ナヤン・カダアンの乱とは、1286年（至元23年）から1292年（至元29年）にかけて大元ウルスに対して東方三王家（東道諸王）が起こした反乱。反乱の首謀者ナヤンが挙兵してから捕縛されるまでの「ナヤンの乱（1286年4月 - 7月）」と、その後高麗方面に逃れたカダアン率いる反乱軍残党が鎮圧されるまでの「カダアンの乱（1286年 - 1292年）」に大別され、両者をあわせて「ナヤン・カダアンの乱」と総称する。
クビライの治世晩年に起こった大事件であり、嫡子たちに先立たれたクビライ自らが老齢を押して出陣し反乱を鎮圧したことが『東方見聞録』をはじめ各種史料で語られている。反乱鎮圧戦の後半でクビライに代わって主将を務めたテムル（クビライの孫に当たる）はこの戦いで朝廷内の有力者との関係を強化し、クビライの後継者としての地位を確立した。
背景 thumb|right|310px|大元ウルスの行省 反乱の主体となった「東道諸王（東方三王家）」はチンギス・カンの弟たちを始祖とする王家の総称で、ジョチ・カサルを始祖とするカサル・ウルス、カチウンを始祖とするカチウン・ウルス、テムゲ・オッチギンを始祖とするオッチギン・ウルス、ベルグテイを始祖とするベルグテイ・ウルスからなる。これらの王家は「西道諸王」、すなわちジョチ・ウルス、チャガタイ・ウルス、オゴデイ・ウルスがチンギス・カンによって均等に兵力を分配されたのとは対照的に、オッチギン・ウルスのみが極端に多くの兵を分配されていた。そのため、東道諸王は早い段階から「オッチギン・ウルスが中心となり、他のウルスはこれに従う」という力関係が確立し、帝国内での政変・内戦ではオッチギン家当主を盟主として行動をともにするのが常となっていた。
1259年にモンケ・カアンが死去し帝位継承戦争が勃発した時も同様で、東道諸王はオッチギン家当主のタガチャルを盟主として一致してクビライ即位を支持し、その勝利に大きく貢献した。この結果、オッチギン家以下の東道諸王はクビライ政権樹立の功労者として、大元ウルスにおいて厚遇された。しかし、タガチャルの死後にその孫ナヤンがオッチギン家当主となると、クビライ政権と東道諸王は緊密な関係を次第に失い、やがてナヤンは反乱を起こすに至った。
ナヤンが反乱を起こすに至った原因について、『東方見聞録』は「彼（ナヤン）は若年にして数国を領有する王に封ぜられ、四十万騎からの軍勢を擁していた。彼の父祖たちは代々カアンの臣下であったし、彼もそれまでは同様にカアンに臣事してきたのであるが、右のごとくなにしろ三十歳の若さで数国を領有し、四十万騎の軍勢を掌握したものだから、ついこれをたのんで驕慢となった」と記述している。ここでは、若くして大権を得たナヤンが増長した結果反乱を起こすに至ったと記されている。一方、現代の歴史学者の間では反乱の主な原因はクビライの進めた諸政策がナヤンら諸王の権益と衝突し、ナヤンら諸王の大元ウルスに対する不満が高まったことにあると基本的に考えられている。実際に、至元10年代には遼東方面に中央から派遣されてきた官吏が現地の「諸王の諸部種人」「東藩の諸王の鷹人」「親王の使者」といった東道諸王の代理人の横暴振りに直面し、彼らと対立するといった記録が頻出している。このように、東道諸王にとって元代半ばの朝廷は「その所領支配に介入し規制を加え、権益を脅かす存在」と認識されており、このような不満が積み重なった結果「ナヤン・カダアンの乱」が勃発するに至ったのだと考えられている。
ただし、クビライのどの政策が反乱の直接的な切掛けとなったかについては諸説あり、以下に示すように多くの議論がある。
