right|サムネイル|300px|三日月陣屋の長屋門（復元） 陣屋（じんや）は、日本近世史において領主の所領の拠点となる場所に置かれた城以外の構築物であり、多義的な概念である。なお、古代史では宮中など（宮城や京師）を警固する衛士の詰所、中世史では合戦時に兵士が臨時に駐屯する軍営などを陣屋と呼んだ。以下では日本の近世史の用語としての「陣屋」について述べる。
概要 right|thumbnail|足守陣屋の小規模な堀と石垣 日本の近世史の「陣屋」の概念は多義的で、主に領主の所領の拠点となる場所に置かれた城郭以外の構築物を様々な形で指す概念となっている。以下のような意味がある。 江戸幕府が地方支配のために置いた郡代や代官などの役所 - 江戸初期の関東の代官陣屋などで元禄年間には全国の天領に陣屋が置かれた。 大名のうち家格が国主・城主格でない者（無城の小大名や交代寄合）の屋敷。 旗本や代官などの支配地における居所（役宅や屋敷）あるいは用水方の普請役の詰所。 大藩の重臣が城下町の外などに設けた居所。 藩が飛地を支配するために設けた役所（近世後期に蝦夷地の防備を目的として構築された施設を含む）。
なお、京都市の「小川家住宅」（国重要文化財）は「二条陣屋」と呼ばれており、江戸時代の町家であるが、西国大名が宿舎として使用したことで知られる京町家とその暮らしの文化 - 京都市文化芸術都市推進室、2023年11月19日閲覧。。
江戸時代には飯野陣屋（上総国）、敦賀陣屋（越前国）、徳山陣屋（周防国徳山城）が「日本三（大）陣屋」と呼ばれていた, 鞠山藩ゆかりの建造物 - 敦賀市、2023年11月19日閲覧。。
構築者 陣屋は構築者によって幕府の陣屋と大名（諸藩）の陣屋に大別される。幕府の陣屋は、さらに1.直轄領を統括する「代官所」・「代官陣屋」・「陣屋」、2.旗本が所領の拠点とした「陣屋」、3.高禄の交代寄合が所領の拠点とした「陣屋」に分けられる。
また、大名（諸藩）の陣屋は、城持ちでない1～3万石程度の小藩が藩領の政治的・軍事的拠点とした場所で、『武鑑』で「城」に対して「在所」と記したものをいう。本藩に対して支藩が独立的な場合には、その支藩の在地にも陣屋が置かれた。
幕府は武家諸法度で城の修築について厳しい統制を行った。一般的には、城は複数の曲輪をもつ戦略上の拠点として即応できる常備施設に当たるものをいい、陣屋は単郭を基本とする在地支配のための政庁で、堀、土塁、石垣はあっても戦闘に即応できる施設といえない程度の施設をいった宮坂淳一「平成22年度第1回 入門考古学講座 中世城郭の歩き方」 - かながわ考古学財団、2023年11月19日閲覧。。
なお、幕府領や旗本領と、藩領との間で相互交換が行われた飛地領などでは陣屋の転用も行われた。
所領構造 幕府の陣屋は、支配機構の観点から上位に位置する「元陣屋」と下位にある「出張陣屋」に分けられる。
また、大名（諸藩）の陣屋の場合、小藩で幕府から城持ちの許可が得られずにその代用とした施設のほか、より大きい藩でも一円的な所領形態や分散的な所領形態のために陣屋が設けられた。
外様大名の場合は一円的な所領形態をとる傾向があり、一国一城令のために従来の支城に代えて設置された。しかし、藩によって名称は異なり、仙台藩では「要害」や「所」、岡山藩では「御茶屋」、鹿児島藩では「麓」と呼ばれる構造物が設置されたが、これらは機能的に陣屋とみなすことができる。陣屋にあたる構築物の名称や形態上の違いは、政治経済、軍事、治安維持などの違いから生じるとされるが、形態的にみると周辺に侍屋敷や町屋敷が配置される「小城下町」が形成された。
