日本海縦貫線（にほんかいじゅうかんせん）は、近畿地方から東北地方あるいは北海道までの日本海沿岸に敷設された、JRおよび第三セクターの鉄道路線の総称である。
複数の路線の全部または一部から構成されるが、長距離運行する優等列車（特急、寝台特急、急行）や貨物列車の運用上、一部で一体的に機能させている。正式な路線名称ではなく、JR旅客会社および第三セクター会社では案内名称としては使用しないが、日本貨物鉄道（JR貨物）では案内名称として使用している社団法人鉄道貨物協会『貨物時刻表』各号。目次には「日本海縦貫線は東海道・北陸・信越・羽越及び奥羽の各本線を縦貫する線です。」と注記がある。。日本海縦貫線の距離は大阪駅 - 青森駅間で1,039.9キロメートル（新潟駅経由）、大阪駅 - 札幌駅間で1,512.2キロメートル（新潟駅・室蘭本線・千歳線経由）である。
構成路線
西日本旅客鉄道（JR西日本） 東海道本線（大阪駅 - 山科駅 - 米原駅間） 湖西線（山科駅 - 近江塩津駅間全線） 北陸本線（米原駅 - 近江塩津駅 - 敦賀駅間） ハピラインふくい ハピラインふくい線（敦賀駅 - 大聖寺駅間全線） IRいしかわ鉄道 IRいしかわ鉄道線（大聖寺駅 - 倶利伽羅駅間全線） あいの風とやま鉄道 あいの風とやま鉄道線（倶利伽羅駅 - 市振駅間全線） えちごトキめき鉄道 日本海ひすいライン（市振駅 - 直江津駅間全線） 東日本旅客鉄道（JR東日本） 信越本線（直江津駅 - 新津駅 - 新潟駅間） 白新線（新潟駅 - 新発田駅間全線） 羽越本線（新津駅 - 新発田駅 - 秋田駅間全線） 奥羽本線（秋田駅 - 青森駅間）
1988年の青函トンネル開通以降は、これに以下の路線を合わせ、北海道の札幌駅に至るまでの路線を指して用いられることもある。 東日本旅客鉄道（JR東日本） 津軽線（青森駅 - 中小国駅間） 北海道旅客鉄道（JR北海道） 海峡線（中小国駅 - 木古内駅間。2016年に定期旅客列車運行を終了） 江差線（木古内駅 - 五稜郭駅間。2016年3月25日まで） 函館本線（函館駅 - 五稜郭駅 - 長万部駅間） 室蘭本線（長万部駅 - 沼ノ端駅間） 千歳線（沼ノ端駅 - 白石駅間） 函館本線（白石駅 - 札幌駅間） 道南いさりび鉄道（2016年3月26日から） 道南いさりび鉄道線（木古内駅 - 五稜郭駅間）
歴史
いわゆる日本海縦貫線が全通したのは、1924年7月31日に羽越本線の村上駅 - 鼠ケ関駅間が開業した時である。全通と同時に、早速神戸駅 - 富山駅間の急行列車を延長して神戸駅 - 青森駅間を結ぶ急行列車が設定された日本国有鉄道『日本国有鉄道百年史 8』1971年、p.462鉄道省『[ 大正十三年度 鉄道省年報]』（国立国会図書館近代デジタルライブラリーより）。1956年に白新線が全線開通してこれに加わり、翌1957年には同線内に新潟操車場（現新潟貨物ターミナル駅）が設置されている。
日本海縦貫線全線開通を報じた新聞記事（当時）
この区間は近畿と北海道を結ぶ最短経路であり、早くから多数の貨物列車が設定されていた。そのためJRの前身である国鉄内部では「日本海岸線」『日本国有鉄道百年史 8』（日本国有鉄道、1971年）p.462には「日本海岸縦貫幹線」という表記がみられる。ないしは「裏縦貫線」のp.36という呼び方が存在した。しかし裏日本が差別的・侮蔑的と捉えられることもあって、1965年頃から国鉄は「日本海縦貫線」の語を公に用いるようになった（山形県庁）p.54 。なお『貨物時刻表』では、各路線名ではなくこの「日本海縦貫線」の路線表記となっており、青森信号場から吹田貨物ターミナル駅までの時刻が掲載されている。
