313系電車（313けいでんしゃ）は、東海旅客鉄道（JR東海）1999年（平成11年）から導入した標準型電車である。
概要 日本国有鉄道（国鉄）から承継し、当時半数以上残存していた103系・113系・115系・117系・119系・123系・165系の置き換えを目的として登場した。製造は日本車輛製造・東急車輛製造（初期車のみ）・近畿車輛（3次車まで）が担当した。
先に登場していた373系特急形電車を基本とし、普通列車用に応じた変更及び改良がなされている。都市部の幹線における近郊輸送からローカル区間でのワンマン運転や有料ライナー列車まであらゆる需要に対応し、同社の標準車両と位置付けられる。そのため、車内仕様や機器構成により、当初から細かな番台区分が設定されている。編成は番台区分に応じ2・3・4・6両編成が存在する。また、在来車の211系・213系・311系や後継形式の315系と併結することができる。
539両が製造され（P.2）- 東海旅客鉄道（2021年11月17日）、同社の在来線電車の過半数を占める一大勢力となった。同社の全ての直流電化路線での走行を可能としており、実際全路線で定期運用をもっていたが、2023年（令和5年）4月より中央本線（名古屋駅 - 中津川駅間）での運用が - 東海旅客鉄道（2023年12月15日）、2026年（令和8年）3月には関西線・武豊線での運用が、いずれも315系に置き換えられる形で消滅した - 東海旅客鉄道（2025年12月14日）。そのほかに、東日本旅客鉄道（JR東日本）の篠ノ井線・中央本線へ乗り入れている。
10年以上の長期間にわたって製造されたため、導入年次による仕様変更も多い。そのため、本稿ではまず各次車についての共通事項を述べ、続いて導入年次による仕様の差異を初期車・3次車・4次車・5次車に分けて記述する。
1999年（平成11年）度グッドデザイン賞受賞グッドデザイン賞 313系一般用直流電車 0代、1000代、3000代 - 公益財団法人日本デザイン振興会（2024年4月24日閲覧）。
車両概説 本項では共通事項について述べ、番台・増備毎の差異については各項目で述べる。
車体 211系以降の通勤・近郊形としては一般的な、片側3扉を有する軽量ステンレス製車体であり、乗務員室部のみ普通鋼製で、連結時に通行可能な貫通扉と貫通幌（幌受）を備える。前面窓は側面に回り込むパノラミック・ウィンドウで、運転席側上部に行先表示器、助士席側上部に種別表示器、前照灯は前面窓下部と貫通扉上部に計4個、尾灯は前面窓下左右に前照灯と一体化されて2個設置され、211系や311系と同じ本数のビードが入り、雨樋部は張り上げ屋根構造である。扉間の客室窓は1枚固定式であり、窓柱は荷重を受けない構造として窓ガラスの内側に設け、車内仕様による窓割りの違いに対応している。連結面寄りの側窓は、非常時に上部が内側に折れて開けることのできる構造となっている。先頭部は白色に塗装され、前面から側面にかけJR東海のコーポレートカラーであるオレンジ色の帯を巻いている。ただし、「セントラルライナー」用の8000番台は、有料ライナー列車であることを示すため、カラーリングを変えている。
用途や内装などの差により多様な番台区分があるが、車体の構造はいずれも同一であり、開口が大きい扉間窓の上下内側前後方向に太い骨が通っており、吹寄（戸袋）部分に荷重が集中する構造となっている。側窓の天地寸法は950 mmで、311系の870 mmより拡大された。また、ワンマン運転を考慮し、先頭車の運転台と隣接する側扉は、運転台側に210 mm寄せられている。側扉は、近郊形として一般的な1,300 mm幅の両開きドアを片側3箇所設けられ、戸閉力弱め機構を有した空圧式である。
なお、客室内の騒音低減のため、床下には廃ゴムタイヤ破砕再用品である吸音材が詰められており、他社の新型車両と比較しても高水準の静粛性を有する。
