高尾山古墳（たかおさんこふん）は、静岡県沼津市東熊堂（ひがしくまんどう）にある古墳である。形状は前方後方墳沼津市教育委員会（2012）報告書抄録。国の史跡に指定されている文化審議会の答申（史跡名勝天然記念物の指定等）（文化庁報道発表 、2024年6月24日）。令和6年10月11日文部科学省告示第142号。。
沼津市教育委員会は古墳時代最初期の西暦250年頃の築造と推定しており、邪馬台国の卑弥呼と同時代の、古墳出現期の東日本では最古級かつ最大級の古墳とされている沼津市、2024、『高尾山古墳（たかおさんこふん）』2024年10月20日閲覧木村、神山（2020）p.6。日本考古学協会は、日本の初期国家形成過程の画期である古墳文化形成を解明する上で極めて重要な遺跡であると評価している日本考古学会、2015、『静岡県沼津市高尾山古墳の保存を求める会長声明』2017年7月8日閲覧。
また高尾山古墳は都市計画道路（沼津南一色線）の建設予定地にあたっており、沼津市は沼津南一色線を都市の骨格を形成する重要な路線であると位置付けている沼津市、『都市計画道路沼津南一色線の整備状況について』2017年7月8日閲覧。そのため、これまで道路建設と古墳保存を巡って様々な議論がなされていて、古墳保存と道路建設事業の両立を目指した施策が検討されている沼津市、2015、『高尾山古墳の存続についての陳情の提出を受け』pdfファイル2017年7月8日閲覧、沼津市、2017、『高尾山古墳保存と道路整備について』2017年7月8日閲覧。
高尾山古墳の発見と名称について thumb|250px|周囲の地図 高尾山古墳の墳丘部には、かつて前方部には熊野神社、後方部には高尾山穂見神社が鎮座していた。中でも後方部の高尾山穂見神社は方形をした高台に立地していたため、古墳の上に建てられているのではないかと推測されるようになった沼津市教育委員会（2012）p.10、山本（2012）p.119。
加藤学園考古学研究所に勤務していた小野真一は、知人とともに昭和40年代、東名高速道路に伴う遺跡調査中に、高尾山穂見神社は古墳上にあるのではないかと考えるようになった「ああ高尾山古墳 保存すべき貴重な文化財」『沼津朝日新聞』2015年7月2日付、第1面。小野は1978年（昭和53年）、自らの著書「目でみる沼津市の歴史」上で高尾山穂見神社にちなみ高尾山古墳として紹介し、墳形は方墳であるとしていた。ところがその後、沼津市が遺跡として登録する際、小字名にちなみ辻畑古墳として登録した沼津市が高尾山古墳を旧名の辻畑古墳として登録した時期については、2012年に沼津市教育委員会が発行した発掘調査報告書の例言では1982年、一方、P.10には1979年登録と書かれている。同一の書物内で異なった年次となっているため、ここでは年次は記述しない。。しかし辻畑は古墳北側の地名であり、高尾山古墳の小字名は正確には北方である小野（1978）p.31、沼津市教育委員会（2012）例言、p.10。
沼津市が遺跡として登録したにもかかわらず、しばらくの間、調査が行われることもなく、古墳に伴う遺物等が確認されることもなかった。事態が動くきっかけとなったのが都市計画道路沼津南一色線の建設計画の進展であった。平成に入る頃から都市計画道路沼津南一色線の道路建設が進み、道路予定地となった熊野神社、高尾山穂見神社付近も2005年（平成17年）度までに用地取得が進んだ。そして両神社とも東側の隣地に移転することが決定したが、そこで問題となったのが高尾山穂見神社の下に眠っているとの説があった古墳の存在であった。そこでまず2005年度から神社の移転予定地と高尾山穂見神社の北東側で試掘調査が行われる運びになり、その結果、周溝、土師器が検出され、高尾山穂見神社が乗る方形の高台をめぐる溝状の遺構が確認されたため、方墳ではないかと推定された沼津市教育委員会（2012）p.10。
