石田 三成（いしだ みつなり）は、安土桃山時代の武将・大名。豊臣秀吉に仕え、行政・外交・検地などに卓越した能力を発揮し、豊臣政権の中枢を担った五奉行の一人である。
公正無私な性格と信義を重んじる姿勢から、忠臣として知られる。秀吉の死後は徳川家康の台頭に対抗して諸大名とともに西軍を組織し、関ヶ原の戦いで敗れて京都六条河原で処刑されたが、すべてを投げ打って主家を守ろうとした裏表のない律儀な行動とその忠義は、人々の心に強い感動を残し、後世まで語り継がれている。
関ヶ原の戦いで西軍を率いた時、三成は41歳であった。後世に描かれた（存命中に描かれたものではない）杉山家伝来の肖像画ではより年長の印象を受けるが、実際は若年であった。
生涯 出自と幼少期 thumb|240px|石田三成出生地碑と三成像（滋賀県長浜市石田町） 永禄3年（1560年）、三成は近江国坂田郡石田村（現在の滋賀県長浜市石田町）にて、石田正継の三男として誕生した。母は瑞岳院（浅井氏の家臣・土田氏の娘と伝わる）。幼名は佐吉（さきち）と名付けられた。
三成の生まれた当時、石田村のある坂田郡北部は、東浅井郡の小谷城を本拠とする浅井氏の勢力圏に属していた。この年は浅井長政が父・久政から家督を継承し、勢力の拡大を図っていた時期である。さらに同年、尾張国の織田信長は桶狭間の戦いで今川義元を破り、西上への契機を掴んでいた転機でもあった。
元亀2年（1571年）10月頃、父の石田正継、次兄の正澄が織田信長の配下である羽柴秀吉に臣従したとみられ、三成も次いで秀吉に仕えたと考えられる。三成は秀吉の近習（小姓）として活動したとみられるが、一次史料からその動向を追うことはできない。
その後、秀吉が信長の命により、中国攻めの総司令官として中国地方へ向かった際、三成もこれに従軍した。そのため、三成の存在は、他家にも比較的早い段階で知られていた。
淡路島攻略戦での働き 天正9年（1581年）11月、三成は仙石秀久が指揮を執った淡路島攻略戦に同行している。このとき、仙石の家臣である広田藤吾が洲本城の戦いにおいて抜群の軍功を挙げたことから、三成は仙石および広田の戦功を秀吉に取り次いだとされる。結果として、両名はその功を賞され、面目を施すこととなった（『広田家文書』）。
秀吉の側近としての台頭、外交・実務の開始
本能寺の変と三成の台頭 天正10年（1582年）6月、織田信長が本能寺の変により横死し、羽柴秀吉が山崎の戦いで明智光秀を破って頭角を現す。三成もこれ以降、秀吉の側近として次第に台頭していく。
賤ヶ岳の戦いでの偵察と戦功 天正11年（1583年）3月、秀吉が柴田勝家と対峙した賤ヶ岳の戦いの前において、三成は柴田軍の動向を探る偵察役を務めた（『称名寺文書』）。当時、三成は24歳であった。この際、浅井郡尊勝寺村（現在の滋賀県長浜市尊勝寺町）の僧侶・性慶と協力し、「忍びの者」を戦場周辺に派遣して、余呉湖周辺の山間に潜む百姓たちに対し、秀吉方に味方して手柄を立てれば褒美を与える旨の情報を流したとされる。また、同年4月21日に賤ヶ岳の戦いの本戦に参加し、『一柳家記』によれば、先駈衆として柴田軍に突撃した将兵14人の中に三成の名が記されており、一番槍の功名を挙げたと伝えられている。
上杉家との外交と信頼関係の構築 賤ヶ岳の戦いで柴田勝家が滅亡した直後、三成は秀吉の命を受け、上杉家の重臣である直江兼続と狩野秀治に書状を送り、秀吉との提携を求めた。これに応じて、上杉景勝は家臣の大石綱元を派遣し、三成を通じて秀吉に戦勝の祝意を伝えるとともに、和睦の意を表した。この斡旋をきっかけに、三成と上杉家との間には早くから親密な信頼関係が築かれたとされる（詳細は「上杉景勝・直江兼続との関係」の節を参照）。
小牧・長久手の戦いへの従軍 天正12年（1584年）3月、小牧・長久手の戦いに従軍。