車内 座席は用途に応じ、転換クロスシート、固定クロスシート、ロングシートを適宜組み合わせて配置している。このうち、転換クロスシートは座面の奥行きを狭くする代わりにまくら折れ機構を採用することで、足元空間のスペースや快適性を損なわずにシートピッチを311系よりも35 mm詰めることに成功している。
側窓は固定式であり、車端部の側窓の上部のみが内側に折れて開く構造を採用し、非常時の換気に備えている。窓ガラスには紫外線 (UV) カットの複層ガラスを採用しているが、日除けも省略しておらず、フリーストップ式ロールカーテンもしくは横引きカーテンを備える。
交通バリアフリー法への対応として、全車にドアチャイムを備え、全編成に車椅子対応洋式トイレのほか、各扉上にLEDによる車内案内表示装置を備える小文字2段表示が可能であるが、「締切中 NOT IN USE」の表示を除き専ら大文字1段表示で使用される。また、乗降促進メロディと車外スピーカーを搭載する。さらに、一部の番台区分では押ボタン式の半自動扉機構を備えている。
車内照明は、客室全長に亘るカバー付き蛍光灯で、5次車ではカバー付きのLEDへと変更になった。
2024年（令和6年）度から2028年（令和10年）度にかけて、名古屋駅を発着する車両に、車内防犯カメラを1両あたり3台設置することをJR東海が公表した - 東海旅客鉄道（2024年1月18日）。指令員がリアルタイムで映像を確認することができ、常時録画機能も備わっている。
機器類 制御装置は373系のGTO素子に代わり、東芝製IGBT素子によるVVVFインバータ（PWM制御、1,700 V / 1,200 A、1両2群・1C2M方式）が採用されている「」-『東芝レビュー』第55巻3号、P.49、東芝（2000年3月）。装置は補助電源装置（静止形インバータ・SIV）と一体形で、SIV故障時には制御用のVVVFがバックアップを行うデュアルモード方式である。主電動機は373系で実績のある C-MT66A形 三相誘導電動機（出力185 kW、端子電圧1,100 V、電流125 A、周波数86 Hz、定格回転数2,525 rpm）を使用し、MT比を1:1とすることで加速性能を向上させると同時に、10 パーミル上り勾配での均衡速度は130 km/hを確保している。MT比は編成にかかわらず固定され、3両編成には動力台車の数を半減した車両（0.5M車）が1両組み込まれる。
台車は、211系の流れをくむ円錐積層ゴム式の軽量ボルスタレス台車（C-DT63A形 / C-TR251形）であり、空気ばね位置に改良を加えられたほか、ヨーダンパを装備する。付随台車は1軸2ディスクブレーキを採用するとともに、踏面清掃装置を備え、踏面ブレーキを省略している。また、全軸に滑走検知装置を備えている。
集電装置はC-PS27系シングルアーム形パンタグラフを383系・373系に次ぐ採用であるが、本系列においては集電舟と舟支え装置が変更されてホーンが2本になった。低屋根構造とはせずに受台取付部のみを切り下げた車体構造は373系と同一である。1・2次車はC-PS27Aである『東洋電機技報』120号（2009年9月）「東海旅客鉄道株式会社313系電車電機品」。
運転台は373系に準拠しており、貫通式であるためコンパクトにまとめられている。左手ワンハンドル式マスコン、右側にはタッチパネル式モニタ装置を配備し、ボタン式のEB装置、定速制御を装備する。定速制御は一定速度以上で力行4段か5段でボタンを押すと作動する。力行は5段、ブレーキは抑速ブレーキと常用ブレーキ7段、非常ブレーキの計9段階である。
