Carriera Club Ha giocato nella massima serie argentina nell'Estudiantes per poi trasferirsi in Portogallo, ammontare dell'operazione non comunicato, con la maglia dello Sporting Lisbona in data 9 agosto 2014. Firma un contratto quinquennale con clausola rescissoria fissata a 45 milioni di €. Nel dicembre 2014 sigla il suo primo gol in Champions League contro il Chelsea allo Stamford Bridge.
Il 29 dicembre 2015 si trasferisce in prestito semestrale al Boca Juniors dove ottiene in campionato 28 presenze con 2 gol segnati. Nella stagione 2017-2018 rientra nelle file dello Sporting.
Dopo aver avuto un infortunio al ginocchio nella prima parte di stagione, il 31 gennaio 2018 la Roma annuncia di averlo acquistato in prestito per con diritto di riscatto (che diventerà obbligo alla decima presenza) a 5,7 milioni di € per l'80% del cartellino.L’AS Roma perfeziona l’ingaggio di Jonathan Silva, AS Roma, 31 gennaio 2018. Il 21 aprile viene schierato da titolare nel match vinto per 0-3 in trasferta contro la SPAL, facendo così il suo esordio con la maglia giallorossa ed in Serie A.
Il 24 luglio viene nuovamente girato in prestito al . Nel club spagnolo, diventerà un pilastro della difesa, disputando 82 gare e segnando 4 reti.
Il 31 agosto 2021, il Getafe lo acquisterà per 2,5 milioni di euro. La sua esperienza, però, è del tutto opaca, scendendo in campo per sole 9 occasioni.
Il 26 luglio 2022, sarà ceduto in prestito al Granada.
Nazionale Ha giocato nei Mondiali Under-17 del 2011 con la nazionale Under-17 argentina con cui ha ottenuto 9 presenze e un gol.
Debutta in nazionale maggiore il 12 novembre 2014 subentrando al minuto 77º nell'amichevole vinta per 2-1 contro la Croazia.
Statistiche Presenze e reti nei club Statistiche aggiornate all'11 agosto 2023
StagioneSquadraCampionatoCoppe nazionaliCoppe continentaliAltre coppeTotaleCompPresRetiCompPresRetiCompPresRetiCompPresRetiPresReti 2011-2012 Estudiantes PD 3 0 - - - - - - 3 0 2012-2013 PD 16 0 - - - - - - 16 0 2013-2014 PD 35 0 - - - - - - 35 0Totale Estudiantes 54 0 - - - - - - 54 02014-2015Sporting CP BSL6060 2014-2015 Sporting CP PL 11 1 TP+TL 4+1 0 UCL+UEL 3+1 1+0 - - 20 1 2015-2016 PL 4 0 TP+TL 1+0 0 UCL+UEL 1+4 0 SP 0 0 10 0 2016 Boca Juniors PD 15 1 CA - - CL 5 0 - - 20 1 2016-2017 PD 12 0 -- - - - - 115Totale Boca Juniors 27 1 - - 5 0 - - 32 1 2017-gen. 2018 Sporting CP PL 6 0 TP+TL 2+1 0 UCL 4 0 - - 13 0Totale Sporting CP 21 1 9 0 13 1 0 0 43 2 gen.-giu. 2018 Roma A 2 0 CI - - UCL - - - - 2 02018-2019 PD303CR30 - - - - - -3332019-2020PD331CR31 - - - - - -3622020-2021SD15+2Nei play-off.0CR00 - - - - - -170lug.-ago. 2021SD20CR00 - - - - - -20Totale Leganés80+2461----885ago. 2021-2022 PD90CR20 - - - - - -110 2022-2023 SD 12 0 CR 2 0 - - - - 14 0 2023-2024 SD 29 3 CR 0 0 - - - - - - 29 3 2024-2025 AK 26 0 KK 4 0 UECL 7 1 - - - 37 1 2025-2026 LS 3 0 FACup+CM 2+0 2+0 ACL+ASEAN 3+2 0+0 SM 1 0 11 2Totale carriera 264 10 23 2 30 2 1 0 316 14
Cronologia presenze e reti in nazionale
Palmarès Club Competizioni nazionali
Sporting Lisbona: 2014-2015
Sporting Lisbona: 2015
Boca Juniors: 2016-2017
Sporting Lisbona: 2017-2018
Granada: 2022-2023
Pafos: 2024-2025
Johor: 2025
Note
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