村上 直次郎（むらかみ なおじろう、1868年2月26日（慶応4年2月4日） - 1966年（昭和41年）9月17日）は、明治時代から昭和時代にかけての日本の歴史学者。文学博士。帝国学士院会員、勲一等瑞宝章受章。日欧通交史、日本・東南アジア関係史の権威。
経歴 1868年2月26日、森藩士の子として豊後玖珠（現：大分県玖珠町）に生まれる
叔父が同志社英学校の講師を務めていたこともあり、1878年（明治11年）に同志社に入学。1884年（明治17年）まで6年間在学した。同余科（神学科）卒業後、関西で勉強を続けたのち、上京。1887年（明治20年）第一高等学校に入学し、1895年（明治28年）帝国大学文科大学史学科を卒業した。
卒業後は台湾史料編纂所嘱託研究員として台湾に赴任。帰国後の1903年（明治36年）東京帝国大学教授となる。
1908年（明治41年）東京外国語学校（現：東京外国語大学）校長に就任。その後、東京音楽学校（現東京芸術大学音楽学部）校長、台北帝国大学文政学部長などを歴任した。
1940年（昭和15年）上智大学文学部長に就任。1946年（昭和26年）から1953年（昭和48年）にかけて、上智大学第4代学長を務めた。
1966年（昭和41年）9月17日、老衰のため藤沢市の自宅で死去。98歳没。
人物 東京外国語学校校長や東京音楽学校校長に在職中、たびたび学生と揉め事を起こしたことから「騒動校長」の異名をとった。
文部大臣を務めた岡田良平は遠縁にあたる（村上の妻の親戚）。
栄典 1912年（大正元年）12月18日 - 勲四等瑞宝章『官報』第124号「叙任及辞令」1912年12月27日。 1916年（大正5年）7月31日 - 従四位『官報』第1201号「叙任及辞令」1916年8月1日 1934年（昭和9年）12月18日 - 勲一等瑞宝章『官報』第2104号「叙任及辞令」1934年1月10日。 1940年（昭和15年）8月15日 - 紀元二千六百年祝典記念章『官報』第4438号・付録「辞令二」1941年10月23日。 1964年（昭和39年）11月3日 - 銀杯読売新聞「晴れの勲一等親授式 第２回生存者叙勲 清瀬、正力氏ら」1964年11月7日付け朝刊1面
著作
単著 『日蘭三百年の親交』冨山房、1915年（大正4年） 『貿易史上の平戸』日本学術普及会、1917年（大正6年） 『日本と葡萄牙』改造社、1942年（昭和17年） 『日本と比律賓』朝日新聞社、1945年（昭和20年）
翻訳・校訂 『異国日記抄 校註』三秀舎 1911年（明治44年） 『耶蘇会士日本通信』異国叢書 聚芳閣、1927年（昭和2年） - 1928年（昭和3年）、のち雄松堂「異国叢書」 『異国往復書翰集・増訂異国日記抄』異国叢書 駿南社、1929年（昭和4年）、のち雄松堂 同 『耶蘇会士日本通信 豊後篇』帝国教育会出版部、1936年（昭和11年） 『ドン・ロドリゴ日本見聞録 ビスカイノ金銀島探検報告』駿南社、1929年（昭和4年）、のち雄松堂 同 『バタヴィア城日誌』日蘭交通史料研究会、1937年（昭和12年）、のち平凡社〈東洋文庫〉全3巻 『出島蘭館日誌』オランダ東インド会社長崎商館編 文明協会 1938年（昭和13年） 『長崎オランダ商館の日記』岩波書店、1956年（昭和31年） - 1958年（昭和33年） 『蘭領印度史』A. J. エイクマン, F. W. スターペル 原徹郎共訳 東亜研究所、1942年（昭和17年） 『六昆王山田長政』編訳、朝日新聞社、1942年（昭和17年） 『耶蘇会の日本年報』拓文堂 1943年（昭和18年） - 1944年（昭和19年）、のち『イエズス会日本年報』雄松堂 「山田長政」J. ファン・フリート『世界ノンフィクション全集29』筑摩書房、1962年（昭和37年）
脚注
関連文献 キリシタン文化研究会編 『キリシタン研究』第12輯、吉川弘文館、1967年3月 『キリシタン文化研究会会報』第9年第9号（村上直次郎博士追憶特輯号）、1967年5月 『上智史学』第13号（村上直次郎先生追憶号）、上智大学史学会、1968年10月 「先學を語る 村上直次郎博士」（東方学会編 『東方学回想 I 先学を語る(1)』 刀水書房、2000年1月、ISBN 4887082460） 「日欧交渉史研究のパイオニア : 村上直次郎」（坂東省次著 『スペインを訪れた日本人 : エリートたちの異文化体験』 行路社、2009年6月、ISBN 9784875344155）