足利 尊氏（あしかが たかうじ）は、鎌倉時代末期から室町時代（南北朝時代）前期の日本の武将。室町幕府の初代征夷大将軍上田正昭、津田秀夫、永原慶二、藤井松一、藤原彰、『コンサイス日本人名辞典 第5版』、株式会社三省堂、2009年 29頁。（在職：1338年 - 1358年）。
河内源氏義国流足利氏本宗家の8代目棟梁。足利将軍家の祖。正式な姓名は、源 尊氏（みなもと の たかうじ）。
概要 足利貞氏の次男として生まれる。鎌倉幕府の御家人として、歴代当主の慣例に従い、初めは得宗の北条高時から偏諱を受け、高氏（たかうじ）と名乗っていた。共に鎌倉幕府を打倒した新田義貞は同族である。
正慶2年（1333年）に後醍醐天皇が伯耆国船上山で挙兵した際、その鎮圧のため幕府軍を率いて上洛したが、丹波国篠村八幡宮で幕府への反乱を宣言、六波羅探題を滅ぼした。幕府滅亡の勲功第一とされ、後醍醐天皇の諱・尊治（たかはる）の偏諱を受け、高氏の名を尊氏（たかうじ）に改める。鎌倉時代の足利宗家当主の通字は「氏」であったため、室町幕府の将軍15人の中で唯一「義」の字が諱に使われていない。
後醍醐天皇の新体制である建武の新政下で、持明院統に近く冷遇されていた公家の西園寺公宗と追討を逃れていた北条泰家（北条高時の弟）の反乱計画が発覚するなど政情不安が続く中、鎌倉方の残党である北条時行が起こした中先代の乱により窮地に陥った弟の足利直義救援のため、東下し、乱を鎮圧したあとも鎌倉に留まり、恩賞を独自に配布した。これを独自の武家政権を樹立する構えと解釈した天皇との関係が悪化、建武の乱が勃発した。箱根・竹下の戦いでは大勝するが、打出・豊島河原の戦いで敗北し、一時は九州に都落ちしたものの、光厳上皇が尊氏に対して新田義貞追討の院宣を発給し、再び太宰府天満宮を拠点に上洛、京都を制圧した。北朝の光明天皇即位を支援し、光明天皇から征夷大将軍に補任され新たな武家政権（室町幕府）を開いた。一度は尊氏に降った後醍醐天皇は、すぐ後、吉野に脱出し南朝を創始することになった。
幕府を開くにあたって、尊氏は是円・真恵兄弟らへの諮問のもと、その基本方針となる『建武式目』を発布。征夷大将軍として幕府の軍事を取り仕切り守護を纏めた。これを支えた保守派の直義に対して、尊氏の執事高師直は執事施行状など尊氏の意を受け先進的な体制を取りいれていた。後醍醐天皇の崩御後は、その菩提を弔うため天龍寺を建立し、全国の戦没者を弔うため66の安国寺利生塔を設立させた。その後、師直派と直義派との間で観応の擾乱が起こった。師直・直義の死により乱は終息したが、その後も南朝や直義の養子足利直冬（実は尊氏の実子）など反対勢力の打倒に奔走し、晩年には政治にも手腕を発揮して統治の安定に努めた。
勅撰歌人である武家歌人としても知られ、『新千載和歌集』は尊氏の執奏により後光厳天皇が撰進を命じたものであり、以後の勅撰和歌集は、二十一代集の最後の『新続古今和歌集』まですべて将軍の執奏によることとなった。
生涯 誕生と家督相続 嘉元3年（1305年）、尊氏は足利氏当主の足利貞氏の次男として生まれた。確実な生誕地は不明で、足利氏の本貫（名字の根拠の地）である下野国足利荘（栃木県足利市）・上杉氏の本貫である丹波国何鹿郡八田郷上杉荘（京都府綾部市上杉）・鎌倉幕府の本拠地である相模国鎌倉（神奈川県鎌倉市）などの説がある。京都の綾部安国寺には、尊氏が浸かったといわれる産湯の井戸や母・清子が男子出生を祈願した地蔵菩薩が残されており、尊氏の産着や毛髪なども保存されている。日本史研究者の清水克行によれば、当時の足利氏は幕府の実質的支配者である北条得宗家と友好関係を保つため鎌倉に活動拠点を移していたため、2013年時点では鎌倉誕生説が最も有力な見解とされてきたが、2018年現在では京都綾部誕生説が最も有力とされている。