太閤検地への実務参加 同年11月には、近江国蒲生郡で行われた太閤検地の奉行も務め、官僚としての実務能力を早くも発揮した（詳細は「太閤検地」の節を参照）。
豊臣政権の中枢へ
従五位下・治部少輔に叙任 天正13年（1585年）7月11日、秀吉の関白就任に伴い、慣例に従って十二人の諸大夫が任命され、三成も中村一氏・大谷吉継・福島正則らとともに、その一人に選ばれた。これにより、従五位下・治部少輔に叙任されている。当時三成は26歳であり、若年ながら異例の出世を遂げていた。
島左近の召抱え 天正14年（1586年）1月、三成は当時名将として名高かった武将・島清興（左近）を、知行の半分を与えて召し抱えたとされる（『常山紀談』。異説あり）。この抜擢に秀吉は驚嘆し、左近に三成への忠誠を促すとともに、菊桐紋入りの羽織を与えて賞賛した。
上杉家との初対面 同年6月、越後国の上杉景勝と直江兼続が秀吉への臣従のため上洛した際、三成はその取次役を務め、金沢城下郊外の森本（現・石川県金沢市）まで出向いて上杉一行を出迎えた。このときが、三成と景勝・兼続との初対面であったとされている。
堺奉行に就任 また、同年6月14日に三成は和泉国の堺奉行（現・大阪府堺市）にも任じられた。当時の堺は、中国、フィリピン、タイ、ポルトガル、スペインなどとの南蛮貿易によって栄え、戦乱の影響を受けにくい自治都市として学問や文化も隆盛を極めていた。今井宗久や津田宗及らによって茶の湯も盛んに行われており、国内でも有数の重要都市であった。ただし、奉行に任じられた三成は常に秀吉の側近にあって行動を共にしており、翌年の九州平定にも秀吉に従って西下していた。そのため、堺での実務はのちに父・石田正継が代官として担っていたとされる。
三玄院の建立 さらに同年、三成は山城国大徳寺（臨済宗大徳寺派）の高僧・円鑑国師（春屋宗園）にたびたび参禅し、その教えを深く受けた。こうした信仰のあらわれとして、浅野幸長・森忠政とともに浄財を喜捨し、大徳寺境内に国師のための塔頭「三玄院」を建立したとされる。（詳細は「三玄院」の節を参照）。
九州平定と博多再興、そして島津家との絆のはじまり
九州平定と補給管理 天正15年（1587年）、秀吉は九州平定のために大軍を動員し、比較的短期間で作戦を完遂した。勝因の一つには、水軍を活用して兵を迅速に輸送する能力が挙げられる。とりわけ注目されるのが、総勢25万ともいわれる軍勢に対し、兵糧や弾薬の補給が滞ることなく行われた点であり、これは当時としては極めて異例の事例である。この補給管理を担った三成は、戦局を支える実務の中核として重要な役割を果たしていた（詳細は「九州征伐における兵糧・弾薬の補給管理」の節を参照）。
博多の町の再興と自由都市構想 九州平定後の同年6月7日、三成は博多奉行（現・福岡県福岡市）を命じられ、長束正家・小西行長らとともに町の復興にあたった。町域を十町四方に整え、碁盤目状に街路を区画する町割を行い、かつての問屋や座を廃止して自由商業を認める「自由都市」構想を推進。さらに、地子免除や税制の優遇に加え、徳政令の適用を除外することで商取引の安定性を確保し、町人主体の自治都市としての再建を図ったとされる（詳細は「博多の町の再興」の節を参照）。
島津義久の上洛支援と島津家との関係深化 同年から翌年の天正16年（1588年）にかけて、三成は薩摩国の島津義久が秀吉に謁見する際の取次を務め、上洛を斡旋した。義久の道中には赤間ヶ関（現・下関市）にて出迎えを行い、先に到着していた人質の娘との再会を手配。堺でも多くの船を用意して義久の一行を丁重にもてなすなど、三成はその上洛を全面的に支援した。この上京を契機として、三成と島津家との関係は急速に深まり、以後も秀吉への謁見、在京支援、帰国調整などに関わり、島津家の信頼を得ていくこととなる（詳細は「島津義久・島津義弘との関係」の節を参照）。
美濃国の検地 天正17年（1589年）、美濃国を検地する。
小田原征伐・忍城の戦い
