代替文=JRの乗り継ぎ割引|サムネイル|JRの乗り継ぎ割引 乗り継ぎ料金制度（のりつぎりょうきんせいど）とは、異なる交通機関や有料道路同士の乗り継ぎを行う際に料金の割引を行う制度のこと。
日本では各交通事業者の独立経営を前提にした乗り継ぎ料金制度が広く導入されているが、世界的には複数の交通企業体で運輸連合を設立して共通運賃制度を導入する地域が多くなっており乗継割引ではなく参加事業者共通のゾーン制や均一制などの運賃体系がとられている。
概要 公共交通機関の運賃等は初乗り料金等の影響で乗り継ぎ回数が多いほど料金が高くなってしまう。そこで日本では乗り継ぎによる金額の増大を抑えるために乗り継ぎ料金（割引）制度が広く導入されている。
一方、世界的には交通企業体ごとの自立採算制をとらずに複数の交通企業体で運輸連合を設立し、各社からの事業収入を運輸連合でいったんプールしたうえで一定の基準で参加事業者に再配分する共通運賃制度を導入する施策をとっている地域が多くなっている。例えばパリのパリ運輸組合には地下鉄、バス、フランス国鉄など57社が加入しているが乗継割引制度はなくパリ市内のこれらの公共交通機関ではゾーン制の運賃である。日本の公共交通機関は各交通事業者の独立経営によるシステムとなっており共通運賃制度は普及していない（乗車券等の共通化はみられる）。
他には航空会社の国際線でファーストクラスを利用する場合に国内線のファーストクラスの料金を通しにしたり、割り引いたり、無料にする制度がある。
JR各社 日本国有鉄道（国鉄）及びその事業を継承したJR各社においては、特急・急行料金は1個の列車に対し、1個の料金（特別急行券・急行券）を適用することを原則としている。すなわち、途中で乗り換えて複数の特急・急行列車に乗車する場合、各々の列車に対し各々の料金を適用することが原則である。しかし、新幹線の開業に当たり、並行する在来線の特急・急行列車が新幹線に代替される形となり、以前の在来線であれば直通で利用できた区間であっても、複数列車に乗車せざるを得なくなるケースが発生した。このようなケースで料金を個別に適用すれば実質的な料金の値上げと解されることから、各々の列車に対し各々の料金を適用するという原則を維持しつつも、激変緩和のため新幹線に接続する在来線の料金を減免する措置として導入されたのが、乗継割引制度である。この趣旨により、そもそも在来線時代より直通列車のなかった東京・大宮・高崎での別系統への新幹線乗継や、東京等での新幹線・在来線相互乗継には適用されないのが原則である。その他、在来線同士の乗継において、運行系統上直通列車がなくなり分断を余儀なくされた、あるいは営業戦略上同一ネットワークとして扱うなどのケースにおいては、乗継割引の設定がなされることがある。
このほか、新幹線のみを利用する場合において、停車駅パターンの関係で、目的地に到着するためにどうしても複数の新幹線の乗り継ぎが必要なケースや、途中駅で速達列車に乗り換えたほうが所要時間が短縮できるケースがある。このようなケースでも料金が不当に高額とならないよう、料金通算制度が設けられている。料金通算制度の適用は下り同士または上り同士（同一方向）に限定され、下り→上り、またはその逆は適用対象外である。
特急料金・急行料金の通算 表記の各種情報は、2026年4月(JR東日本運賃・料金改定後)現在のものである。