母は貞氏の側室・上杉清子。貞氏の正室・北条顕時の娘が産んだ嫡男の足利高義は母違いの兄。後世に編纂された『難太平記』では、尊氏が出生して産湯につかった際、2羽の山鳩が飛んできて1羽は尊氏の肩に止まり、1羽は柄杓に止まったという伝説を伝えている。
幼少時より家督を継ぐことのない次男として育っていたが、13歳の時に兄の高義が21歳で死去したことによって、貞氏の後継者の立場になる。そして、元応元年（1319年）10月10日、従五位下に叙し、治部大輔に任ぜられる。このとき15歳。また、同日に元服をし、得宗・北条高時の偏諱を賜り、高氏（通称は又太郎）と名乗ったとされる。
足利氏の嫡男は「三郎」を名乗る決まりになっていたが、兄であり貞氏嫡男の高義の死後であるにもかかわらず「又太郎」と名付けられたのは、貞氏が北条氏との姻戚関係を重視し高義の遺児が家督を継承することを重視してのことと考えられる櫻井彦 樋口州男 錦昭江『足利尊氏のすべて』2008年、新人物往来社。。15歳での叙爵は北条氏であれば得宗家・赤橋家に次ぎ、大仏家・金沢家と同格の待遇であり、北条氏以外の御家人に比べれば圧倒的に優遇されていた前田治幸「鎌倉幕府家格秩序における足利氏」阿部猛 編『中世政治史の研究』日本史史料研究会、2010年。/所収:。そして、北条氏一族の有力者であった赤橋流北条氏の赤橋（北条）守時の妹・赤橋登子を正室に迎えた。なお後に守時は鎌倉幕府の執権となる。
元弘元年/元徳3年（1331年）、父の貞氏が死去すると高氏が家督を継ぎ、26歳で源氏足利家の当主となった。
元弘の乱
サムネイル|300px|楠木正成の戦を描いた勝川春亭画「和州如意輪堂合戦」。右上方に足利尊氏が描かれている。 元弘元年/元徳3年（1331年）、後醍醐天皇が倒幕を企図し、笠置山で挙兵した（笠置山の戦い）。鎌倉幕府は高氏に派兵を命じ、高氏は天皇の拠る笠置と楠木正成の拠る下赤坂城の攻撃に参加した。
このとき、貞氏の喪中であることを理由に出兵動員を辞退したが、許されなかった。『太平記』は、このことから高氏が幕府に反感を持つようになったとされる。また、足利氏は承久の乱で足利義氏が大将の1人として北条泰時を助けて勝利を導いて以来、対外的な戦いでは足利氏が大将を務めるのが嘉例とされ、幕府及び北条氏はその嘉例の再来を高氏に期待したもので、裏を返せば北条氏が足利氏に圧力を加えても、決して滅ぼそうとはしなかった理由でもあった。
勝利に貢献した高氏の名声は高まった。だが、不本意な出陣だったためか、同年11月他の大将を置いて朝廷に挨拶もせず、さっさと鎌倉へ戻っており、花園上皇を呆れさせている『花園天皇宸記』。
笠置山の挙兵は結局失敗に終わり、倒幕計画に関わった貴族・僧侶が多数逮捕され、死刑・配流などの厳罰に処された。後醍醐天皇も廃位され、代わって持明院統の光厳天皇が践祚した。
元弘2年/正慶元年（1332年）3月、後醍醐天皇は隠岐島に配流された。幕府は高氏の働きに、従五位上の位階を与えることで報いた『花園天皇宸記』裏書。
