thumb|240px|日本の各大仏の存立期間（時系列）
方広寺（ほうこうじ）は、京都市東山区にある天台宗の寺院。山号はなし。本尊は盧舎那仏。通称は「大仏」・「大仏殿」・「大仏殿方広寺」。方広寺鐘銘事件（京都大仏鐘銘事件）の引き金となった「国家安康」の梵鐘を有する方広寺.きょうと修学旅行ナビ、2026年4月22日閲覧。。
概要 豊臣秀吉が発願した大仏（盧舎那仏）を安置するための寺として文禄4年（1595年）に創建された。豊臣時代から江戸時代の中期にかけて新旧3代の大仏が知られ、それらは文献記録によれば、6丈3尺（約19メートル）とされ、東大寺大仏の高さ（14.7メートル）を上回り、大仏としては日本一の高さを誇っていた。そのため江戸時代には、3代目大仏が寛政10年（1798年）に落雷で焼失するまでは、日本三大仏の一つに数えられた薬師寺君子『写真・図解 日本の仏像 この一冊ですべてがわかる』西東社、2016年、170頁。。大田南畝著とされる『半日閑話』（街談録）には3代目大仏が落雷で焼失した時について「（大仏は）御鼻より火燃出、誠に入滅の心地にて京中の貴賎、老若、其外火消のもの駆け付け、此時に至りいたし方なく感涙を催し、ただ合掌十念唱えしばかり也『大田南畝全集』第十八巻 岩波書店、1988年 p.173」とあり、3代目大仏の焼失は京都民衆に惜しまれた。東大寺大仏と異なり、3代目大仏は木造であったため、大仏は（台座・基壇を除き）跡形もなくなってしまった。
東大寺大仏殿の再建が完了した宝永6年（1709年）から、方広寺大仏・大仏殿が落雷で焼失した寛政10年（1798年）までは、京都（方広寺）と奈良（東大寺）に、大仏と大仏殿が双立していた。江戸時代の東大寺大仏殿再建にあたり、方広寺2代目大仏殿を手本として大仏殿が設計されたことから、現存の東大寺大仏殿の建築意匠は方広寺大仏殿のそれを引き継いだものと考えられる黒田龍二・石田理恵「東大寺大仏殿内建地割板図について」『奈良国立博物館研究紀要』6号、2004年。。
天保14年（1843年）に規模が縮小されつつも再建された4代目大仏は、1973年（昭和48年）3月28日まで存続していたが、失火により焼失し、方広寺から大仏は姿を消した。
呼称 「方広寺」という寺号は創建当時から江戸初期にかけての文献には一切現れず、単に大仏（殿）、もしくは新大仏（殿）、京大仏（殿）、東山大仏（殿）、京東大仏（殿）、洛東大仏（殿）などと呼称されていた。方広寺大仏を発願した豊臣秀吉は、正式な寺号を定めていない。方広寺命名の経緯・時期は不明だが自然発生的なものとされる。経典（大方広仏華厳経）もしくは方広会から採ったものともいわれ、またそれらにかこつけて秀吉の尊称「豊公（ほうこう）」の名を託したとも考えられる加藤繁生「東山七条界隈豊臣家栄枯盛衰」2014年『史迹と美術 848号』p. 272。
秀吉としては方広寺および方広寺大仏のことを単に「大仏（殿）」と公称していた（事実上 寺の名は「大仏（殿）」であった）。これは方広寺大仏のほかに大仏と称せる像は日本にはないとする秀吉の自負の表れと考えられている（なお秀吉の造立した建造物には京都新城のように正式名称が定められていないものが多々ある）。同時代に日本を訪れたヨーロッパ宣教師・貿易商人が書き残した史料には、「だいぶつ」を音写した語で表記されており、例えばベルナルディーノ・デ・アビラ・ヒロンが著した『日本王国記』には、「Daybut」と表記されている 東京大学地震研究所『新収日本地震史料 続補遺』1993年 p.32。方広寺の寺号が生じてからも上記の経緯から、「大仏殿」を語頭に冠し「大仏殿方広寺」と称されることが多かった。1973年（昭和48年）の4代目大仏焼失以前に方広寺が配布していた拝観者用パンフレットの題名も「大仏殿方広寺拝観の栞」と表記されている。
