長崎市への原子爆弾投下（ながさきしへのげんしばくだんとうか）は、第二次世界大戦（太平洋戦争）末期の1945年（昭和20年）8月9日（木曜日）に、連合国のアメリカ合衆国が枢軸国の日本の長崎に対して原子爆弾「ファットマンアメリカ合衆国連邦政府は、長崎市に投下した原子爆弾のコードネームを「ファットマン（）」と名付けていた。正式名称はMk.3核爆弾。」（以下原爆と記す）を投下しアメリカ軍の記録による投下時刻は午前10時58分。、午前11時2分に炸裂した出来事である（NHKアーカイブスポータル）。
戦略爆撃機B-29「ボックスカー」により投下された原爆は、広島へ原爆投下（リトルボーイ）に続き、人類史上において実戦に使用された2回目の核兵器である。
長崎市への原爆投下は、日本本土の戦いにおける日本本土空襲の、一局面であった。
爆心地は長崎市松山町で、現在は平和公園となった。当時の長崎市の人口24万人（推定）のうち約7万4千人が死亡、建物は約36%が全焼または全半壊した原爆死没者名簿の人数は2009年8月9日現在で14万9266人。。同年9月中旬以降、進駐してきた連合軍が被災後の長崎を撮影し、当時の惨状を記録した。
長崎県、長崎市を指す「長崎」が「ナガサキ」と片仮名表記される場合は、長崎市への原子爆弾投下に関する言及である場合が多い。
原爆投下時 1945年（昭和20年）8月6日の広島原爆投下作戦において（NHKアーカイブスポータル）、観測機を務めたB-29「グレート・アーティスト」を操縦したチャールズ・スウィーニー少佐は、テニアン島へ帰還した夜、部隊の司令官であり、広島へ原爆を投下したB-29「エノラ・ゲイ」の機長であったポール・ティベッツ大佐から、再び原爆投下作戦が行われるためにその指揮を執ること、目標は第一目標が小倉市（現・北九州市）、第二目標が長崎市であることを告げられた。
その時に指示された戦術は、1機の気象観測機が先行し目標都市の気象状況を確認し、その後、護衛機無しで3機のB-29が目標都市上空に侵入するというものであった。この戦術は、広島市への原爆投下の際と同じものであり、日本軍はこれに気付いて何がなんでも阻止するだろうとスウィーニーは懸念を抱いた。
出撃機は合計6機であった気象観測機は小倉へはB-29「エノラ・ゲイ」（ジョージ・マクォート George W. Marquardt 大尉）、長崎へはB-29「ラッギン・ドラゴン」（チャーリー・マクナイト Charles F. McKnight 大尉）が飛び、計測機としてB-29「グレート・アーティスト」（フレデリック・ボック Frederick C. Bock 大尉）、写真撮影機としてB-29「ビッグ・スティンク」（ジェームス・ホプキンズ James I. Hopkins 中佐）、予備機としてB-29「フルハウス」（ラルフ・テイラー Ralph R. Taylor 少佐）、爆弾投下機はB-29「ボックスカー」であった。。
スウィーニーの搭乗機は通常は「グレート・アーティスト」であったが、この機体には広島原爆投下作戦の際に観測用機材が搭載されていた。これをわざわざ降ろして別の機体に搭載し直すという手間を省くため、ボック大尉の搭乗機と交換する形で、爆弾投下機は「ボックスカー」となったこれらの機体の愛称は出撃時には機体に描かれていなかったため、ただ一人これらの原爆投下作戦の取材許可を得ていた『ニューヨーク・タイムズ』の記者ウィリアム・L・ローレンスはこの交換のことを知らず、後の記事で「爆弾投下機はスウィーニー少佐の搭乗したグレートアーティスト号」としてしまい、これが原因で戦後しばらくの間は爆弾投下機の名前が間違って伝わることとなった。なおローレンスはこの原爆投下作戦に関する記事で1946年のピューリッツァー賞を受賞している。。