正慶2年（元弘3年/西暦1333年）、後醍醐天皇は隠岐を脱出して伯耆国船上山に籠城した。高氏は当時病中だったが再び幕命を受け、西国の討幕勢力を鎮圧するために名越高家とともに大将として上洛した。このとき、高氏は妻・登子、嫡男・千寿王（後の義詮）を伴おうとしたが、幕府は人質として2人を鎌倉に残留させている。
高氏は京都への上洛途中、三河国八つ橋まで来たところで、幕府に謀反を起こすことを吉良貞義を含めた腹心に打ち明け、同意を得た。三河国で謀反の志を打ち明けた理由は、三河国が足利氏一族や被官が濃密に分布していたからであると考えられる新井孝重『護良親王:武家よりも君の恨めしく渡らせ給ふ』ミネルヴァ書房、2016年。。その後、海老名季行を密かに船上山へ参候させ、後醍醐より討幕の密勅を受け取った。
高氏らは上洛し、名越高家が緒戦で戦死したことを踏まえ、4月29日、船上山と京都を繋ぐ山陰道の要衝であり、また千種忠顕軍が展開していた丹波国の篠村八幡宮（京都府亀岡市）で反幕府の兵を挙げた。諸国に多数の軍勢催促状を発し、播磨国の赤松円心、近江国の佐々木道誉らの反幕府勢力を糾合して入洛し、5月7日に六波羅探題を滅亡させた。この際、高氏は九州の薩摩国にまで催促状を出しているが、これは距離的に六波羅攻略のためでないのは明らかで、将来高氏自身が独立して政治を行う時のために九州の豪族を味方につけるのが目的だったと考えられる。関東では、同時期に上野国の御家人である新田義貞が挙兵し、鎌倉へ攻め入って幕府を滅ぼした。この軍勢には、鎌倉からの脱出に成功した千寿王も尊氏の名代として参加している。一方、高氏の庶長子・竹若丸は伯父であり、走湯山密巌院別当だった覚遍に伴われて山伏姿で密かに上洛しようとしたが、途中で北条の手の者に殺害されている。静岡市駿河区には竹若丸と従者を供養したと伝わる将軍塚が残り、付近の円福寺の将軍堂には竹若丸の騎馬像を胎内に納めた足利尊氏坐像が安置されている。
高氏が倒幕を決意した原因は、『太平記』や『梅松論』に見えるように、亡父の法要を満足にできぬまま出兵させられたことが一番に挙げられる。また足利氏は、建長2年（1250年）の閑院内裏造営や、建治元年（1275年）の六条八幡宮造営などで、多額の費用を負担させられており、北条氏による足利氏への経済的要求は他の御家人と比較して突出していた。加えて『吾妻鏡』には、足利義氏と結城朝光が書状の書式をめぐって争った際、義氏が足利氏を源氏一門として別格であると主張したのに対し、朝光は御家人としての立場は変わらないと主張し、その論争に仲裁に入った幕府は朝光の主張を正当なものとした、という記述がある。この裁定は、御家人の中に特別な存在を認めることは幕府（＝北条氏）にとって得策ではなかったからである。しかし、逆にこの出来事を『吾妻鏡』に記したことは、『吾妻鏡』が「北条氏得宗政権を正当化する弁解状だった奥富敬之「『吾妻鏡』の編纂者と編纂目的を探る」」ように、こうした話を挿入すること自体に、北条氏が足利氏を特別視し、その立場に対する警戒心（足利氏を抑え込もうという意識）が現れているとも考えられる。
建武の新政
鎌倉幕府の滅亡後、高氏は後醍醐天皇から勲功第一とされた。鎮守府将軍となり、また30箇所の所領を与えられた。
元弘3年（1333年）6月12日、従四位下、左兵衛督となる。