なお「大仏」という呼称は、方広寺界隈一帯を指す地名でもあり、後述のように三十三間堂はかつて方広寺の境内に組み込まれており、また現在京都国立博物館の立地する敷地も方広寺の寺領であったが、それら一帯の地名も「大仏」と称されていた。「大仏前交番」や「京都大仏前郵便局」、「（関西電力）大仏変電所」「京阪大仏前駅（現七条駅）」という施設名称はその名残である。
かつて存在した大仏についての概略 種類：毘盧遮那仏（びるしゃな-ぶつ）。形式：木製漆塗金張坐像（初代）、銅製金張坐像（2代目）、木製金張坐像（3代目）、木製胸像（4代目）。高さ：6丈3尺 約19メートル（初代 - 3代目）、4丈7尺 約14メートル（4代目）『大仏殿方広寺の拝観の栞』（4代目大仏焼失前に方広寺が拝観者に配布していたパンフレット）。
補注：江戸時代に出版された都名所図会や名所記、その他仮名草子などで、方広寺大仏を「十六丈の大仏」と紹介しているものもあるが、16丈（約48メートル）というのは大仏座像が立ち上がったと仮定した場合の高さ寸法であって、実際の像高が16丈もあった訳ではない井上和人『新編日本古典文学全集64 仮名草子集』注釈書 1999年 p.23。座像の大仏の高さを実寸（座高）ではなく、立ち上がったと仮定した場合の寸法（身の丈）で表記することは、従前に造立された大仏でも行われており、東大寺大仏は十六丈（実寸は14.7メートルなのでかなり誇張されている）、雲居寺大仏は八丈（実寸は4丈とされる）、東福寺大仏は五丈（実寸は2丈5尺永井規男・引間俊彰「東福寺室町再建仏殿の復原」『日本建築学会近畿支部研究報告集. 計画系』36号、1996年。）と公称していた。万里集九の詩集「梅花無尽蔵（永正3年（1506年）作）」には「南都の半仏雲狐、雲狐の半仏東福（雲居寺大仏の身の丈は東大寺大仏の半分で、東福寺大仏の身の丈は雲居寺大仏の半分）」という記述がある。
像の存続期間：誤差を考慮しても、少なくとも、延べ300年以上は存在していた。創建以来、昭和後期の焼失までの間で、存在しなかったのは、50年より若干長い程度の期間でしかない（ただし、天保年間に造立の4代目大仏は上半身のみの大仏で高さが低い）。 初代：1595年 - 1596年（約1年間）：慶長伏見地震で損壊 （ - ）：完成前に鋳造工事中の事故で焼失 膝部分まで鋳造が完了していた 2代目：1612年 - 1662年（約50年間）：寛文近江・若狭地震で損壊？ 3代目：1667年 - 1798年（約131年間）：落雷で焼失 4代目：1843年 - 1973年（約130年間） ：失火で焼失
かつて存在した大仏殿についての概略 建物の存続期間 初代：1595年 - 1603年（約8年間）：大仏鋳造工事中の事故で焼失 2代目：1612年 - 1798年（約186年間）：落雷で焼失 3代目：1843年 - 1973年 （約130年間）：失火で焼失 大仏と同じく、天保年間に造立の3代目大仏殿は規模が縮小されている。あくまで将来に大仏・大仏殿を再建するまでの仮堂という扱いである。造立された場所も従前のものとは異なり、現在の方広寺大黒天堂の東側の駐車場になっている場所に造立されていた。 建物の平面規模 初代・2代目：間口（正面幅）南北45間（約88メートル）、奥行 東西27間（約55メートル）、柱92本 『愚子見記』の2代目大仏殿についての記述による。ここでの「間」は柱間の数ではなく、長さの単位である。この寸法は考古学的知見からも正しいと見なされている。発掘調査報告書に、2代目大仏殿再建時は、創建時の礎石をそのまま使用し、柱位置は同じであったとみられると報告されていることから京都市文化市民局『京都市内遺跡発掘調査報告 平成25年度』2014年 p.147、初代大仏殿も同様の平面規模であろうと考えられている。なお現存の東大寺大仏殿の平面規模は、間口（正面幅）約57.5メートル、奥行約50.5メートルであるので、初代・2代目方広寺大仏殿の方が平面規模で上回っていた。