20世紀のモンゴル史研究者の間では、ナヤンの反乱の原因について「クビライの伝統中国的な中央集権政策の一環として東京等処行中書省（東京行省）が設置された結果、これによって従来の権益を侵されたナヤンらが不満を抱き反乱を起こすに至った」と説明されるのが一般的であった。この説の論拠は反乱勃発の直前、1286年（至元23年）に東京行省が設置されたと『元史』に記述されていることにあり、中央（中書省）の出先機関たる東京行省の設置がナヤンら諸王の権益と衝突したのだろうとする。しかし、実は東京行省は設置の僅か2か月後に廃止されており、もし東京行省の設置が諸王の権益削減のためのものであったとするならば、なぜこの短期間で廃止されたが説明がつかない、との批判がある。また、『元史』の別の個所では1284年（至元21年）時点ですでにナヤンの反逆の意思が明らかになっているとの記述もあり、現在では「東京行省の設置がナヤンの反乱の直接的なきっかけとなった」という説は支持されていない。
一方、上記の説を批判して新たな議論を提唱したのが堀江雅明である。堀江は東京行省が設置された結果反乱が起こったのではなく、むしろナヤンの叛意を事前に察知したクビライがこれに対抗するために設置したのが東京行省であると指摘した。その上で、その後の東京行省の廃止はクビライの対ナヤン政策の転換によるものだと解釈するのが自然である、と指摘した。
また、吉野正史は「ナヤンの乱」に参戦した戦力をまとめた上で、クビライ側の軍勢の大部分が反乱勃発以前からモンゴリアから現在の沿海地方一帯に駐屯していたことを指摘し、「ナヤンの乱」発生以前からナヤンらに対する包囲網は出来上がっていたのであり、「ナヤンの乱とは、オッチギン家を中心とする東方諸王家が元朝側によって仕掛けさせられたもの」ものであると指摘した。その上で、この時期に「クビライがナヤンに反乱を起こすよう仕向けた」のは、1284年から1286年にかけて大元ウルスにとって国際情勢が好転する中で、1285年（至元22年）に皇太子であったチンキムが急逝したため自らの存命中に国内の不安要素を取り除かねばならないとクビライが考えたためではないかと推測している。
参戦兵力 thumb|280px|right|モンゴル騎兵 大元ウルス 大元ウルス側の戦力はクビライ自らが率いる主力軍と、王子アヤチ率いる第2軍、その他いくつかの別動隊から成り立っていた。クビライ自身は「ナヤンの乱」鎮圧時点で軍から引き揚げたため、「カダアンの乱」の時には孫のテムルが代わって主将を務めている。吉野正史は「ナヤン・カダアンの乱」に参戦した大元ウルスの軍事編成は（1）クビライが総司令を務めた「ナヤンの乱」前期、（2）クビライに代わってテムルが総司令を務めた「ナヤンの乱」後期、（3）2に引き続いてテムルが総司令を務めた「カダアンの乱」前期、（4）テムルやアヤチといった王族が引き上げて現地の軍団のみが動員された「カダアンの乱」後期、の4期に大きく分類されると指摘している。このような軍勢編成の変化は、反乱の規模が縮小していくに従い政府にとってこの反乱の位置づけが「国家規模の問題」から「地域規模の問題」にシフトしていった結果であると考えられている。
また、この時の大元ウルス軍の編成における大きな特徴として、王族の参加が非常に少ないことが挙げられる。これは西方のカイドゥの侵攻に備えなければならず動員が限定的であったという事情もあるが、本質的にはこの反乱がクビライ政権と東道諸王との対決という構図であったことに起因する。
クビライ側近 モンゴル帝国では初代チンギス・カン以来、皇帝（カアン）には1万のケシク（親衛隊）がつき、カアンの身辺世話・護衛を務める制度が確立されていた（ケシク制度）。クビライ自らの出陣に当たってクビライのケシクも従軍しており、戦闘時には「（ケシクの）ジルカランのみが剣を帯びて寝門の外に立つことを許され、親王や貴人であっても許しなしにその中に入ることは許されず、（ケシクの賀勝が）ゲルの中のクビライから密旨を受けて諸将に伝令した」ことが記録されている。クビライ・ケシクの中にはカアンの身辺警護のみならず、アシャ・ブカのように諸王の下に使者として派遣されるなど特殊な任務を果たした者もいた。