同年8月5日、従三位に昇叙し、武蔵守を兼ねるとともに、天皇の諱「尊治」から偏諱を受け、高氏から尊氏と改名した。尊氏は建武政権において参議という中枢機関の要職に就き、足利家の執事である高師直、その弟・高師泰をはじめとする家臣も多数起用されたことから、後醍醐天皇からはかなり厚遇されていたようである。新政府の各種機関に名を連ねていないことで世間から「尊氏なし」と揶揄されたが、実際は奉行所をいち早く立ち上げ、後醍醐天皇の綸旨を受け通達する文書を多数出しており、更には後醍醐天皇の命により北条高時を供養するため宝戒寺の建立にも携わっていたことから、尊氏は建武政権時から既に武士を束ねるべく頭角を表していたといえる。
正慶2年（元弘3年/1333年）、義良親王（のちの後村上天皇）が陸奥太守に、北畠顕家が鎮守府大将軍に任じられて陸奥国に駐屯することになると、尊氏も、成良親王を上野太守に擁立して直義とともに鎌倉に駐屯させている。また、鎌倉幕府滅亡に大きな戦功をあげながら父に疎まれ不遇であった護良親王は、尊氏をも敵視し政権の不安定要因となっていたが、建武元年（1334年）には父・後醍醐天皇の命で逮捕され、鎌倉の直義に預けられて幽閉の身となった。
中先代の乱
建武2年（1335年）、北条高時の遺児である北条時行を擁立した北条氏残党の反乱（中先代の乱）が信濃国で起こり、時行の軍勢は鎌倉を一時占拠する。直義は鎌倉を脱出する際に独断で淵辺義博を遣わし、護良を殺害させた。
尊氏は後醍醐天皇に征夷大将軍の官職を望んだが許されず、8月2日、天皇の許可を得ないまま、軍勢を率いて鎌倉に向かった。天皇はやむなく征東将軍の号を与えた。尊氏は直義の軍勢と合流し、相模川の戦いで時行を駆逐して、8月19日には鎌倉を回復した。
尊氏は中先代の乱を鎮圧すると、自ら征夷大将軍を名乗り、配下に恩賞を与えるようになった。
建武の乱
尊氏は、中先代の乱の戦後処理のため、また関東の防御を固めるため京都には戻らず鎌倉に留まった。上洛の命にも応じなかったため、11月に後醍醐天皇は義貞に尊良親王をともなわせて尊氏討伐を命じた。さらに奥州からは北畠顕家も南下を始めていた。
尊氏は赦免を求めて寺に蟄居し、出家すべく断髪（一束切）した。だが、直義・師直などの足利方が各地で劣勢となると「直義が死ねば自分が生きていても無益である」と宣言し、出陣する。『太平記』ではこの時、異形の尊氏が敵に狙われぬよう、鎌倉中の武士が皆一束切になったという逸話が残っている。
12月、尊氏は新田軍を箱根・竹ノ下の戦いで破り、京都へ進軍を始めた。この間、尊氏は持明院統の光厳上皇と連絡を取り、叛乱の正統性を得る工作をしている。
建武3年（1336年）正月、尊氏は入京を果たし、後醍醐天皇は比叡山へ退いた。しかしほどなくして奥州から上洛した北畠顕家と楠木正成・新田義貞の攻勢に晒される。1月30日の戦いで敗れた尊氏は篠村八幡宮に撤退して、京都奪還を図る。この時の尊氏が京都周辺に止まって反撃の機会を狙っていたことは、九州の大友近江次郎に出兵と上洛を命じた尊氏の花押入りの2月4日付軍勢催促状（「筑後大友文書」）から推測できる。
2月11日、尊氏は摂津国豊島河原の戦いで新田軍に大敗を喫したため、戦略が崩壊した。尊氏は摂津国兵庫から播磨国室津に退き、赤松円心の進言を容れて京都を放棄して九州に下った。その途中の鞆で、光厳上皇から新田義貞討伐の院宣を獲得した。
九州への西下途上、長門国赤間関（山口県下関市）で少弐頼尚に迎えられ、筑前国宗像大社の宗像氏範の支援を受ける。なお、尊氏はこのとき、宗像大社に参拝している。
建武3年（延元元年/1336年）3月初旬、筑前国多々良浜の戦いにおいて、天皇方の菊池武敏らを破った。そして、大友貞順（近江次郎）ら天皇方勢力を圧倒して勢力を立て直した尊氏は、西国の武士を急速に傘下に集めて再び東上した。5月25日の湊川の戦いで新田義貞・楠木正成の軍を破り、6月には京都を再び制圧した（延元の乱）。
