三嶋大社（みしまたいしゃ、三島大社）は、静岡県三島市大宮町にある神社。式内社（名神大社）、伊豆国一宮、伊豆国総社。旧社格は官幣大社で、現在は神社本庁の別表神社。
概要 静岡県東部の伊豆半島基部、三島市の中心部に鎮座する。境内入り口の大鳥居前を東西に旧東海道、南に旧下田街道が走る。周辺は伊豆国の中心部として国府のあった地で、後に三嶋大社の鳥居前町として発達、いつしか地名も大社に由来して「三島」と称されるようになったとされる。
社名の「三嶋」とは伊豆大島・三宅島等から成る伊豆諸島を指すと言われ、主祭神は伊豆諸島の開拓神である。当社は、古代には伊豆諸島の噴火を畏れた人々から篤く崇敬された。中世に入ると、伊豆国の一宮として源頼朝始め多くの武家からの崇敬を集めた。近世以降は三島が東海道の宿場町として発達したことに伴い、東海道を往来する庶民からも篤く信仰された神社である。
境内では本殿・幣殿・拝殿が国の重要文化財に、キンモクセイが国の天然記念物に指定されている。また社宝では、北条政子の奉納と伝わる国宝の「梅蒔絵手箱」を始めとして、多数の所蔵品が国の重要文化財や静岡県指定文化財に指定されている。
社名
社名は戦前は「三島神社」と称したが、戦後は「三嶋大社」を称している。歴史的には、史料上で次の呼称が見える。 三島大社/三嶋大社 （『続日本後紀』） 伊豆三島神社/伊豆三嶋神社 （『延喜式』神名帳） 三島社/三嶋社 （『吾妻鏡』、北畠顕家文書、北条氏綱文書） 三島宮/三嶋宮 （矢田部家文書等）
通説では、「三島」の呼称は伊豆諸島に対する尊称「御島（みしま）」に由来するとされる「御島」が具体的にどの島を指すかについては、伊豆諸島の総称とする説、大島を指す説、三宅島を指す説、大島・三宅島・新島の3島を指す説などがある 。。伊豆諸島を指す地名の「三島」としては、古くは天平13年（731年）『続日本紀』天平13年（741年）3月9日条。に「伊豆三島」の記載が、平安時代の『和名類聚抄』では伊豆国賀茂郡に「三島郷（みしまごう）」の記載が見える。なお、別説として小市国造が奉斎した伊予国一宮の大山祇神社（「大三島神」）を由来とする説がある。
現在の鎮座地の地名は「三島」であるが、これは先の伊豆諸島を指す「三島」とは異なり、古代の史料には見えない地名である。当地は、古代には伊豆国の国府があったことから「国府（こう）」と称された。そして三嶋神が国府に祀られたのち、13世紀末頃から大社にちなんで地名も「三島」と呼ぶようになったとされる。
なお、1972年（昭和47年）〜1982年（昭和57年）の地図には「三島神社」と記載がされている。
以下本項では、神名としては社名にならって「三嶋」の表記を使用するが、史料の引用では常用漢字体を使用する関係上「三島」の表記を使用して解説する。
祭神
祭神は次の2柱祭神2柱の記載は、社誌・公式サイト等における三嶋大社の公式表記による。『増訂豆州志稿』では、主祭神に加えて4柱を配祀するとする。その中で、4柱のうち2柱は伊古奈比咩命・阿波咩命とするが、ほか2柱は未詳という 。。 大山祇命（おおやまつみのみこと） 積羽八重事代主神（つみはやえことしろぬしのかみ）
2柱は「三嶋大神（みしまのおおかみ）」または「三嶋大明神（みしまだいみょうじん）」と総称される。本地仏は薬師如来。
祭神について 三嶋大社の祭神は大山祇命の方が古く、事代主神祭神説は江戸時代末期に唱えられたものである。大山祇命説は、鎌倉時代の『東関紀行』に始まって、『源平盛衰記』や『二十一社記』、『神道集』三嶋之大明神之事の段等の諸史料に、三嶋神が伊予国の三嶋神（大山祇神社）に由来する、あるいは同神であるという記述があり、『釈日本紀』や『日本書紀纂疏』にも大山祇神が伊豆国三嶋神社や伊予国大山祇神社で祭られるとあるように、事代主神説が唱えられるまでは広く定着していた。『大日本国一宮記』にも大山祇命、鎌倉時代の『春の深山路』11月24日にも伊予を本社ともうすとあり、鎌倉時代に両社を参拝した実材母も、その歌集『権中納言実材卿母集』の中で2社を同一視している。