また、ケシクとは別にこの主力軍には枢密院のバヤン、大司農のテケ、御史台のウズ・テムル（後述）といった、朝廷の高官も多数従軍していた。ここには中書省、枢密院、御史台といった中央の三大省庁の高官が揃っており、「元朝の朝廷そのものが規模を縮小しつつ移動してきた」ようなものであった。彼らは基本的にクビライの側近くにあって献策や相談を受けることなどを主な役目としていたが、郭明徳という人物は直接武器を執って戦ったことが記録されており、これら高官もいざという時には武器を取って戦闘に加わったようである。
テムル側近 テムルがどの時期からこの戦争に従軍したかは不明瞭であるが、『元史』巻135忽林失伝には「ナヤン討伐戦で体中に矢傷を負ったクルムシ（忽林失）をテムルが側近の者に命じて治療させた」との記述があり、「ナヤンの乱」時点ですでに叛乱鎮圧軍の軍中にあったことは確実である。前述したように、クビライが帰還した後にはテムルが代わって主将を務めたため、「カダアンの乱」前期においては遠征軍の中枢となった。
この時テムル直属の部下であった者にはオルジェイなどチンキムのケシク出身者であった者が多数含まれており、後述するように彼らの多くがテムル即位後に高官として取り立てられている。
侍衛親軍 この戦役においてクビライ軍の戦闘における主力として活躍したのは、侍衛親軍と称されるクビライによって新設された軍団であった。侍衛親軍は継承戦争時にクビライが漢人を選抜して直属の軍団を新設したのが起源で、既存のモンゴル軍とは異なる大元ウルス独自の軍団であった。この軍団の大きな特徴は漢人をはじめとしてアスト人、キプチャク人、カンクリ人といった帝国内では「新参の」諸族を集めた軍団が増設されていったことで、これらの軍団は新参者であるが故に帝国内の内戦でためらいなく戦えるという強みを有していた。
この軍団を統率したのは建国の功臣で「四駿」の一角ボオルチュの末裔ウズ・テムルで、「ナヤンの乱」「カダアンの乱」の両方において元軍の重要人物として活躍した。
五投下軍 「五技下」とはジャライル部・コンギラト部・イキレス部・マングト部・ウルウト部という一体性の強い5部族の総称で、帝位継承戦争時には東道諸王とともにクビライの即位に大きく貢献した勢力であった。ただし、この戦役では五投下軍がそろって行動することはほとんどなく、各部族がそれぞれクビライの命を受けて個別に動いていた。
コンギラト部当主のテムル（クビライの孫のテムルとは別人）が率いるコンギラト軍はこの戦役に参加した五投下軍の中で最大の勢力で、クビライの主力軍と行動を共にし、敵軍の伏兵を破ったことなどが記録されている。具体的な活動は不明だが、「カダアンの乱」にも参加していたようである。
もう一人「五投下」の人間で活躍したのがマングト部のボロカンで、本来庶流の出であったが優秀であったためにクビライに取り立てられていた。ボロカンは「ナヤンの乱」時にはクビライに直属する将として活躍し、「カダアンの乱」時にはアヤチ・ナイマダイ率いる諸王軍に転属して活動した。
この他、イキレス部・ウルウト部・ジャライル部は上記2部とは別に遼西方面から侵攻するよう命じられたことが記録されている。なお、イキレス部などの遊牧地は反乱軍の侵攻に晒された義州付近にあったと考えられている。
上都駐留軍 「ナヤンの乱」勃発時にクビライは上都に滞在しており、軍勢の招集もこの地で行われたためか、上都駐留軍もクビライの親征軍に従軍している。そもそもが首都を守る駐留軍であるため、直接戦闘に参加することはなく主に本営の守備・物資管理を任務としていた。
遼陽行省軍 遼陽行省平章のセチェゲンらを指揮官とする軍団。「ナヤンの乱」勃発時点では遼陽行省は設置されていなかったが、すでにセチェゲン率いる軍団は存在しており、これが元となって遼陽行省軍を形成した。遼陽行省軍は主力軍の帰還後、「カダアンの乱」以降元軍の主力として活躍し、反乱鎮圧に大きな役割を果たしたと考えられている。
