この項目では、ペルー共和国の歴史について述べる。 現在のペルーに相当する地域は先コロンブス期のアメリカ大陸で最も高度な文明が発達した地域であり、知られているものだけでも、チャビン文化（チャビン・デ・ワンタル）、ワリ文化とティワナク文化（、中期ホライズン）、シカン文化、チムー文化（チムー王国）などが考古学的に発掘されている。15世紀にそれらの諸文化を綜合する存在として現れたタワンティン・スウユ、あるいは後世インカ帝国と呼ばれることになる国家は当時の地球上最大級の国家として繁栄した。1533年にタワンティン・スウユがスペイン人の征服者、フランシスコ・ピサロによって滅ぼされた後、スペインの領土となったアンデス山脈一帯はペルー副王領として再編され、リマは南アメリカの西半分を統括した副王領の中心地となったが、植民地時代を通して現在のペルーに相当する地域は徐々に周辺地域と比べた衰退が明らかになっていった。 1821年に独立を宣言し、1824年に独立を達成したものの、その後も内政は安定せず、1879年から1883年まで続いた太平洋戦争ではチリに敗北し、南部の領土を割譲した。20世紀に入ってからも内政は安定せず、経済的にも社会的にも低開発な状態に留まり、1968年の軍事クーデターによって成立したベラスコ将軍の軍事革命政権によって実施された一連の社会改革も、ペルー社会に肯定的な影響を及ぼすことはできなかった。1980年の民政移管後には深刻な社会不安と経済危機に見舞われ、左翼ゲリラと政府の間で内戦に陥っている。また、1941年からペルーはエクアドルとアマゾン川流域の低地を巡って数次に及ぶ国境紛争を繰り広げ、1998年に最終的にこの紛争に勝利して広大な領土を併合している。
先コロンブス期
thumb|left|320px|ナスカの地上絵。 B.C.1000頃～B.C.200頃、アンデス山脈全域にネコ科動物や蛇、コンドルなどを神格化したチャビン文化が繁栄する。その後、コスタ北部にモチェ文化がA.D.100頃～A.D.700頃、現トルヒーヨ市郊外に「太陽のワカ」「月のワカ」を築き、コスタ南部では、A.D.1頃～A.D.600頃に、信仰や農耕のための地上絵を描いたナスカ文化が繁栄した。
紀元800年頃、シエラ南部のアヤクーチョ盆地にワリ文化が興隆した。ティワナクの宗教の影響を強く受けた文化であったと考えられ、土器や織物に地域色は見られるものの統一されたテーマが描かれること、いわゆるインカ道の先駆となる道路が整備されたこと、四辺形を組み合わせた幾何学的な都市の建設などからワリ帝国説が唱えられるほどアンデス全域に広がりをみせ、1000年頃まで続いたと考えられる。コスタ北部のランバイエケ地方には、金やトゥンバガ製の豪華な仮面で知られるシカン文化がワリ文化の終わり頃に重なって興隆した。
その後、コスタ北部にはチムー王国が建国され、勢力を拡大した。首都チャン・チャンの人口は25,000人を越え、王の代替わりごとに王宮が建設されたと思われる。
タワンティン・スウユの繁栄と滅亡（1438年-1533年）
thumb|180px|第9代インカパチャクテク。 thumb|right|180px|クスコの皇帝ワスカル。
15世紀になりクスコ周辺の南部の山岳地帯が、1438年に即位したケチュア族の王パチャクテクによって軍事的に統一されると、以降は征服戦争を繰り広げて急速に勢力を拡大してきた、ケチュア族によるタワンティン・スウユ（インカ帝国）によってペルー、及び周辺のアンデス地域は統合された。続くトゥパク・インカ・ユパンキの代になると、チムー王国も1476年頃に征服されて、その支配体制に組み込まれた。続くワイナ・カパックの征服によりアンデス北部にも進出し、アンデス北部最大の都市だったキトを征服することになる。またワイナ・カパックはマプーチェ族と戦ってチリの現サンティアゴ・デ・チレ周辺までと、アルゼンチン北西部を征服し、ユパンキの代から続いていた征服事業を完成させ、コジャ・スウユ（、「南州」）の領域を拡大させると共にインカ帝国の最大版図を築いた。