一方の事代主神説は、江戸時代後期の平田篤胤の『古史伝』での主張に始まる説である。室町時代の『二十二社本縁』賀茂事条にある『葛木の賀茂は（中略）都波八重事代主神云。（中略）伊豆国賀茂郡坐三島神、伊予国坐三島神同体坐云都波八重事代主神と云う。（中略）伊豆国賀茂郡に坐す三島神、伊予国に坐す三島神（現：大山祇神社）は同じと云う」という記載に基づく。この記述も三嶋神を伊予の三嶋神（大山祇神社）と同神とする点では『東関紀行』などと同じだが、伊予も含めて三嶋神を事代主神とする点で前出の諸資料と異なる。
江戸時代までの祭神は大山祇命とされていたが、幕末に事代主神説が国学者の支持を得たため、明治6年（1873年）に事代主神に改められた。
ところが、大正6年（1917年）に、三島通良が北畠親房の『二十一社記』との比較により、『二十二社本縁』では十二文字が抜け落ちたことで誤って事代主神と結びつけられたこと、これにより前後の文で矛盾が起きている事代主神は地神としているにもかかわらず、その後の文で天神だが何の神か分からないとなっていて、意味が繋がらない（伊豆国史蹟研究第一報書摘要p.12-14）ことを指摘した。このことは、事代主神説は『二十二社本縁』が『二十一社記』を引用した際に、文字が誤って脱落したことにより起こった誤謬であることを意味する。『二十一社記』と『二十二社本縁』を以下に引用する。 〇『二十一社記』賀茂社条 「山城の賀茂、葛木の賀茂とて座す、各別の神成。葛木の賀茂は都波八重事代主の神と云。賀茂家の陰陽道の軰祖神とも奉齋成。是は地神にて座す。山城の賀茂は天神にて座す。伊豆の賀茂郡に坐三島大明神、伊予の国に坐す三島神は同体にて坐すと云う。天神とは申せども、所見未詳。今下上二社在（以下略）」 〇『二十二社本縁』賀茂事条 「山城の賀茂、葛木の賀茂とて座す、各別の神成。葛木の賀茂は都波八重事代主の神と云。賀茂家の陰陽道の祖神とて奉齋成。此地神にて座す。伊豆国賀茂郡に坐する三島の神、伊予国に坐する三島の神同体にて坐すと云えり。天神とは申せども、何の神と云事所見不詳。今下上有二社（以下略）」 これ以後再び大山祇命説が支持を受けるようになり、大正14年（1925年）の『特選神名牒』や、昭和11年（1936年）の『静岡県史』、更には昭和16年（1941年）の『静岡県神社志』にも、事代主神説を批判、あるいは大山祇命説を支持する記述がある。1930年代以降は事代主神説を支持する論考は殆ど見られなくなり吉永博彰「神社史再考―三嶋大社研究を端緒に―」國學院大學 研究開発推進機構 紀要 第17号（令和7年3月）、これらの動きを受け、昭和27年（1952年）に大山祇命と事代主神を両神とも祭る形に改められ、現在に至っている。
近年の研究では、三嶋神は「御島神」すなわち伊豆諸島の神を意味するとして、上記2説とも後世の付会とする見方が有力視される。この中で、噴火の盛んな伊豆諸島で原始的な造島神・航海神として祀られたのが「ミシマ神」の始まりであるという。そして「ミシマ」の音から、後世に他の神に結び付けられたとも推測されている。
三嶋大社はまた、富士山の神「浅間神」にも影響を与えている。富士山の木花咲耶姫命説は古代から中世の文献には見当たらないとされ、それが初めて見えるのは江戸時代の初頭である。林羅山は1616年の『丙辰紀行』の中で、仏教色の強い従来の説を否定するとともに、伊豆の三島は伊予から来た大山祇神であることに加え、三島と富士は父子関係にあるという伝承を取り上げ、富士は大山祇神の子、すなわち木花咲耶姫命であると神話解釈を行った権 東祐「神話解釈史から見る富士山の祭神変貌論」『日本研究』（2023年12月16日) 。
歴史 三嶋神・伊古奈比咩命の変遷 『式内社調査報告』で推測される三嶋神・伊古奈比咩命の変遷。 創建