一方、譜代大名の場合は分散的な所領形態をとる傾向があり、要職に就く大名家では本来の所領とは別にまとまった土地を与えられることも多く、城地から離れた飛地に「陣屋」（「役所」や「代官所」と称される場合もあった）が置かれた。
なお、城持ちでない大名は本拠に陣屋を構えたが、それとは別に飛地を領有する場合には飛地にも陣屋を置くことがあった。
陣屋の立地や周辺集落との関係は一様ではない。近世の陣屋町研究では、陣屋と集落が一体化した小都市としての「陣屋町」が形成される場合がある一方、飛地領の拠点などでは既存集落に隣接して築かれ、本来の計画都市とは言い難い例も多いことが指摘されている。また、大和国芝村藩の事例研究でも、陣屋そのものだけでなく、家臣団の集住地区や町屋敷の地区をあわせて分析する必要が示されており、陣屋は周辺町場との関係を含めて把握される。
また、小藩の陣屋では、城に準ずる施設として周囲に土塁や堀をめぐらせつつも高い石垣は備えず、居館・役所・家臣の役宅や土蔵、調練場などを配置する構成がみられる。狭山藩の事例では、大町筋に上級武家、横町に中・下級武家を配するような階層別の居住区分や、塀・垣による区画も確認されている。このため、同じ陣屋でも、周辺に家臣団の居住区や町屋敷を伴う度合い、内部施設の構成、外周の防御性には幅があった。
建物が現存する陣屋 桜町陣屋（栃木県真岡市） - 1699年（元禄12年）小田原藩主・大久保忠朝の三男の教信が、宇津家を再興して野州桜町4000石を知行し陣屋を創設。茅葺屋根の建物が現存している。 韮山代官所（静岡県伊豆の国市） - 主屋・蔵・門・塀などの建物や、保有する古文書などの資料は、国の重要文化財となっている。 高山陣屋（岐阜県高山市） - 飛騨郡代の役所、天領の陣屋として唯一主要な建物が現存している。 名張陣屋（三重県名張市） - 大名陣屋、正確には藤堂氏一門の名張藤堂家の陣屋。御殿を構成した建物の一部（中奥など）が現存する。 園部陣屋（京都府南丹市） - 幕末に建てられた櫓や門、番所が現存する。幕末に陣屋から城に格上げされたため城郭構えの陣屋である。 西江家住宅主屋ほか（岡山県高梁市） - 天領の陣屋で間口27mの楼門と3段構えの石垣、主屋と郷蔵・味噌蔵・籾蔵・道具蔵・材木蔵、御白州跡・銅勘定所・手習場・役宅・馬場などが現存している。
復元された陣屋 サムネイル|三日月陣屋 長屋門（復元） 水原代官所（新潟県阿賀野市） - 天領の代官陣屋。平面図を元に復元された。 佐渡奉行所（新潟県佐渡市） - 慶長8年(1603年)、徳川幕府の天領であった佐渡島を管理するため、相川に建てられた奉行所。相川陣屋とも呼ばれた。 飯島陣屋（長野県飯島町） - 天領の代官陣屋。古文書や発掘調査を元に本陣が復元された。歴史民俗資料館となっている。 山田奉行所（ 三重県伊勢市御薗町） - 伊勢神宮の守護・造営修理と祭礼、遷宮、門前町の支配、伊勢・志摩における訴訟、鳥羽港の警備・船舶点検などを担当した江戸幕府の奉行所。 三日月陣屋（兵庫県佐用町） - 播磨国佐用郡 藩庁の長屋門と橋が復元された。付属する物見櫓は現存建物。
遺構が一部残る陣屋 陣屋の門などの建物の一部や土塁、石垣等が現存することがあり、ほかに廃止後に移築されて建物の一部が現存する場合もある。