thumb|left|220px|「インカ帝国の失われた都市」、マチュ・ピチュ。 インカ帝国はクスコを首都とし、現ボリビアのアイマラ族の諸王国や、チリ北部から中部まで、キトを始めとする現エクアドルの全域、現アルゼンチン北西部を征服し、その威勢は現コロンビア南部にまで轟いていた。インカ帝国は幾つかの点で非常に古代エジプトの諸王国に似ており、クスコのサパ・インカを中心にして1200万人を越える人間が自活できるシステムが整えられていた。インカ帝国はそれまでのアンデス文明の集大成であり、文字を持たなかった文明であったものの、キープと呼ばれた縄によって数の管理がなされ、巨石建築には非常に高度な技術が用いられていた。
帝国は16世紀初め頃まで栄えていたが、1492年にジェノヴァ人の航海者クリストーバル・コロンがアメリカ大陸に到達し、パナマ地峡が1501年にスペイン人のロドリーゴ・デ・バスティーダスによって征服されると、パナマ地峡から南にもたらされたヨーロッパの疫病が帝国内でも流行し、ワイナ・カパックがこの疫病によって病死した。その後帝位継承などの重大な問題を巡ってキト派のアタワルパと、クスコ派のワスカルの二人の皇子の間で激しい内戦が繰り広げられた。
内戦はアタワルパの勝利に終わったが、内戦の疲弊の最中に、パナマ市から南米大陸の太平洋側を南下して遠征してきたフランシスコ・ピサロ率いるスペイン人が、コスタ北部の旧チムー王国の領域に上陸した。ピサロは偵察後、すぐにスペインに戻って国王カルロス1世に自らをペルー総督に任命させ、インカ帝国を侵略することを決めた細谷編著(2004:83)。1531年1月に180人の征服者達がパナマを出帆した。
イタリア戦争で少数部隊戦闘の経験を積んでいた征服者達は1532年11月16日にカハマルカの戦いで第13代皇帝アタワルパを捕らえ、莫大な身代金を取った後に絞首刑にした細谷編著(2004:84-87)。スペイン人は1533年11月15日にクスコを征服し、アンデスを支配していた帝国としてのインカ帝国は崩壊した。ピサロは1534年にスペイン式の都市としてクスコ市とリマ市を建設すると、以降このコスタの都市が、それまで繁栄していたクスコに代わってペルーの中心となった細谷編著(2004:88)。征服以後南北アメリカ大陸の住民は、スペイン人によってインディオ（当時のスペイン語で「インド人」の意）と呼ばれるようになった。
ペルーの征服とビルカバンバのインカ政権（1533年-1572年）
thumb|180px|最後のインカ、トゥパク・アマルー。1572年の彼の処刑によってインカ帝国は完全に滅亡したが、現在もペルー人の精神の中に自らの歴史として残り続けている。
ピサロは旧ワスカル派のマンコ2世をインカ皇帝の位に就けたが、マンコ2世はスペインの傀儡であることを良しとせずにクスコを脱出してインカ人を動員し、街を包囲した細谷編著(2004:89)。しかし、農繁期が来たために包囲は解かれ、折しも成果をあげることなくチリ遠征から帰還したディエゴ・デ・アルマグロによって、クスコは再征服されたのであった細谷編著(2004:89-90)。クスコは1538年にフランシスコ・ピサロの異母弟のエルナンド・ピサロによって攻略され、アルマグロは処刑された細谷編著(2004:90)。この事件がきっかけとなり、フランシスコ・ピサロはアルマグロ派によって暗殺されたが、新総督のバカ・デ・カストロが派遣され、アルマグロ派のスペイン国王への反逆罪を理由に総督バカがピサロ派についたために、国王を味方に得たピサロ派はアルマグロ派を打ち破り、ペルーの支配権を確立したかに見えた細谷編著(2004:90-91)。