創建は不詳。後述のように『延喜式』神名帳には伊豆国賀茂郡（伊豆半島南部・伊豆諸島）の所在と記載され、現在地（当時は田方郡）と相違することから、遷座説・郡名誤記説等の諸説が提唱されている。文献上で現在地の鎮座が確実なのは、1300年頃に編纂された『吾妻鏡』治承4年（1180年）の記事からである。あるいは、仁治3年（1242年）頃に成立した『東関紀行』でも国府の近くに存在することが分かる。
現在通説として知られるのは、初め賀茂郡三島郷（伊豆諸島か）、のち賀茂郡大社郷白浜（伊古奈比咩命神社付近か）、さらに田方郡小河郷の伊豆国府（現社地）へと遷座（一説に勧請）したとする説である。一方の郡名誤記説では、『延喜式』の記載を疑い、太古より当地に鎮座とする『三島市史』を代表とする説（より）。。
伊予三島神説では、最初伊予大三島から三宅島に移り、その後白浜、そして現在地へ遷座したとされる＜再発見！伊豆学講座＞三嶋大社（上） 歴史書にしばしば登場（東京新聞）。このほか下賀茂の加畑賀茂神社にも、伊予から伊豆諸島を経由して当地に来たとの伝承がある。
概史 古代 史料の初見は天平宝字2年（758年）『新抄格勅符抄』10（神事諸家封戸）大同元年（806年）牒（参照）。で、「伊豆三島神」に対して10月2日に封戸9戸が、12月に封戸4戸が授けられている。国史では天長9年（832年）の記事において、三嶋神・伊古奈比咩命神（伊古奈比咩命神社）の2神が地2,000町に神宮二院・池三処を作るなど多くの神異を示したとして、名神に預かっている。同記事の3日前の記事『釈日本紀』巻15所引『日本後紀』逸文 天長9年（832年）5月19日条（参照）。では、日照りの原因が「伊豆国神」の祟りであると記されているが、この「伊豆国神」は三嶋神・伊古奈比咩命神と同一神とする説もある。
『続日本後紀』の記事『続日本後紀』承和7年（840年）9月23日条。によると、承和5年（838年）7月5日夜に上津島（神津島）で激しい噴火が発生した。占いの結果、それは三嶋神の後后が位階（神階）を賜ったにもかかわらず、本后たる阿波神（阿波咩命：阿波命神社）には沙汰がないことに対する怒りによるものだと見なされた。同記事では「後后」に関する具体的な言及はないが、これは伊古奈比咩命を指すとされる。この記事を受けて約一ヶ月後『続日本後紀』承和7年（840年）10月14日条。には、阿波咩命と物忌奈命（阿波神の御子神：物忌奈命神社）の神階が無位から従五位下に昇った。
その後、三嶋神は嘉祥3年（850年）に従五位上の神階が授けられたのち、仁寿2年（852年）に従四位下、天安3年（859年）に従四位上、貞観6年（864年）に正四位下、貞観10年（868年）に従三位が授けられた。
延長5年（927年）成立の『延喜式』神名帳『延喜式』神名帳 伊豆国賀茂郡条。では、伊豆国賀茂郡に「伊豆三島神社 名神大 月次新嘗」として、名神大社に列するとともに月次祭・新嘗祭で幣帛に預かった旨が記載されている。また、『延喜式』主税寮『延喜式』26（主税上） 出挙本稲条（参照）。によると、「三島神料」として2,000束が下されていた。
承平年間（931年-938年）頃の『和名類聚抄』では伊豆国賀茂郡に「大社郷（おおやしろごう）」の地名が見えるが、これは伊豆三島神社・伊古奈比咩命神社に基づく郷名とされる奈良時代の木簡では「稲梓郷（いなずさごう）」が見えており、この稲梓郷を踏襲して平安時代に大社郷が成立したとされる 。。
中世から近世 中世に入ると、三嶋社は伊豆国で一宮の地位に位置づけられたほか（初見は建武元年（1334年））、伊豆国の総社も兼ねたとされる。『伊豆国神階帳』（康永2年（1343年）以前成立）では「正一位三島大明神」と記載されている。
