Dopo aver ricevuto un'educazione religiosa ed essere entrato nella Compagnia di Gesù, ne fu allontanato poco più che trentenne per ragioni non del tutto chiare; cominciò quindi a lavorare come mercante d'arte prima ad Anversa, quindi ad Amsterdam. In seguito a difficoltà finanziarie chiuse il suo negozio di libri e manufatti artistici per aprire, sempre ad Amsterdam, una scuola di latino, la quale ebbe un grande successo; vi studiò, tra gli altri, Baruch Spinoza, l'influenza di Van den Enden sul quale fu probabilmente significativa (benché la questione sia oggetto di dibattiti tra gli studiosi).
Van den Enden, fine intellettuale e pensatore politico, espresse in alcune delle sue opere posizioni innovative e radicali, propugnando un ideale democratico e repubblicano molto moderno che, anche per il rifiuto che implicava nei confronti delle ingerenze del potere religioso nella sfera politica, ha contribuito a far sì che la figura di Van den Enden sia annoverata tra i precursori dell'Illuminismo.
Verso la fine della sua vita Van den Enden, trasferitosi a Parigi, fu coinvolto in un complotto per eliminare Luigi XIV di Francia, al quale aderì in parte per via dei suoi sentimenti anti-assolutistici, in parte per difendere la Repubblica delle Sette Province Unite dalla politica espansionistica del sovrano francese. La congiura venne però scoperta e Van den Enden fu impiccato all'età di 72 anni.
Biografia e pensiero Infanzia, educazione e studi religiosi Franciscus Van den Enden nacque ad Anversa probabilmente il 4 o il 5 febbraio 1602, come si deduce dal fatto che il suo nome fu registrato presso la chiesa di San Giacomo (Sint-Jacobskerk) il 6 febbraio di quell'anno. I suoi genitori, Johannes Van den Enden e Barbara Janssens, appartenevano alla classe lavoratrice, e svolgevano l'attività di tessitori. Franciscus aveva un fratello, Johannes, di cinque anni più grande; un altro fratello, Martinus, sarebbe nato nel 1605.
Dopo un'educazione primaria di cui non si conoscono i dettagli, nel 1613 Franciscus venne iscritto a una scuola degli agostiniani. La sua formazione sarebbe stata completata, in seguito, presso i gesuiti. La prima parte della vita di Van den Enden si svolse nella città natale, Anversa, all'epoca parte dei Paesi Bassi Spagnoli. La città, conquistata dalla Spagna nel 1585, era ridotta all'inizio del Seicento a un'ombra del grande porto e centro commerciale che era stata nel secolo precedente, ormai superata in importanza da Amsterdam; ciononostante essa era il centro di una vivace attività culturale, determinata soprattutto dalla politica controriformista della Compagnia di Gesù, la quale affiancò alla sua tradizionale opera nel campo dell'educazione un'intensa azione di mecenatismo nei confronti degli artisti che, a loro volta, contribuivano alla Controriforma aderendo alla poetica del barocco. La scuola gesuita era incentrata sull'insegnamento delle lingue classiche e sulla teologia cattolica controriformista. Per l'esercizio della retorica, gli studenti prendevano parte come attori ad alcune rappresentazioni teatrali, a loro volta spesso modellate sulla dottrina controriformista. Benché i programmi dell'istituto frequentato da Van den Enden non includessero materie scientifiche, egli forse entrò in contatto con alcuni membri della scuola gesuita di matematica di Anversa, intorno alla quale all'epoca orbitavano diverse personalità di rilievo.