新幹線 新幹線の場合は、目的地まで有効である新幹線特急券を所持している場合、基本的には目的地まで同一方向の新幹線に限って、新幹線の列車を乗り換えても新幹線改札を出ない限り有効である（ラッチ内乗り継ぎ）。なお、一部区間でも指定席を利用する場合は全区間指定席特急料金が適用される。
ただし、次の場合は特急料金通算の対象外となり、特定駅までの特急料金を合算して算出する。
定期運転の直通列車が存在しない場合 東海道新幹線と東北新幹線・上越新幹線を東京駅で乗り継ぐ場合 → 東京駅まで（から）の特急料金を合算 東北新幹線（小山駅以北）と上越新幹線（熊谷駅以北）を大宮駅で乗り継ぐ場合 → 大宮駅まで（から）の特急料金を合算 上越新幹線（上毛高原駅以北）と北陸新幹線（安中榛名駅以西）を高崎駅で乗り継ぐ場合 → 高崎駅まで（から）の特急料金を合算 山陽新幹線と九州新幹線を乗り継ぐ場合（「さくら」「みずほ」で直通する場合を含む） → 博多駅まで（から）の特急料金を合算 山陽新幹線内と九州新幹線を直通または乗り継ぐ場合は単純合算から割り引く特例措置が存在する。九州新幹線#特急料金・運賃を参照のこと。 東北新幹線と北海道新幹線を乗り継ぐ場合（「はやぶさ」「はやて」で直通する場合を含む） → 新青森駅まで（から）の特急料金を合算
なお、東海道・山陽新幹線で「のぞみ」・「みずほ」の指定席と「ひかり」・「こだま」・「さくら」とを乗り継ぐ場合、ならびに東北新幹線の大宮駅 - 盛岡駅間を含む区間で「はやぶさ」と「はやて」・「やまびこ」などとを乗り継ぐ場合 - JR東日本プレスリリース 2010年11月11日 の場合は、原則として全区間の新幹線指定席特急料金に「のぞみ」「みずほ」または「はやぶさ」の乗車区間に応じた加算料金を加えることになる（一部例外あり。詳細はのぞみ (列車)#「のぞみ」「みずほ」とそれ以外の列車を乗り継ぐ場合を参照）。
特急料金計算の例 例：上野駅 -（あさま）- 大宮駅 -（なすの）- 那須塩原駅 -（やまびこ）- 仙台駅 -（はやて）- 盛岡駅 と乗り継ぐ場合 上野駅 - 盛岡駅間の新幹線特急料金（同一方向なので、全区間を通算する）。 例：宇都宮駅 -（やまびこ）- 大宮駅 -（とき）- 高崎駅 -（あさま）- 軽井沢駅 と乗り継ぐ場合 宇都宮駅 - 大宮駅間と大宮駅 - 軽井沢駅間の新幹線特急料金を合算する（大宮駅で一旦計算を打ち切る）。 例：新潟駅 -（とき）- 高崎駅 -（はくたか）- 金沢駅 と乗り継ぐ場合 新潟駅 - 高崎駅間と高崎駅 - 金沢駅間の新幹線特急料金を合算する（高崎駅で一旦計算を打ち切る）。 例：熊谷駅 -（とき）- 東京駅 -（こだま）- 新横浜駅 と乗り継ぐ場合 熊谷駅 - 東京駅間と東京駅 - 新横浜駅間の新幹線特急料金を合算する（東京駅で一旦計算を打ち切る）。 例：名古屋駅 -（こだま）- 新大阪駅 -（さくら）- 熊本駅 と乗り継ぐ場合 名古屋駅 - 博多駅間と博多駅 - 熊本駅間の新幹線特急料金を合算する（乗換駅の新大阪駅ではなく、博多駅で一旦計算を打ち切る。この場合の特急券は名古屋 - 熊本で1枚である）。
在来線 在来線においても、1本の列車と見なして特急料金・急行料金を通算する場合がある。以下に記した区間・駅で、改札を出ないで乗り継ぐ場合に限り適用される。ただし、料金を一つに通算した額よりも列車毎に料金を計算し合計した額の方が安くなる場合は、料金の通算はしない。