1972年8月5日新津駅 - 秋田駅間の電化完成池田光雅『鉄道総合年表1972-93』中央書院、1993年、p.15により、全区間で電車の直通運転が可能になった。1974年7月20日には山科駅 - 近江塩津駅間の湖西線が開業し池田光雅『鉄道総合年表1972-93』中央書院、1993年、p.27、翌1975年3月10日から大阪方面発着の特急と一部の急行が米原駅経由から湖西線経由に変更された池田光雅『鉄道総合年表1972-93』中央書院、1993年、p.33。
2015年3月14日の北陸新幹線長野駅 - 金沢駅間の開業時に、並行在来線となる北陸本線の直江津駅 - 金沢駅間がJR西日本の経営から分離され、直江津駅 - 市振駅間がえちごトキめき鉄道、市振駅 - 倶利伽羅駅間があいの風とやま鉄道、倶利伽羅駅 - 金沢駅間がIRいしかわ鉄道の第三セクター鉄道3社に移管された。
2016年3月26日の北海道新幹線新青森駅 - 新函館北斗駅間の開業時に、並行在来線となる江差線の五稜郭駅 - 木古内駅間がJR北海道の経営から分離され、五稜郭駅 - 木古内駅間が道南いさりび鉄道の第三セクター鉄道1社に移管された。
2024年3月16日の北陸新幹線金沢駅 - 敦賀駅間の開業時に、並行在来線となる北陸本線の金沢駅 - 敦賀駅間がJR西日本の経営から分離され、金沢駅 - 大聖寺駅間がIRいしかわ鉄道、大聖寺駅 - 敦賀駅間がハピラインふくいの第三セクター鉄道2社に移管された。
年表 1889年7月1日：東海道本線（新橋駅 - 神戸駅間）全線開通。 1902年12月10日：函館本線（函館駅 - 旭川駅間）全線開通。 1904年5月3日：信越本線（高崎駅 - 新潟駅間）全線開通。 1905年9月14日：奥羽本線（福島駅 - 青森駅間）全線開通。 1919年4月1日：北陸本線（米原駅 - 直江津駅間）全線開通。 1924年7月31日：羽越本線（新津駅 - 秋田駅）全線開通。これにより大阪駅 - 青森駅間が全線開通。 1928年9月10日：室蘭本線（長万部駅 - 岩見沢駅間）全線開通。 1943年11月1日：鉄道省が廃止され運輸通信省の運営となる。 1945年5月19日：運輸通信省が廃止され運輸省の運営となる。 1949年6月1日：運輸省の国有鉄道事業が分離され、日本国有鉄道の運営となる。 1950年11月8日：大阪駅 - 青森駅間の急行列車を「日本海」と命名。 1951年12月5日：津軽線（青森駅 - 三厩駅間）全線開通。 1956年4月15日：白新線（新発田駅 - 新潟駅間）全線開通。 1961年10月1日：大阪駅 - 青森駅間で特急「白鳥」や、荷物列車が運転開始。 1964年12月25日：特急「雷鳥」・「しらさぎ」が運転開始。 1968年10月1日：大阪駅 - 青森駅間で寝台特急「日本海」が運転開始。急行「日本海」を「きたぐに」に改称。 1969年10月1日：特急「いなほ」が運転開始。 1970年2月28日：特急「北越」が運転開始。 1972年8月5日：大阪駅 - 青森駅間電化完成。 1973年9月9日：千歳線（苗穂駅 - 沼ノ端駅間）全線開通。 1974年7月20日：湖西線（山科駅 - 近江塩津駅間）全線開通。 