ブレーキ制御は電気指令式である。回生ブレーキを主に、空気ブレーキを従として、編成全体のブレーキ力を確保する「T車遅れ込め制御」を有しており、空気ブレーキの作動を抑制することで褶動部のメンテナンス軽減を図っている。また、回生ブレーキは同一饋電区間内に力行車両がないと失効しやすいことから、発電ブレーキ機構を一部の番台区分に併載している。さらに、回生ブレーキが失効した場合でも、その不足分のみを空気ブレーキと発電ブレーキで補うブレンディング制御を採用しており、回生効率の向上と回生失効時における衝動の抑制を図っている。これらのシステムは373系のものを継承している。電動空気圧縮機（CP）は、実績のあるレシプロ（ピストン）式を採用しながらも、動力源を交流電動機に変更して騒音低減を図っている。
形式 313系は以下の4形式から構成される。各形式とも番台区分により機器・車内構成が異なるが、番台ごとの詳細は次節で述べる。 クモハ313形 上り方（熱海・塩尻・亀山・国府津方）の制御電動車。集電装置（シングルアーム型）・一体型の制御装置（VVVFインバータ制御）・補助電源装置（静止形インバータ）を搭載する。 機器の構成により以下の4種に分けられる。 Mc1：3・4両編成（0/1000/1100番台・1500/1600番台・2500番台・8500番台）に組み込まれる。SIVの容量は150 kVAである。 Mc2：2両編成（300番台）に組み込まれる。静止形インバータの容量は80 kVAである。 Mc3：3・4・6両編成（1700番台・2600番台・5000番台）に組み込まれる。Mc1の機器構成に加え、発電ブレーキ装置（ブレーキチョッパ装置・抵抗器）を搭載する。静止形インバータ容量の関係上、6両編成を組む場合は編成中に後述のM5が組み込まれる。 Mc4：2両編成（3000/3100番台・2300/2350番台・1300番台・5300番台）に組み込まれる。Mc2の機器構成に加え、発電ブレーキ装置（ブレーキチョッパ装置・抵抗器）を搭載する。
モハ313形 中間電動車。制御装置（VVVFインバータ制御）を搭載するほか、一部の車両は補助電源装置（静止形インバータ）か空気圧縮機を搭載する。機器の構成により以下の6種に分けられる。 M1：4両編成（0番台・1000/1100番台）に組み込まれる。集電装置（シングルアーム型）を搭載する。 M2：3両編成（8500番台・1500番台）に組み込まれる。MT比1:1とするため奇数側の台車のみに主電動機を搭載し、制御装置もそれに応じたものとなっている。集電装置は搭載しない。 M3：6両編成（5000番台）に組み込まれる。M1の機器構成に加え、発電ブレーキ装置（ブレーキチョッパ装置・抵抗器）を搭載する。 M4：3両編成（1600番台・2500番台）に組み込まれる。M2の機器構成に加え、容量1 kl/minのCPを搭載する。 M5：6両編成（5300番台）に組み込まれる。M3の仕様に加え、容量80 kVAのSIVを搭載する。 M6：3両編成（1700番台・2600番台）に組み込まれる。M4の機器構成に加え、発電ブレーキ装置（ブレーキチョッパ装置・抵抗器）を搭載する。
クハ312形 下り方（米原・甲府方）の制御車。空気圧縮機・蓄電池を搭載するほか、車内にトイレが設置されている。 機器の構成により以下の2種に分けられる。 Tc'1：3・4両編成（0番台・8000番台）に組み込まれる。空気圧縮機の容量は2 kl/minである。 Tc'2：2・3・4・6両編成（300/400番台・3000/3100番台・2300番台・5000番台・5300番台・1300番台）に組み込まれる。空気圧縮機の容量は1 kl/minである。空気圧縮機容量の関係上、3両編成に組む場合は編成中に前述のM4またはM6が、4両編成を組む場合は後述のT2が、6両編成を組む場合はT2とT3が組み込まれる。