北海道地方 戸切地陣屋（北海道北斗市） - 幕末に松前藩により設置された陣屋。日本で初めて築造された西洋式星型要塞で、土塁や堀が現存する。 白老仙台藩陣屋（北海道白老郡白老町） - 幕末に仙台藩により設置された陣屋。蝦夷地防衛の役割を持っていた。資料館があり当時の様子を知ることができる。
東北地方 長瀞陣屋（山形県東根市） - 出羽国村山郡にあった。長瀞藩の陣屋。土塁の一部が現存。大手門と伝えられる門が2棟、移築現存する。 泉陣屋（福島県いわき市泉町） - 陸奥国菊多郡にあった。泉藩の藩庁。土塁の一部が現存。裏門1棟が移築現存する。 保原陣屋（福島県伊達市） - 陸奥国にあった。松平氏白河藩の陣屋（代官所）。門1棟が移築現存する。
関東地方 サムネイル|楽山園 小幡陣屋 府中陣屋（茨城県石岡市石岡） - 常陸国府中にある府中藩の藩庁が置かれた場所にある。土塁の一部が現存する。また、門が1棟移築現存する。 宍戸陣屋（茨城県笠間市平町） - 水戸徳川家御連枝の宍戸藩の藩庁。土塁の一部が現存する。また、表門が移築現存する。 牛久陣屋（茨城県牛久市城中町） - 牛久藩の藩庁。土塁と空堀の一部が現存する。門1棟が移築現存する。 谷田部陣屋（茨城県つくば市谷田部） - 常陸国筑波郡谷田部にあった。谷田部藩の藩庁。玄関1棟と門1棟が移築現存する。 足利陣屋（栃木県足利市雪輪町） - 下野国足利郡足利にあった。宇都宮藩の支藩足利藩の藩庁。井戸と稲荷神社が現存する。また、門が1棟移築現存する。 佐野陣屋（栃木県佐野市植下町） - 下野国安蘇郡にあった。佐野藩の藩庁。土塁の一部が現存する。また、大手門、裏門、中門が移築現存する。 喜連川陣屋（栃木県さくら市） - 下野国塩谷郡喜連川にあった。門1棟が移築現存する。 小幡陣屋（群馬県甘楽町） - 上野国甘楽郡にあった。陣屋の庭園「楽山園」が現存する。付属する茶屋や門が復元されている。 吉井陣屋（群馬県高崎市吉井町） - 上野国多胡郡にあった。吉井藩の藩庁。土塁の一部が現存する。また、表門が移築現存する。 伊勢崎陣屋（群馬県伊勢崎市） - 伊勢崎藩の藩庁。建物の一部と門が移築現存する。 七日市陣屋（群馬県富岡市七日市） - 上野国甘楽郡にあった。七日市藩の藩庁。御殿と中門が現存。門3棟が移築現存する。 岡部陣屋（埼玉県深谷市） - 岡部藩の藩庁が置かれた。埼玉県指定旧跡。長屋門と通用門が移築現存する。 生実陣屋（千葉県千葉市中央区） - 下総国千葉郡にあった生実城の跡に置かれた。生実藩の政庁。土塁と堀の一部が現存する。 六浦陣屋（神奈川県横浜市金沢区六浦） - 武蔵国久良岐郡にあった。六浦藩（武州金沢藩）の藩庁。陣屋入り口の石段が現存する。 大津陣屋（神奈川県横須賀市） - 相模国三浦郡大津にあった。江戸湾防備のために川越藩松平家が築いた陣屋。石橋が移築現存する。 荻野山中陣屋（神奈川県厚木市下荻野） - 相模国愛甲郡中荻野村にあった。荻野山中藩の藩庁。厚木市の史跡に指定されている。また、伝・裏門が移築現存する。