1987年4月1日：国鉄分割民営化により、日本海縦貫線はJR西日本・JR東日本（およびJR北海道）に分割される。 1988年3月13日：青函トンネルが開通し海峡線（中小国駅 - 木古内駅間）全線開通。日本海縦貫線に青森駅 - 札幌駅間が含まれるようになる。 1997年3月22日：北越急行が開業し、北越急行ほくほく線経由で特急「はくたか」が運転開始。 2001年3月2日：特急「白鳥」が廃止。これにより、大阪駅 - 金沢駅間を「雷鳥」、金沢駅 - 新潟駅間を「北越」、新潟駅 - 青森駅間を「いなほ」に分割。 2010年12月4日：特急「いなほ」「かもしか」（秋田駅 - 青森駅間）を統合し特急「つがる」を設定。 2012年3月17日：寝台特急「日本海」、急行「きたぐに」が廃止。サムネイル|日本海縦貫線で最後まで残った寝台特急「トワイライトエクスプレス」（2006年 富山駅） 2015年3月14日：北陸新幹線長野駅 - 金沢駅間開業に伴い、北陸本線の直江津駅 - 市振駅間をえちごトキめき鉄道に、北陸本線の市振駅 - 倶利伽羅駅間をあいの風とやま鉄道に、北陸本線の倶利伽羅 - 金沢駅間をIRいしかわ鉄道に移管。在来線の特急「はくたか」が廃止され優等列車が走らない区間が生じる（この時点では直江津駅 - 津幡駅間）。寝台特急列車・急行列車全廃。 2016年3月26日：北海道新幹線新青森駅 - 新函館北斗駅間開業に伴い、江差線の五稜郭駅 - 木古内駅間を道南いさりび鉄道に移管。また、青函トンネルは新幹線と在来線の貨物列車が走行可能にするため三線軌条に変更（旅客列車は団体列車を除きすべて乗り入れ終了）。 2024年3月16日：北陸新幹線金沢駅 - 敦賀駅間開業に伴い、北陸本線の金沢駅 - 大聖寺駅間をIRいしかわ鉄道に、北陸本線の大聖寺駅 - 敦賀駅間をハピラインふくいに移管。優等列車が走らない区間が増える（直江津駅 - 津幡駅間および金沢駅 - 敦賀駅間）。
今後の予定 津軽線のうち、2022年8月の豪雨で被災し（旅客列車が）不通となっている蟹田駅 - 三厩駅間について2027年春を目標に廃止することが決定している。 2031年に予定される北海道新幹線札幌駅延伸に伴い、並行在来線である函館本線の一部はバス転換することが決まっている。 北陸新幹線の敦賀駅 - 新大阪駅間延伸に伴い湖西線のJRからの経営分離を行うかについては福井県・滋賀県・京都府で議論が行われている。
構成路線の変遷 + 時期 路線運営備考全線開通当初（1924年）東海道本線・北陸本線・信越本線・羽越線・奥羽本線鉄道省（ - 1943年）羽越線は1925年から羽越本線となる国有鉄道時代（ - 1987年）東海道本線・湖西線・北陸本線・信越本線・白新線・羽越本線・奥羽本線1956年に白新線全線開通、1974年に湖西線開業運輸通信省（1943年 - 1945年）運輸省（1945年 - 1949年）日本国有鉄道（1949年 - 1987年）国鉄分割民営化時（1987年）東海道本線・湖西線・北陸本線JR西日本JRが発足信越本線・白新線・羽越本線・奥羽本線JR東日本青函トンネル開通後（1988年 - ）東海道本線・湖西線・北陸本線JR西日本同時に青函連絡船廃止信越本線・白新線・羽越本線・奥羽本線・津軽線JR東日本海峡線・江差線・函館本線・室蘭本線・千歳線・函館本線JR北海道北陸新幹線長野-金沢間開業後（2015年 - ）東海道本線・湖西線・北陸本線JR西日本整備新幹線の並行在来線を第三セクターに移管IRいしかわ鉄道線IRいしかわ鉄道あいの風とやま鉄道線あいの風とやま鉄道日本海ひすいラインえちごトキめき鉄道信越本線・白新線・羽越本線・奥羽本線・津軽線JR東日本海峡線・江差線・函館本線・室蘭本線・千歳線・函館本線JR北海道北海道新幹線新青森-新函館北斗間開業後（2016年 - ）東海道本線・湖西線・北陸本線JR西日本IRいしかわ鉄道線IRいしかわ鉄道あいの風とやま鉄道線あいの風とやま鉄道日本海ひすいラインえちごトキめき鉄道信越本線・白新線・羽越本線・奥羽本線・津軽線JR東日本海峡線JR北海道道南いさりび鉄道線道南いさりび鉄道函館本線・室蘭本線・千歳線・函館本線JR北海道北陸新幹線金沢-敦賀間開業後（2024年 - ）東海道本線・湖西線・北陸本線JR西日本ハピラインふくい線ハピラインふくいIRいしかわ鉄道線IRいしかわ鉄道あいの風とやま鉄道線あいの風とやま鉄道日本海ひすいラインえちごトキめき鉄道信越本線・白新線・羽越本線・奥羽本線・津軽線JR東日本海峡線JR北海道道南いさりび鉄道線道南いさりび鉄道函館本線・室蘭本線・千歳線・函館本線JR北海道
路線の特徴 thumb|200px|right|えちご押上ひすい海岸駅（交流） - 梶屋敷駅（直流）間のデッドセクション thumb|200px|right|新津駅の駅名標。新津駅（および新潟駅）を境に日本海縦貫線の運行形態が大きく変わる
大阪駅から信越本線の新潟駅までは一貫して複線（大阪駅 - 草津駅間は複々線）であり、第三セクター区間を除くと特急列車の本数は多い。新津以北の羽越本線と新潟駅 - 新発田駅間の白新線は単線と複線が入り混じっており、普通・特急列車の本数は少なく、列車の速度も遅くなる。単線区間の存在は高速化においてボトルネックの一つとなっている。2007年に提示された「羽越本線高速化」の検討委員会報告書には複線化のために建設されながら供用されていない山形県の住吉山・宮名トンネルの活用を中長期的な課題として挙げている。
大阪駅 - 米原駅間は本州の大動脈である東海道本線の一部であり、日本海縦貫線と重複するこの区間は、あらゆる方面へ向かう旅客列車・貨物列車が走行する。
函館本線や長崎本線と同じようにルートが2つに分かれている区間が日本海縦貫線には2か所あり、山科駅 - 近江塩津駅間の湖西線経由と東海道・北陸本線経由の2つのルート、新津駅 - 新発田駅間の信越本線・白新線経由と羽越本線経由の2つのルートがある。定期特急列車は山科駅から近江塩津駅まですべて湖西線経由であり、新潟貨物ターミナル駅を経由しない貨物列車は新津駅から新発田駅まで羽越本線経由である。貨物列車にも、湖西線経由と東海道・北陸本線経由、信越・白新線経由と羽越本線経由がある。なお、柏崎駅から新潟駅にかけては営業キロの短い越後線も並走しているが、線路規格が低く工事や災害などの理由がない限り迂回路線としては使用されないことから日本海縦貫線には含まれない。