福島駅 - 新庄駅間の特急列車を、山形駅で乗り継ぐ場合。 京都駅 - 城崎温泉駅間及び新大阪駅 - 城崎温泉駅の特急列車を福知山駅で乗り継ぐ場合。ただし、同一方向の場合に限る。 例：京都駅 -（特急「はしだて」）- 福知山駅 -（特急「こうのとり」）- 城崎温泉駅 京都駅 - 城崎温泉駅間（通算）の特急料金 例：三田駅 -（特急「こうのとり」）- 福知山駅 -（特急「きのさき」）- 亀岡駅 三田駅 - 福知山駅間と福知山駅 - 亀岡駅間の特急料金を合算する（方向が異なるため、福知山駅で計算を一旦打ち切る）。 岡山駅・高松駅 - 宇和島駅間の特急列車を、宇多津駅・丸亀駅・多度津駅及び松山駅で乗り継ぐ場合。 例：新神戸駅 - （山陽新幹線） - 岡山駅 - （特急「南風」「しおかぜ」） - 宇多津駅 - （特急「いしづち」） - 松山駅 - （特急「宇和海」） - 八幡浜駅 岡山駅 - 八幡浜駅間の特急料金が通算されるため、最終的に新神戸駅 - 岡山駅間の新幹線特急料金と岡山駅 - 八幡浜駅間の特急料金が必要となる。 例：岡山駅 -（特急「しおかぜ」）- 松山駅 -（特急「伊予灘ものがたり」）- 伊予大洲駅ないし八幡浜駅 特急「伊予灘ものがたり」は全車両特別車両（全席がグリーン車の列車）で運転されるため、本特例の対象外である。 岡山駅 - 松山駅間と松山駅 - 伊予大洲駅ないし八幡浜駅間の特急料金を合算する（松山駅で計算を一旦打ち切る）。 岡山駅・高松駅 - 窪川駅間の特急列車を土佐くろしお鉄道に直通する特急列車を含む、宇多津駅・丸亀駅・多度津駅及び高知駅で乗り継ぐ場合。 ※岡山・宇多津間の特急列車の停車駅と、高松・宇多津間の特急列車の停車駅との相互間を利用する場合対象にならない。 ※全車両特別車両で運転される特急列車に乗り継ぐ場合、本特例は適用されない。 例：岡山駅 -（特急「しおかぜ」）- 多度津駅 -（特急「しまんと」）- 高知駅 岡山駅 - 高知駅間（通算）の特急料金
例：岡山駅 -（特急「しおかぜ」）- 宇多津駅 -（特急「いしづち」）- 高松駅 岡山駅 - 宇多津駅間と宇多津駅 - 高松駅間の特急料金を合算する（宇多津駅で計算を一旦打ち切る）。
例：岡山駅 -（特急「しおかぜ」）- 多度津駅 -（特急「四国まんなか千年ものがたり」）- 大歩危駅 特急「四国まんなか千年ものがたり」は全車両特別車両（全席がグリーン車の列車）で運転されるため、本特例の対象外である。 岡山駅 - 多度津駅間と多度津駅 - 大歩危駅間の特急料金を合算する（多度津駅で計算を一旦打ち切る）。
例：岡山駅 -（特急「南風」）- 高知駅 -（特急「志国土佐 時代の夜明けのものがたり」）- 窪川駅 特急「志国土佐 時代の夜明けのものがたり」は全車両特別車両（全席がグリーン車の列車）で運転されるため、本特例の対象外である。 岡山駅 - 高知駅間と高知駅 - 窪川駅間の特急料金を合算する（高知駅で計算を一旦打ち切る）。 岡山駅 - 牟岐駅間の特急列車を、徳島駅で乗り継ぐ場合。 ※この場合、宇多津駅、高松駅での乗り継ぎは通算する対象にならない。 徳島駅 - 高知駅間の特急列車を、阿波池田駅で乗り継ぐ場合。 札幌駅 - 稚内駅間の特急列車を、旭川駅で乗り継ぐ場合。ただし、旭川・網走間の特別急行列車の停車駅と旭川・稚内間の特別急行列車の停車駅との相互間を利用する場合の乗り継ぎは、通算する対象にならない。 現在は対象外となった駅 博多駅 - 宮崎空港駅間の特急列車を、別府駅または大分駅で乗り継ぐ場合。