カラコルム駐屯軍 カラコルムに駐屯する、北安王ノムガン率いる軍団は西方のカイドゥの侵攻に備えるために基本的に動くことができず、キプチャク人将軍トトガクの率いるキプチャク軍団のみがナヤン・カダアンの乱鎮圧戦に参加した。トトガク軍は同じくカラコルム駐屯軍に属するカチウン家のシンラカル、コルゲン家のエブゲンの蜂起を防いだ後本軍に合流し、「カダアンの乱」の際にはテムルの指揮下に入った。
東道諸王側 東道諸王側は中核をなすオッチギン家・カサル家・カチウン家と、これに呼応したコルゲン家・コデン家などから成り立っていた。ただし、これらの王家の中でも反乱軍に靡かずクビライに味方する者がいるなど、決して一枚岩ではなかった。
オッチギン家 当主のナヤンを中心として反乱を起こし、「ナヤンの乱」の主力となった。『東方見聞録』の記述によると「40万騎」を擁する大軍であり、ナヤンがキリスト教（ネストリウス派）を信仰していたため十字架を掲げていたという。オッチギン家直属のモンゴル騎兵のみならず、勢力圏の満州から女直人を徴兵していたことが史料上から確認される。
一方、オッチギン家傍流のナイマダイはナヤンと挟を分かってクビライに味方している。ナイマダイは帝位継承戦争時には当時の当主タガチャルに逆らってアリク・ブケ派につき、「ナヤンの乱」時には逆にナヤンに逆らってクビライ側に就いたという特異な経緯を持ち、庶流の出であるが故に主流派に逆らって成り上がろうという意図を持った野心家だったのではないかと考えられている。
カサル家 『集史』「イェスゲイ・バートル紀」のカサル家条によるとこの頃の当主はシクドゥルで、「彼（シクドゥル）は後にオッチギン・ノヤンの一族出身のタガチャルの孫たちと同意し、彼等はクビライ・カアンに対して反逆を企てた」と記される。シクドゥル軍はナヤン軍とは行動を別にし、主に遼東・遼西方面でアヤチ率いる軍団と戦った。
カチウン家 『集史』「イェスゲイ・バートル紀」のカチウン家条によるとこの頃の当主はシンラカルで、「彼（シンラカル）はオッチギン・ノヤンの一族のナヤン及び他の諸王子と同盟し、彼等はクビライ・カアンに対して反逆を企てた」と記される。シンラカルは反乱勃発時にモンゴル高原に駐留する北安王ノムガンの指揮下にあり、ノムガン軍を内部撹乱する予定であった。しかしキプチャク人将軍トトガクの対応によってシンラカルは挙兵に至らず、カチウン家の軍勢が「ナヤンの乱」に直接参加することはなかった。
ナヤンの捕縛後も抗戦を続けたカダアンはカチウン家の人間であるとするのが一般的ではあるが、『集史』はカチウン家の反乱参加者としてシンラカルのみを挙げてカダアンの名前を記されないこと、史料によってはカダアンはナヤンの庶子とも記されることなどから、カチウン家の人間ではないとする説もある。
コルゲン家 チンギス・カンの庶子コルゲンを始祖とするコルゲン家からは、当主のエブゲンが反乱に加担した。エブゲンが反乱に加担した理由については従来不明であったが、近年の研究の進展により北安王ノムガンの存在が関係しているのではないかと考えられている。
元々、クビライが末弟のアリク・ブケを打倒し帝位継承戦争を制した後もモンゴル高原ではコルゲン家を含む元アリク・ブケ派の諸王が勢力を保っており、クビライが直接モンゴル高原の統治に介入することはできなかった。このような状況が一変させたのが「シリギの乱」で、反乱に失敗した旧アリク・ブケ派諸王はカイドゥの下に亡命し、図らずもモンゴル高原西方からクビライに反感を持つ諸王は一掃されることになった。結果として旧アリク・ブケ派諸王で残ったのはモンゴル高原東方に領地を持つコルゲン家のみで、「シリギの乱以後」のクビライ政権による統制強化に不満を感じるようになったのではないかと推測されている。さらに、1284年（至元21年）にはクビライの嫡子の一人であった「北安王」ノムガンがモンゴル高原に派遣されたが、この政策によって更にコルゲン家に対する統制が強化された結果、エブゲンが反乱に加担することを決意するに至ったのだと考えられている。