『吾妻鏡』治承4年（1180年）の記事『吾妻鏡』治承4年（1180年）8月17日条。によると、源頼朝は挙兵直前に安達盛長に対して三嶋社への奉幣を命じ、その後伊豆北条氏と組んで目代の山木兼隆を討ち取った。また、頼朝は同年に平家軍との戦のため西に向かう際にも三嶋神を拝んだという。このような戦勝祈願に見えるように、三嶋社は源頼朝から篤く崇敬され、頼朝からは治承4年（1180年）10月に御園・河原谷・長崎の神領の寄進、元暦2年（1185年）6月に臨時祭料として河原谷・御園の寄進、同年8月には放生会料として糠田・長崎の寄進、文治4年（1188年）正月に参詣、建久6年（1195年）に神馬・剣の奉納が行われた。頼朝が開いた鎌倉幕府は、三嶋社を鶴岡八幡宮や二所権現（伊豆山神社・箱根神社）と並んで信仰している。頼朝以後も鎌倉幕府将軍は代々三嶋社に参詣しており、特に4代将軍・藤原頼経は最多の参詣数であった。
この時代、鎌倉幕府の将軍・御家人は東海道を従来の足柄越ではなく箱根越を利用した。これによって箱根路が活性化し、箱根手前に位置する三嶋社には数多くの旅人が参詣した。東海道の紀行文には必ず三嶋社のことが記されており、『東関紀行』の作者（未詳）や、竹崎季長（『蒙古襲来絵詞』上巻）、阿仏尼（『十六夜日記』『夫木抄』）、冷泉為相・飛鳥井雅有（『夫木抄』）、一遍（『一遍聖絵』）、後深草院二条（『とはずがたり』）などが参詣の様子を描写している。 南北朝時代に入り争乱が増えると、三嶋社では戦勝祈願を行う例が多く見られた。三嶋社は室町幕府・鎌倉公方からも篤い崇敬を受けたため、社領寄進が度々なされていた。
戦国時代には当地を治めた後北条氏の保護を受け、後北条氏からは造営の支援も行われた。永禄11年（1568年）の甲相駿三国同盟解消に伴って当地は対武田氏の最前線になったため、度々兵火に遭ったとされる。後北条氏は積極的に三嶋社の造営を支援したが、それが後北条氏にとっての重荷になったともいわれる。
江戸時代、江戸幕府からは文禄3年（1594年）に社領330石が寄進された（地割は神主100石、護摩堂25石、刑部大夫20石、在庁免25石、惣社人55石等）。慶長9年（1604年）にはさらに200石が加えられ、江戸時代を通じて計530石を有していた。
近代以降 明治維新後、明治4年（1871年）に近代社格制度において官幣大社に列し、「三島神社」と称した。戦後は「三嶋大社」と改称し、神社本庁の別表神社に列している。
神階 六国史における神階奉叙の記録 天長9年（832年）5月22日、名神に預かる （『釈日本紀』所引『日本後紀』逸文）『釈日本紀』巻15所引『日本後紀』逸文 天長9年（832年）5月22日条（参照）。『日本後紀』逸文の天長9年条に神階叙位の記載は無いが、『続日本後紀』承和7年条の「後后が冠位を授かった」ことに対する本后（阿波命）の怒りの記事から、この頃に従五位下の叙位が推測される 。 - 表記は「三島神」。 嘉祥3年（850年）10月7日、従五位上 （『日本文徳天皇実録』）『日本文徳天皇実録』嘉祥3年（850年）10月7日条（参照）。 - 表記は「三島神」。 仁寿2年（852年）12月15日、従四位下 （『日本文徳天皇実録』）『日本文徳天皇実録』仁寿2年（852年）12月15日条（参照）。 - 表記は「三島大神」。 斉衡元年（854年）6月26日、従四位下 （『日本文徳天皇実録』）『日本文徳天皇実録』斉衡元年（854年）6月26日条（参照）。 - 表記は「三島大神」。仁寿2年記事と内容は重複。 天安3年（859年）1月27日、従四位下から従四位上 （『日本三代実録』）『日本三代実録』貞観元年（859年）正月27日条（参照）。 - 表記は「三島神」。 貞観6年（864年）2月5日、従四位上から正四位下 （『日本三代実録』）『日本三代実録』貞観6年（864年）2月5日条（参照）。 - 表記は「三島神」。 貞観10年（868年）7月27日、正四位下から従三位 （『類聚国史』）『類聚国史』16（神祇16神位4） 貞観10年（868年）7月27日条（参照）。 - 表記は「三島神」。 六国史以後 正一位 （『伊豆国神階帳』） - 表記は「三島大明神」。