Alla conclusione del ciclo di studi, Franciscus decise di intraprendere la carriera ecclesiastica, seguendo in questo le orme del fratello maggiore, che aveva terminato di frequentare la stessa scuola dei gesuiti due anni prima di lui (si trattava, del resto, della naturale prosecuzione del percorso educativo già avviato, dal momento che all'epoca era frequente che coloro che frequentavano gli istituti scolastici dei gesuiti scegliessero in seguito di prendere gli ordini). Nel 1619 quindi egli iniziò il suo noviziato presso la Compagnia di Gesù a Mechelen. Passò un anno a Lovanio dove studiò la filosofia, e al suo ritorno ad Anversa ricevette il suo diploma magistrale in grammatica; tra il 1625 e il 1629 insegnò a livelli via via più alti a Mechelen, Oudenaarde, Aalst, Winoxberge (vicino a Dunkerque) e Kassel, secondo la prassi tipica della formazione di un gesuita. Nel 1629 tornò a Lovanio per studiare teologia, e ricevette gli ordini il 15 maggio 1633.
Poco più tardi, tuttavia, per ragioni sconosciute, Van den Enden venne estromesso dall'ordine gesuita. Un militare francese che egli avrebbe conosciuto anni dopo, Du Cause de Nazelle, avrebbe sostenuto che la vicenda fu legata a una tresca di Van den Enden con la moglie di un ufficiale, mentre altri hanno sostenuto che egli fu allontanato a causa delle sue idee eterodosse. Un'altra fonte fa risalire l'episodio della moglie del militare al 1621, sostenendo che Van den Enden sarebbe poi stato riammesso nell'ordine prima di esserne definitivamente espulso anni più tardi «a causa dei suoi errori».
Prime pubblicazioni e ingresso nel mondo dell'arte Il fatto che in seguito Van den Enden continuò a frequentare ambienti religiosi tende, comunque, a far escludere che egli a quest'epoca potesse coltivare posizioni eretiche. In particolare, nel 1637 una sua poesia in latino comparve nel libro dell'agostiniano Bartholomé de los Rios y Alarcon intitolato Phoenix Thenensis, nel quale erano raccolte le poesie di altri tre agostiniani, tra i quali il direttore della scuola agostiniana che Van den Enden aveva frequentato, Nicasius Baxius; il libro era ispirato dalla distruzione di Tienen nel 1635 ad opera delle truppe franco-olandesi. Nel 1641 un'altra sua lunga poesia fu inclusa nel libro Hierarchia Mariana dello stesso autore, a sua volta dedicato ai recenti avvenimenti della guerra degli ottant'anni, e in particolare alla presa di Kallo (presso Beveren) da parte delle truppe spagnole.
In seguito, Franciscus Van den Enden si avvicinò all'ambito professionale di suo fratello Martinus, che lavorava già da qualche anno come editore di stampe artistiche ad Anversa. Dopo aver fatto lui stesso il pittore per qualche tempo, costui era divenuto uno degli stampatori più rinomati della città, pubblicando ad esempio stampe dei lavori di Rubens e del suo allievo van Dyck. Franciscus cominciò a frequentare l'ambiente degli artisti che vivevano e lavoravano nella città, con i quali probabilmente aveva comunque già avuto contatti, poiché la Hierarchia Mariana era stata illustrata con stampe basate sulle opere del circolo di Rubens. Egli entrò quindi in affari in tale ambiente, insieme a suo fratello. Fu probabilmente tra gli artisti di Anversa, inoltre, che Franciscus incontrò Clara Maria Vermeeren, che sarebbe divenuta sua moglie: una giovane originaria di Danzica, proveniente da una famiglia benestante a sua volta legata al mondo dell'arte, ella stessa pittrice come il padre e il fratello.
Risulta che nel corso degli anni trenta Franciscus Van den Enden ottenne un titolo di dottore in medicina, ma non sono noti dettagli dei suoi studi né di una sua attività in questo campo.