サハ313形 中間付随車。一部の車両は空気圧縮機・蓄電池を搭載する。 機器の構成により以下の3種に分けられる。 T1：4両編成（0番台・1000番台）に組み込まれる。空気圧縮機を搭載しないため、編成中に前述のTc'1が組み込まれる。 T2：4・6両編成（1100番台・5000番台）に組み込まれる。T1の機器構成に加え、容量1 kl/minの空気圧縮機を搭載する。 T3：6両編成（5300番台）に組み込まれる。T2の機器構成に加え蓄電池を搭載する。
1次車・2次車 本節では、1998年（平成10年）度から2000年（平成12年）度にかけて製造された車両について述べる。初期車における番台区分は以下の通り。
番台区分車内仕様両数区所おもな運行路線備考0番台転換クロスシート（車端部固定シート）4両大垣東海道本線静岡地区および名古屋地区（掛川駅 - 米原駅）300番台2両東海道本線静岡地区および名古屋地区（浜松駅 - 米原駅）一部静岡に転出静岡東海道本線静岡地区（熱海駅 - 豊橋駅）一部大垣から転入1000番台転換クロスシート4両大垣東海道本線静岡地区および名古屋地区（掛川駅 - 米原駅）制御車は0番台2023年1月 - 5月に大垣に転入1500番台3両東海道本線静岡地区および名古屋地区（浜松駅 - 米原駅）制御車は0番台2022年3月に大垣に転入3000番台セミクロスシートワンマン運転対応2両神領中央西線および篠ノ井線（中津川駅 - 松本駅）関西本線2012年3月に大垣に転出大垣東海道本線静岡地区および名古屋地区（浜松駅 - 米原駅）美濃赤坂支線（大垣駅 - 美濃赤坂駅）飯田線（豊橋駅 - 辰野駅） 中央東線（辰野駅 - 茅野駅）2012年3月に神領から転入静岡身延線御殿場線東海道本線静岡地区（三島駅 - 静岡駅）8000番台転換クロスシート（特別仕様）3両神領中央線名古屋地区（名古屋駅 - 中津川駅）電動車は8500番台2022年3月に静岡に転出静岡東海道本線静岡地区（熱海駅 - 豊橋駅）電動車は8500番台2022年3月に神領から転入
次項より各番台区分について解説する。編成の向きは左側が上り方（熱海・塩尻・亀山方）である。
0番台・300番台
2026年（令和8年）4月1日現在、4両編成×15本（Y1 - Y15編成）と2両編成×5本（Y42 - Y46編成）の合計74両が大垣車両区に「別冊付録：JR旅客会社の車両配置表／車両のデータバンク」-『鉄道ファン』2026年7月号、PP.17-18・42『JR電車編成表2026夏』、P.112、2両編成×11本（K1 - K11編成）「別冊付録：JR旅客会社の車両配置表／車両のデータバンク」-『鉄道ファン』2026年7月号、PP.18・43『JR電車編成表2026夏』、P.106の合計22両が静岡車両区に配置されている。2両編成は300番台と称する。
車内の配色は青を基調とし、座席はシートピッチ875 mmの転換クロスシートであるが、扉横と車端部は方向が固定されているため、実際には過半数の座席が転換できない。また、輸送力確保のため扉間の座席を5列としたことで、座席数が従来の車両より減少することとなった。扉間の窓配置は、シートピッチに合わせて5等分されている。
1999年（平成11年）7月12日に営業運転を開始し、同年12月4日のダイヤ改正以降、快速列車（浜松駅・豊橋駅 - 大垣駅・米原駅）および普通列車（大垣駅 - 米原駅・美濃赤坂駅）の大多数は本番台による運行となり、所要時間短縮と列車の増発が行われた。