東海道本線・山陽本線の本州内は一貫して直流電化であり、東北本線は黒磯駅以南が直流電化、以北が交流電化で黒磯駅 - 高久駅間のみにデッドセクションがあるのに対し、日本海縦貫線は直流電化区間と交流電化区間（50Hzと60Hz）が混在しているため何度もデッドセクションを通過する。日本海縦貫線のデッドセクションはハピラインふくい線の敦賀駅 - 南今庄駅間、日本海ひすいラインの梶屋敷駅 - えちご押上ひすい海岸駅間、羽越本線の村上駅 - 間島駅間にある。そのため日本海縦貫線には、多くの交直両用の電車・機関車が見られ、日本海縦貫線（本州内）をすべて走行する電車・機関車の場合には、直流1500V、交流20kV50Hz、交流20kV60Hzの3つの電源方式に対応できなければならない。北海道に乗り入れる場合はさらに青函トンネル内の交流25kV50Hzや函館本線・室蘭本線の非電化区間に対応する必要があるが、貨物列車では当該区間通過前に専用の交流機関車（EH800形）およびディーゼル機関車（DF200形）に交換している。クルーズトレイン「TRAIN SUITE 四季島」の車両E001形は4つの電源方式と非電化区間のすべてに対応している。 サムネイル|日本海縦貫線の直流区間北端で運用車両が変わる村上駅に留置中の電車。（2010年） しかし、羽越本線の新津駅 - 新発田駅間は電化区間であるのに大多数の普通列車が気動車であり、羽越本線の村上駅 - 鶴岡駅間は交直流電車ではなく全て気動車で運行されており、日本海ひすいラインも、デッドセクションを跨いで運行される普通列車は気動車で運行されている。これらの区間は、日本海縦貫線で異質な区間であり、輸送密度が低く交直流電車の新造・購入費および維持費が高額であること、単行運転（1両だけで運転）できる交直流電車および交流電車が存在しないためである。
高架線は湖西線のほぼ全線、ハピラインふくい線の福井駅、IRいしかわ鉄道線の小松駅、金沢駅、あいの風とやま鉄道線の富山駅、東滑川駅 - 魚津駅間で見られる。
新大阪駅 - 米原駅間では東海道新幹線、敦賀駅 - 糸魚川駅間では北陸新幹線、長岡駅 - 新潟駅間では上越新幹線が並行している。秋田駅では秋田新幹線、新青森駅では東北新幹線と北海道新幹線が接続している。
貨物輸送 サムネイル|新潟貨物ターミナル駅（2007年） 日本海縦貫線は日本経済において貨物の重要ルートとして古くから利用されており、北海道・東北から関西・九州までもしくは東京方面を結ぶ貨物列車が多い。そのため沿線には多くの貨物拠点がある。特に東京方面への分岐点である新潟県に多く設置されている。
日本海縦貫線上の貨物駅は以下の通り。このほか一部府県では周辺路線に日本海縦貫線の列車が発着する貨物駅がある。
大阪府 吹田貨物ターミナル駅 大阪貨物ターミナル駅 このほか百済貨物ターミナル駅（関西本線）に日本海縦貫線の列車が発着。 京都府 京都貨物駅 福井県 南福井駅 石川県 金沢貨物ターミナル駅 富山県 富山貨物駅 このほか高岡貨物駅（新湊線）に日本海縦貫線の列車が発着。 新潟県 青海オフレールステーション 黒井駅 柏崎オフレールステーション 南長岡駅 焼島駅 東新潟港駅（2002年から休止） 新潟貨物ターミナル駅 黒山駅（甲種車両輸送列車のみ扱い） 中条オフレールステーション 山形県 酒田港駅 秋田県 羽後本荘オフレールステーション 秋田貨物駅 大館駅 青森県 東青森駅 このほか八戸貨物駅（青い森鉄道線）に日本海縦貫線の列車が発着。 北海道 函館貨物駅 東室蘭駅 苫小牧貨物駅 札幌貨物ターミナル駅