2007年（平成19年）度には第2次の試掘調査が、2008年度から2009年度（平成20年度～平成21年度）にかけて本調査が実施された。発掘調査の結果、長野県松本市の弘法山古墳などと同じく、3世紀代に築造された古墳出現期の前方後方墳である可能性が高くなった。そして2011年（平成23年）、これまで辻畑古墳とされていた古墳の名称を、小野真一が最初に名付けた高尾山古墳を正式名称とすることになった。なお本調査では後述する道路建設と古墳保存との関連で、埋葬施設など主体部の発掘は行われたが、墳丘を掘り下げる調査は中止された沼津市教育委員会（2012）例言、pp.10-14、滝沢（2013）p.5。
2014年（平成26年）度には、高尾山古墳の築造年代の確定と、主体部が複数存在するかどうかについて検証するために、追加調査が行われた沼津市、2014、『高尾山古墳の追加試掘調査の結果』pdfファイル2017年7月6日閲覧。
古墳の立地と環境 thumb|300px|愛鷹山とその周辺の地図。赤い丸が高尾山古墳の位置。また、南東の白で示された低地が、かつて浮島沼だった部分。 高尾山古墳は愛鷹山から伸びる尾根の末端部に立地している。古墳の立地場所の標高は約20メートルであり、尾根上の立地ではあるものの高台に築造された古墳であるとはみなし難い沼津市教育委員会（2012）p.1、佐藤（2013a）p.11。
古墳が立地している愛鷹山は約40万年前に活動を開始したと考えられる火山である。約17万年前以降、愛鷹山は山体の南東部、現在の沼津市から長泉町方面に盛んに安山岩質やデイサイト質の溶岩を流出し、なだらかな丘陵地が形成されていった。高尾山古墳はこの約17万年前から始まった愛鷹山の火山活動によって形成された丘陵地の末端に築造された沼津市教育委員会（2005）p.36、沼津市教育委員会（2012）pp.1-4。
愛鷹山の火山活動は約10万年前には終了し、その後、愛鷹山の北北西にある古富士火山が活発に活動するようになる。古富士火山の活発な活動によって愛鷹山の山麓には大量の火山灰が降り注ぎ、ぶ厚いローム層が形成されていく。古富士火山の活動後半期には上部ローム層と呼ばれる地層が形成された。上部ローム層は激しい噴火活動に伴い噴出したスコリア層と、腐植質の土壌とされる黒色帯の互層となっている。愛鷹山麓に上部ローム層が形成された時代、堆積した火山堆積物は富士山に関わるものばかりではない。約2万5千年前とされる姶良カルデラの巨大噴火による火山灰は愛鷹山麓にも厚く積もり、時期をほぼ同じくして活動した古富士火山の火山堆積物と混合し、ニセローム層と呼ばれる地層を形成した沼津市教育委員会（2005）p.37、p.67、沼津市教育委員会（2012）p.4。
古富士火山の活動休止後、約1万1000年前からは新期富士火山の活動が始まる。新期富士火山の活動は当初大規模な溶岩流出がメインであり、愛鷹山が障害となって高尾山古墳周辺には溶岩は到達しなかった。そのためこの時期、愛鷹山麓では黒色帯の地層が発達する。上部ローム層最上部にあたる休場ローム層の上部にみられる黒土層がそれである。約3200年前の縄文時代晩期には、天城山のカワゴ平から伊豆東部火山群の活動の一環として大量のカワゴ平軽石が噴出するが、愛鷹山の山麓では基本的に目立った地層を形成していない。そしてやはり縄文時代晩期には、富士山の東側斜面で大規模な山体崩壊が発生し、大量の土石流が黄瀬川流域に流れ下った。その結果として現在の沼津市街地の東部に岩屑なだれが堆積し、黄瀬川を中心とした扇状地を形成した。これを黄瀬川扇状地と呼び、弥生時代が始まる頃には現在の沼津市街地の東部は陸化していたと考えられる沼津市教育委員会（2005）p.38、沼津市教育委員会（2012）pp.1-4。