佐竹氏との外交折衝 秀吉は関東平定を目的として、天正17年（1589年）11月24日に後北条氏に対して宣戦を布告した（小田原征伐）。その4日後の11月28日、秀吉は常陸国（現・茨城県）北部に勢力を有する佐竹義宣の重臣・北義斯および東義久宛に書状秋田藩家蔵文書を送り、来春に後北条氏を討伐する予定であるため、出陣の準備を進めるよう伝えた。この際、書状の内容を詳細に伝達する使者として、三成の名が記されている。
島左近の初出 天正18年（1590年）5月25日付で三成が佐竹義宣の重臣・東義久に宛てた書状には、秀吉への謁見に際しての心構えが記されており、あわせてその伝達の使者として三成の家臣・島左近の名がはじめて文中に登場している（『秋田藩家蔵文書』）。このことから、島左近は少なくともこの時点において三成に仕えていたとされる。
同年5月27日、佐竹義宣は家臣団を率いて秀吉に拝謁し、黄金などを献上するとともに、三成にも馬や黄金を贈っている。さらに義宣の重臣・東義久も同様に三成へ贈り物を行っており、これらの事実は、佐竹氏の小田原征伐への参陣が、豊臣政権側の三成と佐竹側の東義久との折衝の結果として成立したことを示している。
忍城水攻め なお、三成自身も同年3月1日に小田原征伐に参陣し、6月4日には秀吉の命により、後北条氏の支城である忍城に加わったとされる（忍城の戦い）。このとき三成は、主将であった浅野長政の小田原召還と入れ替わる形で、主将として佐竹義宣・多賀谷重経・宇都宮国綱らとともに約3万の兵を率いて出陣した。大谷吉継もこれに従軍し、のちには真田昌幸も加わった。三成の自前の兵力は1500人程度であったが、大軍を預けられたこの抜擢は、当時31歳だった三成への秀吉の厚い信頼を示すものであった。
忍城では、秀吉の指示で川の水を城周囲に引き込む水攻めが行われた。このとき築かれた堤防は「石田堤」と呼ばれ、現在も遺構が各地に現存している。関東各地の後北条氏の支城は、小田原城よりも先に陥落していったが、忍城では小田原開城後の7月16日まで戦闘が続いた（詳細は「忍城水攻めと実際の指揮構造」の節を参照）。
奥州仕置 葛西・大崎領の接収と奥州・出羽検地 その後、秀吉は後北条氏の処分が一段落すると、天正18年（1590年）7月17日に小田原を出発して会津に下り、8月9日に黒川城に入城した。そして直ちに奥州仕置を開始し、小田原征伐に参陣しなかった葛西晴信・大崎義隆の領地を没収。これらの旧領は木村吉清・木村清久父子に与えられたほか、小田原征伐に遅参した伊達政宗の旧領である会津には蒲生氏郷を封じて、奥州の拠点とした。この処分に伴い、三成は浅野長政と共に葛西・大崎領に赴き、気仙城（現・岩手県陸前高田市）や大原城（同県東磐井郡）など数城の接収を担当した。
その後、秀吉は新たに支配下に置いた会津をはじめ、奥州・出羽の諸国に対して検地の実施を命じた。これにより、奥州南部領の検地は三成と浅野長政が、出羽の検地は大谷吉継らが担当したとされる。その後、秀吉は後事を甥・豊臣秀次らに託して京都へ帰還した。
葛西・大崎一揆 しかし、同年10月16日、大崎・葛西の旧臣や百姓らが、木村吉清・木村清久父子の圧政に反発して大規模な一揆（葛西・大崎一揆）を起こすに至っていた。これを受けて、秀吉は徳川家康および豊臣秀次に奥州への出陣を命じるとともに、三成にも二度目となる奥州下向を命じた。
茶の湯と文化活動 なお、三成は同年11月10日に奥州の検地から帰京したばかりとされ、11月12日には佐竹義宣とともに千利休の朝会に招かれている（『利休百会記』）。
また、12月2日と12月8日には、三成自身が亭主を務める茶会を開催しており、その茶の湯への親しみがうかがえる（『宗湛日記』『宗凡他会』）。
天正19年（1591年）正月10日、三成は相馬（現・福島県相馬市）に到着し、佐竹義宣・岩城貞隆・相馬義胤らの諸大名に対して出兵を促す秀吉の命令を伝達した。だが、一揆はまもなく鎮圧されたため、三成は相馬より帰還した。