尊氏は洛中をほぼ制圧したが、このころ再び遁世願望が頭を擡げ、8月17日に「この世は夢であるから遁世したい。信心を私にください。今生の果報は総て直義に賜り直義が安寧に過ごせることを願う」という趣旨の願文を清水寺に納めている。足利勢力は、比叡山に逃れていた天皇の顔を立てる形での和議を申し入れた。和議に応じた後醍醐天皇は、11月2日に光厳上皇の弟である光明天皇に神器を譲った。
室町幕府 設立
建武3年（1336年）11月7日、尊氏は、明法家（法学者）の是円（中原章賢）・真恵兄弟らへ諮問して『建武式目』十七条を定め、政権の基本方針を示し、新たな武家政権の成立を宣言した。内容が厳格なため直義の意向が強く働いたのではないかとする説があるが根拠はない。むしろ『建武以来追加』で尊氏は下知に従わない守護に対し将軍自ら裁定を下すことを沙汰しており、その厳格さが伺える。
実質的には、この『建武式目』をもって、室町幕府の発足とする。尊氏は源頼朝と同じ権大納言に任じられ、自らを「鎌倉殿」と称した。
一方、後醍醐天皇は12月に京を脱出して、吉野（奈良県吉野郡吉野町）へ逃れた。光明に譲った三種の神器は偽物であり、自らが帯同したものが本物であると称して（北朝と南朝とのどちらが本物の三種の神器を保有していたかは不明）、独自の朝廷（南朝）を樹立した。
その頃、彼は鎌倉の重要性も無視できなかったため、何処に幕府を開こうかは決めかねていたという小市和雄『神奈川県謎解き散歩』p64-65新人物往来社。幕府を開いた地は室町を選んだが、鎌倉にしなかった最大の理由は、新政権の基盤である朝廷や西国（西日本）の武士団に対する影響力を強めるためで、鎌倉は北条氏のイメージが強く、西国重視の政治方針には京都の方が適していたことや、商業や流通の中心に変わりはなく、その経済力を無視できなかったためとされている。新政権において、尊氏は軍事指揮権と恩賞権、そして守護の補任と、武士の棟梁として君臨し、その他の業務を直義と師直に任せた。佐藤進一はこの状態を、主従制的支配権を握る尊氏と統治権的支配権を所管する直義との両頭政治であり、鎌倉幕府以来、将軍が有していた権力の二元性が具現したものと評価した（「室町幕府論」『岩波講座日本歴史7』岩波書店、1963年）。しかし、室町幕府創設時は尊氏の発給文書は直義の3倍にも上り、『建武以来追加』には上記のとおり尊氏による御沙汰が多く反映されている。尊氏は建武の新政においても奉行所を設置し後醍醐天皇の勅命を受けその手腕を発揮しており、幕府の根幹となる事案は将軍である尊氏が担い、雑訴などの日常的な実務を直義が担っていたとする見解も出てきている。幕府体制が落ち着くと次第に直義の発給数は増えてゆくが、その数は尊氏が最も多く出した発給数と比較しても6分の1と少なく、尊氏とほぼ同じか多くても2倍にも満たない。また、直義が出した軍勢催促も尊氏が口頭で指示を出した旨が島津家文書に残されており、将軍という立場ゆえの上位下達の存在を無視するわけにはいかない。