一方、高尾山古墳の西側は、縄文海進によって愛鷹山のふもとまで海が広がっていた。その後、海退と富士川より供給された土砂などによって狩野川の河口方面に向かって砂州が形成されていき、やがて愛鷹山麓と砂州との間に水域が形成された。これが浮島沼の原型である。この水域は汽水域から沼地、そして湿地帯へと遷移していくが、高尾山古墳が築造された時期には、古墳の南西から約2～3キロメートルの地点まで舟による行き来が可能であったと考えられている沼津市教育委員会（2005）p.1、沼津市文化財センター（2016）p.3。
そして弥生時代最末期から古墳時代初頭にかけて、新期スコリアが高尾山古墳周辺の愛鷹山山麓に降下した。高尾山古墳の後方部墳丘は、この新期スコリア層の直上に築造されている沼津市教育委員会（2005）p.4、p.15。
高尾山古墳築造までの沼津 高尾山古墳周辺では、大方の旧石器時代から縄文時代にかけての遺跡は愛鷹山麓にある。これは高尾山古墳の東側から南側にかけては、縄文末期に発生した富士山の大規模な山体崩壊以前は海域であり、また西側も浮島沼の形成が進む前はやはり海であったためである。しかし砂州の形成が進みだした縄文時代中期後葉以降の遺跡は高尾山古墳西側で見つかっている沼津市教育委員会（2012）p.1、p.7。
沼津市周辺の縄文時代晩期末から弥生時代にかけての遺跡は少なく規模も小規模である。当時の集落は弥生時代に入っても、農業より前時代の縄文時代を引き継いだ採集・狩猟を主たる生業としていたと考えられている沼津市教育委員会（2005）p.114、沼津市教育委員会（2012）p.7。紀元前2世紀頃の弥生時代中期中葉以降になると、農耕を生業とする集落が発達するようになる。この頃、関東地方では近畿や伊勢湾地方など、西方からもたらされたと考えられる農業技術を基盤とした大規模な集落が見られるようになっており、沼津市周辺の弥生時代中期中葉の遺跡からは関東地方との結びつきを示す土器が発掘されている。そして紀元前1世紀頃の弥生時代中期後葉になると、前時代よりも多くの集落が営まれた様子が確認されている沼津市教育委員会（2005）pp.114-117。
弥生時代後期から古墳時代にかけて、静岡県東部域は多様性に富む複雑な地形に制限を受けながらも、富士山麓、浮島沼周辺、愛鷹山周辺、狩野川流域と田方平野に、それぞれ特徴的な集落が発展した渡井（2015）pp.37-39。高尾山古墳周辺では弥生時代後期前葉、集落は主として黄瀬川扇状地上、浮島沼を形成する砂州上、愛鷹山の丘陵と浮島沼の低地との境界周辺に発達した沼津市教育委員会（2005）pp.118-121、佐藤（2012）p.160。
弥生時代後期後葉の静岡県では大規模な集落の再編があったことが確認されている渡井（2013b）p.94、小泉（2013）p.38。弥生時代後期後葉、高尾山古墳周辺の集落にも大きな変化が訪れる。これまでの集落と入れ替わるように、標高約75メートルから約200メートルの愛鷹山丘陵地の約2キロメートル四方に、多くの集落が集中する足高尾上遺跡群が形成されたのである沼津市教育委員会（2005）p.122、小泉（2013）p.38、渡井（2013a）p.28。
静岡県下で弥生時代後期後葉に確認されている集落の再編は、平野部の集落が消滅、縮小し、一方丘陵地帯の集落が増加するという、一見、高尾山古墳周辺と同様の経緯を辿っているが、足高尾上遺跡群のような標高が高い場所に集落があるという事例はまれである。集落の成立については、これまで低地に住んでいた人々が愛鷹山の丘陵地へと移住して足高尾上遺跡群の集落を形成したものと考えられているが、なぜこのように標高が高い丘陵上に集落が集中するようになったのか、はっきりとした理由はわからない小泉（2013）では、かつては弥生時代終末期の倭国大乱に絡め、軍事的な緊張状態に置かれたために高地に居住地を定めるようになったとの説が有力であったが、銅鏃、石鏃といった武器の出土が少ないなど、足高尾上遺跡群の発掘状況を分析すると根拠が薄弱で、むしろ当時、高所が居住に適していたのではないかとしている。。