しかし、国王カルロス1世が1542年にエンコミエンダを一代限りの財産にすることを定めたインディアス新法を制定したがために、財産を奪われることを恐れたピサロ派はゴンサロ・ピサロを擁立して、国王に対する反乱を起こした増田編(2000:66)細谷編著(2004:91)。反乱は成功したかに思われたが、新総督ガスカはエンコミエンダの保障を取引材料にしてピサロ派を切り崩し、ゴンサロ・ピサロを破った細谷編著(2004:92)。それまでスペイン人征服者のエンコミエンダはピサロによって与えられたものであったが、この抗争の解決にあたって1549年にエンコミエンダの再配分が王権によってなされたことにより、ペルーにおけるスペイン王権の支配が確立した。
一方、クスコ包囲を解いたマンコ2世はオリャンタイタンボに撤退し、そこに新たなインカ政権を築いたが、マンコ2世はスペイン人との戦いのためにさらに奥地のビルカバンバに撤退した細谷編著(2004:93)。マンコ2世は1545年に死去し、その後ビルカバンバ政権とスペイン人との間では宥和政策が続いたが、1571年に即位したトゥパク・アマルーは主戦論を採り、当時のペルー副王フランシスコ・デ・トレドも同様だったがために、スペイン人に敗れて捕らえられたトゥパク・アマルーは1572年9月24日にクスコの広場で斬首され、インカ帝国はその歴史の幕を閉じた増田編(2000:60)細谷編著(2004:94-96)。
スペイン植民地時代（1542年-1824年） thumb|360px|ペルー副王領の領域変遷図。 thumb|260px|ペルー副王領の官僚機構を整備した第五代副王、フランシスコ・デ・トレド。
スペイン植民地下のペルーには、1542年にペルー副王領が設立され、行政の中心地はアンデス山脈中のクスコから、太平洋沿岸のリマに移された。リマはスペインの南アメリカ支配の本拠地として栄え、1550年にはサン・マルコス大学が建設された。征服の時代にはエンコミエンダを割り当てられた征服者（エンコメンデーロ）による気ままな支配が行われていたが、アルト・ペルーがスペイン王の植民地としての制度を整えた頃から、エンコメンデーロを排斥するため、国王によって任命された任期5年のコレヒドール（地方行政官）と、コレヒドールによって使役されるインディオのカシーケ（首長）による支配体制が確立された眞鍋編著(2006:216)。しかし、コレヒドールの給与は生活を送るには低すぎたために、多くのコレヒドールはレパルティミエント（商品強制分配）を利用してインディオに商品を不当な価格で売買し、私財を蓄えることを常とした眞鍋編著(2006:216-218)。このことはインディオの怨嗟を招くと同時に植民地行政の腐敗の温床となった。植民地時代を通してコレヒドールはレパルティミエントによる搾取のみならず、ミタ制と呼ばれるカシーケを通じたインディオ共同体への賦役、貢納を要請し、特に3世紀の間に800万人の死者を出したポトシ銀山を始めとする鉱山でのミタは、多くのインディオ共同体に甚大な被害を与えたガレアーノ/大久保訳(1986:99-102)。コレヒドール制やミタ制の導入といった植民地支配のための官僚機構の整備は、1569年から1581年まで着任したペルー副王フランシスコ・デ・トレドの統治によって完成された増田編(2000:71-72)。アメリカ大陸の住民の征服と、それに伴う数多の犯罪行為を思想的に正当化するために、キリスト教カトリック教会がスペインの精神的な支柱の役割を果たしたため、1546年にはリマに大司教座が設置され、ドミニコ会、フランシスコ会、メルセー会、イエズス会などの修道会がインディオへのカトリックの布教を大々的に進めたガレアーノ/大久保訳(1986:102－105)増田編(2000:67-70)。この他にもトレドはインディオを強制集住させてレドゥクシオンと呼ばれる人口村落を各地に築きあげたが、レドゥクシオン政策は早期に失敗し、流浪するインディオが現れるようになった増田編(2000:104-109)。