中部地方 サムネイル|奥殿陣屋 書院 与板陣屋（新潟県長岡市与板町与板甲） - 越後国三島郡与板にあった。与板藩の藩庁で後に藩主井伊家が城主格となったため与板城（與板城）とも呼ばれる。大手門と切手門が移築現存する。 大聖寺陣屋（石川県加賀市大聖寺） - 加賀国江沼郡にあった。大聖寺藩の藩庁。藩主別邸（長流亭）のほか、土塁の一部が現存。 鯖江陣屋（福井県鯖江市屋形町） - 越前国今立郡にあった鯖江藩の藩庁。門2棟が移築現存する。 本保陣屋（福井県越前市本保町） - 越前国丹生郡本保村にあった天領・旗本領を統治した陣屋。明治期初頭に本保県県庁が設置された。堀跡とされる水路が残り、跡地は公園化されている。 若猪野陣屋（福井県勝山市） - 越前国大野郡若猪野村にあった美濃国郡上藩の飛び地陣屋。井戸および代官の墓所が残る。 市川代官所（山梨県市川三郷町） - 明和2年（1765年）、紺屋町陣屋（静岡市）の主張所として築かれ巨摩郡と八代郡を支配するために設置された陣屋（代官所）。門だけが残っている。甲斐一国が享保9年（1724年）以降、幕府領となった際に置かれた。明和2年（1765年）に駿府の紺屋町陣屋の出張陣屋として市川大門村に設置された。河内領と中郡領を中心に約三万石を支配した。寛政7年（1795年）陣屋が建替えられ本陣屋となった。文化年間（1804～1818年）初年には計247ヵ村・7万4876石余、ほかに預領9ヵ村・4822石余を管轄した。 伊豆木陣屋（長野県飯田市伊豆木） - 信濃国伊那郡にあった。交代寄合旗本の伊豆木小笠原氏1千石の陣屋。書院と玄関が現存。陣屋跡には門と物見櫓の石垣が現存。 竹佐陣屋（長野県飯田市竹佐） - 信濃国伊那郡にあった。美濃高須藩の陣屋。石垣の一部が残り、門が移築され現存している 須坂陣屋（長野県須坂市大字須坂） - 信濃国高井郡にあった。須坂藩の藩庁。陣屋石垣、鐘楼1棟が陣屋跡に現存。門1棟が移築現存。 岩村田陣屋（長野県佐久市） - 信濃国佐久郡にあった。信濃岩村田藩の藩庁。蔵1棟が移築現存する。 阿島陣屋（長野県下伊那郡喬木村阿島） - は信濃国伊那郡にあった交代寄合旗本知久氏の陣屋。石垣と茶室（曙月庵）が現存している。 木曾代官所（長野県木曽郡木曽町福島） - 信濃国福島宿 (中山道)に置かれた。木曽代官・福島関所関守を務めた山村甚兵衛家の屋敷。建物・庭園等の一部が現存。 奥殿陣屋（愛知県岡崎市奥殿町） - 三河国額田郡奥殿に置かれた。1863年まで奥殿松平家奥殿藩の藩庁として使われた。書院、藩主墓所、土塁の一部が現存する。 西大平陣屋（愛知県岡崎市） - 三河国額田郡西大平に置かれた。大岡忠相によって1748年に立てられた西大平藩の藩庁。塀の一部と門が現存する。 重原陣屋（愛知県刈谷市） - 三河国碧海郡下重原村にあった。明治時代の重原藩の藩庁。1792年、陸奥国福島藩板倉氏が当初飛び地として得た三河国1万石の所領を管理するために置かれた。減封によって三河国内2万8千石でこの陣屋に入封した。玄関と門が移築現存する。 明知陣屋（岐阜県恵那市明智町） - 美濃国恵那郡明知にあった。当初は交代寄合で、後に江戸定府の旗本となった明知遠山氏の陣屋。陣屋の建物は残っていないが、代官の村上氏の屋敷と土蔵が残されている。 北方陣屋（岐阜県本巣郡北方町） - 美濃国本巣郡にあった旗本戸田氏の陣屋。戦国時代の北方城の城跡の一部に置かれた。門1棟が移築現存。 津田陣屋（岐阜県羽島郡笠松町） - 美濃国羽島郡にあった旗本津田氏の陣屋。旗本津田代官屋敷とも呼ばれる。現在は門と土塀が残っており、屋敷は岐阜県揖斐川町の上善明寺に移築され庫裏となっている。 高須陣屋（岐阜県海津市海津町高須） - 美濃国石津郡高須にあった。高須藩の藩庁。土塁と堀の一部が現存する。 