運用 0番台 前述の通り、投入当初から311系に代わり東海道線の快速列車を中心に運用されていたが、2006年（平成18年）10月1日のダイヤ改正以降、後述の5000番台の投入により、普通列車（掛川駅・浜松駅 - 豊橋駅、浜松駅・豊橋駅・岡崎駅・大府駅 - 岐阜駅・大垣駅・美濃赤坂駅・米原駅間）の運用が中心となったものの、300番台や後述の3000番台（神領車両区からの転属車）および5300番台を併結した6両編成での快速運用や、朝夕を中心に0番台や後述の1100番台、311系と併結した8両編成の快速運用も存在する。2012年（平成24年）3月ダイヤ改正では5000番台4次車の投入に伴って捻出した本番台で117系を置き換え、300番台と併結した6両編成の特別快速・新快速運用が増加した。 静岡駅までの定期運用はダイヤ改正毎に廃止と再設定を繰り返していたが、2025年（令和7年）のダイヤ改正で掛川駅以東の乗り入れは消滅した。2015年（平成27年）3月14日ダイヤ改正以降は電化を実施した武豊線でも区間快速を中心に運用されるようになったが2024年（令和6年）のダイヤ改正で運用消滅した。 2011年（平成23年）3月改正から同年9月までは211系0番台との併結運用が、2015年（平成27年）3月14日ダイヤ改正までは300番台との併結で中央線中津川駅までの運用が存在していた。
300番台 大垣車両区 300番台は、増結用として0番台および1100番台・1500番台および1600番台・5000番台と併結して運用されるほか、本番台または3000番台・5300番台を2・3本併結した列車や、0番台・5000番台の代走運用にも用いられる。 登場時から2006年（平成18年）ダイヤ改正までは特別快速として東海道線と飯田線豊川駅・新城駅・本長篠駅までの運用が、2012年（平成24年）3月17日のダイヤ改正までは東海道線大垣駅 - 美濃赤坂駅間と飯田線豊橋駅 - 水窪駅間の運用が、2015年（平成27年）3月14日ダイヤ改正までは0番台との併結で中央本線中津川駅までの運用があった。なお、2015年（平成27年）3月14日ダイヤ改正で電化された武豊線では0番台代走時以外では運用されない。なお、後述の静岡車両区への転属のため、現在は5編成のみがY30編成として大垣車両区に所属している。 静岡車両区 静岡車両区の211系を置き換えるため、2024年（令和6年）3月から7月にかけて11編成が静岡車両区へ転出している「別冊付録：JR旅客会社の車両配置表／車両のデータバンク」-『鉄道ファン』2024年7月号、P.37「別冊付録：JR旅客会社の車両配置表／車両のデータバンク」-『鉄道ファン』2025年7月号、P.36。静岡地区では主に315系3000番台と併結した6両編成や、211系6000番台や313系2300番台と併結した4両編成で主に運用されている。
+0番台・300番台編成表0番台形式クモハ313-#0（Mc1） サハ313-#0（T）モハ313-#0（M1） クハ312-#0（Tc'1）搭載機器VVVFSIV1VVVFCP1BT300番台形式クモハ313-#300（Mc2） クハ312-#300（Tc'2） 搭載機器VVVFSIV2CP2BT
凡例 VVVF：制御装置（VVVFインバータ制御） SIV1：補助電源装置（静止型インバータ、容量150 kVA） SIV2：補助電源装置（静止型インバータ、容量80 kVA） CP1：空気圧縮機（容量2 kl/min） CP2：空気圧縮機（容量1 kl/min） BT：蓄電池 ＞：集電装置（シングルアーム型）
1000番台・1500番台1次車
2026年（令和8年）4月1日現在、4両編成×3本（J11 - J13編成）『JR電車編成表2026夏』、P.114と3両編成×3本（J151 - J153編成）『JR電車編成表2026夏』、P.113の合計21両が大垣車両区に配置されている。3両編成は1500番台と称する。
車内の配色は青を基調としているが、一部に薄紫色が用いられている。座席は扉間が転換クロスシート（シートピッチ875 mm）、車端部がロングシートであるが、扉横のクロスシートは固定されている。座席数の減少や扉間の窓配置は0番台と同様である。クハ312形は車端部にトイレが設置されているが、対面はロングシートではなく、固定クロスシートである。したがって、クハ312形は0番台を称する。