方広寺大仏殿はかつて日本最大規模の木造建築であったが（純粋に高さだけで比較した場合は、足利義満造立の七重塔の方が高い）、世界最大規模の木造建築でもあったとする見解もある大林組『秀吉が京都に建立した世界最大の木造建築 方広寺大仏殿の復元』 2016年。中国最大の木造建築である紫禁城の太和殿は、間口約63メートル・奥行約37メートルであるが、方広寺大仏殿はそれをも上回っていた。
歴史 ※ 日付は、明治改暦以前については、特記なき限り太陰太陽暦による和暦で表記している。
※ 江戸時代中期以前に「方広寺」という寺号は存在しないが、その時期についても、便宜的に一般に定着している「方広寺」の寺号で記述する。
秀吉による大仏造立の発願 豊臣秀吉は天正14年（1586年）に、松永久秀の焼き討ちにより焼損した東大寺大仏に代わる新たな大仏を京都で造立することを発願する。室町時代の京都には、身の丈8丈（実寸は4丈[約12メートル]とされる）の雲居寺大仏と、身の丈5丈（実寸は2丈5尺）の東福寺大仏が存在しており、前者は室町将軍足利義教の肝いりの政策として造立（再建）され遠藤廣昭「室町幕府の造仏事業と院派仏師―洛外雲居寺大像の造像を事例として―」『駒澤史学』58号、2002年。、『応仁記』に「雲孤寺（雲居寺）と申すは奈良半仏尊の像、雲を穿つ大伽藍」と記されるなど、東大寺大仏と並び称されるほど京都にその威容を誇っていたが、応仁の乱で焼失していた。
秀吉は当初、東山の東福寺南方にある遣迎院付近に大仏と大仏殿を造立する予定であった。その後それの造立はいったん中止され、遣迎院の移転も途中で中止された（遣迎院は南北に分立されてしまった）。のち天正16年（1588年）に場所を三十三間堂北側にあった浄土真宗・佛光寺派本山佛光寺の敷地に変更して再開した。佛光寺は秀吉の別荘「龍臥城」のあった現在地へ移転させられた内藤昌・中村利則 共著「ミヤコの変貌 聚楽第と大仏殿」『近世風俗図譜』9巻、1982年、141頁。。瀧尾神社も方広寺大仏殿造立のため、遷座させられたという。秀吉は大規模工事に巧みであった高野山の木食応其を造営の任にあたらせた。大仏殿は鴨川東岸地区を南北に貫く大和大路に西面して建てられ、また大和大路の西側には秀吉の手により伏見街道も整備され、さらに秀吉は五条大橋を六条坊門に移し京外への出口とするとともに大仏への参詣の便とした『日本歴史地名大系 第27巻 京都市の地名』平凡社、1979年、837頁。。また、大仏殿の正面から西に伸びる道は正面通として整備された。その際、鴨川に架かる橋として正面橋が掛けられている。この正面通は天正19年（1591年）に大坂の天満から移転してきた本願寺（現・西本願寺）まで一直線に通じ、大仏殿と本願寺を結ぶ道であったうしろの正面だあれ.ASAYAMA、2026年10月20日閲覧。。
小田原征伐を挟んで天正19年（1591年）5月から大仏殿の立柱工事が開始され、文禄2年（1593年）9月に上棟、文禄4年（1595年）に完成をみた。秀吉によって造立された初代大仏は、東大寺の大仏より大きい6丈3尺（約19メートル）の大きさであったという（『愚子見記』）。また、刀狩で没収した武器を再利用して釘にしたものも使われた。なお、造営期間短縮のため（既に50代になっていた秀吉が、自身の生前に落慶を間に合わせるためか）、大仏は当初計画されていた銅造ではなく木造に改められた。
初代大仏殿は南北45間（約88メートル）、東西27間（約55メートル）の規模であろうと考えられている。これは大仏殿跡の発掘調査の結果、後述の秀頼再建の2代目大仏殿は創建時の礎石をそのまま使用しているとみられ柱位置は同じと思われること、『愚子見記』に再建大仏殿の規模について、上記寸法が記載されていることによる。初代大仏殿は資料が少なく全貌の把握が困難であるが、大林組が広報誌『季刊大林』にて、各種文献史料・考古学的知見・建築学的知見から復原案を提示している(『秀吉が京都に建立した世界最大の木造建築 方広寺大仏殿の復元』)。なお秀吉は大仏殿造立にあたり、諸大名に大仏殿の建材に適した材木(巨木材)を提供するよう命じた。