第39回天皇杯全日本サッカー選手権大会（だい39かいてんのうはいぜんにほんサッカーせんしゅけんたいかい）は、1959年（昭和34年）5月3日から5月6日まで東京都文京区の小石川サッカー場において開催された天皇杯全日本サッカー選手権大会である。
概要 本大会出場は16チーム。
出場チーム 関学クラブ（協会推薦・前回優勝、4年連続8回目） 全北海クラブ（北海道、初出場） 全東北学院大学（東北、初出場） 慶應BRB（関東、6年連続12回目） 全立教（関東、2年ぶり8回目） 中央大学（関東、6年ぶり2回目） 古河電工（関東、初出場） 茗友クラブ（関東、3年連続3回目） 富山サッカー（北陸、2年ぶり6回目） 名古屋クラブ（東海、2年連続3回目） 関大クラブ（関西、3年連続5回目） 京都紫光（関西、4年連続4回目） 全大阪経済大学（関西、初出場） 東洋工業（中国、8年連続9回目） 全松山商大学（四国、初出場） 八幡製鉄（九州、5年連続5回目）
結果
参考文献 第94回天皇杯全日本サッカー選手権大会大会パンフレット (p. 56)
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