ただし別府駅発着の久大本線・豊肥本線に直通する特急や、全車両特別車両で運転される特急列車は対象外2012年3月のダイヤ改正以降は、宮崎駅・南宮崎駅・宮崎空港駅発着の「にちりん」は下り1本が小倉駅始発である以外は全て大分駅発着であるため、事実上この特例は大分駅のみでの適用となっていた。。2025年4月1日に料金通算は廃止された別府駅または大分駅を跨いで運転される特急列車は同日以降も通算の対象となる。。 ※この場合、グリーン個室およびDXグリーンを利用する場合、乗り継ぎは通算する対象にならなかった。
併結される列車間での乗り継ぎ 前項の通し料金制度とは別に、多層建て列車の場合、1駅間でも1列車として運行された際には、原則として急行券・特別急行券およびグリーン券を通算して計算する。利用例としては、以下のような事例が考えられる。
空席状況、あるいは設備の都合で、編成同士を乗り換える必要が生じた場合。例えば、熱海駅で切り離しを行う踊り子号に横浜駅 - 三島駅間で乗車しようとしたものの、通しでの指定席に空きがなかった場合に、横浜駅 - 熱海駅間は伊豆急下田駅行き編成の指定席、熱海駅 - 三島駅間は修善寺駅行き編成の指定席、というように乗り継いでも特急料金は通し計算と同一額となる。 併結後に再度分割されて、それぞれの行き先が異なる場合。たとえば、大阪駅 - 高山駅間で運行される特急「ひだ25号」は岐阜駅 - 高山駅間で名古屋駅発着の「ひだ5号」に併結されるが、「ひだ25号」を併結する「ひだ5号」は飛驒古川駅行きであるため、「ひだ25号」に大阪駅 - 大垣駅間の停車駅から乗車し、「ひだ5号」に乗り換えて飛驒古川駅まで乗車する場合、「ひだ25号」の乗車駅から飛驒古川駅までの特急料金は通算して計算される。
なお、トクトクきっぷの中には、上記以外の在来線特急列車同士の乗り継ぎを認めることを前提にしたものも多い。
新幹線直通在来線について 以下の路線・区間については、制度上新幹線車両を用いた在来線特急列車となっている。しかし、運転の実態として直通運転を行っている場合が多いので、扱いを別に定めている。 山形新幹線で福島駅を跨ぐ場合 秋田新幹線で盛岡駅を跨ぐ場合 上越新幹線と上越線（ガーラ湯沢駅） 東海道・山陽新幹線と博多南線
山形新幹線で福島駅を跨ぐ場合・秋田新幹線で盛岡駅を跨ぐ場合 山形新幹線で福島駅を跨ぐ場合・秋田新幹線で盛岡駅を跨ぐ場合には、東北新幹線区間の新幹線特急料金と在来線（奥羽本線・田沢湖線）区間の特急料金（51キロ以上でA特急料金より割安に設定）を合算する。なお当日東京駅 - 新庄駅間の各駅や東京駅 - 秋田駅間の各駅で改札を出ない場合は、座席指定料金相当額が新幹線区間と在来線区間で二重に発生しないよう530円の割引を行う。
なおグリーン車は、山形新幹線（東京駅 - 新庄駅間の各駅相互に限る）または秋田新幹線（東京駅 - 秋田駅間の各駅相互に限る）の利用する全区間の営業キロによる料金でグリーン料金が計算される。
上越線（越後湯沢駅 - ガーラ湯沢駅間）・博多南線 上越線の越後湯沢駅 - ガーラ湯沢駅間及び博多南線については、短距離であるため区間相互は全車両自由席扱いの特定特急料金を適用している。博多南線については、博多駅で接続している山陽新幹線との連絡については、直通していても別列車扱いとしている。これは、通勤ライナーと同様の扱いで運行されていることを考慮してのことである。また、上越線越後湯沢駅 - ガーラ湯沢駅間については、季節営業であることと、越後湯沢駅から直通する列車であることから同一列車で運行される。ともに料金計算上は新幹線と自由席扱いの特定特急料金を合算して計算する。