ポトシ鉱山は1545年に現ボリビア多民族国の南部に当たる地域に発見されたが、その豊富な銀を採掘するために副王トレドの改革によって定められたミタ制により、多くのインディオがティティカカ湖周辺やクスコから集められ、奴隷労働に従事させられた。インディオはこの鉱山のミタを恐れ、共同体を離脱するなどの手段によってミタを逃れるものも少なくなかった眞鍋編著(2006:226-227)。トレドは1572年に水銀アマルガム法を導入して銀生産量を上げ、インディオの過酷な労働によって採掘された南アメリカ原産の銀は、戦争によって逼迫したフェリペ2世期のスペインの財政を大いに助けた増田編(2000:72-73)立石編(2000:157-161)。ポトシ銀山での強制労働によってどれだけの人口減があったかは定かではないが、一説には3世紀で800万人が命を落としたとも主張されガレアーノ/大久保訳(1986:88)、少なくともインカ帝国時代に1000万人を越えていた人口が、1570年に274万人にまで落ち込み、1796年のペルーでは108万人になったとのH.F.ドビンズの推計が存在する増田、柳田(1999:13)。ポトシの富は人間を集め、16世紀中に人口16万人を擁する、当時のロンドンよりも大きい西半球最大の都市となった眞鍋編著(2006:226)。こうして採掘された銀は一通り副王領を循環して銀を中心とした植民地経済の形成が行われた後に、パナマやカルタヘナ・デ・インディアスを通してスペインに送られ、スペイン国内での産業を産み出すことなく、王室や貴族の間での浪費やカトリック信仰防衛のための対外戦争の戦費のために使われたガレアーノ/大久保訳(1986:74-82)増田編(2000:75-76)。このようにしてスペインに流出した銀は、スペインからオランダ、イングランド、フランスなどに流出し、ヨーロッパの価格革命を支える原動力となった。更にこの銀はヌエバ・エスパーニャ副王領（現在のメキシコ）にまで流入し、メキシコ商人が主導したメキシコのアカプルコとフィリピンのマニラを結ぶガレオン貿易に際して、清（中国）の製品を購入してイスパノアメリカにもたらすために決済され、結果的にアジアにまで流出していたのである増田編(2000:76-78)。
物流の進展に伴って人の移動もまた加速した。農業ではアシエンダ制が発展し、教会や一般スペイン人に土地を奪われたインディオは、農園でも奴隷労働力として酷使された増田編(2000:79-80)。アフリカからも黒人奴隷が導入され、黒人奴隷は海岸地方（コスタ）の砂糖プランテーションの労働力となった増田編(2000:81)。こうした複雑な要因が積み重なった結果、18世紀までにペルーでも多くのラテンアメリカ諸国と同様にクリオーリョ（現地生まれの白人）が大多数のインディオ、メスティーソ、黒人を支配するピラミッド構造の上に、ペニンスラール（本国から派遣されたスペイン人）の役人が君臨する社会体制が築かれた。そしてこのような植民地支配に対して、インディオやメスティーソや一部のクリオーリョは、インカ王権にアイデンティティを求めて反乱を繰り返した増田編(2000:119-123)。1730年のコチャバンバでのアレホ・カラタユーの反乱、1739年のオルロでのインカ王の子孫を名乗ったクリオーリョのフアン・ベレス・デ・コルドバの反乱、1742年のアンデス山脈東嶺セルバでのの反乱などが主なものであり、これらの反乱はいずれも鎮圧されたが、1780年に起こったトゥパク・アマルー2世の大反乱の先駆となった。これらの反乱の背景には、17世紀にインカ皇帝の子孫だったメスティーソのインカ・ガルシラーソ・デ・ラ・ベーガの著書、『』によって神聖化されたインカ王権のイメージの影響があったとされており、「インカ・ナショナリズム」と名付けられるこの思想潮流は白人をも含む多くの現地エリートを惹きつけていた増田編(2000:125-126)。