災害・事故による路線寸断 thumb|250px|right|新潟県中越沖地震で、土砂崩れに遭った青海川駅。（2007年） thumb|250px|right|JR羽越本線脱線事故で、豚舎に横転した特急「いなほ」の485系3000番台。（2005年 山形県庄内町） 長大トンネルを経由する新線に切り替えるなどの対策がとられたものの、親不知付近をはじめ、特に新潟県などにみられる日本海の海岸線まで山地が迫る区間があるその地勢や、沿線全体が豪雪地帯を通ることから、豪雨や地震による土砂崩れ、高波、雪害などの自然災害やそれによる事故で長期間不通となる事態もたびたび起きており、代替として使える並行路線が存在しないことから、長距離夜行列車などは、そのたび長期間運休を余儀なくされている。
1934年 - 北陸本線能生駅 - 筒石駅間が地滑りにより不通となる。1963年にも同様の事態が起きた。 1963年 - 三八豪雪により、北陸本線・信越本線などが約1か月間不通となる。 2000年12月 - 羽越本線村上駅 - 間島駅間で、下り線が高波に流される。翌2001年2月まで上り線のみを使用し、単線運転を行った。 2004年10月23日 - 新潟県中越地震が発生。信越本線が不通。一部の寝台特急などが運休。 2005年12月25日 - JR羽越本線脱線事故が発生（北余目駅 - 砂越駅間）。 2006年7月 - 梅雨末期の集中豪雨により、羽越本線小岩川駅 - あつみ温泉駅間で土砂崩れ発生。約1か月間不通となる。 2007年 - 新潟県中越沖地震のため、信越本線青海川駅付近で土砂崩れ発生。路線が寸断され、寝台特急などに運休が出る。 2022年8月 - 南越前町周辺での集中豪雨により、線路設備に甚大な被害が発生。北陸本線敦賀駅 - 武生駅間が不通となる。 2024年9月 - 大雨の影響による土砂流出で村上駅 - 間島駅間が不通となり、特急「いなほ」が村上駅 - 酒田駅間で運休。
運行形態
定期特急列車の運行本数については、大阪駅から湖西線を経ての北陸本線敦賀駅まで特急列車が多数走行する特急街道であり、そのうち近江塩津駅から敦賀駅まで大阪駅・名古屋駅発着の昼行特急列車が入り混じり40本以上走行する。金沢駅から津幡駅と、直江津駅から青森駅までは特急の本数が10本以下となり、特に酒田駅から秋田駅までが比較的少ない。なお、敦賀駅から金沢駅間と津幡駅から直江津駅間は第三セクター化された後は特急列車は走行していない。
大阪駅 - 敦賀駅間では通勤・通学および観光需要が多いため快速等が終日設定されていて、敦賀駅 - 福井駅間、大聖寺駅 - 金沢駅間、直江津駅 - 新潟駅間、新潟駅 - 村上駅間、秋田駅 - 青森駅間ではラッシュ時のみ快速等が設定されている。直江津駅 - 新潟駅間では2022年ダイヤ改正まで特急車両を使った快速、米原駅 - 敦賀駅間では2026年ダイヤ改正まで途中無停車の臨時快速が存在した。
日本海縦貫線は物流の動脈であるために多くの貨物列車が走り、普通旅客列車の本数が少なく2両編成の列車あるいは1両編成のワンマン列車が運転されているような区間でも長編成の貨物列車が見られる。日本海縦貫線は本州の大動脈とされる「東海道本線・山陽本線」と「東北本線・IGRいわて銀河鉄道いわて銀河鉄道線・青い森鉄道線」と同様に貨物輸送で重要な役割を果たし、全線で同じ機関車が牽引する貨物列車が見られるものの、日本海縦貫線の貨物列車の本数は前述した本州の大動脈とされる各線に比べると少ない。
