不動産登記（ふどうさんとうき）は、不動産（土地および建物）の物理的現況と権利関係を公示するために作られた登記簿に登記することをいう 上級講座 不動産登記法（2015年度）- 駒澤大学 2021年3月26日閲覧。。土地と建物につきそれぞれ独立した登記簿が存在し（区分所有の例外あり）、登記事項も若干異なる。不動産登記は、民法・不動産登記法およびその他政令などによって規律される。
立木登記など、不動産登記法以外の特別法によって登記されるものもある（立木法）。
略語について 説明の便宜上、次の通り略語を用いる。 法 不動産登記法（平成16年法律第123号） 令 不動産登記令（平成16年政令第379号） 規則 不動産登記規則（平成17年法務省令第18号） 準則 不動産登記事務取扱手続準則（平成17年2月25日民二456号通達）
不動産登記の沿革 江戸期の土地の支配については、農地に関しては「検地帳」"検地帳とは、江戸時代に作成された土地台帳であり" 税務大学校. 継承された古文書の情報. NETWORK租税史料. 2022-12-04閲覧.、都市部においては、売買記録である「沽券状」およびそれを元にして町役人が作成保有した「沽券帳」などにより、その所在を証明した。山林などについては、これら支配(入会など)を証する制度的な文書がなく、多くは慣習により取り扱われた。
明治維新になって、まず、徴税の目的から、明治4年12月27日（1872年2月5日）、東京府下の市街地に対して地券が発行され、続いて明治5年2月15日（1872年3月23日）の田畑永代売買禁止令の廃止に伴い、これまで貢租の対象とされていた郡村の土地を売買譲渡する際にも地券が交付されることとなった。当初、地券は取引の都度発行するという方式であったが、この方法では全国の土地の状況を短期間に把握することは不可能であったため、同年7月4日（同年8月5日）に大蔵省達第83号を発し、都度の地券発行を改め、人民所有のすべての土地に地券を発行する地券の全国一般発行とした結果、すべての私有地に対して地券（壬申地券）が交付されることになった。地券の発行は、旧来の町名主や庄屋を取り込んだ戸長役場においてなされ、割印を押した一通を所有者本人に渡し、役場で控えを「元帳」に綴じ込み保管した。この元帳を地券大帳といい、毎年その写しを大蔵省に提出させることとした。この、地券大帳が後の土地台帳の基礎となる。続いて明治6年（1873年）7月28日には地租改正条例が発布されるとともに、地券制度にも改正が加えられ、壬申地券に代わって一筆の地に一枚ずつ交付される全国共通の地券に変更された。
土地の譲渡においては、地券を書き換えるべきものとされていたところ、明治12年（1879年）2月、これに替え裏書移転となったが、翌明治13年（1880年）11月に土地売買譲渡規則の制定により、所有権移転は戸長役場の公証手続によっておこなわれることになったため、地券の裏書は納税義務の移転のみを示すものとなったなど、制度上複雑なものとなっていた。また、戸長による公証制により、二重登記・虚偽登記といった問題が頻発した。
このため、公証制度の整備（公証人規則の制定）や登記法の実施（明治19年（1886年）8月13日公布、翌年2月1日施行）によって近代的登記制度が公法的に導入され、地券は法的な意味合いを失い、明治22年（1889年）3月22日の土地台帳規則制定とともに廃止された。
しかしながら、当時の不動産登記は、不動産の権利関係のみを公示するものであり、不動産の物理的現況を明らかにするものとしては、税務署に、課税台帳としての土地台帳および家屋台帳が備えられていた（地租法、家屋税法）。戦後、台帳事務は登記事務と密接な関係があることから、台帳が登記所に移管された。なお、明治31年（1898年）7月16日、民法が施行されたが、登記制度に未整備な点があることも考慮され、物権変動については、民法制定に多くの範をとったドイツ法流の形式主義・登記主義ではなく、フランス法流の意思主義が採用され、登記は成立要件ではなく、対抗要件として取り扱われることとなった。
その後、しばらく登記所において、不動産の権利関係を公示する登記制度と、不動産の現状を明らかにする台帳制度が併存することとなったが、登記簿は申請主義が基本であるのに対し、台帳は登記官の職権によって登録することができたから、両者の間に不一致が生じるなどの問題が生じた。