+伊豆主要神の神階年三嶋神阿波咩命（本后）物忌奈命（阿波咩命の子）伊古奈比咩命（後后）832年名神（従五位下?）----名神（従五位下?）838年（神津島噴火）840年--無位→従五位下無位→従五位下--850年従五位上従五位上従五位上従五位上852年従四位下正五位下正五位下正五位下854年従四位下正五位下正五位下正五位下859年従四位下→従四位上------864年従四位上→正四位下------868年正四位下→従三位------神名帳名神大名神大名神大名神大神階帳正一位一品正一位?『伊豆国神階帳』記載の「正一位天満天神」が、物忌奈命神社の遥拝所とされる天神社（三嶋大社元摂社）に比定されることによる。一品
神職 三嶋大社の神主職は、伊豆国造の後裔を称する矢田部氏（やたべし）が代々世襲する。
伊豆国造について『先代旧事本紀』『先代旧事本紀』「国造本紀」伊豆国造条。では、神功皇后の時に若建命（わかたけのみこと）が国造に任じられたといい、この若建命は服部連祖・天蕤桙命（あめのぬほこのみこと）『新撰姓氏録』大和国神別、服部連条。の8世孫であるという『国造制の研究 -史料編・論考編-』八木書店、2013年、p. 79。。矢田部氏に伝わる系図『伊豆国造伊豆宿禰系図』では、初代に天御桙命、第9代に若多祁命（若建命を指す）を記載する。
矢田部氏は、元々は日下部直（くさかべのあたえ、日下部氏）であったとされる。『続日本紀』では天平14年（742年）『続日本紀』天平14年（742年）4月10日条。に外従七位下の日下部直益人（ますひと；系図では第19代）が「伊豆国造伊豆直（いずのくにのみやつこ いずのあたえ、伊豆氏）」姓を賜った。また、宝亀2年（771年）『続日本紀』宝亀2年（771年）3月22日条。に外従五位下の伊豆国造伊豆直乎美奈（おみな；系図では益人の子）が従五位下を賜ったと記載される『日本古代氏族人名辞典 <普及版>』（吉川弘文館、2010年）伊豆氏項。。
系図によると、その後裔の伊豆貫盛（第30代）が三嶋神主となって以降、代々三嶋社の祭祀に携わったという。伊豆久恒（第33代）の時には久恒に子が無かったため、弟の国盛（第34代）が「東神主五郎大夫」を、末弟の貞盛が「西神主四郎大夫」を称して後を継いだ。康和5年（1103年）の国盛の宮司補任を示す文書は現在にも残っている（ただし検討余地のある史料とされる）。その後は東大夫・西大夫が並び立って三嶋社の社務を分担し、西大夫は二宮八幡宮の神主も兼務したという。東大夫と西大夫は代々継承されたが、南北朝期以降は西大夫は没落して東大夫のみとなった。以降の神主職は東大夫の世襲となり、一族は元禄年間（1688年-1704年）に姓を「矢田部」に改めた上で、現在の宮司（第70代）に至っている。
社僧としては愛染院（別当）、大徳院・竜宝院・法正院（役僧）の4子院があった。また、神宮寺には「国分寺」の称も見える。
社殿造営 三嶋大社は元は下田市白浜に所在したといわれる。『日本後紀』逸文では社地に関する次の記載があるが、これは白浜鎮座時の描写とされる。
三島市域での所在を示す最古の史料は『吾妻鏡』治承4年（1180年）記事である。鎌倉時代の『一遍聖絵（一遍上人絵伝）』第6巻では、弘安5年（1282年）に一遍が参詣した際の楼門・拝殿・楼門（神門）・幣殿・本殿からなる社殿が描かれている（ただし『一遍聖絵』には建築史学的に疑義がある）。現在、その様子は三嶋大社宝物館に模型で再現されている。
鎌倉時代以降の文書に見える造営・修復年次は、文治3年（1187年）、建永元年（1206年）、嘉禎元年（1235年）、文永9年（1272年）、正安4年（1302年）、嘉暦4年（1329年）、延文3年（1358年）、応安3年（1370年）、永徳2年（1382年）、応永13年（1406年）、応永25年（1418年）、大永6年（1526年）、慶長9年（1604年）、寛永13年（1636年）、承応3年（1654年）、寛文11年（1671年）、正徳元年（1711年）、宝暦5年（1755年）、安永5年（1776年）、寛政8年（1796年）、文化9年（1812年）、天保3年（1832年）、慶応4年（1868年）、大正12年（1923年）、昭和10年（1935年）。
