Carriera 2013-2016: I primi anni Rubén Fernández passa professionista nel 2013 con la Caja Rural vincendo (con la maglia della selezione spagnola) una tappa e la classifica finale del Tour de l'Avenir.
Dopo aver ottenuto qualche top ten in brevi corse a tappe minori nel biennio 2014/15, inizia a raccogliere risultati importanti nel 2016. Prima si piazza 6º nella classifica finale (e secondo tra i giovani) al Tour Down Under. Poi ripete lo stesso piazzamento finale sia al Tour de Pologne che alla Vuelta a Burgos.
Prende il via alla Vuelta a España, suo secondo grande giro della carriera, per fare esperienza e supportare il compagno Nairo Quintana. Dopo essere arrivato secondo, assieme ai compagni della Movistar, nella cronosquadre di apertura, sorprende tutti sul breve arrivo in salita posto al termine della terza tappa. Inizialmente tiene un gran ritmo in favore dei capitani Quintana e Valverde. Poi, nel finale, scatta da solo andando a cogliere il secondo posto di giornata alle spalle di Alexandre Geniez. Questo gli permette, seppure per un solo giorno, di vestire la maglia rossa di capoclassifica. Nelle tappe successive continua ad aiutare il proprio capitano, contribuendo alla sua vittoria finale, e concludendo la corsa al 33º posto.
Palmarès 2011 (Caja Rural, una vittoria) Campionati murciani, Prova a cronometro Under-23
2012 (Caja Rural, tre vittorie) Circuito de Guadiana Trofeo Suministros Monjardin Martin Deunaren Saria
2013 (Caja Rural-Seguros RGA, due vittorie) 4ª tappa Tour de l'Avenir (Albertville > Saint-Francois-Longchamp) Classifica generale Tour de l'Avenir
Altri successi 2025 (Anicolor-Tien 21) Classifica scalatori Grande Prémio Internacional de Torres Vedras-Troféu Joaquim Agostinho
Piazzamenti Grandi Giri
Giro d'Italia 2015: 62º 2018: 85º 2024: 54º
Tour de France 2021: 84º
Vuelta a España 2016: 33º 2017: ritirato (15ª tappa) 2022: 58º 2023: 54º 2024: non partito (14ª tappa)
Classiche monumento
Liegi-Bastogne-Liegi 2016: 125º 2021: 76º 2024: ritirato
Giro di Lombardia 2019: 37º 2021: 92º
Competizioni mondiali Campionati del mondo su strada Toscana 2013 - In linea Under-23: 65º
Competizioni europee Campionati europei Plumelec 2016 - In linea Elite: ritirato
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