水戸ホーリーホック（みとホーリーホック、）は、日本の茨城県水戸市、日立市、ひたちなか市、笠間市、那珂市、小美玉市、常陸太田市、北茨城市、常陸大宮市、高萩市、茨城町、城里町、大洗町、大子町、東海村、筑西市、石岡市、桜川市をホームタウンとする、日本プロサッカーリーグ（Jリーグ）に加盟するプロサッカークラブ。
概要 1994年にFC水戸として創立、2000年よりJリーグへ加盟している。
クラブ名の「ホーリーホック (HollyHock)」は英語で「葵（タチアオイ）」を意味し、水戸藩（水戸徳川家）の家紋の葵徳川家の家紋「三つ葉葵」に用いられているフタバアオイは正確にはアオイ科のタチアオイ (HollyHock) とは異なる、ウマノスズクサ科の植物である。 から採られた。ホームスタジアムはケーズデンキスタジアム水戸（Ksスタ）。クラブエンブレムは水戸徳川家の家紋「三つ葉葵」の外周を「水戸黄門」こと2代目水戸藩主・徳川光圀の字「子龍」に由来する龍が囲む円形サッカーダイジェスト編「2016 J1&J2&J3選手名鑑」230頁。2014年には、クラブ後援会「葵龍会」の会長に水戸徳川家第15代当主の徳川斉正を迎えている。
マスコットキャラクターは龍がモチーフの「ホーリーくん」。2002年に公募によりデザインと名前が制定された。背番号310（みと）2008年まで使用されていた初代の着ぐるみが付けていた背番号は12。また2010年にはクラブ社長の沼田邦郎の名前にちなんで920（くにお）を付けていたことがある。なおイラスト上では背番号は描かれていない。。
ホームタウンは創立当初は水戸市のみだったが、2017年11月に水戸市周辺（県央地域）に位置するひたちなか市、笠間市、那珂市、小美玉市の4市と東茨城郡・那珂郡の4町村（茨城町、城里町、大洗町、東海村）を追加した。2022年9月からは新たに県北地域の日立市、高萩市、北茨城市、常陸大宮市、常陸太田市、久慈郡大子町の5市1町をホームタウンに追加した。
2000年のJリーグ参入から2025年までJ1リーグへの昇格・J3リーグへの降格ともになく、J2リーグの最長在籍クラブ（26シーズン）を記録していたが、2025シーズンにおいてJ1昇格・J2優勝を決め、J2リーグ連続在籍記録に終止符を打った。
歴史
前史 水戸市で1994年に創設したフットボールクラブ水戸（フットボールクラブみと、FC水戸）を起源とする。茨城県リーグ4部に参戦し、1996年には2部で準優勝を果たしている。
1997年、土浦市に本拠地を置いていたプリマハム土浦工場の実業団チーム「プリマハムフットボールクラブ土浦」（プリマハムフットボールクラブつちうら、プリマハムFC土浦、1990年創設）と合併して、株式会社フットボールクラブ水戸ホーリーホックを設立し、現在の体制が固まった。当時関東サッカーリーグ所属だったプリマハムFC土浦は1996年の第20回全国地域サッカーリーグ決勝大会で準優勝し、翌年からのジャパンフットボールリーグ（旧JFL）への昇格が内定していたが、プリマハムがサッカー部への支援を打ち切り廃部が決まったことを受け、FC水戸と合併した。なお、水戸ホーリーホックやJリーグの公式ホームページでは1994年をクラブの創設年と記載しており、プリマハムFC土浦は傍系扱いとなっているが、プリマハムFC土浦の持っていた旧JFLの参加資格を承継するために、形式的にFC水戸が吸収された形を取ったそのため、現在のトップチームの天皇杯出場回数はプリマハムFC土浦からの通算である（第76回大会と第77回大会の各項を参照のこと）。故にクラブ組織としての前身がFC水戸であるのに対し、その傘下であるトップチームの前身はプリマハムFC土浦となっている。。プリマハムFC土浦は全国社会人サッカー選手権大会優勝（1995年）、関東サッカーリーグ優勝（1995年）という成績を残している。