西高木家陣屋（岐阜県大垣市上石津町） - 美濃国石津郡多良郷にあった。交代寄合旗本の高木家の陣屋。石垣、明治再建の主屋、門、石造の埋門が現存。土蔵は部材が解体されて保存されている。 野村陣屋（岐阜県揖斐郡大野町） - 野村藩の陣屋。堀跡と土塁の一部が残っている。また、南側の集落内にある民家に総門と藩庁門が移築され現存している。 竹中氏陣屋（岐阜県不破郡垂井町） - 美濃国不破郡岩手にあった。交代寄合旗本竹中家の陣屋として建てられた。水堀、土塁、石垣の一部と櫓門が現存する。
近畿地方 thumb|柏原陣屋 玄関 三上陣屋（ 滋賀県野洲市三上）- 近江国野洲郡にあった。三上藩の藩庁。 大溝陣屋（滋賀県高島市勝野） - 近江国高島郡にあった。大溝藩の藩庁。 仁正寺陣屋（滋賀県蒲生郡日野町） - 近江国蒲生郡にあった仁正寺藩の藩庁。後の西大路陣屋。 久美浜代官所（京都府京丹後市） - 天領の代官陣屋。丹後但馬7万石余の領地を治めた。 大和古市陣屋（奈良県奈良市） - 津藩における大和国の添上・山辺・十市郡、山城国の相楽郡の5万石を支配した陣屋。 陣屋勘定場の土蔵が残っている。 五条代官所（奈良県五條市） - 天領の代官陣屋。長屋門が現存する。現在は奈良地方裁判所支部の敷地となっている。 小泉陣屋（奈良県大和郡山市小泉町） - 大和国添下郡にあった。小泉藩の藩庁。 柳本陣屋（奈良県天理市柳本町） - 大和国式上郡にあった。柳本藩の藩庁。 芝村陣屋（奈良県桜井市芝） - 大和国式上郡にあったが、当初は戒重に陣屋を構えた。 櫛羅陣屋（奈良県御所市） - 1863年（文久3年）に築かれた。 平野陣屋（大阪府大阪市平野区） - 平野郷町泥堂町にあった古河藩の陣屋。天領から古河藩への移管後は、平野における惣会所・惣年寄の統監、および西国各地に点在した古河藩領の統括を行う拠点都市として整備された。また大坂からそれほど離れていなかったため、蔵屋敷としての役割も担った。 麻田陣屋（大阪府豊中市蛍池中町） - 摂津国豊島郡にあった。麻田藩の藩庁。 伯太陣屋（大阪府和泉市伯太町） - 和泉国和泉郡伯太村にあった。伯太藩の藩庁。 狭山陣屋（大阪府大阪狭山市狭山） - 河内国丹南郡池尻村および半田村にあった。狭山藩の藩庁。 地黄城（大阪府豊能郡能勢町地黄） - 別名、地黄陣屋とも呼ばれている。 三田陣屋（兵庫県三田市屋敷町・天神の周辺） - 水堀が一部現存する。現在は県立有馬高校の敷地となっている。 兵庫陣屋（兵庫県神戸市兵庫区)摂津国兵庫津周辺。尼崎藩の兵庫津奉行所が後に幕府直轄となり勤番所が置かれた。 柏原陣屋（兵庫県丹波市柏原町） - 丹波国氷上郡にあった。柏原藩の藩庁。御殿の玄関と長屋門が現存する。 小野陣屋（兵庫県小野市西本町） - 播磨国加東郡にあった。小野藩の藩庁。 三草陣屋（兵庫県加東市東山国） - 播磨国加東郡にあった。三草藩の藩庁。 安志陣屋（兵庫県姫路市） - 播磨国宍粟郡にあった。安志藩の陣屋。表門が残っている。 豊岡陣屋（兵庫県豊岡市京町） - 但馬国城崎郡にあった。豊岡藩の藩庁。