「ボックスカー」には、スウィーニーをはじめとする乗務員10名の他、レーダーモニター要員のジェイコブ・ビーザー中尉、原爆を担当するフレデリック・アッシュワース海軍中佐、フィリップ・バーンズ中尉の3名が搭乗したなお「ボックスカー」は出撃直前になって後部爆弾倉ブラダの予備タンクの燃料ポンプに故障が見つかり、2,000リットルの燃料が使えないままになることが分かった。しかしスウィーニーは修理することは原爆投下作戦の延期につながると考え、ぎりぎりで帰還できると見込み、修理はせずに日本時間8月9日午前2時45分に離陸した。。
8月9日早朝には同時に日本飛行機の山形の飛行場（現在の山形市あけぼの付近）空爆が行われた。同所は練習用・特別攻撃隊用の複葉機である九三式中間練習機（布製の翼でオレンジ色の機体であったため"赤トンボ"と呼ばれた）を月40機ほど生産し神町海軍航空隊などに提供していたが滑走路も格納庫も爆撃を受け出撃不能となった。
先行していたエノラ・ゲイからは小倉市は朝靄がかかっているがすぐに快晴が期待できる、「ラッギン・ドラゴン」からは長崎市は朝靄がかかっており曇っているが、雲量は10分の2であるとの報告があった。この2機に関しては9日朝に国東半島付近を飛行中に目撃され、西部軍管区司令部（第16方面軍司令部兼任）は午前7時50分に空襲警報を発令した。午前8時30分、空襲警報は解除された。
前回の広島市への原爆投下では、3機の合流地点は、硫黄島上空であった。しかし、今回は、台風が硫黄島付近で勢力を増しつつあり、そのため合流地点を屋久島へ変更していた。3機は屋久島まで個々に飛行を行った。
午前7時45分に屋久島上空の合流地点に達し、計測機の「グレート・アーティスト」とは会合できたが、島の西側を旋回していた写真撮影機の「ビッグ・スティンク」とは会合できなかった。それでも高度12,000メートルの地点で「エノラ・ゲイ」、「ラッギン・ドラゴン」からの気象報告を受信したスウィーニーは2機編隊で作戦を続行することにした日本時間8時56分に出発開始。ウィリアム・ローレンス、崎川範行訳『0の暁』。この気象報告は埼玉県の大和田通信所で傍受されており、直ちに西部軍管区に転送された。
午前9時40分、大分県姫島方面から小倉市の投下目標上空へ爆撃航程を開始し、9時44分投下目標である小倉陸軍造兵廠上空へ到達。爆撃手カーミット・ビーハン陸軍大尉がノルデン爆撃照準器から目標を確認し、それを受けてスウィーニーが投下用意を令して爆弾倉を開け、スウィーニー以下全搭乗員が保護メガネを着用して爆発に備えた。ところが、当日の小倉上空を漂っていた霞もしくは煙のために照準器の視野が遮られ、目視による投下目標確認に失敗する。この時視界を妨げていたのは、前日（8月8日）にアメリカ軍が敢行した八幡市空襲（八幡・小倉間の距離はおよそ7キロメートル）の、残煙と靄だといわれる。また、この時地上では広島への原爆投下の情報を聞いた日本製鐵八幡製鉄所の従業員が、9日朝、敵機が少数機編隊で北上している報を聞き、上司の命令で煙幕装置に点火。新型爆弾を警戒して「コールタールを燃やして煙幕を張った」と証言しており、これが影響した可能性もあるテレビ西日本が2015年5月に放送したドキュメンタリー内で検証が行われたが、コールタールを燃やすと煤は出るが煙幕と呼べるものにはならず、八幡市空襲の残煙が「煙幕」の原因と結論付けている。。「ボックスカー」は旋回して爆撃航程を少し短縮して爆撃態勢を繰り返すものの煙で依然として目標がつかめなかったばかりか、日本軍高射砲からの対空攻撃が激しくなり、「ボックスカー」の周囲には高射砲からの弾着が取り巻いて機体が爆風で揺さぶられるようになった。