徳川家康は富士山麓の巨木を黄金千両もはたいて方広寺へ運搬したとされ、島津義弘は屋久島の屋久杉を伐採して、秀吉に提供したという 京都市埋蔵文化財研究所 網伸也『方広寺』2010年。現在屋久島にはウィルソン株という、巨大な杉の切り株が残されているが、これは大仏殿造立のため伐採された屋久杉の切り株であるという京都市埋蔵文化財研究所『法住寺殿跡・六波羅政庁跡・方広寺跡』p.6。なおこの時日本国内の、木造大規模建築に適した建材(巨木)はほとんど伐採され尽されてしまった。そのため2代目方広寺大仏殿および、3代目東大寺大仏殿造立の際には、建材不足に悩まされ、苦肉の策として、柱は寄木材が採用されることになった。
文禄4年（1595年）9月25日からは、方広寺境内に組み込んでいた妙法院の巨大な経堂で千僧供養が行われるようになった。
秀吉は京都およびその近郊（山城国）に拠点を有する八宗（天台宗・真言宗・律宗・禅宗・浄土宗・日蓮宗・時宗・浄土真宗）に対して、各宗派ごとに100名の僧で千僧供養に出仕するよう命じた（よって出仕する僧は正確には千人ではなく800人であった）。千僧供養は以後豊臣家滅亡まで、毎月行われた。
慶長伏見地震による初代大仏の損壊 文禄5年閏7月13日（1596年9月5日）に起きた慶長伏見地震により、開眼前の初代大仏は損壊した（『義演准后日記』によれば旧暦8月18日に開眼供養の予定だったという）。慶長伏見地震による地震の震度について、歴史地震研究者の西山昭仁は、震源に近い伏見では被害状況から震度7と考えられるが、京都では震度5強程度ではなかったかとしている西山昭仁・原田智也「1596 年文禄伏見地震に関する地震像の検討」『京都歴史災害研究』23号、2022年。。醍醐寺座主の義演が著した『義演准后日記』によると、胸が崩れ、左手が落ち（日記の原文は「左御手崩落」で、拝観者から見て左の手、すなわち大仏の右手が落ちたとする解釈もある）、全身に所々ひび割れが入ったという。ただし大仏の光背は無傷で残ったという。また義演が日記を著した後に、資料を集め義演が加筆修正した『文禄大地震記』には以下の記述がある。「大佛殿事十四日、霽、夜中予罷向了、大佛本堂無爲、聊モ不損、礎所ニ依テ二寸バカリニヱ入也、本尊ハ大破也、左ノ御手摧テ落ル、御胸同前、其外無爲歟、雖然、木ヲ以テ骨トナシ、其上ヲシツクイニテ塗タリ、其上ヲ漆ニテヌリテ、金薄悉押ス、大地震ユリタキマヽユリ摧タル間、假令氷タル壁ノゴトク見了」。上記記述について、具体的に大仏がどのような構造であったか詳述している点と（初代大仏の構造について述べているのはほとんどが後世の二次史料である）、大仏の表面に亀裂が生じて（ひび割れた）氷の壁のように見えたとする点が注目される。
大仏損壊の原因について、工期短縮のために銅造ではなく、木造としたことが裏目に出たとされる西山昭仁「文禄5年(1596)の伏見地震の被害実態 伏見城 方広寺大仏について」（『歴史地震』12号、1996年）。またひび割れの原因は表面が漆喰塗りのためとされる。初代大仏の被災現場のシーンを漫画などで描く場合、大仏の頭部が落下したように描かれることもあるが（石ノ森章太郎作『マンガ日本の歴史』・宮下英樹作『センゴク』）、地震で初代大仏の頭部が落下したとの記述は『義演准后日記』や『文禄大地震記』には見られない。
秀吉は大仏が損壊したことに大変憤り、一説には大仏の眉間に矢を放ったとされる。また秀吉は「夫仏像ヲ安置スルハ、国家ヲ安泰ナラシメンガタメナリ、余若干ノ金銀ヲ抛チ、南都ノ旧規ヲ模シ、数年ヲ経テ成就シヌ、其志ヲモ思ハズ、汝ガ身ノ大ナルニモ恥ズ、一身ヲ保ツ事ダニ能ハズ、裂摧タルハ何ゾヤ、汝ガ如キ用ニモ立ザル仏ヲ、余信ズルコトアルベカラズ（出典:『朝鮮太平記』）」と大仏を面罵したとされる。