コデン家 『集史』「イェスゲイ・バートル紀」のオッチギン家条には「オゴデイ・カアンの息子コデンの一族」がナヤンの乱に呼応したとあり、具体的な人名は不明だがオゴデイ系コデン家の人物も反乱に加担していた。一方、『元史』には「1288年（至元25年）に也速不花（イェス・ブカ）が謀叛を企んだが、逮捕されて都に送られ、処刑されたとの記述があり、『五族譜』で「コデンの息子メルギデイの息子」とされるイェス・ブカ(ییسوبوقا/yīsū būqā)で、彼こそがナヤンの乱に呼応したコデン家の人間ではないかと推測されている。
「ナヤンの乱」 反乱軍の動き 1287年（至元24年）2月よりナヤンは反乱のための準備を開始しており、ナヤンが遼東方面で徴兵を行っていると報告を受けたクビライはチェリク・テムルにナヤンの軍備増強を阻むよう命じている。『集史』の伝える所によると、反乱を起こすにあたってナヤンは各地の諸王に使者を派遣して自らに呼応して挙兵するよう要請し、これにオゴデイ・ウルスのカイドゥ、コルゲン・ウルスのエブゲン、コデン・ウルスの王族(イェス・ブカ)が応えた。中でも長年クビライと対立してきたカイドゥはこの機に乗じて大規模な侵攻を行う予定で、『東方見聞録』によるとナヤンの乱に呼応するため10万の騎兵を招集したという。
一方、東道諸王の本領たるヒンガン山脈東麓からは大きく分けて2つの軍団が南下を始め、反乱軍の中核にあたる軍団を首謀者のナヤン自身が、反乱軍の左翼に当たる別動隊をカサル家当主シクドゥルがそれぞれ率いた。ナヤン軍は遼河の北方地域（現在の内蒙古自治区赤峰市一帯）を西に進軍して直接クビライの住まう上都を衝き、シクドゥル軍はまず遼東一帯を制圧した後に遼河を渡って遼西に入り中国本土を目指す予定であったとみられる。結果として、クビライ軍が反乱軍と接触する頃には、カラ・ムレン（シラ・ムレンの支流）以東、スンガリ川（松花江）流域一帯は反乱軍の占領地（史料上では「乃顔之地」と称される）となっていた。
また、カチウン家当主たるシンラカルとコルゲン家当主のエブゲンはモンゴル高原に駐留しカイドゥ軍の侵攻に備える北安王ノムガンの指揮下にあり、反乱開始後にノムガン軍を内部撹乱する手はずで、最終的には西方から進軍してきたカイドゥ軍とノムガン軍を挟み撃ちにしてモンゴル高原を制圧し反乱軍の右翼として南下する予定であった。このようにナヤンが各地の諸王に協力を要請した結果、「ナヤンの乱」はモンゴル帝国西端のジョチ・ウルスとフレグ・ウルスを除く全てのウルスが参戦する大規模な戦乱となった
クビライの対応 thumb|280px|『元世祖出猟図軸』。マルコ・ポーロの記すタカ使い（シバウチ）や猟犬使い（グユクチ）が描かれており、これらがナヤンの乱におけるクビライ軍の主力となった。 1287年（至元24年）2月に遼東宣慰使のタチュからナヤンが反乱準備を始めたとの報告を聞いたクビライは先述したようにまずチェリク・テムルにナヤンの軍備増強を阻むよう命じ、次いで現地に駐屯する庶子のアヤチにタチュと協カして1万の軍勢を率いて先行するよう命じた。また、江南に駐屯する羅壁には黄海を経て遼河から反乱鎮圧軍に軍糧を補給するよう手配している。
同年4月、遂にナヤンが軍を起こすと、5月クビライは北京宣慰使にナヤンに従う者の移動・乗馬・武装を禁じるよう命じ、自軍の動静を悟られないようにした。マルコ・ポーロもこのようなクビライによる命令について言及しており、「かねてカアンは令を下して前途のあらゆる通路を占拠せしめ、だれ一人としてそこを無断で往来できないようにせしめていたので、敵（ナヤン軍）は全くこれに気づかなかった」と記している。また、近侍のアシャ・ブカをベルグテイ王家の下に派遣し、アシャ・ブカはナヤンが既に投降しようとしているとの虚報を以てベルグテイ王家の戦線離脱を成功させている。