日本海縦貫線のほぼ全線を走破する列車として、貨物列車のほか、かつては夜行の旅客列車として寝台特急「日本海」や臨時の寝台特急「トワイライトエクスプレス」、急行「あおもり」「東北夏祭り」も運転されていた。湖西線を経由し新潟駅を経由しない「日本海」・「トワイライトエクスプレス」の大阪駅 - 青森駅間の走行距離は1023.4キロであった。このほか、日本最長距離を走る昼行特急列車として大阪駅 - 青森駅間に「白鳥」が運転されていたが、長距離区間を乗り通す利用客の減少により2001年3月3日に廃止された。以来同区間を通して走る昼行特急列車は無い。
運行列車 2026年3月14日ダイヤ改正時点で運転されている特急列車・快速列車・観光列車・団体臨時列車は以下の通りである。なお、東海道本線の列車のうち北陸本線に直通しない列車を除く。区間は日本海縦貫線内の走行区間。 特急列車 「サンダーバード」（大阪駅 - 敦賀駅間）1日25往復 「しらさぎ」（米原駅 - 敦賀駅間）1日15往復 「能登かがり火」（金沢駅 - 津幡駅間）1日5往復 「しらゆき」（直江津駅 - 新潟駅間）1日4往復 「いなほ」（新潟駅 - 酒田駅・秋田駅間）1日7往復、うち5往復が酒田駅発着 「つがる」「スーパーつがる」（秋田駅 - 青森駅間）1日3往復、うち1往復がスーパーつがる
青森駅 - 札幌駅間を含む場合は以下の列車も加わる。 「北斗」（函館駅 - 札幌駅間） 「すずらん」（室蘭駅 - 札幌駅間） 「おおぞら」「とかち」（南千歳駅 - 札幌駅間）
ライナー列車 「あいの風ライナー」（金沢駅 - 泊駅間）
快速列車 新快速（大阪駅 - 敦賀駅間など） 「べにばな」（新潟駅 - 坂町駅間）- 運休中 「最上川」（余目駅 - 酒田駅間）
臨時列車（観光列車） 特急「花嫁のれん」（金沢駅 - 津幡駅間） 巡行快速「ホリデーライナー」（市振駅 - 直江津駅間） 快速「越乃Shu*Kura」など（直江津駅 - 長岡駅間など）時期により列車名・経由区間が異なる。 快速「SL村上ひな街道号」（新津駅 - 村上駅間） 快速「海里」（新潟駅 - 酒田駅間）
団体臨時列車 「一万三千尺物語」(富山駅 - 泊駅間、富山駅 → 黒部駅 → 高岡駅間) 「とやま絵巻」（金沢駅 - 富山駅 - 黒部駅）イベント内容により運行区間異なる。 「えちごトキめきリゾート雪月花」（妙高高原駅 - 直江津駅 - 糸魚川駅間）あいの風とやま鉄道線・大糸線へ乗り入れる場合がある。 「TRAIN SUITE 四季島」（宮内駅または弘前駅 - 白老駅間）時期により経由区間異なる。
2015年3月14日に北陸新幹線の長野駅 - 金沢駅間が開業したことに伴い、並行在来線である北陸本線の金沢駅 - 直江津駅間が第三セクターIRいしかわ鉄道・あいの風とやま鉄道・えちごトキめき鉄道に移管されたことから、京阪神や中京方面から北陸本線に乗り入れる「サンダーバード」「しらさぎ」は、金沢駅 - 富山駅間の運転を取り止め、金沢駅までの運転に短縮された。また金沢駅 - 直江津駅 - 犀潟駅間で運行され、犀潟駅から北越急行ほくほく線経由で越後湯沢駅に発着していた「はくたか」、金沢駅 - 新潟駅間で運行されていた「北越」が廃止された - 北越急行 2019年7月3日閲覧 - JR東日本 2019年7月3日閲覧 p.4に「特急「北越」の運転を取り止めます」と記載。。