佐竹氏との交流と九州出兵準備 その後、同年閏正月4日には、三成が料理用の鶴を持参して、佐竹義宣の太田城（現・茨城県常陸太田市）において催された茶会に訪れる旨を記した書状が残されており（『千秋文庫佐竹家伝来資料を蔵する』）、奥州滞在中における佐竹氏との和やかな交流の一端がうかがえる。
同年閏正月中旬、三成は上方へ戻り、増田長盛・大谷吉継らと共に、朝鮮出兵の準備のため九州へ下向した。
同年2月初旬には、博多の豪商邸においてたびたび茶会が催され、三成は小早川隆景や宇喜多秀家らと同席している。
佐和山城代としての政務開始 同年4月、三成は近江の佐和山城に入城した。ただし、これは蔵入地の代官としての入城であり、城主ではなく佐和山城を預かる城代の立場にあった。当時の三成の所領は美濃国内、安八郡神戸およびその周辺であったと推定されている伊藤真昭「石田三成佐和山入城の時期について」『洛北史学』4号、2003年。。
九戸政実の乱 葛西・大崎一揆の鎮圧から間もない同年2月、陸奥では九戸政実の乱が勃発した。九戸政実は南部氏の一族であったが、当主・南部信直に対する不満を抱いており、葛西・大崎一揆後の混乱に乗じて挙兵したとされる。
これを受けて、秀吉は同年6月、徳川家康および豊臣秀次を総大将とする討伐軍を奥州へ派遣し、三成もこれに従って三度目となる奥州への東下を行った。先鋒として進軍した伊達政宗・蒲生氏郷らが九戸方の属城を次々と攻略し、同年9月には九戸政実が立てこもった陸奥国福岡城（現・岩手県二戸市）も陥落。政実は降伏し、ここに奥州の諸動乱は完全に鎮定された。三成はこの奥州仕置において、短期間のうちに三度にわたって奥州へ赴いており、その現地調整・政務遂行における重要な役割がうかがえる。
伊達政宗の移封と三成の現地調整 この乱の鎮圧後、秀吉は伊達政宗に対して、葛西・大崎の旧領を与える一方で、政宗の本領のうち会津に近い六郡を没収し、これを蒲生氏郷に与えた。これに伴い、政宗は居城を米沢から岩手沢（現・宮城県大崎市）へと移すこととなった。
このとき、三成は政宗の新領内にあたる気仙城および大原城の修築を行い、両城を政宗に引き渡している。また、政宗が両城周辺の民家を岩手沢に移転させる意向を示したことを受け、三成は政宗側から普請の人員が派遣されない場合でも、自らの配下の者を用いて、家々を損なわぬよう丁寧に解体し、希望の場所まで運搬する旨を申し出るなど、政宗の移封に際して協力的な姿勢を示した。
文禄の役 朝鮮出兵と船奉行としての任務 thumb|300px|朝鮮から、大音新介に送った三成の書状 日本統一を果たした豊臣秀吉は、天正19年（1591年）、対馬の大名・宗義智を釜山に派遣し、「明（現・中国）が日本に朝貢するよう、朝鮮国王に取り成すように」と申し入れさせた。しかし、朝鮮国王がこれを拒否したため、文禄元年（1592年）3月、ついに朝鮮出兵（文禄の役）を決定した。
この出兵に先立ち、三成は博多の豪商・嶋井宗室と協議の上、戦を回避するよう秀吉に進言したとされる（『博多記』）。しかし、その進言が受け入れられることはなかった。
文禄の役に際しては、加藤清正・島津義弘・福島正則ら西軍の部隊が、直接朝鮮半島へ渡航する部隊として編成され、第一陣・第二陣が肥前名護屋（現・佐賀県唐津市鎮西町）に集結した。これに先立ち、秀吉の本営となる名護屋城の築城も進められ、文禄元年（1592年）2月より、加藤清正をはじめとする九州の諸大名に築城が命じられた。およそ5か月にわたる突貫工事の末、城は同年中に完成を見たとされる（『鎮西町史』）。
出兵総数は約15万8,000人にのぼり、三成は大谷吉継らとともに船奉行に任じられた。名護屋において、大規模な兵力と物資の輸送計画を担い、兵糧や武器の運搬に従事する艦船の整備と運用にあたった。波の荒い玄界灘を越えて朝鮮半島へ軍勢を送る作戦であり、船奉行の任務は極めて重要なものであった。三成らは約4万艘におよぶ船舶を準備し、それらを帳簿に登録した上で各部隊に割り当て、上陸部隊の艦船は速やかに名護屋へ戻して次の部隊を輸送する体制を整えた。