日本軍において、九州の防空を担っていたのは第6航空軍であった。さらに、大和田通信所からの情報を転送された各基地のうち、陸軍芦屋飛行場から飛行第59戦隊の五式戦闘機、海軍築城基地から第203航空隊の零式艦上戦闘機10機が緊急発進してきたことも確認されたウィリアム・ローレンス、崎川範行訳『0の暁』には、「21機の日本戦闘機が雲から現われ、われわれに向かって旋回上昇してくるのをみつけた。」と記されている。。「ボックスカー」は東側に転じて3度目となる爆撃航程を行うがこれも目標を確認することが出来ず失敗。この間およそ45分間が経過した。この小倉上空での3回もの爆撃航程失敗のため残燃料に余裕がなくなり、その上「ボックスカー」は燃料系統に異常が発生したので予備燃料に切り替えた。その間に天候が悪化して目視爆撃が難しくなり、目標を小倉市から第二目標である長崎県長崎市に変更すべく午前10時30分頃、小倉市上空を離脱した日本時間10時33分に西方約160Kmの長崎へ向かう。ウィリアム・ローレンス、崎川範行訳『0の暁』。
長崎上空 3回原爆投下を試みたが、果たせなかったスウィーニーは小倉から攻撃開始地点の姫島へ戻ろうとした。コックピットの他の隊員から第2目標の長崎行きを勧められる。突然、スウィーニーは右旋回して長崎の方向に向かった。このとき、右側後方を飛行していたボック大尉操縦の「グレート・アーティスト」と危うく空中衝突しそうになる。スウィーニーは航法士にボックの位置を確認するため振り向いたとき「ボックはどこだ？」と聞いたが、この際にインターフォンと間違えて通信機器に触れて無線封止の命を破る形となり、「ボックはどこだ？」という音声通信は少佐が操縦する「ビッグ・スティンク」に伝わってしまった。ボックは左側後方を無事に飛行していた。直後、「チャック！ どこにいる？」というホプキンス少佐からの音声通信が返ってきたが、それには答えることなく長崎へ向かった。「ビッグ・スティンク」は、いまだ屋久島上空で旋回していた。長崎への天候観測機「ラッギン・ドラゴン」は「長崎上空好天。しかし徐々に雲量増加しつつあり」とすでに報告していたが、それからかなりの時間が経過しておりその間に長崎市上空も厚い雲に覆い隠された。「ボックスカー」は小倉を離れて約20分後、長崎県上空へ侵入、午前10時50分頃、「ボックスカー」が長崎市上空に接近した際には、高度1,800メートルから2,400メートルの間が、80パーセントから90パーセントの積雲で覆われていた。
補助的にAN/APQ-7“イーグル”レーダーを用い、北西方向から照準点である長崎市街中心部上空へ接近を試みた。スウィーニーは目視爆撃が不可能な場合は太平洋に原爆を投棄せねばならなかったが、兵器担当のアッシュワース海軍中佐が「レーダー爆撃でやるぞ」とスウィーニーに促した。命令違反のレーダー爆撃を行おうとした瞬間、本来の投下予定地点より北寄りの地点であったが、雲の切れ間から一瞬だけ眼下に広がる長崎市街が覗いた。ビーハンは大声で叫んだ。
スウィーニーは直ちに自動操縦に切り替えてビーハンに操縦を渡した。工業地帯を臨機目標として、午前10時58分、高度9,000メートルから「ファットマン」を手動投下した。ファットマンは放物線を描きながら落下、約4分後の午前11時2分、市街中心部から北へ約3キロメートルそれた（目標地帯からは500 - 600メートル北とする説もある）松山町171番地の別荘のテニスコート上空503メートル±10メートル1976年にアメリカ・オークリッジ国立研究所のジョージ・D・カーの推定による数値。で炸裂した当初の投下目標は市街地の中心を流れる中島川にかかる常盤橋だった。実際の爆心地一帯は、予定通り当初の目標上空で爆発した場合、被害地域の最北端と試算された場所であった。。
「ボックスカー」は爆弾を投下直後、衝撃波を避けるため北東に向けて155度の旋回と急降下を行った。爆弾投下後から爆発までの間には後方の「グレート・アーティスト」から爆発の圧力、気温などを計測する3個のラジオゾンデが落下傘をつけて投下された広島原爆投下時と同じく、この落下傘をつけたラジオゾンデを目撃した市民は多く、このことから戦後しばらくの間、原爆は落下傘をつけて投下されたものと考えられていた。。これらのラジオゾンデは、原爆の爆発後、長崎市の東側に流れ、正午頃に戸石村上川内（爆心地から11.6キロメートル）、田結村補伽（同12.5キロメートル）、江の浦村嵩（同13.3キロメートル）に落下したラジオゾンデは諫早市で回収されたとする資料があるが、これは落下後に同市の海軍士官宿舎に送られたためである。。