そこで、1960年（昭和35年）、台帳を廃止して、台帳の現に効力を有する事項を登記簿の表題部に移記する一元化を行うこととなり（昭和35年法律第14号「不動産登記法の一部を改正する等の法律」）、一元化作業は、1971年（昭和46年）3月31日、全国のすべての登記所について完了した。この結果、登記は「表示の登記」と「権利の登記」の両方を含むこととなった。
なお、移記の終わった台帳は当分の間保存することとされ、現在、登記所に保存されている旧土地台帳は、登記簿に登記される以前の所有者や分筆の経緯を知るための資料となる。なお、家屋台帳は廃棄された。
登記簿 登記簿（とうきぼ）とは、不動産に関する権利関係および物理的現況を記載するために設けられた、登記所が保管する帳簿をいう（法2条9号）。
変更履歴が順に記載され、変更があった場合には、変更部分が下線付きで示され、次の行にその変更後内容が示される。
ブックシステム 登記簿は、当初、大福帳式の帳簿であったが、1951年（昭和26年）6月29日に公布された不動産登記法施行細則の一部を改正する府令（昭和26年法務府令第110号）によって、1960年（昭和35年）頃までの間に、登記用紙の加除が自由なバインダー式の帳簿となった。1個の不動産について登記事項を記載した書面を登記用紙といい、これを一定数編綴した帳簿を登記簿といったが、1個の不動産についての登記用紙そのものを登記簿ということもあった。
このような紙製の帳簿による処理を『ブックシステム』という。
2008年（平成20年）現在、日本全国の一般的な土地、建物の登記簿はコンピューターに移行が完了し、ブックシステムの登記簿は閉鎖された。なお、従来どおり登記所にて証明書は発行される。
コンピュータシステム化 登記事務の大量・複雑化に対応するため、1988年（昭和63年）、登記事務のコンピュータ・システム化を行うこととする法改正が行われ（昭和63年法律第81号「不動産登記法及び商業登記法の一部を改正する法律」）、移行作業が完了した登記所について順次法務大臣が指定を行い、指定された登記所においてコンピュータ・システムによる登記事務を行うこととなった（旧不動産登記法151条ノ2、新不動産登記法附則3条）。移行作業は、東京法務局板橋出張所（指定の効力発生 昭和63年10月6日)が最初に完了し、松江地方法務局西郷支局（指定の効力発生 平成20年 3月24日)を最後に、日本全国の登記所がコンピュータ化され、移行が適さない登記簿を除き移行作業は完了し、オンライン申請ができるようになっている。
コンピュータ・システムにおいては、登記は磁気ディスク（これに準ずる方法により一定の事項を確実に記録することができる物を含む）に電磁的データで記録することとされている。この電磁的データを登記記録といい（法2条5号）、記録媒体である磁気ディスクを登記簿ということとされている。
移記された登記記録には、「昭和63年法務省令第37号附則第2条第2項の規定により移記」と記載されている。順位番号は移記の際にリセットされ、改めて1番から付番し、「順位何番の登記を移記」と記載されている。
登記簿の作成 不動産登記の事務は、登記所（法務局）において登記官が行う（不動産登記法6条、9条）。
登記簿（登記記録）は、表題部と権利部に分かれ（法12条）、権利部は、所有権に関する登記を行う甲区と、所有権以外の権利に関する登記を行う乙区に分かれる（規則4条4項）不動産登記のABC 法務省 2021年3月26日閲覧。。
登記の種類 不動産の登記には、表示に関する登記と権利に関する登記とがあり（2条3号、4号）、表示に関する登記は登記簿の表題部に、権利に関する登記は登記簿の権利部に記録される（同条7号、8号）平成十六年法律第百二十三号 不動産登記法 e-Gov法令検索 2021年3月27日閲覧。。
表示に関する登記 表示に関する登記は、不動産の物理的現況を明らかにすることを目的としており、権利に関する登記の前提ともいえる。表示に関する登記には対抗力は認められないが、例外として、借地上の建物（借地借家法10条）について最高裁判所は対抗力を認めた（最判昭50.2.13）。
法27条から法58条までに主要な規定があり、その他の法令・通達が実務における運用の補強・潤滑化のために規定・発令されている。
登記事項としては、登記年月日等のほか（27条）、土地の場合は「土地の所在」「地番」「地目」「地積」に関して登記がなされ（法34条）、建物の場合には「建物の所在」「家屋番号」「種類」「構造」「床面積」などが登記されている（法44条）。