暦応元年（1338年）8月11日（新暦9月24日）、尊氏は光明天皇から征夷大将軍に任じられ、室町幕府が名実ともに成立した。翌年、後醍醐天皇が吉野で崩御すると、尊氏は夢窓疎石に勧められ、「報恩謝徳」「怨霊納受」のため、光厳上皇の院宣で天龍寺造営を開始した。造営費を支弁するため、元へ天龍寺船が派遣されている。さらに、光厳上皇の院宣をもとに、諸国に安国寺と利生塔の建立をさせた。南朝との戦いは基本的に足利方が優位に戦いを進め、北畠顕家、新田義貞、楠木正成の遺児正行などが次々に戦死し、小田治久、結城親朝は南朝を離反して幕府に従ったほか、貞和4年（1348年）には高師直が吉野を攻め落として全山を焼き払うなどの戦果をあげている。
対して直義も貞和元年あたりから直冬を養子に迎えたり神護寺に自身と尊氏の肖像画を奉納するなど自己顕示が活発化、師直との対立が目立つようになる。 この頃直義は異様に大きな花押を書いているが、これを直義の自信からくる権威の現れと見るか、認めてもらいたいとするフラストレーションと見るか意見が分かれている。
観応の擾乱 thumb|220px|尊氏の墓（等持院） thumb|180px|足利尊氏邸跡・京都市中京区高倉通御池上ル東側
高師直が数々の功績をあげ、尊氏に最も近い存在へと登り詰めるなか、上杉重能などがこれに反発した。直義派の対立として現れていく。この対立は、ついに観応の擾乱と呼ばれる内部抗争に発展した。尊氏は当然、幕府として内紛を抑えるべく中立的立場を取っていた。
貞和5年（1349年）閏6月、直義が師直を襲撃しようとするも、師直側の反撃を受けた直義が逃げ込んだ尊氏邸を師直の兵が包囲し、直義の引退を求める事件が発生した（御所巻）。直義は出家し、政務を退くこととなった。直義の排除には師直・尊氏の間で了解があったとか、直義の師直襲撃にも尊氏が言質を与えていたとする説もあるが共に根拠はない。
師直は直義に代わって政務を担当させるため、尊氏の嫡男・義詮を鎌倉から呼び戻し、尊氏は代わりに次男・基氏を下して鎌倉公方とし、東国統治のための鎌倉府を設置した。直義の引退後、尊氏庶子で直義猶子の直冬が九州で直義派として勢力を拡大していたため、尊氏は師直や守護に命じて直冬に出家し上洛するよう勧めたが直冬はこれに応じなかった。
観応元年（1350年）、尊氏は直冬討伐のため、自ら中国地方へ遠征した。すると、直義は京都を脱出して南朝に降伏し、桃井直常、畠山国清ら直義派の武将たちもこれに従った。やがて、直義の勢力が強大になると、義詮は劣勢となり、京を脱出した。京に戻ろうとした尊氏も光明寺合戦や打出浜の戦いで敗れた。
観応2年（正平6年/1351年）2月、尊氏は高師直・師泰兄弟の出家・配流を条件に直義と和睦し、和議が成立した。尊氏は直義と師直の争いを利用して巧みに両者を排除したのではないかとする説があるが、観応2年3月6日に直義の錦小路邸を訪れた際、宴席で「師直の死を惜しみ誅死に立腹の言動あるも大事に至らず」と『園太暦』にその一連の様子が残されており、その説は否定されている。
直義は義詮の補佐として政務に復帰した。この一連の戦の勝者は直義、敗者は尊氏であるとする見方もあるが、勅命も将軍の許しもない直義派の戦は単なる幕府に対する謀叛である。当然尊氏は幕府として将軍の裁定を下すべく、論功行賞では尊氏派の武将の優先を直義に約束させ、高兄弟を滅ぼした上杉能憲の死罪を主張し、直義との交渉の末これを流罪にした。また謁見に訪れた直義派の細川顕氏を降参人とみなし太刀を抜いて激怒するなど、勝ち戦で上機嫌だった顕氏は尊氏の迫力に気圧され一転して恐怖に震えたという。以上の逸話は園太暦の誤訳であり、原文は「『降人の身として見参するは恐れあり』と称して謁せず」つまり「『（私尊氏は）降参人の身であるので、（顕氏と）面会するのは恐れ多い』と称して対面しなかった」と訳すべきとされている（見参は目上が目下に対面する用法も存在する）。「太刀を抜いて激怒する」に到っては、どの史料にも見られない。尊氏の恩情で復帰した直義も、その保守的で頑な性格と、一連の騒動、また尊氏や義詮を支える幕府や守護が既に脇を固めていたこともあり、次第に孤立し出奔した。この頃の無気力な直義を亀田俊和は燃え尽き症候群に陥った状態と考察している。