「ボックスカー」と「グレート・アーティスト」はしばらく長崎市上空を旋回し被害状況を確認し、テニアン基地に攻撃報告を送信した。
thumb|香焼島から撮影された長崎原爆のキノコ雲（松田弘道撮影） この時の原爆爆発の様子は16mmのカラーフィルムに3分50秒の映像として記録された。この映像には爆発時の火の玉からキノコ雲までがはっきりと写っている広島市への原子爆弾投下時の映像が一部しか残っていない現在、これは実戦においてほぼ唯一の原爆投下の映像である。この映像は1980年（昭和55年）に日本へ提供され、今でもテレビなどで用いられている。。
長崎のキノコ雲については、爆心地から約10キロメートル離れた香焼町で炸裂から約15分後に住民が撮影した写真や、大村市の大村海軍病院から撮影された写真#泰山 P.58が残されている他、遠くの県からも見えたとの証言もある。約100キロメートル離れた熊本県熊本市でも「ピカッと閃光が走り、空気がぶるぶるっと震え、遠くにキノコ雲が上がるのが見えた」との証言がある。また遠く200キロメートル離れ、九州山地の東側に位置する大分県中津市でも「あの日長崎方面から立ち上がるキノコ煙が見え、何事かと不安になり恐ろしかった」と当時を語る証言もある。
帰還 「ボックスカー」は長崎市上空を離脱する際には残燃料約1,000リットルであり、計算では沖縄の手前120キロメートルから80キロメートルまでしか飛べないと考えられた。スウィーニーはエンジンの回転数を落とし徐々に降下することで燃料を節約し、14時に沖縄県の読谷飛行場に緊急着陸した。残燃料はわずか26リットルであったという。着陸後、スウィーニーはドーリットル空襲で名を馳せたアメリカ第8航空軍司令官ジミー・ドーリットル陸軍中将と会談した。燃料補給と整備が終了した「ボックスカー」、「グレート・アーティスト」、「ビッグ・スティンク」の3機は16時過ぎに離陸、3機は、日本時間21時25分から21時58分にテニアン島に帰還した。
長崎原爆
長崎原爆はプルトニウム239を使用する原子爆弾である。このプルトニウム原爆はインプロージョン方式で起爆する。長崎原爆「ファットマン」はTNT火薬換算で22,000トン（22キロトン）相当の規模にのぼる。この規模は、広島に投下されたウラン235の原爆「リトルボーイ」（TNT火薬15,000トン相当）の1.5倍の威力であった。
目視確認した上での投下が重要命令であったものの、当日は街が雲で覆われていてわずかな雲の切れ間から街が見えたチャンスにそこに投下することとなり、その結果、投下地点は予定していた市街地の中心部ではなくなった。長崎市は周りが山で囲まれた特徴ある地形で、熱線や爆風が山によって遮断された結果、広島よりも破壊被害は軽減された。周りが平坦な土地であった場合の被害想定は、広島に落とされた「リトルボーイ」の威力を超えたとも言われている。また仮に当初目標の小倉に投下された場合、被害は関門都市圏、即ち現在の北九州市一帯及び関門海峡を越え山口県下関市まで広がり、広島よりも大きな被害になったとされる。
長崎県知事が広島原爆教訓をもとに、9日に避難命令の検討を行おうとしていたが、間に合わなかった。同じく投下目標都市になっていた新潟は、10日に知事が命令を決定し、11日から集団疎開が始まった（原爆疎開）。
長崎原爆投下の背景と経緯 長崎型の原爆は自然界には極微量しか存在しない元素プルトニウム239を（原子炉を運転して人工的に製造して）使用する。また爆弾の材料のプルトニウムはその同位体純度から来る問題や高濃縮ウランとは異なる反応特性を持つため、爆弾の動作原理と構造には全く異なるものが必要になる。そのため、その開発はウランを使用する広島原爆とは違った道程をたどった。