上記逸話について、いくつかの二次史料（馬場信意著『朝鮮太平記』など）に記録されることから信憑性を疑問視する向きもあるが、歴史地震研究者の西山昭仁は、地震後の秀吉の動向を分析し、実際に「秀吉が方広寺を訪問し大仏に矢を放った」と仮定した場合、それがなされたのは閏7月15日のことではないかとしている（ただし本震の後も余震が続いており、秀吉が身の危険を冒してまで、損壊した大仏に近づいて矢を放ったかという疑問点が残る。堂外から観相窓越しに大仏の眉間に矢を放つことも可能だが、飛距離がある。）。開眼供養前なので、ただの木像にすぎないと言えなくもないが、大仏に対しこのような不遜な態度を取った原因について、秀吉は大仏を信仰の対象としてではなく、自らの権力を誇示するための道具としか見なしていなかったためとする説もある。なお損壊した大仏とは対照的に、初代大仏殿は地震による損壊を免れた。先述の大林組の論文『秀吉が京都に建立した世界最大の木造建築 方広寺大仏殿の復元』では、初代大仏殿復元案に対し慶長伏見地震の揺れに対する構造計算(時刻歴応答解析)を行った結果が掲載されており、極めて軽微な損壊に留まるとしている。方広寺大仏殿の架構構造は貫を多用する大仏様であったことが文献記録から分かるが、それが地震抵抗に極めて有益であるとする。方広寺の境内周囲は、築地塀で囲まれていたが、それは地震で倒壊した西山昭仁「文禄五年（1596）伏見地震における京都盆地での被害状況」2011年。。
初代大仏は損壊したとは言え全壊ではなかったので、その後しばらくそのまま残されていた。ただし大仏は畳表で覆い隠され、人目につかないようにされていたという。『義演准后日記』には、修復までの間、見苦しいので畳表で隠されているのではないかとする記述があり、初代大仏は修復工事がなされるのではないかとする観測があったことが分かる。しかし『義演准后日記』慶長2年（1597年）5月23日条に「今日大仏へ太閤御所御成、本尊御覧、早々くすしかへの由仰云々（秀吉公が大仏を御覧になり、早く取り壊せなどと命じた）」とする記述があり、最終的に秀吉の命令で、初代大仏は解体されることが決まった。この大仏解体の命令は、秀吉が方広寺での千僧供養会に訪れた際になされたものである。なお宣教師ペドウロ・ゴーメスの書簡には「自身の身すら守れぬ大仏が人びとを救えるはずもないとして、大仏を粉々になるまで砕いてしまえと命じた」と記録されるほか、『当代記』には秀吉が「かように我が身を保てえざる仏体なれば、衆生済度は思いも寄らず」と発言したと記述される。「自身の身すら守れない大仏が人びとを救えるはずもない」の話のくだりについて、『義演准后日記』の記述については、秀吉が解体の命令を下した際に、義演ないしは配下が立ち会っていたと思われ、信憑性があると考えられているが、云々（うんぬん）で端折られてしまっているので記述がない。ペドウロ・ゴーメスの書簡と『当代記』の記述は、当時流布していた風説を記録したものと思われ、秀吉が大仏の解体を命じたのは事実だが、「自身の身すら守れない大仏が人びとを救えるはずもない」の部分は、実際に秀吉がそのような発言をしたかは不明である。秀吉ならそのようなことを発言するだろうとの憶測による、後付けの作り話の可能性もある（大仏に対して不敬なので、義演が書き記さなかった可能性もある）。ただ秀吉が損壊した大仏を目前に、大仏を取り壊すよう命じた事実は、当時かなりの衝撃をもって一般大衆に受け取られたようで、先述の「秀吉が怒りのあまり大仏の眉間に矢を放った」とする真偽不明の逸話のように、さまざまな風説が流布していたようである。なお東大寺が炎上し大仏が焼損した原因について、昨今の研究では松永久秀の故意ではなかった（偶発的なもの）ともされるので、秀吉は日本史上唯一の大仏の破壊を命じた人物である可能性がある。