『集史』「クビライ・カアン紀」によるとこの頃のクビライは老齢のためリューマチに苦しんでいたが、直属軍を招集して自ら親征することを決定した。クビライは反乱鎮圧のための軍の招集を始めたが、この時の様子について『東方見聞録』は次のように記述している。
クビライの意図は、マルコ・ポーロが語るように直属の軍団のみを以て、短期間に叛乱を鎮圧することにあったと見られる。この記述を裏付けるように、この時の遠征軍では華北（マルコ・ポーロの言うカタイ国）各地に駐屯する諸軍ではなく、クビライ直属の侍衛親軍が主力となっていた。ただし、先述したように侍衛親軍以外でこの戦いに参戦した軍勢の多くは反乱勃発以前から北方に駐屯していたのであり、その他の軍団が「諸国平定に従事するため京師を離れて出軍し」ていたため招集できなかったのは事実の一側面しか伝えていないと考えられている。なお、この時マングト部のボロカン（建国の功臣クイルダルの子孫）が「かつてチンギス・カンは東方の地の20分の9を東道諸王に与え、同様に20分の11をジャライル部・コンギラト部・イキレス部・マングト部・ウルウト部らの「五投下」に与えた。今五投下の兵を徴発すれば、それで東道諸王に対抗するに十分でしょう」と進言したとの逸話が残されているが、クビライは結局直属軍の招集を行っている。
緒戦（サラドゥルの戦い）
5月庚子日、上都を出発したクビライ軍は遼河方面に向かって急行し、6月壬戌日にはサラドゥル（撒児都魯、ラオハ川附近にあったと見られる）の地に到着し始めてナヤン軍と接触した。この間僅か21日のことであり、『東方見聞録』もクビライ軍が僅か20日でナヤン軍と接触したことを驚きを以て記している。サラドゥルにはナヤン軍の先鋒としてタブタイ（塔不帯）・金剛奴らが6万の兵とともに進軍してきており、ここで両軍は初めて干戈を交えることになった。
この時クビライ軍は遠路を疾駆して疲労困懲していた上、雨が長く続き軍糧も乏しく、撤退を進言する将軍もいた。しかしクビライ・ケシクに属するカシミール人仏教僧のテケは「かつて李広は一将のみで敵軍に疑念を懐かせることで撤退せることができました。ましてや陛下の万乗の威厳があれば同様に敵軍を撤退させることは容易いことでしょう。今敵軍は多く我が軍は少なく、また我が軍は地の利を得ていません。敵軍に疑念を懐かせることで撤退させるべきです」と進言し、クビライはこれに従った。クビライは部下に命じてゲル（天幕）を張らせてその中で胡床に座り、泰然としてテケの進める酒を飲んでいたところ、果たしてタブタイらは不利な状況にあって泰然とするクビライ軍の姿を見て伏兵の存在を疑い攻撃をしかけなかった。
その後クビライ軍の軍勢が整うと、丞相のバヤンはタブタイ・金剛奴との戦いに漢人将軍の李庭・董士らを起用することを提案した。李庭はアス軍などを率いてタブタイ・金剛奴軍と戦ったが、李庭が流れ矢に当たってしまったことや弩弓の不発もあって敵軍を倒しきることができなかった。その夜、クビライが李庭に敵軍の動きについて尋ねると、李庭は「敵軍は今夜中に必ず退却するでしょう」と答え、その夜に夜襲をかけることになった。洪茶丘は衣服や馬の尾を裂いて旗に見せかけ、また材木を蔽って兵のように仕立て、実際よりも兵数を多く装って夜襲に臨み、また李庭は壮士10名と「火砲」を持って敵軍に夜襲をかけた。李庭らが敵陣に入って火砲を放つと、敵軍は混乱して同士討ちを始め、遂に潰散してしまった。後にクビライが李庭に夜襲が成功した理由を尋ねると、李庭は「敵兵は数は多いが紀律がなく、陛下の車駕がここにあるというのに攻勢をかけてきませんでした。（このような消極性から、）敵軍の背後には更なる大部隊があって、敵将はそちらに退却しようとしているのだと疑ったのです」と答えたという。