足高尾上遺跡群は住居跡の他、畑作を行っていたと考えられる耕作地跡、そして方形周溝墓が検出されており、住居、生産施設、墓域が備わっていることが明らかとなっている。そして遺跡群の北側には丘陵地の尾根を切る形で大規模なV字溝が掘られていた。また足高尾上遺跡群の特徴として発掘された土器の多くが在地系のもので、南関東系、東海系の土器が見られるもののその数は多くないという傾向が挙げられ、このことから比較的保守的な集落のあり方が想定されている渡井（2013b）p.94、小泉（2013）pp.38-45。
足高尾上遺跡群は弥生時代後期後葉に形成され、古墳時代初頭まで継続する。つまり想定される高尾山古墳の築造年代前後まで集落が継続していたと考えられている。集落の存在時期と古墳の築造時期が重なる上に、集落群の北側の大規模なV字溝の建築を行うなど、足高尾上遺跡群の集落群は統制が取れたリーダーシップのもとにあったとして、高尾山古墳の築造に大きくかかわっていたと考える意見があり渡井（2013a）pp.28-30、渡井（2013b）pp.94-95。また足高尾上遺跡群は高尾山古墳の築造に間接的に関わっていたのではないかとの説もある小泉（2013）p.46、また愛鷹山丘陵部の足高尾上遺跡群、浮島沼周辺の集落、そして狩野川や田方平野の集落との繋がりの中で、高尾山古墳を造営する集団としてのまとまりを形成していったのではないかと見られている赤塚（2012）pp.182-183、赤塚（2015）p.2-3。
一方、弥生時代後期以降、狩野川流域や現在三島市や伊豆の国市である田方平野でも、多くの集落が発達するようになる。高尾山古墳の周辺と同じく、やはり弥生時代後期後葉にはいったん丘陵地への集落の移動があったと推定される渡井（2015）pp.39-41、p.47。
古墳の諸元と議論 高尾山古墳は後述するように墳丘や周溝の一部が破壊されているものの主体部は未盗掘であった沼津市教育委員会（2012）p.15、p.45、佐藤（2013a）p.11。古墳の保存状態は比較的良好とされ、そのため墳形、墳丘の形態がほぼ判明し、質量ともに充実した土器類、主体部から発掘された副葬品など、学術的に貴重なデータが数多く提供され、考古学の専門家から大きな注目を集めるようになった佐藤（2013a）p.15、田中（2013）p.177、北島（2015）p.92。高尾山古墳の発掘データは主に東日本の古墳出現期研究に多大な影響を与え、その解釈をめぐって様々な論議が起こり、発掘調査報告書も多様な見解を併記する様式となった。また報告書の刊行後、高尾山古墳の評価、位置づけについて特集した雑誌が発行されており、これは高尾山古墳について考古学研究者が持っている関心の高さを示している佐藤（2013a）pp.14-15、西川（2013）p.137、北島（2015）p.92、西川修一（2016）p.107。
墳形、墳丘と周溝 thumb|250px|高尾山古墳後方部墳丘西側。市道や、かつて墳丘上にあった高尾山穂見神社によって墳丘が削られてしまっているが、周溝の下部は市道の路盤下に残存していると考えられる。 高尾山古墳の墳丘は、前方部には熊野神社、後方部には高尾山穂見神社があったことなどによって改変を受けている。特に前方部は神社の境内を造成したため、墳丘上部が全面的に削られている。後方部も墳丘の周囲に神社の擁壁が築かれたために規模が小さくなっている。また墳丘上部も数十センチ削られてしまったと推定されている。またかつて墳丘に防空壕が複数掘られており、これも墳丘破壊の一因となった沼津市教育委員会（2012）p.15。