秀吉は、夢のお告げと称して、損壊した大仏に代わり、新たに由緒ある信濃善光寺如来（善光寺式阿弥陀三尊）を移座して本尊に迎え、落慶法要を行うことを計画する。善光寺如来は武田信玄が上杉氏による戦災からの保護を口実として、寺ごと甲斐国に移転させていたので、当時善光寺如来は甲斐善光寺に安置されていた（一時期武田氏を滅ぼした織田氏によって善光寺如来は外部へ持ち出されるが、本能寺の変で織田氏が衰亡すると、如来を譲り受けた徳川家康によって甲斐へ返還された）。木食応其の尽力により、慶長2年（1597年）7月18日に善光寺如来が京に到着し、大仏殿に遷座された。善光寺如来は、大仏を取り壊した台座の上に宝塔（厨子のようなものか不明）が造られ、そこに安置されたという。先述の同年5月23日の秀吉による初代大仏の解体の命令は、善光寺如来を安置するため、初代大仏を取り除け、その台座上に空いた空間を作ることが目的であったと考えられている河内将芳「東山大仏と豊臣政権期の京都―秀吉在世時を中心に― 」『史窗』75号、2018年。。なお無傷であった光背はそのまま残されていたという。これ以後大仏殿は「善光寺如来堂」と呼ばれることになり、如来を一目拝もうとする人々が押し寄せるようになった。相国寺の僧西笑承兌は自身の日記の中で、方広寺の本尊が巨大な大仏から小振りな善光寺如来に替わったことは、天下人が織田信長から豊臣秀吉に替わったことの如くだと評した 。また大仏が慶長伏見地震という不慮の出来事で損壊したことを、信長が本能寺の変という不慮の出来事で落命したことにもなぞらえている。
秀吉は翌慶長3年（1598年）病に臥した。これは善光寺如来の祟りではないかという風説が京都民衆の間で広まったことで、同年8月17日、善光寺如来は信濃国の善光寺へ戻されることになった。しかし秀吉は8月18日に死去した。秀吉の死は外部に伏せられ、8月22日には本尊の無い大仏殿で、大仏殿の完成を祝う大仏堂供養が行われた。
秀吉が善光寺如来を無理矢理方広寺に移座させたことについて、宗教を軽視した彼の傲慢とされることもあるが、秀吉が甲斐国（山梨県）から善光寺如来を持ち出さなければ、今日まで如来は甲斐国（山梨県）に留め置かれていた可能性もあったので、如来が信濃国（長野県）に返還されたのは、（本来の思惑は別として）結果的には秀吉の功績とも言える。なお秀吉が持ち出し、返還したのは善光寺如来のみで、寺宝（最古とされる源頼朝の木像など）は甲斐善光寺に留め置かれた。秀頼の代には彼の寄進で信濃善光寺の伽藍の復興がなされたが、寛永19年（1642年）に火災があり烏有に帰した『長野県史 通史編 第四巻 近世』社団法人長野県史刊行会、1987年。
秀吉は、東大寺大仏殿を鎮護する手向山八幡宮に倣って、方広寺の鎮守社として八幡社を創立し、自身を八幡神として祀るよう遺言したとされる。慶長4年（1599年）4月16日に、朝廷から死去した秀吉に豊国乃大明神（とよくにのだいみょうじん）の神号が与えられた（『押小路文書』「宣命」）。『豊国大明神臨時祭礼御日記』によれば日本の古名である「豊葦原中津国」を由来とするが、豊臣の姓をも意識したものとされる。これを受け、八幡社は豊国神社に改称された。秀吉は神として祀られることになったために、仏式の葬儀は行われなかった。上述のように秀吉の死は秘匿されていたが、『義演准后日記』によれば秀吉の死の4日後の慶長3年（1598年）8月22日に行われた大仏堂供養には、事情を察して、多くの民衆が追悼のため方広寺に集まったという。
秀吉の死の前年の慶長2年（1597年）には方広寺門前に耳塚が築造された。これは朝鮮出兵（文禄・慶長の役）で戦功の証として討ち取った朝鮮・明国兵の耳や鼻を削ぎ、持ち帰ったものを葬った塚とされる。『義演准后日記』9月12日条には「高麗より耳鼻十五桶上ると云々、大仏近所に塚を築きこれを埋む、合戦日本大利を得と云々」とある。同年9月28日に耳塚で施餓鬼供養が行われたが、この施餓鬼供養は秀吉の意向に添って西笑承兌が行ったもので、京都五山の僧を集め盛大に行われたという。歴史学者の河内将芳は、秀吉が方広寺の門前に耳塚を築かせたのは、参詣者に巨大な耳塚を見せつけ、朝鮮出兵の戦果誇示を図る狙いがあったのではないかとしている。
2代目大仏の再建と豊臣家滅亡の原因になった方広寺鐘銘事件（京都大仏鐘銘事件）