表示に関する登記には、次のようなものがある。 表題登記 当該不動産について、表題部に最初にされる登記をいう（法2条20号）。建物を新築した場合、登記が存在しないので、所有権保存登記の前提として建物の表題登記の申請がされることになる（法47条）。埋立て等によって新たに土地が生じた場合にも土地の表題登記がされる（法36条）。いずれも所有権の取得の日から1か月以内に登記の申請をしなければならない。 変更の登記 登記事項に変更があった場合にされる登記をいう（法2条15号）。土地の地目・地積に変更があったとき、建物の種類・構造・床面積等に変更があったときは、変更の登記がされる（法37条、法51条）。いずれも当該変更があった日から1か月以内に登記の申請をしなければならない。 更正の登記 登記事項に「錯誤又は遺漏」があった場合に、当該登記事項を訂正する登記をいう（法2条16号）。変更登記が、登記事項が事後的に変動した場合に行われるのに対し、登記事項が当初から誤っていた場合に行われる点で異なる。 土地の地目・地積等が誤っていたとき、建物の種類・構造・床面積等が誤っていたときは、更正登記がされる（法38条、法53条）。 滅失の登記 土地又は建物が滅失したときにされる登記をいう（法42条、法57条）。いずれも滅失した日から1か月以内に登記の申請をしなければならない。 分筆の登記・合筆の登記 土地を分筆・合筆するために行われる登記である（法39条）。土地の分筆・合筆は所有者の意思に基づいて行われるものであるから、表題部所有者または登記名義人のみが申請でき、原則として登記官が職権によって登記することはできない。 地目が相互に異なる土地や、相互に持分を異にする土地について合筆の登記を申請することはできない。 建物の合体による登記等（法49条） 数戸の建物が、工事等をして構造上一個の建物となった時に行う登記で、合体から1か月以内に、合体後の建物についての建物の表題登記及び合体前の建物についての建物の表題部の登記の抹消を申請をしなければならない。両者をあわせて「合体による登記等」と称する。 建物の分割の登記・建物の区分の登記・建物の合併の登記（法54条1項1号ないし3号） 建物の分割とは、附属の建物として登記されている建物を新たな登記記録に記録することをいう（法54条1項1号）。 建物の区分とは、一棟の建物の内部に数個の区分建物としての要件を満たす建物があるときに、それぞれを区分建物の登記記録に記録する登記をいう（法54条1項2号）。一般には、賃貸用のマンションを、分譲用のマンションに登記したいときに行う。 建物の合併とは、主たる建物とその附属の建物の関係にある登記記録上、別の建物にあるものを1つの登記記録に記録することをいう（法54条1項3号）。建物の合体とは違い建物の現状に変更がないものについて、登記上ひとつにまとめるものである。ただし建物の所有者が異なる場合や、所有権登記のある建物と所有権登記がない建物の合併など、一定の条件下では合併の登記をすることができない（法56条各号）。 これらは、所有者の意思によって登記される。 区分建物について区分所有法第22条の定めにより敷地利用権と専有部分の権利との分離処分が禁止される旨の登記については、「敷地権」として建物の表示に関する登記の一部事項としてなされる（法44条9号）。
権利に関する登記 権利に関する登記は、不動産についての権利の保存、設定、移転、変更、処分の制限又は消滅を公示するための登記である（法2条4号、法3条）。 権利に関する登記は第三者対抗要件である（民法177条）。不動産についての権利の優先関係が問題となるときは、登記の有無、先後が基準となる。一般に登記といえば、権利に関する登記のことをいうことが多い。
法59条から法118条に主要な規定があり、各種法令・通達が実務のため規定・発令されている。
登記事項には、登記の目的、受付年月日・受付番号、登記原因及びその日付、権利者の住所・氏名等がある（法59条）。
所有権に関する登記 権利に関する登記のうち、所有権に関する登記は、権利部の甲区に記録される（規則4条4項）。所有権に関する登記には、次のようなものがある。 所有権の保存の登記 新築などで、初めて甲区に記録される場合に、所有権の保存の登記がされる。 登記の目的に「所有権保存」と記録され、所有者の住所・氏名が記録される。登記原因及びその日付は登記されない（法76条1項）。 所有権保存登記の申請をすることができる者は、以下の者に限定されている（法74条）。 表題部所有者またはその相続人その他の一般承継人。 所有権を有することが確定判決によって確認された者。 収用により所有権を取得した者。 区分建物の場合で、表題部所有者から所有権を所得した者。なお、その建物が敷地権付き区分建物の場合、敷地権の登記名義人の承諾が必要である。 