中国地方 足守陣屋（岡山県岡山市北区足守） - 備中国加陽郡にあった。足守藩の藩庁。 庭瀬陣屋（岡山県岡山市北区庭瀬） - 庭瀬藩の藩庁。 浅尾陣屋（岡山県総社市門田） - 備中国賀陽郡浅尾村にあった。浅尾藩の藩庁。 岡田陣屋（岡山県倉敷市真備町岡田） - 備中国下道郡岡田にあった。岡田藩の陣屋。 川辺陣屋（岡山県倉敷市真備町川辺） - 元禄年間に岡田藩が川辺宿に陣屋を移した。 倉敷代官所（岡山県倉敷市本町） - 備中国窪屋郡倉敷村にあった。備中・美作・備後・讃岐沖合などの幕府領地（約6万373石）を管轄統治した代官所。 上下代官所（広島県府中市上下町） - 元禄11年（1698年） 水野家が断絶した翌年、幕府は備前藩主池田綱政に、福山藩の検地を行わせ、5万余石を打ち出した。このため、幕府は、神石郡、甲奴郡、安那郡5万石余を直轄領として、元禄13年（1700年）上下に代官所をおいた。やがて享保2年（1717年）、中津領に2万石が割かれたのを機会に、代官所は石見大森代官所支配に合わされ、その出張(でばり)陣屋と改められて、神石郡10ヵ村、甲奴郡12ヵ村を管轄した。現在は市役所支所として利用されているが、周囲の石垣は往時のままである。 吉田陣屋（広島県安芸高田市） - 安芸国高田郡にあった。広島新田藩の陣屋。
四国地方 サムネイル|西条陣屋 大手門 伊予吉田陣屋（愛媛県宇和島市吉田町） - 伊予国宇和郡にあった。宇和島藩の支藩吉田藩の陣屋。 小松陣屋（愛媛県西条市小松町新屋敷） - 伊予国新居郡にあった。小松藩の藩庁。 西条陣屋（愛媛県西条市明屋敷） - 伊予国新居郡西条にあった。西条藩の藩庁。大手門や堀が現存する。現在は県立西条高校の敷地となっている。 新谷陣屋（愛媛県大洲市新谷町） - 伊予国喜多郡にあった。大洲藩から分知された新谷藩の藩庁。
九州・沖縄地方 サムネイル|神代陣屋 長屋門 豊津陣屋（福岡県京都郡みやこ町豊津） - 小倉藩（後の豊津藩）の藩庁として明治維新期に置かれた。 諫早陣屋（長崎県諫早市東小路町） - 肥前国高来郡諫早にあった。佐賀藩鍋島家家老諌早氏の陣屋。御書院が現存する。 神代陣屋（長崎県雲仙市国見町神代丙） - 佐賀藩神代領領主鍋島氏の陣屋。長屋門が現存する。御殿が残るが大部分は明治以降に新築、増築されたものである。 島原領豊州陣屋（大分県豊後高田市玉津字本丸） - 1669年に松平氏島原領の飛び地支配のために豊後高田城跡に置かれた。 四日市陣屋（豊前国）（大分県宇佐市四日市） - 豊前国中津藩領からの召し上げによって幕府直轄領として代官陣屋が置かれた。門が現存する。 森陣屋（大分県玖珠郡玖珠町） - 豊後国玖珠郡森にあった。来島氏森藩の藩庁。茶屋・陣屋跡石垣が現存する。
建物・遺構が現存しない陣屋 樺太 穴陣屋（久春古丹） - 延宝7年（1679年）松前藩が、久春古丹（樺太庁大泊郡大泊町楠渓）に設けた陣屋。 留多加出張陣屋（留多加町） - 文化6年（1809年）西蝦夷地から樺太が分立し、北蝦夷地となった。この年弘前藩が留多加(ルウタカ)に陣屋を築城し警固に当たった。 白主陣屋（好仁村） - 秋田藩の警護地。
北海道地方 増毛勤番越冬陣屋（北海道増毛町） - 文化6年（1809年）に設置された津軽藩の陣屋。安政2年（1855年）以降は秋田藩が管理した。 ネモロ陣屋（北海道根室市） - 仙台藩の警護地。根室場所付島々（花咲郡の島嶼部）を管轄した。 標津陣屋（北海道標津町） - 安政6年（1859年）会津藩は、西別から紋別までの経営と警備を幕府から任され、標津町ホニコイに陣屋を築いて任にあたった。ホニコイには、北辺防衛会津藩士顕彰碑がある。 十勝陣屋（北海道広尾町） - 幕末に仙台藩により設置された陣屋。 ハママシケ陣屋（北海道石狩市） - 幕末に存在した荘内藩の陣屋。