アメリカとイギリスと日本の軍事的な経緯
1939年8月2日、イギリス委任統治領パレスチナのヘブライ大学建設資金集めに尽力してきたユダヤ人アインシュタインが、フランクリン・ルーズベルト大統領に宛てた手紙（アインシュタイン＝シラードの手紙）で、「大量のウランが核分裂連鎖反応を起こす現象は、新型爆弾の製造につながるかもしれない。飛行機で運ぶには重過ぎるので、船で運んで港湾ごと爆破することになる。アメリカで連鎖反応を研究している物理学者グループからなる諮問機関をつくるのがいい」と進言。
1939年9月1日、第二次世界大戦勃発。
1939年10月11日、その手紙（アインシュタイン＝シラードの手紙）がフランクリン・ルーズベルト大統領に届けられる。
1939年10月21日、アメリカはウラン諮問委員会を設置。
1940年4月10日、イギリスが第一回ウラン爆発軍事応用委員会（MAUD委員会）の会議を開催。
1940年4月、理化学研究所（理研）の仁科芳雄がウラン爆弾計画を安田武雄陸軍航空技術研究所長に進言(2000)"原子力資料集（年表など）_原子力年表_黎明期（1895年～1952年）_1940年～1943年（昭和15年～18年）". 高度情報科学技術研究機構.2016年8月25日閲覧。
1940年4月、安田武雄中将が部下の鈴木辰三郎に「原子爆弾の製造が可能であるかどうか」について調査を命じる。
1940年6月、鈴木辰三郎は東京帝国大学の物理学者嵯峨根遼吉（当時は助教授）の助言を得て、2か月後に「原子爆弾の製造が可能である」ことを主旨とする報告書を提出。
1940年7月6日、すでに理研の仁科芳雄らがイギリスの学術雑誌『ネイチャー』に投稿していた『Fission Products of Uranium produced by Fast Neutrons（高速中性子によって生成された核分裂生成物）』と題する、2個の中性子が放出される（n. 2n）反応や、複数の対象核分裂を伴う核分裂連鎖反応（臨界事故）を起こした実験成果が掲載された。この実験では臨界量を超える天然ウラン（ウラン238-99.3%, ウラン235-0.7%）に高速中性子を照射したが、現在ではそのことによってプルトニウム239が生成されることや、核爆発が起きることが知られている。
1941年4月、大日本帝国陸軍が理研に原爆の開発を依頼。ニ号研究と名付けられる。
1941年7月15日、イギリスのMAUD委員会は、ウラン爆弾が実現可能だとする最終報告を承認して解散。
1941年10月3日、イギリスのMAUD委員会最終報告書が、公式にフランクリン・ルーズベルト大統領に届けられる。
1941年11月末、連合国軍最高司令官総司令部の主要メンバーとなるユダヤ人ベアテ・シロタ・ゴードンの母で、大日本帝国貴族院議員のサロンを主催していたオーギュスティーヌが、夫レオ・シロタと共にハワイから再訪日。
1941年12月8日、太平洋戦争（大東亜戦争）勃発、日本がアメリカ、イギリスと開戦。
1942年9月26日、アメリカの軍需生産委員会が、マンハッタン計画を最高の戦時優先等級に位置づけた。
1942年10月11日、アメリカはイギリスにマンハッタン計画への参画を要請。
1944年7月9日、朝日新聞に、『決勝の新兵器』と題して「ウラニウムに中性子を当てればよいわけだが、宇宙線には中性子が含まれているので、早期爆発の危険がある。そこで中性子を通さないカドミウムの箱に詰め、いざという時に覆をとり、連鎖反応を防ぐために別々に作ったウラニウムを一緒にして中性子を当てればよい」という記事が掲載された。ウラン原爆の起爆操作と全く同じであった。
超ウラン元素プルトニウム プルトニウムの歴史は、まずウラン原子核（原子番号92）の核分裂の実験の際に、原子番号93,94の元素の存在が予言されたことに始まる。1940年に原子番号93のネプツニウムが発見された。次いで1941年2月に原子番号94のプルトニウムがカリフォルニア大学バークレー校のグレン・シーボーグにより発見された。
