新潟県の二級水系一覧では、新潟県を流れる水系のうち、新潟県が管理する二級水系を記述する。2004年4月1日現在、143水系、396河川ある。
リストの順序は、北から南に河口の位置を基準にして並んでいる。佐渡島の河川は時計回りに並んでいる。地形順の参考として一級水系（国土交通省管轄）も記載している。括弧内の水系名が一級水系。
水系名流路延長(km)流域面積(km2)河川数河口所在地備考 中ノ沢川 0.700 1 村上市 大川 17.607 9村上市小俣川上流端からの流長 間の内川 1.000 1村上市 碁石川 1.200 1村上市 勝木川 13.397 5村上市がつぎがわ 葡萄川 12.581 3村上市 脇川 1.000 1村上市 板貝川 1.400 1村上市 笹川 0.600 1村上市 桑川 1.700 1村上市 早川 0.450 1 村上市 大川 1.000 1村上市 三面川 41.022 23村上市 石川 7.608 3村上市 （荒川） 73 1150 61村上市一級水系 胎内川 34.990 10胎内市 落堀川 3.600 14新発田市 加治川 47.515 28聖籠町 （阿賀野川） 210 7710 243新潟市一級水系 （信濃川） 367 11900 880新潟市一級水系 新川 13.492 7新潟市 坂本川 0.600 1新潟市 白勢川 0.500 1新潟市 宝川 0.460 1新潟市 大野積川 1.500 1長岡市 次郎七川 0.835 1長岡市 高堂川 1.500 1長岡市 藤四郎川 1.400 1長岡市 大三川 1.430 1長岡市だいぞうがわ 新島崎川 5.500 1長岡市 郷本川 12.300 4長岡市 島崎川 10.650 10長岡市、出雲崎町 相場川 2.600 2出雲崎町 石地川 1.700 1柏崎市 尾町川 1.300 1柏崎市 大津川 2.300 1柏崎市 二位殿川 2.900 1柏崎市 鯖石川 48.098 39柏崎市 鵜川 24.574 9柏崎市 前川 4.700 1柏崎市 谷根川 7.900 1柏崎市たんねがわ オガチ川 3.500 1柏崎市 柿崎川 19.245 10上越市 （関川） 64 1140 78上越市一級水系 桑取川 15.752 7上越市 名立川 19.259 7上越市 徳合川 1.935 1糸魚川市 筒石川 1.500 1糸魚川市 山王川 1.400 1糸魚川市 能生川 19.544 8糸魚川市 木浦川 4.000 1糸魚川市 古川 1.100 1糸魚川市 中央川 1.200 1糸魚川市 早川 13.760 10糸魚川市 前川 2.200 1糸魚川市 海川 14.506 4糸魚川市 （姫川） 60 722 47糸魚川市一級水系 八千川 2.000 1糸魚川市 田海川 4.100 1糸魚川市とうみがわ 青海川 11.781 1糸魚川市おおみがわ 歌川 1.800 1糸魚川市 外波川 2.300 1糸魚川市となみがわ 境川 3.100 2糸魚川市、朝日町 黒姫川 2.000 1佐渡市 歌見川 2.000 1佐渡市 馬首川 3.500 1佐渡市 和木川 3.500 1佐渡市 玉川 1.400 1佐渡市 白瀬川 3.963 1佐渡市 北五十里川 0.800 1佐渡市きたいかりがわ 椿川 2.000 1佐渡市 羽黒川 2.500 1佐渡市 梅津川 5.350 6佐渡市 外城川 4.200 1佐渡市どじょうがわ、加茂湖に流入。 貝喰川 3.800 2佐渡市かいばみがわ、加茂湖に流入。 長江川 4.200 1佐渡市加茂湖に流入。 天王川 5.000 2佐渡市加茂湖に流入。 久知川 7.600 1佐渡市 河崎川 5.000 1佐渡市 真更川 4.500 1佐渡市 両尾川 3.000 1佐渡市もろおがわ 大川 1.000 1佐渡市 野浦川 2.000 1佐渡市 東立島川 1.000 1佐渡市 赤玉北川 1.200 1佐渡市 立間川 1.000 1佐渡市 柿野浦川 0.700 1佐渡市 東鵜島川 0.500 1佐渡市 岩首川 2.200 1佐渡市 浦之河内川 1.700 1佐渡市 河内川 3.600 2佐渡市 腰細川 2.500 1佐渡市 高川川 3.400 1佐渡市 中野川 1.500 1佐渡市 荒町川 2.000 1佐渡市 柳沢川 1.200 1佐渡市 堀切川 1.200 1佐渡市 羽茂川 17.400 3佐渡市 小比叡川 1.800 1佐渡市 泉財川 1.000 1佐渡市 称光寺川 0.500 1佐渡市 大浦川 0.400 1佐渡市おうらがわ 椿尾川 1.000 1佐渡市 高崎川 1.000 1佐渡市 西三川川 6.500 3佐渡市 三貫目川 0.800 1佐渡市 小川内川 4.500 1佐渡市 真野川 2.000 1佐渡市 高立川 1.500 1佐渡市 国府川 19.062 31佐渡市 石田川 7.000 5佐渡市 荒町川 2.100 2佐渡市 沓掛川 0.670 1佐渡市 玄道川 1.250 1佐渡市 播磨川 2.100 1佐渡市 質場川 1.500 1佐渡市 羽二生川 1.200 1佐渡市はにゅうがわ 目観音川 0.900 1佐渡市 海士町川 1.000 1佐渡市 大仏川 1.000 1佐渡市おぼとけがわ 間切川 1.500 1佐渡市 濁川 2.500 1佐渡市 水金川 1.000 1佐渡市 小川川 1.320 1佐渡市 達者川 1.200 1佐渡市 小川 1.500 1佐渡市 北狄川 1.500 3佐渡市きたえびすがわ 中の坂川 0.600 1佐渡市 戸地川 5.671 1佐渡市 松島川 0.400 1佐渡市 石花川 6.200 6佐渡市いしげがわ 小川 0.600 1佐渡市 桜川 2.000 2佐渡市 北立島川 2.000 1佐渡市 安田川 1.500 2佐渡市 入川 6.700 4佐渡市 堀切川 0.250 1佐渡市 孫助川 1.500 2佐渡市 小野見川 1.600 1佐渡市 馬込川 0.240 1佐渡市 石名川 2.000 1佐渡市 大倉川 2.500 1佐渡市 堂の川 0.450 1佐渡市 矢柄川 2.000 1佐渡市 関川 3.000 1佐渡市 五十浦川 1.000 1佐渡市いかうらがわ 岩谷口小川 0.350 1佐渡市 大川 2.000 1佐渡市
関連項目 河川 二級水系 日本の川一覧
出典・参考文献 日外アソシエーツ編集発行 『河川大事典』 日外アソシエーツ、1991年。 新潟県土木部河川管理課のページ