1997年 - 1998年（旧JFL） 1997年 水戸ホーリーホックとして初の公式戦は1997年4月20日、旧JFL開幕戦の札幌戦（笠松運動公園陸上競技場）で、0-2で敗戦。ここから14連敗し（うち延長戦でのVゴール負けが2試合）、初勝利は7月19日、第15節の川崎戦（1-0）となった。なお、Jリーグ準会員だった川崎は、このシーズンの最終成績で勝ち点1及ばずにJリーグ昇格を逃している。水戸は後半戦に3勝を挙げたが、16チームのリーグ戦で最下位に沈んだ。しかし、札幌のJリーグ昇格と福島FCの消滅により、地域リーグ決勝大会2位チームとの入替戦は行われず、水戸は残留を決めた。
1998年 監督に三浦俊也を迎え、巻き返しを図ったが、年間予算が1億円強と言われ、プロ契約選手でもガソリンスタンドや水産加工所でのアルバイトをしないと生活出来ない状況では成績の劇的な向上は難しく（NHKサンデースポーツでの特集によると年俸は100万円程度だったと報じられている）、最下位脱出が精一杯だった。この年、翌1999年からスタートするJリーグ ディビジョン2（J2）への加盟を申請するも、経営基盤の不安定さ、スタジアム改修に対する地元自治体の動きの鈍さから加盟は見送られ、日本フットボールリーグ（JFL）参加となった。
1999年（新JFL） 監督が二宮浩に交代したが、9チームによる3回戦総当たり制（ステージ制）のリーグ戦で苦戦し、第1ステージでは6位に終わった。しかし、南光太などの活躍により、第2ステージではこの年に優勝した横浜FCにこそ敗れたものの7勝1敗の首位となり、通算では3位でシーズンを終えた。Jリーグへの昇格条件は「JFLで2位以内」だったが、優勝が特例参加による準会員資格の横浜FCだったため、JFL正会員の中では2位という点が考慮され、翌2000年からのJリーグ（J2）加盟が認められた（Jリーグの2部制導入後最初のJリーグ参入チームとなった）。
2000年 - 2025年（J2） 2000年 チーム初の外国人監督としてセルビア人のバビチ・ブランコを招いた。J2昇格後の初公式戦を3月11日の浦和戦（浦和駒場）で迎え、0-2で敗れた。資金・戦力の欠乏を理由に専門誌などでは先行きを危ぶまれたが、第2節の大分戦でJ初勝利をあげると、全試合出場を果たしたGK本間幸司を中心とした粘り強い守備や（失点数はリーグ7位タイ）、シーズン途中加入で36歳の高齢ながら元ブラジル代表の技を披露したFWジョン・パウロなどの活躍により、昇格初年度の最終順位は9位、しかも6位の鳥栖までは勝ち点5差という善戦を見せた。
2001年 シーズン前に新潟から木澤正徳、川崎から池田伸康などベテラン勢を獲得するも、シーズン前半は1勝しか挙げられなかった。その後、補強した韓国人選手の活躍や、メインスタジアムの笠松運動公園陸上競技場のグランドオープン効果などがあり、最終的には最下位を脱出し、11位で終了した。監督は川崎で指揮を執っていた小林寛を招いたが、7月にはゼネラルマネージャーへ転身し、コーチの菅野将晃が監督に昇格して後を継いだ。シーズン後、経営難からチーム存続問題が浮上し、FC水戸代表としてのプリマハムFC誘致からクラブ経営を続けた石山徹が社長を辞任し、小林が石山の所有株と社長職を引き継いで、チームのJリーグ加盟が暫定承認されることになった。なお、この年のチーム得点王（10得点）は東海大から加入して2年目の須藤大輔で、翌年に湘南へと移籍したが、その際の移籍金は苦しい水戸の財政を少なからず助けたとも言われている。
2002年 菅野体制2年目。小林新社長が経営安定化とチーム成績向上を迫られた一年となった。菅野体制2年目のチームではFW小野隆儀が14得点を挙げ、守備でもシーズン失点数はリーグ最下位ながら前年比20点減の73失点に抑えて、最終順位は前年より1つ上がり、10位となった。一方、J2リーグ戦1試合の平均観客数は前年の1559人から2739人に増え、2002年W杯のために来日していたコスタリカ代表との国際親善試合も実現した。これらの実績により、水戸はJリーグから加盟継続が正式に承認された。しかし、増えたとは言っても水戸の観客動員数はJ2最低で、平均の約4割にとどまっていたため、更なる努力が求められた。