1999年（平成11年）12月4日のダイヤ改正以降は名古屋 - 中津川間の快速列車のほとんどが本番台による運行となったほか、普通列車（名古屋駅 - 高蔵寺駅・多治見駅間）としても運用されるようになった。
運用 登場当初からの運用区間は中央線（名古屋駅 - 中津川駅間）であった。 2007年（平成19年）3月18日のダイヤ改正では、後述の増備車の登場により中央線では日中の約半数の列車が本番台単独での運行となったが、2008年（平成20年）3月15日のダイヤ改正からは編成増強に伴い、大半の列車が本番台と211系5000番台との併結運転を行うようになり、213系5000番台（2008年（平成20年）3月改正まで）と後述の8500番台も併結対象であった。 2012年（平成24年）3月改正からは、本番台や1300番台および211系との併結による6両編成以上の運用が行われている。 本番台検査時等での代走は予備車が無い場合に限り211系5000番台で行われているが、3両編成に関しては代走に後述の1700番台が使用されていた。
1000番台 神領車両区所属であったが、2023年（令和5年）1月から同年5月にかけて全車が大垣車両区に転属し、東海道線名古屋地区を中心に大垣車両区既存の1100番台と一体的に運用されている。 神領車両区所属時代はは中央線や関西線名古屋駅 - 亀山駅間のほか、愛知環状鉄道線高蔵寺駅 - 岡崎駅までの運用も存在していた。 神領車両区への315系の導入に伴い、2022年（令和4年）3月ダイヤ改正から大垣車両区に転属するまで関西線のみの運用となり、ラッシュ時間帯の名古屋駅 - 亀山駅間の快速、区間快速、普通列車で使用されていた。
1500番台 前述の4両編成同様に神領車両区所属であったが、2022年（令和4年）3月ダイヤ改正以降は全編成が大垣車両区に転属している。 東海道線では3両編成の運用が存在しないため、3両編成同士を繋ぐ6両固定編成で、米原駅 - 浜松駅間を中心に運用されている。これは飯田線への送り込み・送り返し運用を兼ね、新快速や特別快速での運用もある。なお、1500番台の運用に1600番台および1700番台が充当されることもある。 神領車両区所属時代は、前述の4両編成と同様に中央線、愛知環状鉄道線、関西線名古屋駅 - 亀山駅間で運用されていた。 中央線では211系3両編成と併結した6両編成による運用が大部分を占めていた。2008年（平成20年）3月改正までは本番台3両編成を2本併結した6両編成の運用が存在していた。 関西線では本番台単独の運用に加えて、朝夕においては後述の1300番台と併結した5両編成での運用が存在していた。
+1000番台・1500番台編成表1000番台形式クモハ313-#1000（Mc1）サハ313-#1000（T）モハ313-#1000（M1）クハ312-#0（Tc'1）搭載機器VVVFSIV1VVVFCP1BT1500番台形式クモハ313-#1500（Mc1） モハ313-#1500（M2） クハ312-#0（Tc'1） 搭載機器VVVFSIV1VVVFCP1BT
凡例 VVVF：制御装置（VVVFインバータ制御） SIV1：補助電源装置（静止型インバータ、容量150 kVA） CP1：空気圧縮機（容量2 kl/min） BT：蓄電池 ＞：集電装置（シングルアーム型）
3000番台1次車
2026年（令和8年）4月1日現在、2両編成×12本（V1 - V12編成）の合計24両が静岡車両区に、2両編成×16本（R101 - R116編成）の合計32両が大垣車両区に配置されている。大垣区所属車は2012年（平成24年）3月まで神領車両区に所属しており、中央本線・篠ノ井線（中津川駅 - 松本駅）および関西線（名古屋地区）で運用されていた。