なお、三成の本陣は当初、名護屋城の北方に位置する波戸岬の高台に設けられていた。ここは、出陣する諸将の軍船を一望できる場所であり、その立地の良さから諸将の羨望を集めたとされる。また、三成の名護屋城の南方に位置する高台には大谷吉継の本陣が、そのさらに南方には上杉景勝の本陣が構えられていたという（『平塚滝俊書状』）。
漢城進出と三奉行の派遣 文禄元年（1592年）4月12日、第一陣の小西行長らが釜山に上陸し、以降、九番部隊までの上陸が順調に進められた。加藤清正は東路、小西行長は中路、黒田長政・森可政・大友義統らの諸将は西路を進軍し、それぞれ漢城（現・ソウル）を目指した。各部隊は要所を次々と攻略し、5月3日には漢城を占領した。
同月16日、漢城占領の報が名護屋にもたらされると、秀吉は自らの渡海を本格的に検討したが、海上の波浪が高まる時節に差しかかっていたことから、徳川家康および前田利家が強く諫めたとされる。なお、この話の出典とされる西笑承兌の書状には、この時に三成が秀吉に対して朝鮮渡海を強く勧めたと記されているが、歴史学者の谷徹也は承兌の書状に書かれた遣り取りの内容から三成も家康から秀吉を諫めさせるために敢えて強硬論を述べた可能性もあるとしている。また、同時期に日本の水軍が巨済島付近の海戦で敗れ、対馬〜釜山間の制海権を喪失していたことも影響し、最終的に渡海は断念された。代わって6月3日、三成・増田長盛・大谷吉継の3人が軍奉行として、朝鮮へ派遣された。
三成らは釜山に上陸し、その後7月16日に漢城へ到着。まず倉庫を巡察して兵糧や物資の確保に努めた。しかし、当時すでに釜山と漢城の間では朝鮮義勇軍が補給路を脅かしており、北方の平壌には明軍の大部隊が迫っていた。三成は、釜山から漢城へと移動する途中で目にした荒廃した農村の様子から、いずれ日本軍が深刻な飢餓に見舞われる可能性を予見していたとされる。
漢城会議 このような状況下、8月7日には漢城で作戦会議（漢城会議）が開催された。会議では、緒戦の勝利に乗じてさらに侵攻を進めようとする主戦派と、補給の困難さを懸念する三成ら慎重派の間で激しい議論が交わされた。最終的に慎重派の意見が採用され、軍勢の過度な前進を控え、漢城周辺の防備強化が決定された（『黒田家譜』『フロイス日本史』『武功夜話』）。
会議の直後、三成・増田長盛・大谷吉継の三奉行は、名護屋に在陣していた長束正家および石田正澄らに向けて連署による注進状（三奉公連署状）を作成した。その書状において三成らは、秀吉が望んでいた「唐入り」（明への侵攻）の年内実行は困難であり、まずは朝鮮半島内の制圧を優先すべきとの認識を示している。また、日本軍の戦線が広範に分散しており（「日本之一ヶ国程へ人数千二千ほど参候分にて」）、各地に小規模部隊が展開していること、さらに治安の悪化により通行の安全が確保できず（「跡之路次無人にて通路田安からず」「国都静謐捕まらず」）、往来に支障を来している状況が報告されている。
そのうえで、三成ら三人はたとえ局地戦で勝利を重ねたとしても、兵糧の維持が困難であり、このまま戦闘を継続すれば補給が尽き、日本軍は壊滅の危機に瀕する（「勝ち申し候うちに、日本人は無人に罷りなり候」）との深刻な懸念を表明した。
明軍との戦闘 文禄2年（1593年）1月、三成の予見どおり、明軍の李如松が平壌に籠もる小西行長の軍を攻撃し、寒気と兵糧不足に苦しんでいた行長は持ちこたえられず、漢城（現・ソウル）へ退却した。この結果、日本軍の前線は総崩れとなり、迫り来る明軍をどこで迎え撃つかをめぐって、小早川隆景ら諸将と、三成ら奉行衆との間で意見が対立した。