2003年 クラブの存続問題が一息ついたこの年、1980年代に日本代表の主将として活躍した前田秀樹を監督に迎え、守備重視からのカウンター戦術をベースにしたチーム強化に乗り出した。この年は同年シーズンにJ2へ降格していた広島からレンタル移籍で獲得したDFトゥーリオが活躍。センターバックとして水戸の守備を固めると共に、機を見てどんどん攻め上がり攻撃に厚みを加え、DFでありながらチーム内得点王となる10ゴールを記録した。トゥーリオは10月に日本への帰化が認められ、登録名を現在の田中マルクス闘莉王に変更した。これらの活躍もあって、水戸は4回戦制のJ2で開幕ダッシュに成功し、一時は首位、11節終了時の第1クールでも2位という好成績を挙げた。その後は徐々に順位を下げたが、最終順位でもチーム史上最高の7位にまで躍進した。10月からは過去の経営危機への反省から、運営資金を広く集め、地域社会での認知度を高めるために「水戸ホーリーホック支援持株会」が拠出金募集を開始した。
2004年 チームスローガン：ムービングフットボール 前田体制2年目。前年大活躍した闘莉王のレンタル移籍が延長されず浦和へ完全移籍し、それまで長らくチームを支えたFWの小野、北川、ディフェンスラインを支えた冨田大介が移籍した。一方、川崎から小林康剛を、大宮から磯山和司など地元茨城出身の選手を獲得した。
開幕戦の湘南戦で9,155人の観衆を集めた。またこの年の平均観客動員数3,773人は2012年に塗り替えられるまでの最高記録であった。しかし前年と比較して主力が多数入れ替わった影響か、なかなか勝ち星が奪えずホームでは5月5日の大宮戦から10月16日の甲府戦まで13戦勝利なしという事態が続いた。この間7月24日の川崎戦ではアウェー戦会場の等々力陸上競技場に集まった水戸サポーター有志による第1回納涼漢祭りが開催され、他チームのサポーターの間でも反響を呼んだ。結局チームは年間6勝しかできなかったが、44試合中19試合(42%)の引き分け（勝ち試合6試合分）で積み上げた勝ち点が効いて、2年連続一桁順位の9位となった。
また天皇杯4回戦で鹿島との「茨城ダービー」が公式戦で初めて実現した。偶然にも「茨城県民の日」である11月13日の対戦になった（試合は0-1で水戸の敗戦）。
2005年 チームスローガン：ストロングハート 前田体制3年目。この年は、開幕前に2つの変化があった。この年から1月のチーム始動後の1次キャンプを福島県いわき市のスパリゾートハワイアンズで行い、同所でキャンプ最終日にファンクラブ会員イベントを行うようになった。2月には「いばらきサッカーフェスティバル」として鹿島とのプレシーズンマッチが行われ「"茨城ダービー"鹿島に軍配 - Jリーグ」『茨城新聞』、2005年2月21日付日刊、A版、1面。、以後年1回の頻度で定例化した。鹿島は水戸市内でも公式ショップや小学生・幼稚園児（4種）向けのサッカースクール（旧内原町）などを開設しているため、後発の水戸とは競合関係にもあったが、この試合は両者の関係改善を示した。また、この年にJFLから草津が昇格し、水戸は草津との対戦を「北関東ダービー」と称して共同参加キャンペーンを実施した。10月には日立市出身のシンガーソングライター、ecoによる公式応援歌「走れ☆ホーリーホック!」が発売された。
一方、チームは強化策として前年の決定力不足解消のため、パラグアイ人FWのデルリスを獲得し、彼にボールを集中させるため基本システムをそれまでの4-4-2から4-5-1へと変更した。序盤は連敗をしたものの、システム変更策は功を奏し、デルリスは前半戦のみでチームトップの8得点を決めた。しかし、その得点力に注目した札幌がレンタル元のチームに好条件を出したため、デルリスがシーズン中盤に移籍したが、シーズン後半はDF陣の相次ぐ攻撃参加や、若手のファビオの加入などで2年ぶりの2桁勝利となった。