幹特在特 西九州新幹線 西九州新幹線と鹿児島本線門司港駅・佐世保線武雄温泉駅間に運転する特急列車（「36ぷらす3」を除く）について、武雄温泉駅において出場しないで乗継ぎをする場合（接続のために一時出場する場合を含む）は、新幹線と在来線の特急料金を各々1割引して合算した特急料金で計算する。
なお、この特例が適用される特急券の券面には、「幹特在特」と記される。
例：長崎駅 - （西九州新幹線「かもめ」） - 武雄温泉駅 - （特急「リレーかもめ」） - 博多駅 割引制度がなければ、西九州新幹線「かもめ」（特急料金1,760円）と特急「リレーかもめ」（特急料金1,200円）の合計2,960円が必要だが、各々の料金を1割引することにより、2,660円が特急料金となる（金額は普通車自由席利用の場合）。なお、指定席やグリーン車を利用する場合は、乗車する区間の割引後の自由席料金に、指定席料金（通常期の場合は530円）や、グリーン料金を加える。
北陸新幹線（富山駅 - 越前たけふ駅） 北陸新幹線富山駅・越前たけふ駅間の各駅と特急「サンダーバード」および特急「しらさぎ」について、敦賀駅において出場しないで乗継ぎをする場合は、新幹線と在来線の特急料金を各々1割引して合算した特急料金で計算する。
なお、この特例が適用される特急券の券面には、「幹特在特」と記される。
例：富山駅 - （北陸新幹線「つるぎ」） - 敦賀駅 - （特急「サンダーバード」） - 大阪駅 割引制度がなければ、北陸新幹線「つるぎ」（特急料金2,640円）と特急「サンダーバード」（特急料金1,860円）の合計4,500円が必要だが、各々の料金を1割引することにより、4,040円が特急料金となる（金額は普通車自由席利用の場合）。なお、指定席「かがやき」・「サンダーバード」・「しらさぎ」には自由席の設定がない。やグリーン車を利用する場合は、乗車する区間の割引後の自由席料金に、指定席料金（通常期の場合は530円）や、グリーン料金を加える。
乗継割引 thumb|250px|乗継割引適用の料金券には「乗継」と明示される 次の項以後に挙げる場合について、次の二つの条件を満たすとき、特急・急行列車を乗り継ぐ場合、この書体の列車の特急料金、急行料金、及び急行列車の指定席料金もともと特急料金には特急列車の指定席料金が含まれているので、こちらも同様に半額となる。特別急行券も参照のこと。 が半額になる。ただし、グリーン個室、設備定員が複数の寝台個室、及び別にJRが指定した個室を利用する場合は適用しない。 対象となる列車について、先に乗るもの（これを「先乗列車」という）と次に乗るもの（「後乗列車」という）の両方の列車の特急券等を乗車時までに同時に購入するただし、後から乗る列車の特急券等が満席等の理由で購入できない場合、先乗列車の特急券等の購入時に「乗継請求」の証明をしてもらうことで、後乗列車の特急券等の購入時に乗継割引を適用することができる。。 後乗列車の特急・急行券の有効期間開始日（座席や列車を指定された特急券または立席特急券、急行券・指定席券の場合は「乗車日」）が、先乗列車の特急・急行券の有効期間開始日の当日または翌日である。 ただし、先乗列車が新幹線である場合は、双方の列車の特急・急行券の有効期間開始日が同一でなければならない。 