そして古墳の西側は道路（市道）によって広く削られている。この道路は1920年（大正9年）に旧金岡村の村道とされており、それ以前も道路であったと見られ、西側の墳丘と周溝はかなり以前から削られていたものと考えられている。高尾山古墳の総面積は推定約3030平方メートルで、そのうち平面上現存している部分は約2200平方メートルであり、平面の残存率は約73パーセントである。ただし周溝の下部については市道の路盤の下に残存していると推定されている沼津市教育委員会（2012）p.15、p.18、沼津市、2015、『高尾山古墳の重要性及び現状について』pdfファイル2017年7月6日閲覧。
thumb|left|250px|高尾山古墳の俯瞰図、図の上が北になる。青は周溝と古墳の一部と考えられている溝（図の下部）、黄緑は墳丘、オレンジは墓坑、赤は推定される木棺部。後方部の墳丘高5メートル、墳丘の斜度は30度として作図。 高尾山古墳の墳丘の主軸は南北方向である。墳丘の平面形状については、前述のように主として墳丘と周溝の西側が道路などによって削平されてしまっているため、想定による部分もある。墳丘の全長は62.178メートル、前方部長は30.768メートル、後方部長は31.768メートルである。墳丘の西側が形状が明らかとなっている東側と対称形をしているとすると、後方部は北辺が29.182メートル、南辺が35.7メートルとなり、北辺が南辺よりもやや短い台形状をしている。また後方部の各隅は丸みを帯びている。前方部の形態は後方部との接続部分から南側に向けてやや広がる形態をしており、撥形をしていると判断されている沼津市教育委員会（2012）pp.16-18、山本（2012）pp.119-120、寺沢（2012）p.186。
周溝については、おおむね墳丘に沿って8メートルから9メートルの幅となっている。しかし前方部前面（南側）の周溝は、幅2.5メートルから3.2メートルと狭く、また前方部前面の南東部約6.4メートルの間は周溝が途切れ、土橋となっている。そして前方部南側の周溝から更に南側約4メートルのところに、幅約1メートルの東西方向に走る溝が検出されている。この溝から出土した土器は弥生時代終末期から古墳時代のものであり、溝が南側周溝と並行していること、更には東端が高尾山古墳の墳丘南東側で終わっていて、墳丘南東部の土橋の機能を補完するとも考えられることから、高尾山古墳を構成する要素の一つと判断されている。なおこの溝の西側がどこまで続いているかは未確認であるが、溝の先には高尾山古墳被葬者の居館跡の候補地のひとつとされる入方遺跡がある沼津市教育委員会（2012）pp.16-18、沼津市文化財センター（2016）p.3、大阪府立近つ飛鳥博物館（2017）p.41。
thumb|250px|比較的築造当初の様相をとどめていると考えられる高尾山古墳後方部南側の墳丘。墳丘の傾斜は約30度である。 墳丘についても、前述のようにやはり西側は道路（市道）によって広く削られている。また後方部は高尾山穂見神社の擁壁、防空壕などによって、前方部も熊野神社の境内造成によって、どちらも改変を受けている。比較的築造当時の状況をとどめていると考えられるのは、かつて高尾山穂見神社の社殿への階段となっていた後方部の南側斜面のみであった。後方部南側斜面の斜度は約30度であり、これは斜面の安全性を考慮した傾斜であると考えられる沼津市教育委員会（2012）pp.15-18、山本（2012）p.120。