上記のうち特に、江戸幕府3代将軍・徳川家光による寛永期の造営で大規模な社殿が整えられた。その後の江戸期の社殿の様子を示す史料は多く、絵図では五重塔や護摩堂・経蔵といった仏教施設も見える。しかし嘉永7年（安政元年、1854年）に発生した安政東海地震によってほとんどは倒壊したため、社殿は幕末の慶応4年（1868年）にかけて再建された安政4年10月9日（1857年11月25日）、江戸上府途上の初代アメリカ合衆国領事タウンゼント・ハリスが三島で一泊した際にここを見物に訪れ、神殿再建のための寄付に応じて、盛装した神官から礼を述べられている（『ヒュースケン日本日記』青木枝朗訳、岩波文庫、2003年、188、189頁）。その後は、大正12年（1923年）の関東大震災、昭和5年（1930年）の北伊豆地震による被害の修復を経て現在に至っている。
境内 境内の広さは14,057坪（4.6ヘクタール）。他に境外地として約2,200坪（0.72ヘクタール）を所有する。
社殿
主要社殿は、本殿・幣殿・拝殿からなる権現造の複合社殿である。大社側ではこれらを「御殿（ごてん）」と総称する。いずれも江戸時代末期の嘉永7年（安政元年、1854年）の安政東海地震後に再建されたもので、慶応2年（1866年）9月9日に落成した。境内にある主な建造物も、同時期の明治元年（1868年）にかけての再建である。
社殿の形式は、寛永年間（1624年-1645年）の徳川家光造営時を踏襲したものとされる。本殿は三間社流造で、銅瓦葺。幣殿は桁行三間、梁間一間、一重、両下造で、銅板葺。拝殿は桁行七間、梁間四間、一重、入母屋造、正面千鳥破風付、向拝三間、軒唐破風付で、銅瓦葺。本殿・幣殿・拝殿いずれも総欅素木造で、国内有数の規模の社殿である。また本殿脇障子の神功皇后の説話に基づく彫刻を始めとして、本殿の内法上の小壁、本殿と拝殿の蟇股などの要所に彫刻が施されているが、これらは伊豆国名工の小沢希道、駿河国名工の後藤芳治良が競い合って完成させたものといわれる。これら社殿3殿は、江戸時代を代表する建造物であるとして国の重要文化財に指定されている。
拝殿前に建てられている舞殿（ぶでん）は、本殿等と同時期の慶応2年（1866年）12月18日の再建。古くは「祓殿」と呼ばれる神楽祈祷を行う場であったが、のちに舞の奉納が主となったので「舞殿」と称されるようになったという。現在では、舞のほか各種神事でも使用される。舞殿には、中国・元代に郭居敬編纂の「二十四孝」を基にした彫刻が巡らされている。この舞殿は三島市指定文化財に指定されている。
神門（しんもん）もまた、本殿等と同時期の慶応3年（1867年）8月10日の再建。御殿同様に総欅造である。舞殿とともに三島市指定文化財に指定されている。
そのほか、境内には神馬舎（戦後完成）、総門（昭和6年（1931年）完成）、旧総門の芸能殿（慶応4年（1868年）2月11日完成）、客殿等の社殿がある。
社叢
著名な老木として、神門内にキンモクセイ（金木犀）がある。この樹木はウスギモクセイ（薄黄木犀）の雄木で、樹齢約1,200年、樹高10メートル以上を測る老木・巨木である。「2度咲き」の性質を持つが、特に2度目の9月下旬から10月上旬にかけては淡黄色の花で満開になる。このキンモクセイは国の天然記念物に指定されている（詳細は「三島神社のキンモクセイ」を参照）。
また、境内に広がる鎮守の森は「三嶋大社社叢」として三島市指定天然記念物に指定されている。