隆景は、自らが守備を任され、秀吉からも死守を命じられていた要衝・開城において迎撃すべきと主張した。一方、三成は、大河を背にした開城では補給遮断による不利は避けられないとし、戦線を漢城まで後退させ、全軍を集結させた上で迎撃すべきだと提案した（『前野家文書』）。だが、この戦略は占領地を無血撤退することを意味し、隆景は激しく反発。隆景は「奉行衆は臆病風に吹かれたのか」「兵糧が尽きたならば、砂を食ってでも戦うべきだ」とまで語気を強めたという。加藤清正・加藤光泰らも、占領地の放棄に難色を示した。
碧蹄館の戦い 最終的には大谷吉継・前野長康の仲裁により、小早川隆景も撤兵に同意。日本軍は漢城に集結し、文禄2年（1593年）1月26日、三成は小早川隆景・立花宗茂・吉川広家・黒田長政らとともに、漢城北方の碧蹄において明軍を迎撃した（碧蹄館の戦い）。この戦いで日本軍は明軍を撃退し、局地的な勝利を収めた。
戦闘に際して三成は、敵の主力が騎馬を主体とする明軍であること（「此度の敵は胡馬に乗りたる迅速の大明馬兵に候なり」）を見抜き、鉄砲隊を高所に配置して敵を引きつけた上で迎撃すれば勝機がある（「鉄砲隊を持って打ち崩し候わば、勝利かたかるべし」）とする冷静な戦術分析を記している。
この戦果の直接的な功績は、立花宗茂の突撃などによる武功や、小早川隆景の用兵によるものであり、三成は戦後ただちに宗茂へ感状を送っている。しかし、開城から漢城への戦略的撤退判断や、鉄砲隊を活用した布陣といった全体戦略の枠組みには三成の見識が反映されており、自軍の攻勢限界を的確に見極めた兵站重視の判断が、勝利を下支えしていたとの評価もある。
幸州山城の戦いと浅野長政の来訪 続いて同年2月12日、三成は小西行長を先鋒に、黒田長政・宇喜多秀家・吉川広家・毛利勢を率い、後詰として小早川隆景を配して、漢城の北西約三里（約12km）に位置する幸州山に籠る朝鮮軍を攻撃した（幸州山城の戦い）。しかし、日本軍は大敗を喫し、この戦いで三成は宇喜多秀家・吉川広家らとともに負傷したと伝えられている。
この戦況を受け、2月18日に渡海の準備を進めていた秀吉は、在陣諸将に守備範囲の再編成を指示するとともに、浅野長政および黒田孝高を使者として漢城に派遣した。秀吉は先の開城からの撤兵判断を問題視しており、責任追及を目的とした訪問であったとされる。諸将が沈黙する中、三成のみが立ち上がり、撤兵に至った経緯と判断の合理性を堂々と弁明した。このとき、三成は全責任を一身に引き受ける覚悟で臨んでいたと伝えられている。
軍の動揺と三成らの結束維持策 その後、戦闘や病死により兵力は著しく減少し、兵糧の不足や将兵間の対立も深刻化した。この事態を憂慮した三成らは、同年2月27日、漢城に在陣していた16名の諸将を招集し、「全ての事柄を率直に議論し、多数決に従い、勝敗の責任を皆で共有する」とする誓約を結ばせ、部隊の結束維持に努めた。
さらに、3月3日には宇喜多秀家以下の諸将が連署して兵糧の欠乏を訴える文書を提出しており、その中では「雑炊で凌いでいるが、それも1ヶ月余りしか持たない状況」であると記されていた。3月24日に漢城内外の部隊を点検した記録によると、兵力は約5万3,000人にまで減少しており、当初の兵員数に比して約3分の2にまで減少していた。
講和交渉と明使節の護送 日本軍が苦戦を強いられる中、明との間で講和の動きが本格化した。碧蹄館の戦いにおいて明軍が敗北したことは、明政府内にも動揺をもたらし、朝鮮出兵の継続に対して慎重論が台頭するようになった。これを受けて明は、外交官の沈惟敬を小西行長のもとに派遣し、和解を模索させた。
当初、沈惟敬が提示した講和条件は、「朝鮮の二王子の返還」と「日本軍の漢城撤退」の二点であった。行長はこの条件について、三成・宇喜多秀家・小早川隆景らと協議を行い、逆に「明軍の朝鮮からの撤退」と「明国からの講和使節派遣」を条件として和議を成立させ、秀吉へ報告した。