車内の配色は緑を基調とし、座席はクモハ313形の車端部と扉付近がロングシート、それ以外は固定クロスシートである。座席数は従来の車両と同程度を確保している。扉間の窓配置はシートピッチに合わせ、不等間隔に4分割されている。
ワンマン運転設備として、出入口表示機、運賃箱、運賃表示器、整理券発行機、サイドミラー、自動放送装置を搭載する。寒冷地で運用されるため、車内保温のための押ボタン式半自動扉機構を搭載するほか、クモハ313形は霜取りのためパンタグラフが2基搭載されている。大垣区所属車は除雪器を装備する。
列車本数の少ない線区での運用を考慮し、発電ブレーキを搭載している。静岡車両区所属のV1編成では、電気二重層キャパシタを用いた鉄道車両用電力貯蔵システムの試験が行われた。
1999年（平成11年）5月6日に営業運転を開始し、同年12月4日のダイヤ改正以後ワンマン運転を開始した（関西本線は2000年（平成12年）3月3日、中央本線（中津川駅 - 塩尻駅）は2000年（平成12年）3月13日）。
運用 静岡車両区所属車 主な運用区間は御殿場線（国府津駅 - 沼津駅）と身延線（富士駅 - 甲府駅）である。2007年（平成19年）3月18日のダイヤ改正以降は123系が撤退し、両線のワンマン列車は全て本系列となっている。 イベント開催時に行われる臨時運用では通常の運用区間ではない静岡駅 ‐ 豊橋駅間の入線実績もある。 所属区の静岡車両区への入出庫および折り返し運用の関係で、三島 - 静岡間での運用が存在する。また、身延線と御殿場線の相互移動は、回送列車か西富士宮駅 - 沼津駅間の普通列車（車掌乗務）により行われている。2009年（平成21年）3月改正では御殿場線から三島駅への直通運転が増加した影響で、三島駅 - 沼津駅1駅間のみの区間列車にも充当されるようになった。 2009年（平成21年）3月改正から2011年（平成23年）3月改正までは、静岡駅 - 島田駅間での運用が存在していた。 東北地方太平洋沖地震（東日本大震災）後の静岡県東部での計画停電の影響で身延線と御殿場線が全面運休になった際には、熱海駅 - 富士駅間の間引き運転の運用に6連や8連で充当された。 静岡車両区への入出庫は211系5000番台か6000番台との併結で行われており、ダイヤ改正毎に併結車両や編成両数および運転区間の変更を繰り返している。 ワンマン運転となるのは普通列車のみで（静岡車両区所属車によるワンマン運転の快速列車は存在しない）、ワンマン運行時の種別幕は緑地に白抜きで「ワンマン」と表示される（大垣車両区所属車とは表示が異なっている）。また、後述の1300番台の投入に前後して、ワンマン列車運賃表示器が大垣車両区所属車と同様の液晶式に順次取り替えられている。
大垣車両区所属車 神領車両区時代 東海道本線では登場時から前述の0番台が運用を開始するまで、2本併結の4両で本来は211系0番台が用いられるラッシュ時の快速列車の運用に充当された事例や、平日の朝に4本併結の8両がそれまでの113系に代わって普通列車に使用された事例があった。 1999年（平成11年）7月に165系が定期運用から離脱すると、中央本線・篠ノ井線（中津川駅 - 松本駅）および名古屋 - 亀山間を中心に運用されるようになった。また、関西線で使用する車両の送り込みやラッシュ時の編成増強をかねて、名古屋駅 - 中津川駅間でも211系5000番台や313系1000番台、後述の8500番台と併結して運用されており、213系との併結で名古屋 - 岐阜間の運用も存在した。 ワンマン運行時の種別幕は「ワンマン 普通」と横並びで表示でされていた。2009年（平成21年）3月改正以降、関西本線の快速列車増発に伴いワンマン列車での快速運用も開始したことから「ワンマン 快速」の表示も見られた。 後述の1300番台の投入により、2011年（平成23年）8月から翌年3月までに全編成が大垣車両区に転属した。 大垣車両区転属後