その他 神池（しんち） - 『吾妻鏡』によれば源頼朝がこの池で放生会を行なったという。『一遍聖絵』でも描かれている。 神鹿園（しんろくえん） 頼朝腰掛石、北条政子腰掛石 - 神馬舎の隣に所在。 牛石（うしいし） - 三島七石の1つ。社務所近くに所在。 たたり石 - 昔は東海道にあって交通整理の役割を担ったという。境内入り口近くに所在。
摂末社 現在の摂末社は、摂社2社・末社13社の計15社（いずれも境内社）。古くは他にも多数の摂末社があったが、現在は事実上独立している。
摂社
若宮神社 祭神：物忌奈乃命（ものいみなのみこと）、誉田別命（ほんだわけのみこと、応神天皇）、神功皇后、妃大神境内説明板。 社格：神階帳「正五位上 第三王子并十八所御子達」、伊豆国元二宮 例祭：8月15日 - 本社例祭の前日。 「わかみやじんじゃ」。古くは「八幡宮」「若宮八幡宮」「若宮社」等とも称された。祭神の物忌奈乃命は三嶋神の御子神で、神津島の物忌奈命神社の祭神である。 古くは「元ツ神」と呼ばれた地主神で、大社西の二ノ宮町に鎮座したという（西若町の若宮神社付近と推定。移転時期不明）。社家は西大夫で、『吾妻鏡』『吾妻鏡』元暦2年（1185年）4月20日条。では「二宮八幡宮」に料所を付す記事が見える。鎌倉時代中期の西大夫没落とともに衰退、のち「若宮」と称されるようになり、さらに大社境内に遷された。この遷座とともに三宮の浅間神社が二宮に格上げされたという。現在の社殿は慶応4年（1868年）8月20日の再建。 社地移転に関する伝承として、三嶋神が地主神の若宮八幡に藁一把分だけの土地を譲るよう頼み、若宮八幡が了承すると、三嶋神は藁束を解いて一本ずつ輪にして広大な社地を占有するに至ったと伝わる。
見目神社 祭神：波布比売命、久爾都比咩命、伊賀牟比咩命、佐伎多麻比咩命、伊波乃比咩命、優波夷命 - 三嶋神の后神6柱。総称して「見目6柱」とも。 例祭：11月14日 「みるめじんじゃ」。6柱は三嶋神の后神で、「見目（みめ）」とは「御妃（みめ）」を意味するともいわれる。古くは、本社例祭の前々日に幕府から奉献された玉簾を見目神社の前で渡す儀礼が行われたという。現在の社殿は慶応4年（1868年）9月3日の再建。
末社 東五社 舞殿の東方に鎮座し次の5社を祀る。祭神はいずれも不詳。 大楠社 - 例祭は3月15日、11月15日。 天神社 - 三嶋神御子神か。 聖神社 第三社 - 三嶋神御子神。 幸神社 西五社 舞殿の西方に鎮座し次の5社を祀る。東五社同様、祭神は不詳。 船寄社 飯神社 - 三嶋神御子神。例祭は1月1日。 酒神社 - 三嶋神御子神。例祭は1月3日。 第二社 - 三嶋神御子神。 小楠社 祓戸神社 祭神：瀬織津姫神、速開都姫神、気吹戸主神、速佐須良姫神 - 祓戸四神。 例祭：6月30日、12月31日 「はらえどじんじゃ」。通称「浦島さん」。境内西方、桜川が流れ込む池中の島に鎮座する。当社は国司によってこの地に奉斎され、国司の大社参拝の際は必ず当地で祓いを行なったという。『一遍聖絵』では相当な規模の社殿が描かれている。現在の社殿は昭和11年（1936年）7月8日の改築。本殿は春日造、拝殿は入母屋造。 厳島神社 祭神：市杵嶋姫命。 例祭：1月1日 境内南方の神池中の島に鎮座する。北条政子の勧請と伝える。 伊豆魂神社 「いづたまじんじゃ」。伊豆出身の戦没者2372柱を祀る。
元摂末社 かつて三嶋大社に属した摂末社。下記はいずれも大社境外に所在する元摂社で、現在は独立する。
三嶋大社の元摂社（以下で全てであるかは不明）元摂社の記載は『増訂豆州志稿 巻八上』君澤郡節、『三島市史 下』第7章第2節における各社の解説に基づく。各社の読み・鎮座地は、静岡県神社庁の三島市の神社一覧のページによる。。 浅間神社 鎮座地：三島市芝本町6-3（） 祭神：木花開耶姫命、波布比売命（相殿神に瓊々杵命、火明命、火蘭降命、彦火々出見命の4柱） 社格：神階帳「正一位 千眼大菩薩」、伊豆国三宮のち二宮 式内社の火牟須比命神社（熱海市の伊豆山神社摂社の雷電神社か）遥拝所か