thumb|220px|18世紀に建設されたリマのトーレ・タグレ宮殿。 1717年にペルー副王領からボゴタを主都にパナマ、カラカス、キトを含む地域が、イギリスの攻撃に備えることを目的にヌエバ・グラナダ副王領として分離された中川、松下、遅野井(1985:26-27)。ヌエバ・グラナダ副王領は一旦廃止されたものの、1739年に復活した。ペルーの衰退は、それまで貿易特権により、リマ商人とパナマ地峡を経由してヨーロッパとの貿易を行う必要があったブエノスアイレスやチリ、ベネズエラなどのペルー副王領内の周辺的な地域が、ヨーロッパとの直接交易が可能になった1748年以降相対的に進行して行った増田編(2000:85-89)。植民地時代のリマでは都市文化が栄えており、特に1761年から1776年まで着任した副王アマトはリマの市街地整備や演劇の振興に尽力した眞鍋編著(2006:102-105)。
1759年に即位したスペイン王カルロス3世は衰退を迎えていたスペイン帝国の復興のために、1776年にボルボン改革を実施し、その一環として植民地の再編を図った。1776年にはポルトガル領ブラジルからラ・プラタ地域（現在のアルゼンチン・ウルグアイ・パラグアイ）を防衛するためにリオ・デ・ラ・プラタ副王領がペルー副王領から分離され、リオ・デ・ラ・プラタ副王領にはアルト・ペルーもが編入された増田編(2000:89-90)。リオ・デ・ラ・プラタ副王領は以降リマを介さずに、副王領の主都となったブエノスアイレスから直接ヨーロッパと貿易を行うようになった。その他にも新税の導入や、レパルティミエントの腐敗を一掃するためにコレヒドール制に代わってインテンデンテ制が導入されたが、ペニンスラールを中心に据えた改革はクリオーリョからインディオまで多くの植民地人に大きな不満をもたらした増田編(2000:90-91)。植民地人がボルボン改革に不満を抱く中、1780年にトゥパク・アマルーの子孫だった運送業者のホセ・ガブリエル・コンドルカンキはトゥパク・アマルー2世を名乗り、インディオやメスティーソを動員してクリオーリョ支配層に対する反抗とスペイン王への忠誠を名目に反乱を起こした細谷編著(2004:109-110)。ホセ・ガブリエル・コンドルカンキはミタ制、レパルティミエント、ボルボン改革による新税の廃止などを掲げており、当初反乱は白人も含んだ大衆反乱だったが、次第に貧困層のインディオを主体とした反乱軍がスペイン王治下の改革から理想化されたインカ帝国の復興に目標を変え、その過程の中で白人に対する暴行、殺害が相次ぐようになると、当初協力的だった白人の支持も次第に失い、トゥパク・アマルー2世は部下の裏切りにより捕らえられ、先祖と同様にクスコの広場で処刑された増田編(2000:127-128)。1781年にはアルト・ペルーでもトゥパク・アマルー2世に呼応したトゥパク・カタリが反乱を起こし、二度に渡ってラパスを包囲したが、白人層やカトリック教会への苛烈な態度によって彼等の支持を得ることができず、カシーケの支持もなかったために同年捕えられて処刑された増田編(2000:128-129)。これらの反乱は全て失敗に終わったものの、スペイン王室によるペルー副王領支配を大きく揺るがせ、後のペルー喪失の遠因となった。
独立戦争（1810年-1824年）