2024年3月16日に北陸新幹線の金沢駅 - 敦賀駅間が開業したことに伴い、並行在来線である北陸本線の敦賀駅 - 金沢駅間が第三セクターハピラインふくい・IRいしかわ鉄道に移管されたことから、「サンダーバード」「しらさぎ」は、敦賀駅 - 金沢駅間の運転を取り止め、敦賀駅までの運転に短縮された。また福井駅 - 金沢駅間で運行されていた「ダイナスター」、敦賀駅 - 金沢駅間で朝・夜にそれぞれ運行されていた「おはようエクスプレス・おやすみエクスプレス」が廃止された金沢―敦賀間の特急サンダーバード、しらさぎ廃止を発表 JR西日本、敦賀駅で乗り換え必要に - 福井新聞ONLINE 2023年8月31日特急「サンダーバード・しらさぎ」は「敦賀止まり」で新幹線と接続へ 「ダイナスター」は廃止 3月の北陸新幹線延伸で - 乗りものニュース 2023年8月31日。これにより、旧北陸本線の敦賀駅 - 直江津駅間のうち金沢駅 - 津幡駅間で運行され、津幡駅から七尾線経由で和倉温泉駅に発着している「能登かがり火「花嫁のれん」を除き、ほぼ全区間にわたり昼行特急が消滅することとなった。
夜行列車としては急行「きたぐに」が大阪駅 - 新潟駅間に運転されていた。なお、夜行列車は「きたぐに」をのぞき、新津駅から羽越本線に入るため、新潟駅は経由していなかった。その他、夜行列車に限らず新潟県以北の羽越本線方面へ直通する特急列車で新潟駅を経由したのは「白鳥」のみであった『JTB時刻表』2001年2月号 pp.506-515（2001年2月1日発行）。
2010年3月12日までは定期夜行列車として急行「能登」が金沢駅 - 長岡駅間に運転されており（2010年3月13日のダイヤ改正で臨時列車に変更）、同区間は日本で複数の定期急行が重複して走る最後の区間となっていた。
東北本線に不通区間が生じた場合は、同線を経由する寝台特急「北斗星」・「カシオペア」が迂回して日本海縦貫線を経由することもあったが、これらの列車は北海道新幹線新青森駅 - 新函館北斗駅間が開業する2016年3月26日までに廃止されている。
貨物列車では札幌貨物ターミナル駅 - 福岡貨物ターミナル駅間を結ぶ高速貨物列車が1往復あり（大阪以西は東海道・山陽・鹿児島本線経由）、これは貨物列車に限らず、日本国内最長距離を走る列車である。また八戸貨物駅と百済貨物ターミナル駅の間には米輸送専用の貨物列車「全農号」が運行されており、日本海縦貫線沿線で生産された米を輸送している。
廃止列車 サムネイル|かつて多くの列車が発着していた名残（2010年 糸魚川駅） かつては日本海縦貫線では多くの特急・寝台特急・急行列車が運転されていたが、1990年代以降長距離区間を乗り通す利用客の減少や新幹線開業による並行在来線の移管などで多くの列車が廃止された。
廃止された特急・寝台特急・急行・準急・快速列車は以下の通り。1988年以降の青森駅 - 南千歳駅間を走行する列車を含み、東海道本線の列車のうち北陸本線に直通しない列車、七尾線・能登線直通列車のうち金沢駅 - 津幡駅間以外に直通しない列車を除く。各列車の区間は特記なければ全運行区間。詳細は各列車の記事を参照。 出典：今尾恵介・原武史監修『日本鉄道旅行歴史地図帳』2号 東北、新潮社、2010年、pp.35-38,46-55今尾恵介・原武史監修『日本鉄道旅行歴史地図帳』4号 東京、新潮社、2010年、p.42今尾恵介・原武史監修『日本鉄道旅行歴史地図帳』6号 北信越、新潮社、2010年、pp.29-33,42,44-53,55今尾恵介・原武史監修『日本鉄道旅行歴史地図帳』7号 東海、新潮社、2010年、pp.40-45
特急列車（昼行） 「白鳥」（大阪駅 - 青森駅間）1961年 - 2001年。