Van den Enden e Clara Maria Vermeeren si sposarono ad Anversa, nella cattedrale di Nostra Signora (Onze-Lieve-Vrouwekathedraal), nel 1640; la loro prima figlia, di nome Clara Maria, fu battezzata nella chiesa di San Giacomo il 20 agosto 1641. Della seconda figlia, Margaretha Aldegondis, non sono noti né la data né il luogo di nascita. In questo periodo, intorno cioè al 1645, la famiglia si spostò ad Amsterdam. Le ragioni di questo trasferimento non sono note, ma ne sono stati ipotizzati diversi motivi possibili: la ricerca di un ambiente intellettualmente più libero, dove le idee eterodosse di Van den Enden (sia che si trattasse già di un rifiuto della fede cattolica, il che però è ritenuto improbabile alla luce dei suoi scritti e delle sue attività dell'epoca, sia che si trattasse, come si giudica più plausibile, di una forma di cattolicesimo influenzata dal giansenismo) avrebbero incontrato minore ostilità; un interesse per alcune delle novità della cultura del tempo, come gli sviluppi recenti dell'alchimia o la filosofia di Cartesio; più concretamente, una volontà di estendere alle Province Unite l'attività di mercante d'arte che Franciscus svolgeva in collaborazione con il fratello Martinus.
Mercante d'arte e libraio ad Amsterdam Amsterdam era all'epoca una delle più grandi metropoli e uno dei più importanti centri commerciali e culturali d'Europa; grazie alla tolleranza del governo delle Province Unite vi trovavano rifugio i rappresentanti di un gran numero di confessioni religiose (tra cui, oltre alla maggioranza calvinista, comunque divisa tra i rimostranti arminiani e i contro-rimostranti facenti capo a Franciscus Gomarus, si trovavano diversi gruppi protestanti, congregazioni di ebrei e gruppi cattolici, questi ultimi ignorati di fatto nonostante il divieto ufficiale di professare la religione cattolica).
Fu sicuramente prima della fine degli anni quaranta che Van den Enden aprì il suo negozio d'arte, chiamato "Konstwinkel" ("bottega d'arte", appunto), nel quartiere del Nes. Egli vi abitava con la sua famiglia, che nel 1648 si allargò con la nascita delle due gemelle Anna e Adriana Clementina, battezzate nella chiesa cattolica della comunità semiclandestina di Nostra Signora dell'Immacolata Concezione (Onze Lieve Vrouw Onbevlekte Ontvangenis) il 27 ottobre di quell'anno. Insieme a loro visse per qualche tempo (prima della sua morte, avvenuta nel 1649) l'artista, già allievo di Rembrandt, Leendert Cornelisz van Beyeren.
Van den Enden entrò in contatto ad Amsterdam con numerosi artisti e mercanti d'arte, con i quali intrattenne rapporti economici. Tra di essi c'erano, ad esempio, il pittore Jan Lievens, che in precedenza aveva vissuto ad Anversa e probabilmente vi aveva conosciuto Martinus Van den Enden, Joan Spilberg, un pittore che pure si era trasferito da Anversa (dove aveva fatto parte del circolo di Rubens) ad Amsterdam, il mercante d'arte ed editore di stampe François van Beusecom, che delegò a Van den Enden la gestione dei dipinti che aveva ereditato dal pittore Hans van Londerseel, nonno di sua moglie. Il negozio vendeva vari tipi di oggetti d'arte, tra cui dipinti, stampe e riproduzioni di varie dimensioni, libri. Nel 1650 Van den Enden pubblicò anche un testo, il pamphlet di François Vranck Korte verthooninghe van het Recht by den Ridderschap, Edelen ende Steden van Hollandt ende West-vrieslant ("Breve esposizione dei diritti esercitati dai cavalieri, dai nobili e dalle città d'Olanda e di Frisia Occidentale"); l'opera, pubblicata per la prima volta nel 1587 per difendere l'indipendenza dell'Olanda e della Frisia Occidentale, venne ristampata in ben quattro edizioni nel 1650, visto il riattualizzarsi della questione legato alla deriva autoritaria dello Statolder Guglielmo II.
Il 4 aprile 1650 venne battezzato il primo figlio maschio di Van den Enden, Jacobus, che tuttavia quasi sicuramente (come anche Anna) morì nel giro di pochi anni. Il 12 marzo 1651 nacque un'altra figlia, Maria Anna.