万延元年（1860年）に設けられ、脇陣屋が天塩、苫前、留萌に設けられた。 天塩脇陣屋（北海道天塩町） - 幕末に存在した荘内藩の脇陣屋。 苫前脇陣屋（北海道苫前町） - 幕末に存在した荘内藩の脇陣屋。 留萌脇陣屋（北海道留萌市） - 幕末に存在した荘内藩の脇陣屋。 箱館奉行所（北海道函館市） - 江戸幕府の奉行所 南部陣屋（北海道函館市） - 幕末に所在した南部藩の陣屋。脇陣屋がモロラン(室蘭）ヲシャマンベ（山越郡長万部町）砂原南部藩屯所（茅部郡森町砂原）にあった。 モロラン脇陣屋（北海道室蘭市） - 幕末に所在した南部藩の脇陣屋。 ヲシャマンベ脇陣屋（北海道長万部町） - 幕末に所在した南部藩の脇陣屋。
東北地方 黒石陣屋（青森県黒石市内町） - 陸奥国津軽郡にあった弘前藩から分知した交代寄合旗本黒石津軽家（5千石）の陣屋である。 岩崎藩陣屋（秋田県湯沢市） - 岩崎藩の陣屋。 一関陣屋（岩手県一関市） - 延宝9年（1681年）3月に陸奥岩沼より田村建顕（宗永）が一関藩に移封され、その後西端の磐井川と東端の吸川との間につくられ、中心は釣山の北麓に藩主居館（現町名・城内）があった。 浅川陣屋（福島県石川郡浅川町） - 陸奥国石川郡浅川村に置かれた越後高田藩浅川領の奉行所・幕府領の代官所である。 塙代官陣屋（福島県東白川郡塙町） - 陸奥国白川郡塙村に置かれた幕府領の代官所である。 梁川陣屋（福島県伊達市梁川町） - 陸奥国伊達郡にあった梁川城跡を利用して築かれた陣屋。梁川藩松平氏、松前氏などが入ったほか、幕府が代官所として利用した。 田島陣屋（福島県南会津郡南会津町）- 寛永20年（1643年）江戸幕府が直轄領の南山御蔵入5万5千石の管理のため築いた代官陣屋。寛政2年（1790年）から会津藩が預かり支配を行った。
関東地方 桐生陣屋（群馬県桐生市西久方町） - 江戸幕府が直轄領の桐生を管理するために設置した陣屋。 日光奉行所（栃木県日光市） - 元禄13年(1700年)8月、江戸幕府が設置した奉行所。 益子陣屋（栃木県芳賀郡益子町） - 慶長9年(1604年)下野国那須郡黒羽藩主大関資増の陣屋となり、益子村、生田目村、上大羽村、深沢村、七井村、清水村の6ヶ村を統治した。 真壁陣屋（茨城県桜川市真壁町） - 当初は真壁藩の藩庁として、のちに笠間藩による真壁支配のための陣屋。 松山陣屋（埼玉県東松山市） - 武蔵国比企郡松山町にあった前橋藩の陣屋。東松山市指定史跡。 千葉県 金ヶ作陣屋（千葉県松戸市常盤平陣屋前） - 下総国葛飾郡金ヶ作に設置された江戸幕府の陣屋。主に小金牧などを管轄するために設けられた。 高岡陣屋（千葉県成田市) - 高岡藩の陣屋。 多古陣屋（千葉県香取郡多古町) - 多古藩の陣屋。 折戸陣屋（千葉県山武市)折戸 - 旗本山口氏の陣屋。 貝淵陣屋（桜井陣屋)、(千葉県木更津市貝淵） - 貝淵藩及び桜井藩の陣屋。廃藩置県後に木更津県の県庁が設置された。 飯野陣屋（千葉県富津市） - 飯野藩の藩庁が置かれた 陣屋である。発掘は実施されている。 一宮陣屋（千葉県長生郡一宮町） - 長狭郡一宮に存在した日本の城。通称は「城山」と呼ばれた。中世末期に一旦廃城となったが、江戸時代後期に一宮藩の陣屋として再建された。 東京都 森下陣屋（東京都青梅市森下町） - 八王子の陣屋の出張所。現在は熊野神社の境内森下陣屋跡 - Ome.nave 青梅資料館 2021年5月26日閲覧。。 