2006年 チームスローガン：CHEMISTRY 〜新たなる融合〜 前田体制4年目。2月、チームの応援を盛り上げるための女子チアリーディングチーム、「Mito Holy's」（水戸ホーリーズ）を発足。4月2日からはJR水戸駅ビル「EXCEL」の屋上に新規設置された人工芝のミニサッカー場「FUTPARQUE MITO」（フットパルケ水戸）の運営を請け負うことになった。
チームは5月6日の第14節の札幌戦（笠松）で、レンタル移籍で加入したブラジル人FWアンデルソンがハットトリックを達成。これは水戸の選手がJ2リーグ273試合目で記録した初のハットトリックだった。第15節の東京V戦ではクラブ史上初めて国立霞ヶ丘競技場陸上競技場で試合を行い、アンデルソンの2試合連続ゴールで1-0と勝利した。
6月2日の横浜FC戦では横浜FCの連続無失点記録を770分で止めたり、6月24日の柏戦では、後半ロスタイムで土壇場の同点に追いつき引き分けに持ち込むなど、J2上位クラブを大いに苦しめた。8月13日には那珂川河川敷の水戸市市有地に3面整備された「水府町グラウンド」が開場し、クラブの悲願だった専用練習場「ホーリーピッチ」として水戸に利用権が与えられた。
シーズン後半から前田監督は将来の上位進出に備えるため、カウンター重視の守備的戦術からボールを保持し、ショートパスの連続から能動的にゴールへ迫る攻撃的な戦術への転換を開始した。これは「サッカーの質を上げるために必要な措置」と評価された反面、対戦相手の監督から「あまりにも消極的」と非難されても守り続けるのをやめたことで、逆に「内容は良いが勝てない」という試合が増えた。その結果、勝ち点は伸び悩み、昨年と同じ10位でのシーズン終了となった。1試合平均観客数も3017人まで落ち込んだ。
2007年 チームスローガン：Believe in Myself あきらめない 前田体制5年目。前年17得点のアンデルソンが鳥栖へ移籍し、更にキャプテン吉本岳史が故障で離脱。その結果チームは出遅れ、シーズン初勝利は第13節の東京V戦となり、2勝目も第21節の山形戦となるなど、前半戦（第26節）終了時点でわずか3勝にとどまった。観客動員も更に落込み、第11節の湘南戦は3桁台の958人となった他、前半戦主催12試合中6試合で観客数が2000人以下となった。チームの勝敗のみならず、低予算でのクラブ経営、少人数体制での顧客サービスの低下、クラブスタッフの相次ぐ退職などからサポーターへのアプローチやスポンサーへの営業力が低下し、クラブ経営を問われる声が上がった。この状況に対し、クラブ株主の過半数から小林の経営責任を問う声が上がり4月23日付で宮田裕司が社長に就任した。
チームは旧JFL以来10年ぶりのリーグ戦最下位を回避するため、Jリーグで9シーズン目となるベテランのブラジル人MFビジュを獲得するなど、チーム戦力の再整備を行った。シーズン後半は昨年後半から続けてきたアクションサッカーの戦術が浸透してきたことにより前半より失点数が減った。最終成績は12位で8勝しか挙げられなかったが、そのうちの3勝は東京V、札幌、C大阪など、J2上位クラブから挙げた。
1月にはMF小椋祥平がU-22（22歳以下）日本選抜に選ばれ、次いで6月6日の北京オリンピックアジア二次予選マレーシア戦に出場した。小椋は修徳高校から2004年に入団、1年目からトップチームで出場し、他のプロチームを経由せずに水戸入りした「生え抜き」選手では最も高い年代の世代別代表入りとなった。
しかし、去就が噂されていた前田は2007年シーズン限りで監督を退任。更に、キャプテン吉本が横浜FCへ、小椋は横浜FMにそれぞれ移籍した。なお、シーズン3勝目となった6月17日の第22節愛媛戦が行われた水戸市立競技場は、この試合を最後に大規模な改装工事に入った。
また、チーム通算310得点（通称水戸GOAL）を、当時キャプテンだった吉本岳史がPKで決めている。