同年4月17日、明の使節・謝用梓および徐一貫が漢城に到着。翌18日、三成ら三奉行は明使節を釜山まで護送する部隊に指示を出し、19日に漢城を出発した。これに呼応して、日本軍も講和の条件に従い、明使節の出発とともに漢城からの撤退を開始した。三成ら一行は釜山を経て、5月15日に名護屋へ帰還。こうして講和交渉の第一段階が終了したとされる。
晋州城攻撃と講和条件の提示 その後、三成は明使節を送り届けたのち、小西行長・大谷吉継らと共に再び釜山へ赴き、秀吉の命令を宇喜多秀家に伝達した。命令の内容は、「朝鮮の二王子を帰国させること」および「晋州城を攻略すること」であった。晋州城は慶尚道に位置する朝鮮側の重要拠点であり、秀吉はかねてよりその攻略を望んでいた。以前には前田利家・蒲生氏郷らを渡海させて攻撃させようとしたが、船舶・兵糧の不足により断念されていた。最終的に、小西行長・加藤清正・黒田長政らの軍勢によって包囲され、激戦の末、6月29日に晋州城は陥落した（晋州城攻防戦）。
一方、その前日の6月28日、秀吉は名護屋で明使節に講和条件を提示した。その主な内容は、「明の皇族を日本の天皇の妃に迎えること」「明との貿易開始」「朝鮮南部四道の割譲」など、七箇条から成るものであった。これらの条件は、三成ら三奉行および浅野長政・黒田孝高にも事前に示されており、秀吉自らの署名に続き、石田三成・増田長盛・大谷吉継・小西行長の副署が記されていた。
その後、明側からの正式な回答が出るまで、日本軍は朝鮮半島南部に築いた十八箇所の拠点を中心に守備を固め、持久体制に入った。秀吉は同年8月25日に名護屋を引き揚げて大坂へ帰還し、徳川家康・前田利家らもこれに続いた。三成も9月に名護屋に帰国し、大坂へ帰り講和交渉の実務から一旦退いた。この持久体制は、交渉が決裂し再出兵が決定される慶長元年（1596年）9月まで、およそ3年間続くこととなった。
政務・儀礼・信仰のあいだで 文禄3年（1594年）、9月3日に母・瑞岳院が死去、兄・正澄と親交が厚かった藤原惺窩や大村由己らが追悼の漢詩や文を送り、三成も佐和山城下に瑞岳寺を建立している。また、この年に島津氏・佐竹氏の領国を奉行として検地する。
佐和山城主就任と秀次旧臣の庇護 文禄4年（1595年）、豊臣秀吉の命により、甥の豊臣秀次が謀反の嫌疑で糾問され、高野山にて切腹させられた（秀次事件）。事件後、秀次の旧領のうち近江国内の7万石が石田三成の代官地となる。また、三成は近江（滋賀県）佐和山19万4,000石の所領を秀吉から与えられ、正式に佐和山城主となった。佐和山城は畿内と東国を結ぶ要衝であり、軍事・政治両面で重要な拠点であったため、三成の地位は名実ともに豊臣政権の中枢に数えられるものとなった。
なお、三成は秀次事件によって窮地に立たされた秀次の家臣らに対して、密かに保護の手を差し伸べていたとされる。前野兵庫は舞兵庫と改姓して登用され、木村宗左衛門も同様に三成の庇護下に置かれた。また、秀次家臣の中でもとくに重臣とされた「若江八人衆」は全員が三成に匿われ、後に高禄で召し抱えられている。これらの家臣団には、諸侯並の待遇を受けた者も多く、その陪臣層まで含めると、数百人規模での再雇用であったと考えられている。彼らは後の関ヶ原の戦いにおいても、石田方として奮戦している。
秀頼擁立と誓約文の提出 文禄4年（1595年）7月12日、豊臣秀次の切腹により、豊臣秀頼が豊臣家の後継者として確定的な立場となった。しかし、秀頼はなお幼少であったため、豊臣政権の安定を危ぶんだ秀吉は、徳川家康・毛利輝元・小早川隆景の三名に対し、秀頼を「疎略に存ぜず、表裏別心なく擁立する」旨を誓約する連署の起請文を提出させた。また、三成・増田長盛の両奉行にも同様の内容で血判を施した誓書の提出を命じている。さらに同年7月20日、秀吉は前田利家を秀頼の後見（守役）に任じ、秀次の旧邸である伏見の屋敷をその居所として与えた。
五大老制の成立と五奉行との合議体制