7月、尊氏は佐々木道誉の謀反を名目に近江へ、義詮は赤松則祐の謀反を名目として播磨へ、京の東西へ出陣する形となった。だが、佐々木や赤松の謀反の真相は不明で（後に彼らは尊氏に帰順）、尊氏は南朝と和睦交渉を行い、停戦に持ち込んでいる。この動きに対して、直義は京を放棄し、北陸を経由して鎌倉へ逃亡した。
10月、尊氏と南朝の和睦が成立した。この和睦によって尊氏は南朝から直義追討の綸旨を得たが、尊氏自身がかつて擁立した北朝の崇光天皇は廃されることになった（正平一統）。そして、尊氏は直義を追って東海道を進み、薩埵峠の戦い（静岡県静岡市清水区）、相模国早川尻（神奈川県小田原市）の戦いなどで撃ち破り、交渉の末、直義と共に鎌倉に帰還した。
正平7年（1352年）2月、直義が謎の死を遂げた。高師直の一周忌である2月26日に急死したとされているが、『鎌倉九代後記』では2月25日の基氏元服前とも記録されており、翌日の幕府の通達によって2月26日と記録されたとの見解もある。『太平記』では毒殺の疑いを匂わせるように描かれたが、この「毒殺の噂」に言及しているのは『太平記』だけであり真相は不明である。清水克行は尊氏の毒殺説を支持しているが、度重なる和睦交渉の末共に鎌倉へ帰還している尊氏がわざわざ師直の命日に暗殺を企てるとは無理があり、また執着心からは程遠い尊氏の性格からしてあり得ない。万が一毒殺とするなら師直派の残党による遺恨を疑うべきであろう。
なお、観応の擾乱前夜の貞和5年（1349年）後半ごろから、薨去数年前の文和4年（1355年）後半ごろまで、尊氏は将軍自ら政務を行い、嫡子の義詮と共同統治を行った。日本史研究者の森茂暁と亀田俊和はこの時期の尊氏・義詮の政治的手腕を高く評価している。しかし、室町幕府創設時には尊氏の発給文書は直義の3倍にも上り、建武以来追加には尊氏による御沙汰が多く反映されている。建武の新政においても奉行所を開設し後醍醐天皇の勅命を受ける立場にあり、観応の擾乱から突然政治的手腕を発揮したというのは無理があると言えよう。近年、佐藤進一氏が提言した二頭政治への矛盾が指摘されており、尊氏が直義や師直亡き後、統治を滞りなく進められたのも、幕府の根幹となる事案は将軍である尊氏が担い、雑訴を含む日常的実務を直義が担っていたと考えた方が自然である。
晩年 尊氏が京を不在にしている間、南朝方との和睦は破られた。南朝の軍勢が尊氏のいる鎌倉に向けて進撃した。
正平7年（1352年）閏2月、宗良親王・新田義興・義宗・北条時行などの南朝方から襲撃された尊氏は鎌倉を捨て、武蔵国へ退却した。だが、すぐさま反撃に出て、関東の南朝勢力を破って鎌倉を奪還した（武蔵野合戦）。
一方、畿内でも南朝勢力が義詮を破り、京を占拠した。南朝側は北朝の光厳・光明・崇光の三上皇と皇太子の直仁親王を拉致し、更に尊氏は閏2月6日に後村上天皇により将軍を解任されたため、足利政権の正当性が失われるという危機が発生する。