2008年 チームスローガン：TOGETHER Concentrate the mind on the present moment. 水戸OBの木山隆之が監督に就任。補強は他のJクラブ出身選手の目立った獲得はせず、大学サッカーでそれなりの実績を挙げた選手の獲得に重点を置いた。また、浦和から赤星貴文、東京Vから弦巻健人らをレンタルで獲得した。
開幕から5試合は、ここ2年間のJ1在籍経験チーム（うち3〜5節は2007年J1在籍クラブ）との対戦となった。結果として5節終了時点で1勝2敗2分と健闘するが（うち前年J1在籍クラブ全てから勝ち点を取った）、3月31日に社長の宮田裕司が、前年8月のクラブスタッフとの親睦会での飲酒運転が発覚し辞任（後任として沼田邦郎が就任）。更に、4月には取締役強化部長の鬼塚忠久が前述の宮田辞任に関連して退任、また水戸ホーリーホック初代社長であり、チームのJリーグ参戦に貢献した竹村徹（旧姓・石山）が死去した。
そんな中、5月に韓国五輪代表候補である朴柱昊が加入、5月末、7月に3連勝するなど、チーム成績は上昇機運に乗り、このシーズン加入した荒田智之が新人ながら多くの得点を挙げ、遠藤敬佑もU-19日本代表に選ばれた。また、9月7日にKKWINGにて行われた熊本戦において、Jリーグ昇格後100勝目となる勝利をあげた。更に、2008年9月28日の仙台戦では荒田の2ゴールなどで仙台から初勝利を上げたが、リーグ終盤はロングボール主体の戦いになってしまうなどゲーム内容が悪くなり失速、15チーム中11位でシーズンを終えた。勝ち点も、目標としていた50にはあとわずか届かなかった。
マスコットであるホーリーくんの入院及び手術（ホーリーくんの着ぐるみのリニューアル）をするための費用として、11月下旬から12月上旬にかけてサポーター有志からの募金とホーム最終戦で行われたチャリティーオークションで100万円以上の入院・手術費用が集まった。ホーリーくんの着ぐるみは2008年シーズン開始当初から頭が割れたり、しっぽがちぎれそうになったりしており、怪我（破損）した部分を包帯で巻き、なんとか試合会場やイベント会場に来ていた。また、試合やイベント会場でも、痛々しい姿を指摘する子どもたちの声もあった。着ぐるみの耐用年数は約2年と言われており、Jリーグの多くのチームは数体予備を用意しているが、予備が無く、チーム財政も厳しいため、今回の募金活動が行われた。
2009年 チームスローガン：前へ。 200px 木山体制2年目。浦和からFW高崎寛之、FC東京から森村昂太、愛媛FCからMFキム・テヨンをそれぞれレンタルで獲得。チーム発足以来初めて、A代表歴を持つ吉原宏太が加入。
ホーム開幕戦から9年ぶりの4連勝を飾り、4月26日の岡山戦で、荒田智之がチーム2人目のハットトリックを達成。一方でその荒田、菊岡などの攻撃陣が相次いで負傷、その後に控えた上位相手に大量失点することが目立った。そのため、5月20日には湘南からFW山本孝平が、その翌週にはFC東京からMF下田光平が共に期限付きで加入した。第2クールでは再び4連勝を記録（右図）。上位4チームに負けただけで、順位も5位で折り返すなど一時は昇格争いを展開。「昇格しか見えない」というゲートフラッグが登場するほど好調だったが、第3クールでは5試合連続完封負けを含む8連敗を記録して失速。第45節終了時点で、J1昇格の可能性は消滅した。
第24節C大阪戦で、C大阪のDF前田和哉によるオウンゴールによりチーム通算400ゴールを達成。この時、誰が400ゴールを挙げるかをファン・サポーターから募集しており、当たった人の中から抽選で1名に400ゴールを挙げた選手のサイン入り試合球が貰えることになっていたが、サインはこの試合にスタメン出場した選手全員のものが入ることになり、当選対象者も応募者全員の中から抽選で1名となった（オウンゴールは投票対象外だったため）。7月8日の福岡戦でFW遠藤敬佑がチーム3人目のハットトリックを達成し、更に8月30日の岡山戦で高崎寛之が、チーム4人目のハットトリックを達成した。