所有権の移転の登記 所有権保存登記又は前の所有権の移転の登記の名義人から所有権の移転を受ける場合にされる。 登記の目的には「所有権移転」と、登記原因及びその日付には「平成○年○月○日売買（又は贈与、相続等）」と記録され、権利者として新しい所有者の住所・氏名が記録される。 所有権の登記名義人について相続の開始があったときは、当該相続により所有権を取得した者は、自己のために相続の開始があったことを知り、かつ、当該所有権を取得したことを知った日から3年以内に、所有権の移転の登記を申請しなければならない。遺贈により所有権を取得した者も、同様の扱いとなる（法76の2条）。 処分の制限の登記 差押え、仮差押え及び処分禁止の登記が具体例である。これらの登記はすべて公署の嘱託によりなされ、当事者は申請をすることはできない（民事執行法48条1項、民事保全法47条3項・53条3項、法16条1項）。
登記されている所有権の登記事項に変更等があったときは、次のような登記がされる。 変更の登記 既存の登記の権利の内容が変更されたとき（共有物分割禁止の定めなど）や、登記名義人の表示が変更されたとき（改姓、住所移転、行政区画の変更等）には、変更の登記がされる（法2条15号、法64条、法66条）。 更正の登記 登記事項に誤りがあった場合には、更正の登記がされる（法2条16号、法67条）。 登記の抹消 権利に関わる登記において、登記された権利が最初から存在しなかったか、事後的に消滅した場合には、登記の抹消がされる（法68条、法69条）。 登記の回復 抹消された登記を、利害関係のある第三者の承諾を経てもとの順位で復活させる登記である（法72条）。なお、不動産登記法附則3条1項の指定を受けていない登記所（コンピューター化未移行庁）において旧登記簿が火災等により滅失したため登記がない状態になった場合、旧不動産登記法19条・23条及び69条ないし75条に規定される滅失登記の回復がなされる（規則附則6条1項）。
所有権以外の権利に関する登記 権利に関する登記のうち、所有権以外の権利に関する登記は、権利部の乙区に記録される（規則4条4項）。所有権以外の権利で登記されるのは、用益物権（地上権、永小作権、地役権）、担保物権（先取特権、質権、抵当権）、賃借権、採石権である（法3条）。不動産に関する権利であっても、同三条に列挙されていない占有権や留置権などは登記できない。また甲区のない登記簿に乙区のみを登記することはできない。なお敷地権は建物の表示に関する登記事項である。 抵当権の設定の登記 甲区の所有者が抵当権を設定したときにされる。 登記の目的には「抵当権設定」、登記原因及びその日付には「平成○年○月○日金銭消費貸借同日設定」などと記録され、抵当権者の住所・氏名のほか、債権額、債務者の住所・氏名等が記録される（法83条、法88条）。 登記名義人の氏名等の変更の登記等 名義人の氏名・名称・住所について変更があった場合になされる。なお更正についても同様である。 抵当権の変更の登記 抵当権の登記事項に変更があった場合にする。 抵当権の移転の登記 抵当権者が抵当権を譲渡したときにされる。既に存在する抵当権の設定の登記に対する付記登記として登記される（法4条2項）。 抵当権の処分の登記 抵当権の処分（民法376条）があった場合にする。 抵当権の順位の変更の登記 登記された担保物権の順位を変更する場合にする。 根抵当権の設定の登記 当事者が根抵当権を設定した場合にする。 根抵当権の変更の登記 根抵当権の登記事項に変更があった場合にする。 根抵当権の処分の登記 根抵当権につき根抵当権の処分・譲渡・分割譲渡・一部譲渡・共有者の権利移転があった場合にする。 民法第398条の14第1項ただし書の定めの登記 根抵当権の準共有者が、弁済を受ける割合や、優先弁済を定めた場合にする。 根抵当権の移転の登記 根抵当権の承継があった場合にする。 買戻しに関する登記 売買契約と同時に買戻特約を設定したときにされる。買戻しの登記は、売買による所有権移転登記申請と「同時に」する必要がある（大判明33.10.5）。 地上権の設定の登記 甲区の所有者が地上権を設定したときにされる。地上権者の住所・氏名のほか、地上権設定の目的、地代、支払時期、存続期間等が登記される（法78条）。 地役権の設定の登記 当事者が地役権を設定した場合にする。 賃借権の設定の登記 甲区の所有者が賃借権を設定したときにされる。賃借権者（賃借人）の住所・氏名のほか、賃料、支払時期、存続期間等が登記される（法81条）。賃借権は債権であるが、登記したときは対抗力を持つ（民法605条）。 民法第387条第1項の同意の登記 先順位の抵当権に賃借権を対抗させる場合にする。