しかし、近江へ逃れた義詮はすぐに京を奪還し（八幡の戦い）、6月には佐々木道誉が治天の君・広義門院の擁立及び、弥仁王（後の後光厳天皇)の皇位継承を成功さたため、北朝が復活した。尊氏が将軍に返り咲いたことにより、足利政権も正当性を取り戻した。しかし今度は、佐々木道誉と対立して南朝に下った山名時氏と楠木正儀が京を襲撃して、義詮を破り、京を占拠した。尊氏は義詮の救援要請をうけ後光厳天皇のいる仮御所（垂井頓宮）を参内、義詮と合流してともに京を奪還した。
文和3年（1354年）、直冬を奉じた旧直義派による京への大攻勢を受けるが、これを撃退して京を奪還した。この一連の合戦では神南での山名氏勢力との決戦から洛中の戦に到るまで道誉と則祐の補佐をうけた義詮の活躍が非常に大きかったが、最終的には東寺の直冬の本陣に尊氏の軍が自ら突撃して直冬を敗走させた。尊氏はこの際、自ら直冬の首実検をしているが結局討ち漏らしている。
尊氏は島津師久の要請に応じて、自ら直冬や畠山直顕、懐良親王の征西府の討伐を行なうために九州下向を企てるが、義詮に制止され果せなかった。
延文3年（1358年）4月30日、尊氏は京都二条万里小路第（現在の京都市下京区）で薨去した。享年54（満52歳没）
尊氏の死因は背中の腫れ物である。『後深心院関白記』によると、延文3年（1358年）5月2日庚子の条に、尊氏の葬儀が真如寺で行われたとあり、5月6日甲辰の条の初七日からの中陰法要は、等持院において行われたことがわかる。墓所は京都の等持院と鎌倉の長寿寺。これを反映して死後の尊氏は、京都では「等持院」、関東では「長寿院」と呼び表されている。そして、尊氏の死から丁度百日後に、孫の義満が生まれている。
年表 和暦北朝建武3年（1336年）まで南北朝分裂はしていない。南朝建武3年（1336年）以前の所在地は京都、それ以降は南北朝統一まで奈良。西暦月日（旧暦）内容出典嘉元3年（後二条天皇）1305年7月27日生誕。 元応元年（後醍醐天皇）1319年10月10日従五位下・治部大輔に叙任。公卿補任元応2年（後醍醐天皇）1320年9月5日治部大輔辞任。公卿補任元徳2年（後醍醐天皇）1330年6月18日嫡子義詮誕生。 正慶元年光厳天皇後醍醐天皇1332年6月8日従五位上に昇叙。公卿補任元弘3年/正慶2年光厳天皇後醍醐天皇1333年6月5日鎮守府将軍。内昇殿許される。 6月12日従四位下・左兵衛督に昇叙転任。公卿補任8月5日従三位に昇叙し、武蔵守兼任。名を尊氏と改める。公卿補任 元弘の乱（～） 建武元年後醍醐天皇1334年1月5日正三位に昇叙。 9月4日参議に補任。左兵衛督如元。 建武2年後醍醐天皇1335年7-8月中先代の乱 8月9日征東将軍宣下。 8月30日従二位に昇叙。 1336年11月26日征東将軍を止む。 建武3年光明天皇後醍醐天皇1336年3月2日北朝方、多々良浜の戦い5月25日北朝方、湊川の戦い11月7日北朝方、建武式目制定。 11月26日北朝方、権大納言に転任。 暦応元年光明天皇後醍醐天皇1338年8月11日正二位に昇叙。征夷大将軍宣下。 暦応3年光明天皇後村上天皇1340年3月5日次男基氏誕生。 観応年間崇光天皇後村上天皇1350年-51年 南朝方、観応の擾乱。 文和元年後村上天皇1352年2月26日弟直義死去。 延文3年後光厳天皇後村上天皇1358年4月30日死去。 6月3日贈従一位・左大臣。 永徳元年後円融天皇長慶天皇1381年4月28日贈太政大臣。
人物 性格 性格の概観 尊氏の人間的な魅力を、個人的に親交のあった夢窓疎石が次の3点から説明している『梅松論』。