高尾山古墳の大きな特徴の一つとされているのが、古墳築造に際して大規模な丘陵部の削平が行われたことである。これは周溝東側で確認されている住居跡から判明した。高尾山古墳築造後の律令時代に建てられたものと考えられるこの住居跡の、その床面が当時の地表面から3メートル近い深さのニセローム層の下位の黒土層にまでに達しているのである。愛鷹山山麓の律令時代の住居跡は、深く掘り込まれていたとしてもニセローム層の上層である上部ローム層最上部にあたる休場層までがせいぜいである。ところがニセローム層を超えて黒土層まで達するということは、住居建設時点で土地が削られていたこと、すなわち高尾山古墳築造に際して土地の削平が行われたことを示している。この削土は最大2メートルに及んだと推定されており、墳丘を築造する用土の確保、丘陵を削平して平坦面を造成することによって、古墳の大きさや形を誇示するといった目的が考えられている。このような古墳築造に伴う丘陵部の大規模削平という大きな土木工事は、他の古墳出現期の古墳では確認されていない。高尾山古墳の被葬者が多くの建設要員を動員できた上に、大きな経済力も持っていた、と想定される沼津市教育委員会（2012）p.15、山本（2012）pp.119-120、田村（2016）p.11、沼津市文化財センター（2016）p.4。
丘陵部の大規模削平による造成工事の終了後、周溝の掘削が行われたと考えられている。周溝は削平後に掘削されたため、北側ではニセローム層、南側では休場層から掘り込まれている。なお後方部は弥生時代最末期から古墳時代初頭にかけて降下した新期スコリア層の上に築造されており、少なくとも後方部に関しては現地形を改変せず、盛土を行ったと考えられている。丘陵部の削土や周溝の掘削により発生した土は墳丘の築造に用いられたと考えられているが、愛鷹山麓の上部ローム層のスコリア層は粘り気がなく崩れやすい性質であるため、黒色土や粘性がある土と混交させた上で使用したと見られている。また後方部墳丘は、少しずつ土を盛っては突き固めていく、いわゆる版築工法を用いて築造された。現状では後方部の高さは4メートルあまりとなっているが、埋葬施設や埋葬施設上の土器の出土状況から約50センチメートル削平されたと考えられるため、築造当初、後方部の盛土は高さ5メートル近くに達したものと推定されている沼津市教育委員会（2012）p.15、p.21、山本（2012）p.119、p.121、寺沢（2012）pp.185-186、田村（2016）p.11、沼津市文化財センター（2016）p.4。
前方部については熊野神社造成に伴う土砂の直下が休場層であり、休場層でその墳形が確認されている。そのため前方部では古墳築造前の削平は行われたのか、また築造時の盛土がどのように行われたのかについて、直接的な情報は得られていない。しかし全く推定できないわけでもない。比較的原型をとどめていると考えられる後方部南面の斜面は、後方部と前方部の接続地点に向けて新期スコリア層付近まで続いていることが確認されている。更に、後方部周辺の周溝からは墳丘からの崩落土が検出されるのに、前方部周辺の周溝からはほとんど検出されない。これらのことから、前方部の墳丘は低く、盛土はほとんど行わずに周溝を掘削してその形を作りだしたと考えられている沼津市教育委員会（2012）p.15、p.18、p.28、山本（2012）p.120、寺沢（2012）p.186。
高尾山古墳の墳丘には葺石は無く、埴輪も無い田村（2016）p.11。また高尾山古墳の築造企画については、寺沢薫が初期前方後円墳と同様とする円形企画、北條芳隆が方形の企画を提唱している。北條は前方後方墳としては滋賀県の富波古墳、前方後円墳では山梨県の甲斐銚子塚古墳の築造企画との相似を指摘している寺沢（2012）pp.186-187、北條（2013）pp.170-174。北條はまた、築造企画の源流はヤマト王権にあったと推定されるものの、高尾山古墳に代表される駿河湾沿岸部の古墳築造企画が、古墳築造開始当時の関東、東北地方に広まっていった可能性が高いとしている北條（2017）pp.57-59。