八丈島代官所（東京都八丈町） - 後北条氏や江戸幕府が代官所を置いたのが島の中心地である大賀郷で、代官所跡は現在、陣屋と呼ばれ、美しい玉石垣が残っている。 神奈川県 岡津陣屋（神奈川県横浜市泉区岡津町） - 相模国鎌倉郡にあった陣屋。岡津代官所とも称する。付近の天領支配のために設けられた。 小杉陣屋（神奈川県川崎市中原区小杉陣屋町二丁目） - 江戸時代初期の旗本天領代官、用水奉行小泉次大夫吉次の陣屋。 浦賀奉行所（神奈川県横須賀市） - 享保5年（1720年）に江戸湾内の経済活動の活発化に伴って奉行所が伊豆下田より移転。浦賀の港の警備、船舶の監督、貨物検査、当地の民政が役務とした。
中部地方 新潟県 新潟町奉行所（新潟県新潟市中央区西堀通） - 長岡藩が延宝4年（1676年）に設置した奉行所。 柏崎陣屋（新潟県柏崎市大久保） - 桑名藩が越後の領地を統治した陣屋。 小千谷陣屋（新潟県小千谷市元町） - 小千谷は天領だったため、陣屋は大きくなり、代官屋敷など多くの建物が建てられた。 高柳陣屋（新潟県妙高市高柳） - 高柳藩が領地を統治した陣屋。 富山県
石川県 七尾陣屋（石川県七尾市） - 前田利家の妻の甥の土方雄久が、越中新川郡で1万石を領知し、後に能登国へ移封された。土方雄久は、山崎村（七尾市）に陣屋を設けた。土方雄久から雄重・雄直と続き、4代目の雄隆は、延宝9年（1681年）、自分の領地の一部を弟の雄賀に与え、雄賀はその一部(150石)を次男の長十郎に分け与えた。ところが、雄隆がお家騒動を起こしたため、貞享元年（1684年）、領地を没収されて天領となり、幕府は、下村に代官所を設置し、手代を常置させ直接支配した。
福井県 松岡館（松岡陣屋、福井県吉田郡永平寺町松岡葵） - 越前国松岡藩の藩庁。50年ほどで廃止。陣屋があった当時は御館（松岡御館）と呼ばれていた。所縁とされる椿の木が残る。 本保出張陣屋（福井県越前市） -享保6年(1721年)江戸幕府の飛騨高山陣屋の出先として築かれた。越前国にある幕府直轄領を管理する天領陣屋。 千福陣屋（福井県越前市） - 越前国南条郡千福村にあった。美濃郡上藩の飛び地管理のための陣屋。 敦賀陣屋（鞠山陣屋、福井県敦賀市） - 越前国敦賀郡にあった。鞠山藩（敦賀藩）の藩庁が置かれた。日本三大陣屋のひとつ。陣屋跡は整地され、民間企業の保養所が建てられていたが現在は更地。私有地につき立ち入りできない。隣接する鞠山神社は藩祖の酒井忠稠を祭る。陣屋大名であり当主は定府であった敦賀藩は、のちに城主格となり、同時に参勤交代の義務が課せられている。
山梨県 谷村陣屋（山梨県都留市） - 韮山代官所の業務を補佐する出先機関。 甲府代官所（山梨県甲府市中央三丁目） - 甲斐国の代官所。甲斐一国が享保9年（1724年）以降、幕府領となった際に置かれた。 長野県 中野陣屋（長野県中野市） - 天領代官所（代官陣屋）のひとつ。 中之条陣屋（長野県埴科郡坂城町） - 天領代官所（代官陣屋）のひとつ。 御影陣屋（長野県小諸市） - 天領代官所（代官陣屋）のひとつ。 田野口陣屋（長野県佐久市） - 龍岡藩(田野口藩)の陣屋。 山吹陣屋（長野県下伊那郡高森町山吹） - 信濃国伊那郡にあった交代寄合旗本座光寺氏の陣屋。 市田陣屋（長野県下伊那郡高森町市田） - 弘化3年(1846年)白河藩阿部氏によって築かれた。 信濃伊那郡領一万三千八百七十四石を管理するために設けた陣屋。