これらの権利の変更、消滅等が生じたときは、所有権に関する登記と同様、変更・更正・抹消または回復の登記がされる。 変更の登記 登記事項に変更があった場合にする。 移転の登記 権利の承継があった場合にする。 登記の抹消 権利や登記事項が消滅したか不存在だった場合にする。
仮登記 本登記（終局登記）を申請する要件が調わないとき、具体的には 登記の申請に必要な情報を登記所に提出することができないとき 権利の変動の請求権を保全しようとするとき
に、順位を確保するために行われる登記を指す（法105条）。仮登記自体に対抗力はないが、後に本登記を行うことで、仮登記の順位で本登記が行われたことになる。（法106条）。
付記登記 権利に関する登記のうち、既にされた権利に関する登記についてする登記であって、当該既にされた権利に関する登記を変更し、若しくは更正し、又は所有権以外の権利にあってはこれを移転し、若しくはこれを目的とする権利の保存等をするもので当該既にされた権利に関する登記と一体のものとして公示する必要があるものをいう（法4条）。
登記の順位は原則として登記申請受付の時間的前後によって決まるが、付記登記では既存の登記と一体のものとして、当該既存の登記と同じ順位で公示される。
登記手続 登記は、当事者の申請又は官庁・公署の嘱託（法116条）に基づいて、登記官が登記簿に登記事項を記録することによって行う（法11条、法16条1項）。
不動産が2以上の登記所の管轄区域にまたがる場合、法務省令で定めるところにより、法務大臣または法務局もしくは地方法務局の長が、当該不動産に関する登記の事務を司る登記所を指定する（法6条2項）。そして、登記の申請を当該2以上の登記所のうち、1の登記所にすることができるのは、登記事務を司る登記所の指定がされるまでの間に限られる（法6条3項）。
申請 概要 表示に関する登記は、登記名義人やその代理人からの単独申請によるほか、登記官が職権ですることができる（法28条）。
以下の者には申請義務が課せられている（いずれも1か月以内）。 土地・建物の表題部の登記は、所有者 土地・建物の表題部の変更の登記は、表題部に記載された所有者または所有権の登記名義人 土地・建物の滅失の登記は、表題部に記載された所有者または所有権の登記名義人 建物合体の登記は、以下のとおり 合体前の二以上の建物が表題登記がない建物及び表題登記がある建物のみであるときは、当該表題登記がない建物の所有者又は当該表題登記がある建物の表題部所有者 合体前の二以上の建物が表題登記がない建物及び所有権の登記がある建物のみであるときは、当該表題登記がない建物の所有者又は当該所有権の登記がある建物の所有権の登記名義人 合体前の二以上の建物がいずれも表題登記がある建物であるときは、当該建物の表題部所有者 合体前の二以上の建物が表題登記がある建物及び所有権の登記がある建物のみであるときは、当該表題登記がある建物の表題部所有者又は当該所有権の登記がある建物の所有権の登記名義人 合体前の二以上の建物がいずれも所有権の登記がある建物であるときは、当該建物の所有権の登記名義人 合体前の三以上の建物が表題登記がない建物、表題登記がある建物及び所有権の登記がある建物のみであるときは、当該表題登記がない建物の所有者、当該表題登記がある建物の表題部所有者又は当該所有権の登記がある建物の所有権の登記名義人
権利に関する登記は、登記権利者と登記義務者が共同して申請するのが原則である（共同申請の原則、法60条）。どのような場合に登記権利者が登記義務者に登記手続への協力を求めることができるかは登記請求権の項参照。以下の場合には、単独で申請することができる。 相続又は法人の合併による権利の移転の登記（法63条2項） 所有権保存登記（法74条）及びその抹消登記（法77条） 登記名義人表示変更・更正登記（法64条1項） 抵当証券が発行されている抵当権についての債務者の表示変更・更正登記（64条2項） 信託登記の一部（法98条3項、法100条） 確定判決による登記（法63条1項） ここでいう「確定判決」とは、給付判決を指し、確認判決を含まない。 収用による所有権移転登記（法118条1項） 人の死亡又は法人の解散による権利抹消登記（法69条） 登記義務者の所在が知れない場合の権利抹消登記（法70条2項） 仮処分の登記に遅れる登記の抹消登記（法111条1項・2項、113条） 根抵当権の元本確定登記で一定の場合（法93条） 仮登記のうち一定の場合（法107条1項、法110条） 仮登記義務者の承諾を得たとき、または仮登記を命ずる裁判所の処分があるとき、等。 採石法12条又は15条1項の決定に基づく採石権等に関する登記（採石法31条）