この頃の世界情勢は1939年9月にヨーロッパで第二次世界大戦が勃発しており、またその頃に亡命物理学者レオ・シラードがF・D・ルーズベルト大統領宛に原爆開発の歴史的な進言書（アインシュタイン＝シラードの手紙）を送っていた。プルトニウムが兵器原爆の原材料としての関心を集めるのも時間の問題であった。
なお1940年3月には「フリッシュ&パイエルス覚書」（Frisch-Peierls memorandum）により、原爆の実現可能性が示されており、核分裂のエネルギーを利用する軍事研究が既に始まっていた。
プルトニウム生産原子炉 前述の通り、プルトニウムは自然界に極微量しか存在しない超ウラン元素である。従いプルトニウム原爆の第一の関門は如何にしてプルトニウムを生産するかである。プルトニウムはウラン238が中性子を吸収し、二段階のベータ崩壊を起こしてプルトニウム239に変換することにより生成する。この過程を効率よく行う課題があった。
1941年12月8日の日本軍の真珠湾攻撃により日米間が開戦した。この直後、シカゴ大学のアーサー・コンプトンは「冶金研究所」（, 隠蔽のために無関係な名称が付けられた）にてプルトニウムの研究を開始する。研究のため、コンプトンはレオ・シラード、グレン・シーボーグ、イタリアからの亡命科学者のエンリコ・フェルミなど核分裂の研究者をシカゴ大学に呼び集めた。
1942年5月 プルトニウム増殖の技術研究の原子炉シカゴ・パイル1号（CP-1）の開発が開始した。原子炉CP-1はシカゴ大学キャンパス内のアメフト場（Stagg Field）に作られ、その年の12月にはパイルは臨界実験に成功する。1942年8月には、シーボーグは計量可能量のプルトニウムの分離に成功する。しかしCP-1はプルトニウムの実生産にはスケールが小さすぎるため、直ちに実生産プラントの計画が始まった。プルトニウム原爆の製造に必要量のプルトニウムを生産するためには、巨大設備が必要であることが判明した。
なお、1942年5月にはジェームズ・コナント（, ハーバード大学総長および国防研究委員会議長）より、ウラン原爆とともにプルトニウム原爆の開発に着手するよう、科学研究開発局局長のヴァネヴァー・ブッシュに進言している。
ブッシュらは巨費を要する原爆の開発・製造を国家事業とするようにルーズベルト大統領に提言し、大統領はこれを承認した。これをうけ、1942年9月にレズリー・グローヴスを統括指揮官とする秘密国家プロジェクト「マンハッタン工兵管区」が開始された。通称マンハッタン計画と呼ばれる原爆の開発・製造プロジェクトである。
マンハッタン計画の下、プルトニウム生産の巨大プラント建設が始まった。
長崎原爆投下都市の選択
被爆以前の長崎 1570年 日本初のキリシタン大名とされる大村純忠による長崎開港以降、それまで一寒村に過ぎなかった長崎はポルトガルや中国との海外貿易の拠点として飛躍的に発展、長崎港に注ぐ中島川沿いを中心に街が形成されていった。1641年には、ポルトガル人が追放され「空き物件」となっていた出島（1636年完成）に平戸からオランダ商館が移転。1859年の開国まで、西洋との唯一の窓口となる。
一方原爆が投下された浦上地区は、中島川流域とは金比羅山（標高360メートル）で隔てられていた（原爆被害を考える上でこの地理関係は重要である）。長崎港に注ぐ浦上川の下流に新田や塩田が開発されたが、長崎街道の「脇道」である時津街道が通る一農村に過ぎなかった。しかし、多くのキリシタンが地下組織を作り、禁教下も独自の信仰を守り続けた隠れキリシタンの里であった。
明治維新後、これまで「裏道」に過ぎなかった浦上地区に九州鉄道（現：長崎本線）が敷設され開発が進む。長崎も「西洋との唯一の窓口」という役割は終えたが、長崎海軍伝習所の流れを汲む造船業や、上海など大陸と日本を結ぶ船舶航路の拠点として発展を続ける。長崎港口に浮かぶ伊王島、高島、端島（軍艦島）では石炭が見つかり、鉱山として開発され、多くの労働力も集まった。主力産業であった造船、鉱業は三菱財閥により支えられており、企業城下町でもあった。