そして前方後方墳における高尾山古墳の位置づけとしては、前方部が後方部と同程度の長さをしており、前方部が大きいことを注目する意見もある。弥生時代の前方後方系の墳丘墓の多くは前方部が短小であり、前方部が発達した高尾山古墳は墳丘墓の段階を超え、初期的な前方後方墳としての位置づけが妥当であるとしている。その一方、周溝が全周せずに前方部東南に土橋を残しているのは、定型化が完成した前方後方墳ではなく、前段階の古い要素も残しているとする山本（2012）pp.120-121。また前方部、後方部の形態から、千葉県木更津市の高部32号墳との類似を指摘する意見もある。そして両古墳の墳形の源流は東海西部であるとみなし、古墳出現期に沼津と木更津に忽然と現れた高尾山古墳と高部32号墳は、ともに在地の勢力による古墳ではなく、東海西部の勢力による築造の可能性が高いとする説がある比田井（2013）pp.56-57。
主体部 thumb|220px|right| 2008年（平成20年）度の発掘調査時において、高尾山穂見神社の基礎の下部にあった境内整地用の砕石等を取り除くと墓坑が確認された。墓坑は後方部の中央に位置し、墓坑内の埋土からは、主体部上部に供献されたと考えられる二重口縁の土器と大廓式の土器が発掘された。墓坑はほぼ長方形をしており、東辺が4.955メートル、南辺が6.135メートル、西辺は4.431メートル、北辺は5.923メートルであり、長辺は南北方向の墳丘軸とは直交する東西方向となる。墓坑の壁面は垂直ではなく、ゆるやかな傾斜で棺床へ向かっている沼津市教育委員会（2012）p.13、pp.34-35、石橋（2013）p.145、佐藤（2013a）p.11、大阪府立近つ飛鳥博物館（2017）p.41。
副葬品の銅鏡の下から木片が検出され、また棺床から木目の痕跡が確認されたため、高尾山古墳の被葬者は木棺に葬られたことが明らかとなっている。木棺の大きさは長さ5.053メートル、最大幅1.252メートルであると推定されている。木棺は墓坑と同じく南北方向の墳丘軸とは直交する東西方向に主軸がある。つまり高尾山古墳の木棺は東西方向に安置されていたことになる。墓坑や木棺内に崩落した土の中に、降灰時に高温であったため溶結して堆積したことにより愛鷹ローム層の中で最も硬いとされるスコリアが混入している。このスコリア層は硬いために高尾山古墳の周溝はおおむねそのスコリア層の手前で掘削を止めているが、主体部の東側の周溝ではそのスコリア層で土取りをしたと考えられる穴が見つかっている。このことから埋葬時に埋土として硬いスコリアを混入させた土を用いた可能性が指摘されている。また、黒色土やスコリアの混合比率を変えながら墓坑の埋土として使用していたことや、棺床には粘度が高いローム土と黒色土を混交して使用していることが確認されている沼津市教育委員会（2012）pp.34-35、佐藤（2013a）p.11。
埋葬方式は棺床に木棺を直接安置される木棺直葬であった。棺床の痕跡や副葬品の出土状況から、刳抜式の舟形木棺であると考えられており、舟形木棺の中でもその形態から丸木舟や準構造船の下部を模したタイプであると見られている。静岡県下ではこのタイプの木棺は高尾山古墳が最古の例の一つであり、それまでの埋葬形態が棺に入れての埋葬が何とか可能なレベルの箱型の木棺が中心であったことから考えて、高尾山古墳の舟形木棺が在地のものとは考え難い。高尾山古墳で採用されたような舟形木棺が多用されていたことが確認されているのは、現在の京都府北部、福井など日本海沿岸部が多く、古墳出現期に活発化する各地域との交流を通じて、直接ないし間接的に沼津の地にもたらされたと考えられる沼津市教育委員会（2012）p.35、石橋（2013）pp.145-151、沼津市文化財センター（2016）p.4。
2014年（平成26年）度に行われた追加調査では、高尾山古墳に他の埋葬施設が存在するかどうかの検証が主要目的の一つとなった。調査の結果、後方部中央の主体部以外の埋葬施設が存在する可能性は少なくなった。
副葬品