11月3日に水戸市立競技場がリニューアルされてケーズデンキスタジアム水戸（Ksスタ）が竣工。杮落しは11月8日の仙台戦で敗戦（0-4なお、この試合をもって仙台のJリーグ ディビジョン1（J1）昇格が決定。）。同スタジアムでの水戸の勝敗は1勝2敗このうち2敗は先述の仙台、そして最終節の湘南のJ1昇格決定試合。
最終成績は21勝20敗10分の勝ち点73で8位となり、J2リーグ参加10年目で初めて勝ち越し。前述の通り1シーズンで3人のFW（荒田智之、遠藤敬佑、高崎寛之）がハットトリックを達成するなど、総得点でも70点台に到達した。
2010年 チームスローガン：超えろ。 木山体制3年目。FW荒田、高崎が退団し、得点力不足に苦しむ。外国籍選手がいないシーズンとなった。
成績は上向かず、16位に沈んだ。総得点は19チーム中17位の29得点。
NHKの番組「欽ちゃんのワースト脱出大作戦」とのコラボ企画で観客動員数増加に取り組む。特に10月31日に行われた柏戦では、観客動員をクラブ史上初の1万人突破となる10,181人が来場し、年間来場者数は19チーム中18位で最下位を脱出した。シーズン後、木山が監督を退任し、柱谷哲二が監督に就任。
2011年 チームスローガン：かけろ。 柱谷体制1年目。前年大卒新人の藤川祐司と作田裕次が大分へ完全移籍した（この2人を含めて12人が退団）。一方、Jリーグ再挑戦となる岡本達也をはじめ12人がクラブに新加入。
1月に公式試合安定開催基金からの借入申請を行ったことを発表。
3月11日、東日本大震災により水戸も被災。ホームスタジアムであるKsスタが著しく損傷も、代替開催可能な競技場がないため、Ksスタのメインスタンドを閉鎖（損壊箇所修繕を含めた耐震補強のため）した上で使用を継続。10月16日の東京V戦からメインスタンドの使用が再開（ただし最初の2試合は工事資材の撤去作業の都合上「仮オープン」とし、10月30日の草津との試合から完全復旧となった） 。
6月3日には鹿島などで活躍した元日本代表鈴木隆行（本人の希望によりアマチュア契約）の入団を発表し、代表経験者が被災クラブの援助を理由に無報酬契約を発表したことで大きく報じられた。増資や募金により、10月20日に借入金3000万円を完済。12月21日には水戸市議会において初めてホームタウン・水戸市からの出資が可決され、運営危機を回避。
リーグ戦は17位と振るわなかったが、天皇杯・3回戦ではJ1のG大阪を延長戦の末3-2で破り、クラブ創設以来初のJ1クラブ勝利を達成した。
2012年 チームスローガン：たつ 柱谷体制2年目。元日本代表の市川大祐などを完全移籍で獲得、鈴木隆行とプロ契約を結んだ。8月に塩谷司が広島へ移籍。
開幕から3連勝と好調で、第4節終了時にはJ1昇格圏内の2位となる。その後順位を落とし、最終順位は13位。1試合平均観客数3,973人となり2004年の記録を更新した。
2013年度のJリーグクラブライセンス申請においてJ2ライセンスの対象となり、2012年度のリーグ戦の成績が6位以内でもJ1への自動昇格もしくはプレーオフ参加の対象外となった。
2013年 チームスローガン：みち
柱谷体制3年目。DF冨田大介が10年ぶりに復帰。
第29節時点で7位につけるも、その後10試合勝利なしで失速し、最終順位は15位。一方で、G大阪戦では2度目となるホームゲームの入場者数1万人超えを達成、年間平均入場者数4,630人となり前年の動員記録を更新した。
J2参加14年目となりJ2最長クラブに、前年と同様の理由で交付されずJ2ライセンスのみの交付となった。
2014年 チームスローガン：そう
柱谷体制4年目。
成績面では8試合勝利なしなど勝ち星を伸ばせず、前年と同じ15位に終わった。収支面ではユニフォームスポンサーの撤退により4期ぶりの赤字となった。