要式性が極めて厳格であるため、各専門家（表示に関する登記は土地家屋調査士、権利に関する登記は司法書士）に依頼し登記手続きを行うのが一般的である（1年の権利に関する登記申請のうち95・8％程度が司法書士によって行なわれているとの2004年（平成16年）5月11日衆院法務委員会法務省政府答弁がある）。なお、登記権利者と登記義務者が1人の司法書士に委任することは双方代理（民法108条）に反しないとされる（最判 昭和43年3月8日民集22巻3号540頁）。
なお、登記官またはその配偶者若しくは4親等内の親族が登記の申請人であるときは、当該登記官は除斥の対象となる（法10条）。
登記権利者と登記義務者 概要 登記権利者とは、権利に関する登記をすることにより、登記上直接に利益を受ける者をいい、間接に利益を受ける者を除く（法2条12号）。 登記義務者とは、権利に関する登記をすることにより、登記上直接に不利益を受ける登記名義人をいい、間接に不利益を受ける登記名義人を除く（法2条13号）。
具体例 売買による所有権移転登記の場合、買主が登記権利者、売主（現所有権登記名義人）が登記義務者となる。抵当権設定登記の場合、抵当権者が登記権利者、抵当権設定者（不動産の所有権登記名義人など）が登記義務者となる（ただし、登記申請情報には「抵当権者」「設定者」と記載するのが実務の慣行である）。
注意しなければならないのは、登記手続上（不動産登記法上）の登記権利者・登記義務者と、実体法上の登記権利者・登記義務者とは異なることがあるということである。たとえば、AからBに対する仮装の売買で登記をしようとする場合は、実体法上はBはAに対する登記請求権がなく、A・Bは登記義務者・登記権利者ではないが、登記手続上は、Aを登記義務者、Bを登記権利者として扱う。すなわち、登記手続上、登記権利者・登記義務者に当たるかは、実質で判断するのではなく、形式的に判断することとなる。
直接と間接 例えば、1番抵当権の債権額を減額する抵当権変更登記のときの2番抵当権者は、間接には利益を受けても直接に利益を受ける者ではない。直接に利益を受けるのは、あくまで1番抵当権の設定者である。また、1番抵当権の債権額を増額する抵当権変更登記のときの2番抵当権者は、間接には不利益を受けても直接には不利益を受ける者ではない。直接に不利益を受けるのは、あくまで1番抵当権の設定者である。ただし、当該2番抵当権者は登記上の利害関係人となり、1番抵当権の債権額を増額する変更登記を付記登記でするには2番抵当権者の承諾証明情報が必要となる（法66条、令別表25項添付情報ロ）。この承諾情報を提供しないと、当該変更登記は主登記で実行され、2番抵当権者に債権額増額を対抗できなくなってしまう（法4条2項参照）。
申請情報と添付情報 登記を申請するためには、登記所に登記申請情報と添付情報（以下に挙げたのは主なもの）を提供する必要がある。
登記申請情報（法18条、令3条） 新不動産登記法においては、登記申請情報をオンラインで登記所に送信することによって申請をすることができるようになった（法18条1号）。これは法務大臣がオンライン庁として指定した登記所についてのみ可能である（法附則6条1項）。2008年（平成20年）7月14日、すべての登記所が指定された法務局 「電子申請対象登記所 」 法務省。これにより、当事者が登記所の窓口に出向いて申請する必要がなくなった（当事者出頭主義の廃止、書面申請主義の廃止）。なお、従来どおり、書面（登記申請書）を提出して申請することも可能である（法18条2号）。
登記識別情報ないし登記済証 共同して権利に関する登記を申請する場合や、合筆登記等を申請する場合には、現在の登記名義人の登記識別情報を提供しなければならない（法22条、令8条）。この登記識別情報とは、登記名義人が前に登記を受けたときに登記所から通知される暗証番号である（法2条14号、法21条）。しかし、オンライン庁の指定を受けた登記所であっても、従前の登記済証（いわゆる権利証）が無効になったわけではなく、登記済証が存在するときはその登記済証を提出することとなる（法附則7条）。 登記識別情報も、登記済証も、申請者が登記名義人本人であることを証明する本人確認手段といえる。本人確認等の方法が充実したため、保証書による本人確認の制度は法改正により廃止された。
登記原因証明情報