敗走したタブタイ軍はマングト人のボロカンが追撃し、両軍は2日に渡って転戦した後、大いに反乱軍を撃ち破ったボロカンは敵将のクリル・キュレゲン（駙馬忽倫）を斬る功績を挙げた。また、この時に洪万とチェリク・テムルが別のナヤン軍の将軍を「黄海」にて破っている。更に別行動を取っていたウズ・テムル率いる軍団がこの時合流し、クビライは主力の騎兵部隊をウズ・テムルに、漢人部隊を李庭にそれぞれ率いて進軍するよう命じ、元軍は遂にタブタイを捕虜とした。このようにして緒戦はクビライ軍の勝利に終わったが、李庭が推察したようにナヤンの本軍は近くにまで迫ってきており、この緒戦からほどなくして主力軍どうしの会戦が行われることとなった。
主力軍の対決（シラ・オルドの戦い）
サラルドゥの戦いの後、詳細は不明であるが「ブルグトゥ・ボルダク（不里古都伯塔哈）」の地にてクビライ軍とナヤン軍はぶつかり、再び敗走したナヤン軍を追うことで遂にクビライ軍はナヤン自らが率いる本隊と接触した。『元史』などの漢文史料が伝えるところによると、クビライ軍がナヤン自らが率いる反乱軍本隊と接触したのはシラ・ムレン河畔の「シラ・オルド」であったという。
前述したように、クビライによる情報封鎖によってナヤン軍は直前までクビライの接近に気づけず、また油断したナヤンは随伴していた妻妾と歓楽に耽っていたため、クビライ軍が現れると慌てて武器を執り戦列を整えた。ナヤン軍を発見したクビライ軍はモンゴル軍伝統の右翼・左翼・中軍の3軍編成をとり、両翼を上げてナヤン軍を包囲せんとした。『東方見聞録』『集史』が一致して伝える所によるとこの時クビライは象の上に設えた駕籠に乗って出陣したとされ、これは『元史』巻78に「象轎」と記されるもので、東南アジア諸国から献上された象を利用したものであった。また、『東方見聞録』によるとクビライは頭上に日月を描いた皇帝旗を掲げたとされるが、これは『元史』巻79に「日旗」「月旗」と記されるもので、青地に赤い炎を描き、その上に日/月を描いたものである。一方、前述したようにナヤンはネストリウス派キリスト教徒として洗礼を受けていたため、ナヤン軍は十字架を掲げていた。
この時のクビライ軍対ナヤン軍の戦闘については、『東方見聞録』が最も詳細な記述を残している。
『元史』などの漢文史料も断片的ながらこの戦闘の苛烈さを伝えており、『元史』巻156によると一時クビライの乗る戦象にナヤン軍の矢が集中し、漢人部隊を率いる董士選らが突撃し敵軍を突き崩したためクビライは難を逃れる場面があったという。ナヤン軍が総崩れとなるとナヤン自身も逃れようとしたが、アスト人将軍ユワスらの追撃を受けて捕らえられた。クビライは後述するように投降した者達は寛大に扱った一方、叛乱の象徴たるナヤンに対しては速やかなる処刑を決定し、『東方見聞録』によるとナヤンは「絨毯に包まれた上で所構わず打ちのめされて殺された」という。このような「血を出さずに殺す（）」処刑方法は古くからある「貴人は血を流して処刑してはならない」というモンゴルの慣習に則ったもので、チンギス・カンのライバルであったジャムカや、皇后オグルガイミシュが同様の方法で処刑されたことが知られている。
こうしてクビライ軍が「短期間に3戦して（サラルドゥ、ブルグトゥ・ボルダク、シラ・オルド）3勝し」ナヤン本軍を粉砕した結果、各地で反乱軍の別働隊が未だ活動していたとはいえ、戦いの趨勢は完全に決した。ナヤン軍との決戦を終えたクビライ軍がシラ・オルドにおいてナヤン軍の輜重を接収し終えたのが6月乙亥日のことで『元史』巻14世祖本紀11,「[至元二十四年六月]乙亥……車駕駐干大利斡魯脱之地、獲乃顔輜重千餘、仍禁秋毫無犯」、クビライの出陣から僅か1か月余り後のことであった。
遼東・遼西戦線（反乱軍左翼） 先述したように、カサル家のシクドゥル率いる軍勢はナヤンの本軍とは別行動をとり、遼東・遼西一帯を制圧すべく遼河流域に南下してきた。シクドゥル軍の第一攻略目的は遼東の要衝咸平府（現在の開原市）であり、そこから更に遼河を渡って豪州・懿州（現在の阜新市）にまで進軍しようとしていた。このような事態に対し、豪州・懿州は守備兵力が足りないことを理由に朝廷に援軍要請をし、諸衛の軍1万人・モンゴル軍1千人が派遣された。