Professionista dal 1999 al 2007, vinse il Tour de l'Avenir nel 2000.
Carriera Passò professionista nel 1999 con la Euskaltel-Euskadi, in cui rimase fino al 2006, prendendo parte a un'edizione del Giro d'Italia, tre del Tour de France e due della Vuelta a España. Nel 2000 vinse una tappa e la classifica finale del Tour de l'Avenir, unico successo della carriera. Tra i piazzamenti distaccano un secondo posto di tappa al Tour de France 2004 ed un terzo posto al Tour du Languedoc-Roussillon nel 2004, mentre nel 2005 fu Lanterne rouge del Tour de France. Nel 2007 si trasferì alla Fuerteventura, ritirandosi al termine della stagione. È fratello del ciclista professionista Igor Flores.
Palmarès 1995 (dilettanti, una vittoria) Pamplona-Bayonne
1996 (dilettanti, una vittoria) 5ª tappa Bizkaiko Bira
2000 (Euskaltel-Euskadi, due vittorie) 9ª tappa Tour de l'Avenir (Le Grand-Bornand > Ville-la-Grand) Classifica generale Tour de l'Avenir
Altri successi 2000 Criterium Comunidad Foral de Navarra (Pamplona)
2007 Classifica traguardi volanti Vuelta al País Vasco
Piazzamenti Grandi Giri
Giro d'Italia 2006: 35º
Tour de France 2001: ritirato (2ª tappa) 2004: 60º 2005: 155º
Vuelta a España 2002: 71º 2003: 18º
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