信仰の自由を得た浦上の信徒らは、1914年、約30年の歳月を費やし、東洋一のロマネスク様式の名建築とも評された浦上天主堂を建立する。1920年に浦上が長崎市に編入された後も、長崎電気軌道の延伸などもあり、三菱製鋼長崎製鋼所や三菱兵器工場などの工場施設Third Atomic Bomb Attack - Japan 1945 Mark Felton Productions、長崎医科大学や長崎商業学校、鎮西学院などの文教施設、競馬場、刑務所などの公的施設が整備、拡充されていった。
長崎市の人口数は1940年の調査で252,630人で全国11位、九州では幕末以降も長きにわたり最多だったが、八幡市現在の北九州市八幡東区・八幡西区。・福岡市現在の中央区・博多区と、南区・早良区・西区の一部のみ。なお、現在でも福岡市は九州最大の人口規模を誇る。に追い抜かれた。
被爆の実相の伝承 国立長崎原爆死没者追悼平和祈念館と長崎大学核兵器廃絶研究センター（RECNA）は、2021年から取り組んでいる《「被爆の実相の伝承」のオンライン化・デジタル化事業》の一環として、2023年3月7日に「」を公開した。連合軍撮影のドキュメンタリーにも、被災前の長崎を断片的に収録した事例がある。
日本の降伏後、連合国軍は日本列島各地に進駐した（NHKアーカイブスポータル）。9月中旬にはアメリカ海兵隊の第2海兵師団が、長崎に上陸した。 この際に兵士や調査班が各自に写真や動画を撮影し、一部はアメリカ国立公文書記録管理局に保存された。また被災後の市街地映像は諸外国のニュースでも放映され、各報道機関の映像資料としてオンラインで閲覧できる。
連合軍は日本側の撮影隊と共に『広島・長崎における原子爆弾の影響』に代表されるドキュメンタリーを制作し、短縮版、長編版が、オンラインで閲覧できる。
原爆投下直前 長崎への原爆投下時、日本軍において九州の防衛を担当していたのは、第2総軍隷下の、第16方面軍（司令官横山勇陸軍中将。司令部は西部軍管区司令部兼任）であった。航空兵力として、日本陸軍の第6航空軍などが展開していた。長崎市には、独立混成第122旅団（長崎要塞、司令官谷口元治郎陸軍中将）、第134高射砲連隊、重砲兵第17連隊や特設警備大隊等が配備されていた。日本海軍は、九州に第三航空艦隊（司令長官寺岡謹平海軍中将）と、第五航空艦隊（司令長官宇垣纏海軍中将）を配置していた。
屋久島上空から小倉へ原爆投下に向かうB-29により、長崎には朝から空襲警戒警報が出ていた。一旦は避難した市民も多かったが、午前10時過ぎには解除されたため、大半の労働者・徴用工・女子挺身隊は、軍需工場の作業に戻ったとされている。
長崎原爆戦災誌によると、広島の新型爆弾の惨状を聞いた永野若松県知事は8日夜、警察の部課長や署長を官舎に集め、同じ爆弾が長崎に落とされる恐れもあるとして、明日にでも会議を開いて対策を検討しようと指示を出した。
そして9日、避難命令が一番いいと考えた永野知事は会議を招集したものの、朝は空襲警報が出ており、警察幹部は長崎市立山の県防空本部（立山防空壕）を動けなかったため、知事が自ら同本部へ駆けつけ、会議を始めた途端に爆弾が投下され、壕内の電気が消え真っ暗になったとされている。また同盟通信社長崎支局には、当日午前11時に県の防空課長から、新型爆弾に対する戦訓を広く発表したいとの招集があったとされる。
西部軍管区は北九州へむかうB-29少数機を原爆搭載機と判断し、午前10時53分に空襲警報を発令した。B-29が八幡上空を旋回したあと長崎方面に移動したので、第16方面軍は「B-29少数機、長崎方面に侵入しつつあり、全員待避せよ」と各種メディアにより緊急連絡したが、特殊爆弾（原爆）投下の疑いありとは付け加えなかった。