионери, а потоа започнала воената експанзија, која била поддржана од расфрлани сили: папската курија, архиепископите Хамбург-Бремен, Тевтонскиот ред, данското и шведското кралство. Првите обиди на папските мисионери да ги воведат Естонците во христијанството започнале веќе во 1170-тите, но не биле успешни .
Крстоносен период
мини|325x325пкс| Данска Естонија и Ливонската конфедерација Во 12 век започнала Ливонската крстоносна војна. Крстоносците стигнале до естонската земја до 1206-1208 година. Во 1217 година, Естонците биле поразени во Битката кај Вилјанди, во која починал постариот Лембиту .
Во 1219 година, данскиот крал Валдемар II ја освоил Северна Естонија победувајќи ги Естонците во Битката кај Линданис. Германскиот Ред на мечот ја освоил Јужна Естонија до 1224 година и островот Езел (Сарема) во 1227 година.
Како резултат на тоа, овие земји потпаднале под власт на Ливонскиот ред . Формирањето на нов административен систем во освоените земји продолжило до крајот на 13 век . Главните причини за поразот биле бројната и воено-техничката супериорност на непријателот, како и недостатокот на централизирана политичка моќ кај Естонците .
На териториите освоени со наредба, биле создадени епископиите Езел-Вик (Саре-Лјаен) и Дерпт (Тарту). Северниот дел на Естонија бил дел од Данското кралство . Во 1240 година, данскиот крал доделил земјиште за создавање на Талинската епископија. По трансформацијата на Ришката епископија во архиепископија во 1251 година, епископиите Дерпт и Езел-Вик станале подредени на Архиепископот Рига. Талинскиот бискуп бил подреден на надбискупот од Лунд и немал секуларна власт на неговата територија .
На 18 февруари 1268 година се случила Битката кај Раковор помеѓу армиите на северноруските републики и кнежевства против здружените сили на витезите од Ливонскиот ред и данската Естланд .
Судирите меѓу новите власти и локалното население довеле до востанија, од кои најпознато е востанието на Ѓурѓовската ноќ во Данска Естонија во 1343 година . Данците не можеле сами да се справат со тоа и повикале помош од Тевтонскиот ред. Подоцна, поради зголемените внатрешни проблеми, на 29 август 1346 година, данскиот крал Валдемар IV Атердаг го продал данскиот дел од Естланд на големиот мајстор на Тевтонскиот ред Хајнрих Дуземер за 19 илјади сребрени келнски марки , а овој го префрлил Естланд на Ландмајстерот од Тевтонскиот ред во Ливонија, Госвин фон Херик .
Германски период Во регионот бил формиран феудален систем. Феудалците биле германски витези, епископи и неколку естонски старешини, кои брзо биле германизирани. Правата на селаните биле систематски ограничени до воведувањето на крепосништвото до 16 век . Во 1550 година, даноците во натура достигнале 25%, а првиот случај на продажба на селанец одделно од земјата датира од 1495 година .
Целата административна и судска власт била во рацете на германските судии. Во градовите се формирале трговски еснафи и еснафи на занаетчии. Ревал, Дорпат, Пернау и Фелин биле дел од Ханза. Самите Естонци, кои сочинувале околу 80% од населението, останале селани и немале лична слобода до укинувањето на крепосништвото во 1816-1819 година. Во XIV век, имало значителни несогласувања меѓу главните феудалци на Ливонија, што довело до вооружени судири . Во XV век дошло до консолидација на имотите и средување на односите меѓу нив .
Архитектонскиот изглед на градовите, особено Талин (исто така наречен во различни времиња Коливан, Линданисе и Ревел Названия Таллина) со својата средновековна готика, бил под силно влијание на западната и северноевропската („Ханза“) архитектура. Населението на Естонија во 1550 година било околу 250 илјади луѓе, од кои најмалку 6% живееле во градови, вклучувајќи 8000 во Талин и 6000 во Тарту Естонските градови играле значајна улога во трговијата меѓу руските градови и Западот . Првата библиотека во Естонија била основана во Талин во 1552 година .
Има несогласувања околу односот на Католичката црква кон естонското население. Енциклопедија Кругосвет пишува дека „католичката вера има слабо ширење меѓу Естонците, бидејќи црквата не покажувала интерес за нивниот јазик и култура“. Енциклопедија Естоника, напротив, наведува дека „Католичката црква, барем во градовите, покажала големо внимание на таканаречените „негерманци“ (Естонци)“. Во сите цркви и манастири во Талин, освен германски, проповедите се читале и на естонски. Паганските обичаи испреплетени со католичките обреди биле вообичаени меѓу селаните. До 16 век, жителите на Естонија почнале да користат христијански имиња кои ги замениле древните естонски .