例：新横浜駅 - （東海道新幹線） - 静岡駅（0:20発） - （寝台特急「サンライズ出雲」） - 出雲市駅 静岡駅で日付が変わるため、この乗り継ぎの場合は特急料金を割引しない。割引するためには、熱海駅（23:23発）で乗り継ぎを行う必要がある。 ※特別に指定された列車では、乗車日前日の新幹線から乗り継ぐ場合に特急料金が割引となる場合がある。主に乗継駅の発車時刻が0時直後となる（前日23時台に到着する新幹線に接続する）列車が指定される。なお2020年3月14日ダイヤ改正時点ではこの特例が適用される列車は存在しない。以前指定されていた列車としては博多駅を0時直後に発車する「ドリームつばめ」→「有明」や、坂出駅を0時直後に発車する「ミッドナイトEXP高松」などがあった（前者は廃止、後者は時刻繰り上げ）。
新幹線と在来線 以下に示す新幹線と在来線の特急・急行列車を次の各駅で乗り継ぐ場合の在来線の特急・急行列車の特急料金、急行料金2016年3月以降は定期列車なし。、及び急行列車の指定席料金。2024年3月16日をもって廃止された。前日の2024年3月15日までは以下のような制度が存在した。
新横浜駅 - 相生駅間の東海道新幹線・山陽新幹線の各駅。 新幹線から在来線への乗り継ぎは原則有効期間開始日当日のみであるが、指定された列車では翌日0時台に発車する特別急行列車に乗り継ぐ場合でも適用される（先述）。 小倉駅・博多駅における山陽新幹線と九州旅客鉄道（JR九州）の在来線特急を乗り継ぐ場合の乗り継ぎ割引は2011年3月11日限りで廃止されたJR九州プレスリリース 2010年12月27日 在来線の特急料金の見直し等について。なお、これ以前も新幹線と博多南線および特急「かいおう」に乗り継ぐ場合は乗り継ぎ割引の対象から外されていた。 特急「（サフィール）踊り子」号、特急「湘南」号、特急「WEST EXPRESS 銀河」に乗り継ぐ場合は、適用されない（後述）。 岡山駅 - 新下関駅間の各駅における山陽新幹線と在来線特急を乗り継ぐ場合の乗り継ぎ割引は2023年3月31日限りで廃止された 例：新横浜駅 - （東海道新幹線） - 新大阪駅 - （特急「くろしお」） - 白浜駅 「くろしお」号の特急料金を割引にする。 例：名古屋駅 - （東海道新幹線） - 静岡駅 - （特急「ふじかわ」） - 甲府駅 「ふじかわ」号の特急料金を割引にする。 例：広島駅 - （山陽新幹線） - 姫路駅 - （特急「サンライズ瀬戸」） - 横浜駅 「サンライズ瀬戸」号の特急料金を割引にするただし特急料金のみ割引し、寝台料金は無割引での発券となる。。 ※岡山駅で乗り継ぐ場合、「サンライズ瀬戸」号の特急料金は割引にならない（岡山駅は2023年4月1日から指定駅でなくなったため）。 東北新幹線・北海道新幹線の新青森駅。 2002年11月までは東北新幹線八戸開業まで、東京駅、上野駅、大宮駅以外のすべての東北新幹線の駅で、新幹線から在来線への乗り継ぐ場合、乗り継ぎ割引が適用されていたが、現在は新青森駅のみが対象駅である。 例：東京駅 - （東北新幹線） - 新青森駅 - （特急「つがる」） - 弘前駅 「つがる」号の特急料金を割引にする。 上越新幹線の長岡駅・新潟駅。 2002年11月までは、大宮駅以外のすべての上越新幹線の駅で、新幹線から在来線への乗り継ぐ場合、乗り継ぎ割引が適用されていたが、同年12月以降、越後湯沢駅、長岡駅、新潟駅のみが対象駅とされた。2015年3月には越後湯沢駅も対象駅から除外された北陸新幹線金沢開業に伴い、特急「はくたか」が廃止された。