thumb|180px|right|アルゼンチン、チリ、ペルーの解放者、ホセ・デ・サン・マルティン。 right|thumb|180px|アメリカ大陸の解放者、シモン・ボリーバル。
19世紀に入り、ナポレオン戦争によるヨーロッパでの政変によって、スペイン本国でフランス帝国軍の軍事力を背景にフェルナンド7世が廃位され、皇帝ナポレオンの兄のジョゼフがホセ1世として国王に即位すると、インディアス植民地は偽王への忠誠を拒否し、キト、ラパス、カラカス、ブエノスアイレス、ボゴタ、サンティアゴ・デ・チレなど各地でクリオーリョによる自治運動が進んだ増田編(2000:183-192)。しかしペルーでは、ペルーのクリオーリョが、インディオ大衆による社会革命と化したトゥパク・アマルー2世の反乱の恐怖を忘れることが出来なかったために自治運動は進展しなかった増田編(2000:192-193)。この情勢を幸いとしてペルー副王フェルナンド・アバスカルは、自治派クリオーリョが実権を握っていたアルト・ペルーのラパス、キト、チリのサンティアゴ・デ・チレに遠征軍を送り、在地のクリオーリョの自治政府を鎮圧した細谷編著(2004:112)。ペドロ・ドミンゴ・ムリーリョの反乱が鎮圧された後、アルト・ペルーは再びリオ・デ・ラ・プラタ副王領からペルー副王領に編入され、1810年5月25日の五月革命によってポルテーニョが自治政府を樹立したブエノスアイレスは、マヌエル・ベルグラーノ将軍を差し向けてアルト・ペルーを解放しようとしたが、アバスカルはこの解放軍による攻撃をも乗り切った。1814年にクスコからマテオ・ガルシア・プマカワが蜂起し、しばらくシエラの主要部を占領したが、プマカワも敗れ、ペルーは外来勢力の二人の英雄に解放される形で独立を果たすことになった。
260px|thumb|left|ホセ・デ・サン・マルティンの独立宣言（1821年）。 1816年に独立したリオ・デ・ラ・プラタ連合州（現在のアルゼンチン）はペルーからスペイン軍を追い出すことが自国の独立を保証すると考え、ホセ・デ・サン・マルティン将軍はこの構想の下にまずアンデスを越えてチリを解放し、チリから海路でリマを攻略することを決定した。サン＝マルティン率いる解放軍がリマを解放すると、1821年7月28日にペルーはサン・マルティンの指導の下で独立を宣言したが、副王政府は植民地支配に固執し、シエラに逃れて抵抗を続けた。しかし、間もなくサン・マルティンのペルー統治がリマ寡頭支配層間の内紛で行き詰ったため、1822年7月26日にサン・マルティンは、北のベネズエラからコロンビア共和国の解放軍を率いた解放者シモン・ボリーバルとグアヤキルで会談し、この会談によってボリーバルはサン＝マルティンからペルー、アルト・ペルーの解放戦争を引き継いだ。1824年8月6日にフニンの戦いでボリーバルはスペイン軍に勝利すると、ボリーバルはリマを再々解放し、一方分遣隊を率いたアントニオ・ホセ・デ・スクレが12月9日にアヤクーチョの戦いでペルー副王ホセ・デ・ラ・セルナ を撃破し、ここでペルーは事実上の独立を果たした。1826年1月23日にはカヤオ要塞に籠ったスペイン軍の残党も降伏し、ペルーからスペイン勢力は一掃された。こうしてペルーは長く続いたスペインの支配からようやく独立を果たしたのである。
しかし、政治的な主権の獲得が、直ちにインディオ、メスティーソ、黒人、そして女性といった人々の平等と尊厳の獲得に繋がったわけではなかった増田、柳田(1999:71-72)。独立時の戦いにより財政は疲弊し、農業も鉱業も荒廃しきっており、奴隷制は完全に廃止されず、1826年のペルーの人口約150万人のうち、148,000人と一割にすぎない白人の、さらに男性のみが、以降百数十年以上ペルーの国政を動かすのであった増田、柳田(1999:70-72)。