スタジアム問題を解決できずJ2ライセンスの交付となった。
2015年 チームスローガン：皆翔 (かいしょう)
柱谷体制5年目。
5月以降の不振により、6月7日に柱谷監督を解任。後任にはヘッドコーチの西ヶ谷隆之が就任。監督交代後も連勝がなく、過去最低の19位であったが残留を果たした。天皇杯3回戦で鹿島にPK戦で公式戦で初勝利した。
年間観客動員数が10万人の大台を突破。対照的にJ2ライセンスの交付となった。
2016年 チームスローガン：全力
西ヶ谷体制2年目。16人の選手が去り、13人が開幕前にチームに加わった。夏にはエース・三島康平の松本移籍も発表されている。7月16日のFC岐阜戦でJ2通算200勝を達成。最終順位は13位。J2ライセンスの交付となった。
2017年 チームスローガン：前進 西ヶ谷体制3年目。かつて水戸のエース・橋本晃司が川崎フロンターレから復帰。
第8節から第20節までクラブ新記録となる13試合連続無敗を記録。最終順位は14位。J2ライセンスの交付。シーズン終了後、西ヶ谷監督が退任した。
2018年 チームスローガン：一新 新監督に千葉コーチで監督代行の経験もある長谷部茂利を招聘。
2019シーズンのJリーグライセンスは、ホームスタジアムについて、成績面でJ1昇格要件を満たした場合に、入場可能人数15,000人を満たす笠松運動公園陸上競技場にライセンスを充足するための改修工事を実施する（J1昇格要件を満たさなかった場合は引き続きケーズデンキスタジアム水戸を使用する）前提でJ1ライセンスを申請。これが認められ、条件付きながらクラブとして初めてJ1ライセンスが交付されることとなった が、最終的に2019シーズンはJ2ライセンスへ変更（スタジアム改修の順位要件を満たせず- 水戸ホーリーホック公式ウェブサイト）。
2019年 チームスローガン：彩 (いろどり) 長谷部体制2年目。開幕から12戦無敗（7勝5分）で一時は首位に立つ。最終的に7位となり、過去最高順位は達成したものの、僅差でプレーオフ進出を逃した。シーズンオフに長谷部監督が退任し、秋葉忠宏が監督に就任秋葉は2011年・12年にヘッドコーチとして在籍経験がある。。
2020年 秋葉体制1年目。後述の新スタジアム建設構想の発表に伴い、2020年度ライセンス（2019年申請）から適用された「スタジアムの例外規定2」の特例新設スタジアムの場合は上位リーグ（この場合はJ1）ライセンスを取得したうえで、上位リーグ（J1）昇格案件の順位を満たして昇格することを条件として、最初の昇格年度から数えて3年目のライセンス申請時までに建設予定地・建設費などの予算などを具体的に提示し、5年目のライセンス申請時までに完成することを義務付ける。ただし、最初の昇格から数えて5年目までに新スタジアムが着工していれば、「スタジアムの例外規定1」（既存スタジアムを改修する場合、例外申請が認められてから3年目=4シーズン目の開幕までに完成すること）との併用可能 の適用申請を行った。9月のJリーグ理事会において、上記例外規定適用による通常のJ1ライセンス交付が認められた2021シーズンに関するJ1クラブライセンス交付について。
FW山口一真（15得点）、中山仁斗 （13得点）らの活躍でリーグ最多の68得点を挙げたが、失点も多く9位に終わった。
2021年 順位を1つ落とし10位。
9年ぶりに北関東ダービー王者の座を群馬に譲る。
2022年 シーズン後半の不調で一時14位に後退するも、最終2節を逆転勝利し、2年ぶりに北関東ダービーを制し、順位を13位に上げてシーズンを終える。
10月2日に秋葉忠宏が今季で監督を退任することが発表された秋葉忠宏監督の来季契約について。
最終成績は14勝12分16敗の13位。
2023年 濱崎芳己が監督に就任。最終成績は11勝14分17敗の17位。
2024年 5月4日付けで濱崎が解任、OBの森直樹が監督に就任。残留争いに巻き込まれながらも最終的には15位でフィニッシュ。