同日、越後湯沢駅における乗り継ぎ割引の取り扱いは終了した。。 例：東京駅 - （上越新幹線） - 新潟駅 - （特急「いなほ」） - 酒田駅 「いなほ」号の特急料金を割引にする。 例：上毛高原駅 - （上越新幹線） - 長岡駅 - （特急「しらゆき」） - 直江津駅 「しらゆき」号の特急料金を割引にする。 北陸新幹線の長野駅・直江津駅上越妙高駅に直通して運転する急行列車（特急を含む）に乗車し、上越妙高駅で新幹線と乗り継ぐ場合に限る。・金沢駅・津幡駅金沢駅に直通して運転する急行列車（特急を含む）に乗車し、金沢駅で新幹線と乗り継ぐ場合に限る。。 例：軽井沢駅 - （北陸新幹線） - 長野駅 - （特急「しなの」） - 松本駅 「しなの」号の特急料金を割引にする。 例：佐久平駅 - （北陸新幹線） - 上越妙高駅 - （特急「しらゆき」） - 柏崎駅 「しらゆき」号の特急料金を割引にするただし、JR区間のみ割引し、えちごトキめき鉄道妙高はねうまライン区間は無割引での発行となる。。 例：富山駅 - （北陸新幹線） - 金沢駅 - （特急「サンダーバード」） - 京都駅 「サンダーバード」号の特急料金を割引する。 例：上田駅 - （北陸新幹線） - 金沢駅 - （特急「能登かがり火」） - 和倉温泉駅 「能登かがり火」号の特急料金を割引するただし、JR区間のみ割引し、IRいしかわ鉄道線区間は無割引での発行となる。。
北海道新幹線の新函館北斗駅（東北新幹線と北海道新幹線にまたがって乗車する場合を含む）。 例：仙台駅 - （東北・北海道新幹線） - 新函館北斗駅 - （特急「北斗」） - 札幌駅 「北斗」号の特急料金を割引する。 新大阪駅で新幹線と乗り継ぐ場合に限って大阪駅。 例：名古屋駅 - （東海道新幹線） - 新大阪駅 - （普通列車） - 大阪駅 - （特急「はまかぜ」） - 豊岡駅 「はまかぜ」号の特急料金を割引にする。 例：岐阜駅 - （特急「ひだ」） - 大阪駅 - （普通列車） - 新大阪駅 - （東海道新幹線） - 名古屋駅 「ひだ」号の特急料金を割引にする（乗り継ぐ方向には制限はない）。
なお、以下の線区の列車には適用しない。 指定駅以外での乗り継ぎの場合。 例：名古屋駅 - （東海道新幹線） - 東京駅 - （特急「しおさい」） - 飯岡駅 「しおさい」号の特急料金は割引にならない（東京駅は指定駅でないため）。 例：熱海駅 - （東海道新幹線） - 品川駅 - （特急「成田エクスプレス」） - 成田空港駅 「成田エクスプレス」号の特急料金は割引にならない（品川駅は指定駅でないため）。 例：和歌山駅 - （特急「くろしお」） - 天王寺駅 - （普通列車） - 新大阪駅 - （山陽新幹線） - 姫路駅 「くろしお」号の特急料金は割引にならない（天王寺駅は指定駅でないため）。 例：長野駅 - （北陸新幹線） - 富山駅 - （特急「ひだ」） - 飛驒古川駅 「ひだ」号の特急料金は割引にならない（富山駅は指定駅でないため）。 例：名古屋駅 - （東海道・山陽新幹線） - 岡山駅 - （特急「しおかぜ」） - 松山駅 「しおかぜ」号の特急料金は割引にならない（岡山駅は2023年4月1日から指定駅でなくなったため）。 例：広島駅 - （山陽・九州新幹線） - 新鳥栖駅 - （特急「かもめ」） - 長崎駅 「かもめ」号の特急料金は割引にならない（新鳥栖駅は指定駅でないため）。 