カウディーリョの時代（1824年-1884年） right|thumb|220px|ペルー・ボリビア連合の国旗。 独立後のペルーの政治はやはり多くのラテンアメリカ諸国と同じくカウディーリョ（地方に依拠する軍事指導者）の政治となり、1846年まで各地でカウディーリョ間の私闘が続いた。その中でも特に有力だったのはアヤクーチョの戦いでスクレと共に戦ったホセ・デ・ラ・マール、アグスティン・ガマーラ、アンドレス・デ・サンタ・クルスの三人であった細谷編著(2004:120)。一方ボリビア共和国（ボリーバルの共和国）の事実上の初代大統領はベネズエラ人でボリーバル派のスクレだった。ラ・マールとガマーラは強硬な反ボリーバル派であり増田編(2000:225)、大コロンビアやボリビアのスクレ政権と敵対し、周辺国との戦争に明け暮れた。1828年にラ・マール政権はグアヤキル（現エクアドル最大の港湾都市）を要求してコロンビア共和国に宣戦布告したが、ラ・マール大統領はポルテテ・デ・タルキの戦いでボリビアからコロンビアに帰国したスクレに打ち破られた後、ラ・マールはガマーラによって追放された増田、柳田(1999:73-74)。他方ボリビアでは、1827年にスクレが失脚してから、サンタ・クルスが実権を握っていた眞鍋編著(2006:245)。この後、1829年にペルーの大統領になったガマーラとボリビアの大統領になったサンタ・クルスは、互いにペルーとボリビアの合邦構想を抱き、自らがその領袖となろうとしていた細谷編著(2004:121)。
ペルー国内の政変で失脚したガマーラはボリビアの攻略を計画したが、先手を取ったボリビアのアンドレス・デ・サンタ・クルス大統領が、ボリビア主導でのペルー・ボリビア連合構想に基づいて1836年にペルーを完全征服し、同1836年10月に北部ペルー、南部ペルー、ボリビアの三州から成るペルー・ボリビア連合の成立が宣言された増田、柳田(1999:74-75)眞鍋編著(2006:248-250)。ガマーラを始めとする亡命ペルー人は独立戦争の経緯から反ペルー感情の強かったチリに亡命すると、チリ政府とアルゼンチンの実力者フアン・マヌエル・デ・ロサスの力を得て軍を動かし、ユンガイの戦いでサンタ・クルスを破ったため、1839年にこの国家連合は崩壊した増田、柳田(1999:75-76)。
right|thumb|220px|「解放者」、ラモン・カスティーリャ。ペルー・ボリビア連合崩壊後の内乱を制し、1845年から1867年までペルーに秩序を確立した。 再び独立したペルーではガマーラが大統領に就任し、1841年にペルー主導でのペルー・ボリビア連合を望んだガマーラは侵攻軍を率いてボリビアに向かったが、インガビの戦いでボリビア軍によって撃退され、ガマーラ自身も戦死した。翌1842年にプーノで両国の講和条約が結ばれ、以後両国の統一を望む運動はなくなった増田編(2000:229)眞鍋編著(2006:251)。ガマーラの死後ペルーは内乱状態に陥ったが、1845年にかつてアヤクーチョで戦ったラモン・カスティーリャが内乱を制して大統領に就任すると、この1845年から1867年まで事実上ペルーを支配したカスティーリャの時代に、強権によってペルーの内政は安定を迎えた細谷編著(2004:)。この時代にはイギリスやアメリカ合衆国を始めとする外国資本によって経済開発が進み、肥料に適していた海岸部のグアノ（海鳥の糞からなる鉱石資源）や、コスタでの綿花やサトウキビ、タラパカでの硝石が主要輸出品となってペルー経済を支え、特にグアノから生み出された富によってそれまで滞っていた公務員や軍隊への給与や外債の支払い、鉄道や電信、上下水道、港湾などインフラストラクチュアの整備、士官学校の創設や海軍の増強、盗賊の出没した街道の治安の確立などの諸事業がなされた増田、柳田(1999:77-82)細谷編著(2004:122-123)。