秀吉没後の豊臣政権では、今度は耐震性のある銅製で大仏を再建することが企図され、大仏の鋳造工事が行われていたが、慶長7年12月4日（新暦では1603年1月15日）に、鋳物師（いもじ）の過失により大仏の膝部分の鋳造を行っている際に出火し、大仏殿に引火して大火となる。これにより先に損壊した初代大仏のみならず初代大仏殿も滅失し、大仏・大仏殿の造立は振り出しに戻った。通常銅造の大仏と、木造の大仏殿を造立する場合、まず大仏を完成させた後に、大仏殿を築くものだが、この工事の際は大仏殿は既にあったので、既設の大仏殿の内部で大仏の鋳造工事を行っていたようである（『義演准后日記』『鹿苑日録』）。木造建築物の内部で鋳造工事を行うのは危険な行為である。ただし歴史学者の河内将芳は、火災の危険はあるが、風雨の影響を受けることなく大仏の鋳造工事を行うことができる利点もあったので、上記工事手法が採用されたのではないかとしている。『義演准后日記』には「日本六十余州の山木、ただ三時のあいだに相果ておわんぬ。太閤数年の御労功ほどなく滅しおわんぬ。(建材は日本各地から取り寄せたが、6時間で焼失した。)」と記録される。また日記の中で義演は、そもそもこのような事態になったのは、初めから耐震性のある良材で大仏を造立しなかったためだと批判している。なお『義演准后日記』によれば、この時の未完成の大仏は自重軽減のため、東大寺大仏のように全身純銅造でなく、頭部と腕は木造とした、銅造と木造の混構造で造立される予定であったという。
慶長12年（1607年）には、豊臣秀頼により、豊臣家家臣の片桐且元を奉行として、再び銅製大仏および大仏殿の再建が企図されるようになった。通説では、家康が秀頼に方広寺大仏・大仏殿の再建を勧め、それを豊臣方が受け入れて再建工事の運びとなったとされるが、それは豊臣家の財力を蕩尽させるための家康の謀略とされてきた。しかし歴史学者の河内将芳は、豊臣氏に大仏・大仏殿再建工事費を負担させたのは事実だが、「大仏再建は秀頼と徳川の共同事業で、徳川もかなりの労力を注いだ。幕府は大仏を豊臣一色とは認識せず、東大寺の代わりになるものとして重視したのではないか。」とし、豊臣と徳川の共同事業であったとしている。河内は『新大仏殿地鎮自記』に以下の記述があることをその証左としている。慶長15年（1610年）6月12日に義演を導師として大仏殿の地鎮祭が行われたが、この時のことを義演が著した書が『新大仏殿地鎮自記』である。その書では、工事の大檀那（発注者）について「前将軍昨年（慶長14年）当堂御再興を御下知す、造作料においては、右大臣豊臣朝臣秀頼御下行なり」とあり、先将軍の徳川家康が大仏殿再建の命令を発し、工事費は豊臣秀頼が負担することになっていた。また工事の棟梁については「番匠大和守（中井正清） 前将軍御大工なり、ことごとくみなこの大工がままなり」とあり、家康お抱えの大工中井正清が工事の全てを取り仕切ることになっていた。上記の記述より河内は、大仏再建にかかる費用は豊臣氏が負担するが、大仏・大仏殿再建工事そのものについては徳川氏が主導権を握ったとしている。
大仏・大仏殿再建工事について、まず大仏の鋳造がなされたと考えられている。しかしそれについては、後述の大仏殿再建工事と異なり、史料に乏しく詳細は不明である。2代目大仏は銅造であるとするのが定説であるが、東大寺大仏のように全身純銅造であったのか、もしくは事故で未完成のまま焼失した従前の大仏の計画のように、銅造と木造の混構造であったのかは定かでない。
2代目大仏殿再建工事で棟梁を務めたのは、上述の通り、家康が派遣した中井正清である。中井正清は江戸城や駿府城など、各地の城郭建築や、徳川氏関係の重要な建築工事を多く担当しており、当時大工として高名な人物であった。再建された2代目大仏殿の指図（設計図）は中井家に伝来しており、発掘調査の成果等も合わせて、（初代大仏殿と異なり）2代目大仏殿はおおよその全貌の把握が可能である。