指定駅での乗り継ぎであっても適用されない列車。 新青森駅又は青森駅を乗継駅として乗車する「日本海」号大阪駅、新大阪駅、京都駅で新幹線から乗り継ぐ場合の割引は従来通り適用。、「あけぼの」号等の寝台車を連結した特急列車（2015年現在は該当列車なし）。 在来線特急の座席車・寝台車等の座席種別を問わず除外されている。 除外されているのは特急列車であり、急行列車は除外されていない。 奥羽本線新青森駅 - 青森駅間のみ特急・急行列車に乗車する場合。 東海道新幹線の小田原駅・熱海駅・三島駅を乗継駅として乗車する「（サフィール）踊り子」号及び「湘南」号 座席種別（普通車・グリーン車・グリーン個室・プレミアムグリーン）を問わず除外されている。 東京駅・品川駅を乗継駅として乗車する場合も、他の列車と同様に除外される。 東海道新幹線および山陽新幹線の各駅を乗継駅として乗車する「WEST EXPRESS 銀河」号 座席種別（普通車・グリーン車・グリーン個室）を問わず除外されている。 かつては指定駅での乗り継ぎであっても適用されない特定特急料金を設定している新幹線規格の路線・区間が存在したが、指定駅を解除されたことで旅客営業規則から削除されている（下記参照）。
また、在来線から新幹線を経由して在来線へ乗り継ぐ場合は、在来線のどちらか一方（通常は高い方）を割り引く。乗り継ぎ割引が適用外となる列車が含まれている場合は割引が適用になる列車のみ割り引く。この取り扱いは、北海道新幹線をはさんで奥羽本線の特急列車と函館本線経由の特急列車を乗り継ぐ場合にも適用する。 例：草津駅 - （特急「ひだ」・特急料金1,290円） - 米原駅 - （東海道新幹線） - 名古屋駅 - （特急「しなの」・特急料金1,470円） - 長野駅 特急料金の高い「しなの」号の特急料金を割引にし（割引料金は1,470円）、「ひだ」号の特急料金は割引にしない（金額は通常期の普通車指定席利用の場合）。 例：大分駅 - （特急「ソニック」・特急料金2,330円） - 小倉駅 - （山陽新幹線） - 京都駅 - （特急「サンダーバード」・特急料金860円） - 敦賀駅 特急料金は「ソニック」号の方が高額になるが、小倉駅での乗り継ぎに対しては乗り継ぎ割引が適用されないため、「サンダーバード」号の特急料金を割引となる（割引料金は870円、金額は通常期の普通車指定席利用の場合）。
かつては東京駅または品川駅 - 門司駅以西の区間を運行する特急・急行列車については、門司駅以西のJR九州管内で乗り継ぐ場合に限りこの制度を適用するという特例があった。ただし、この場合は対象である「富士」号・「はやぶさ」号が2009年3月14日のダイヤ改正で廃止されたため、以後はこれの対象となる特急・急行列車は現存しない。また2011年3月以降はJR九州管内での乗り継ぎ割引そのものが廃止されている。
本州と北海道 2016年3月26日以降、本州 - 北海道間の定期旅客列車は北海道新幹線のみとなっており、上記の新幹線 - 在来線の乗継割引が適用されるが、海峡線（津軽海峡線）経由の定期特急列車が運転されていたそれ以前、以下のような制度が存在した。
奥羽本線と津軽海峡線 奥羽本線を経由する特急列車と津軽海峡線を経由する特急・急行列車を新青森駅または青森駅で乗り継ぐ場合、津軽海峡線を経由する特急・急行列車の特急料金、急行料金、及び指定席料金。ただし、奥羽本線を新青森駅 - 青森駅間のみ乗車する場合を除く。