Attualmente a Busto Arsizio si trovano venticinque chiese, tra parrocchiali e ausiliari, e un battistero.Un segno di "civitas christiana", come disse l'ex-prevosto di San Giovanni Battista, monsignor Claudio Livetti:
Alcune di queste chiese, in particolare santa Maria di Piazza, san Giovanni Battista e san Michele Arcangelo, sorsero prima dell'anno mille. In età comunale nacquero le prime rettorie, poi denominate parrocchie. Esse comportavano la presenza di un sacerdote al quale era affidava la cura delle anime e che generalmente era residente presso una chiesa preesistente. Busto Arsizio era sottoposta alla pieve di Olgiate Olona, ma la comunità, sulla base delle sue crescenti disponibilità economiche, costituì cinque "benefici curati" fra il XIII e il XVI secolo: tre presso la chiesa di San Giovanni Battista e due presso quella di San Michele Arcangelo, mentre la chiesa di Santa Maria, situata nella piazza centrale del borgo, si configurava come santuario, senza incombenze parrocchiali.
San Carlo Borromeo nel 1583 trasferì a Busto Arsizio le dignità ecclesiastiche della pieve (cioè del distretto) Nello stesso anno, come si legge alla stessa pagina del libro citato, rovinò l'ultima delle sette torri della Busto medievale. e i curati di San Giovanni e di San Michele vennero innalzati al grado di canonici, come coadiutori del prevosto nella cura delle anime (Busto Arsizio fu pertanto considerata formalmente parrocchia unica).
Nel Seicento un nuovo fervore religioso portò alla costruzione di nuove chiese, come san Gregorio in Camposanto (1632), Madonna in Veroncora (1639) e san Bernardino (1665), oltre che alla ricostruzione delle chiese di san Giovanni Battista (1609) e san Michele Arcangelo (1652). Nel Settecento sorsero Madonna in Campagna (1702), san Rocco (1706), la chiesa vecchia di Sacconago (1708), la chiesa di sant'Anna (1710, poi Tempio Civico), la chiesa di sant'Antonio da Padova (1717, nel territorio di Borsano).
Busto rimase di fatto una sola parrocchia fino al 1906, quando venne attribuita anche a San Michele tale funzione.. Successivamente, nel 1928, Borsano e Sacconago vennero annesse al comune, portando a quattro il numero delle parrocchie. Nel corso del Novecento si sono poi formate le altre parrocchie fino ad arrivare al numero attuale, di tredici. È stato questo il secolo in cui sono state costruite più chiese (ben undici, a cui si può aggiungere quella dei Frati minori, sorta in realtà a partire dal 1898, ma terminata durante tale secolo).
Nel corso della storia, molte chiese sono state abbattute per essere successivamente ricostruite con capienza maggiore. Altre chiese, invece, sono state demolite definitivamente: tra di esse si possono ricordare la chiesa di Santa Croce, risalente al 1564 e già sede della confraternita dei Disciplini, sconsacrata nel 1948 e demolita nel 1972Il Ferrario parla di questo oratorio con le seguenti parole: "bello di sacri dipinti" (cfr. ).; la chiesa borsanese di Santa Maria dei Restagni; quella sinaghina di San Donato; quella di Sant'Eurosia in località Cascina Brughetto (costruita negli anni 1719-1722, dedicata alla giovane martire di Jaca e demolita nel 1952); la cappella di sant'Ambrogio in Canton Santo, non molto distante dalla chiesa di Santa Maria di Piazza.
Nel caso di Sacconago, la costruzione della nuova chiesa (1928) non ha comportato l'abbattimento della chiesa settecentesca dato che furono utilizzati a tale scopo i terreni appartenenti al vecchio cimitero.
Di seguito sono descritte le altre chiese attualmente esistenti sul territorio di Busto Arsizio: in primo luogo il Santuario di Santa Maria, che costituisce la chiesa più importante della città; in secondo luogo le tredici che sono sedi parrocchiali; in terzo luogo le undici che costituiscono le chiese sussidiarie; infine il battistero.
Le chiese parrocchiali sono state tutte costruite nel Novecento, fatta eccezione per la Basilica di san Giovanni, la Prepositurale di san Michele e chiesa dei Frati minori, iniziata nel 1898. Si tratta molto spesso di luoghi di culto edificati in zone di espansione della città, o altre volte di chiese moderne e più capienti che prendono il posto di quelle antiche, come nei casi delle nuove chiese parrocchiali di Sacconago e Borsano, entrambe dedicate ai santi apostoli Pietro e Paolo. Le chiese sussidiarie invece sono tutte più antiche: l'unica eccezione è costituita da san Carlo Borromeo, una delle tre chiese sussidiarie della prepositurale di san Michele Arcangelo. Tale edificio rappresenta l'ultimo luogo di culto cristiano cattolico costruito in città. È stato infatti consacrato nel settembre del 2000 dal cardinal Carlo Maria Martini, allora arcivescovo di Milano.
Santuario di Santa Maria di Piazza
Eretto nel centro storico della città su una preesistente chiesa dedicata alla Madonna, che a sua volta aveva sostituito una cappella risalente all'epoca della cristianizzazione,. il santuario di Santa Maria di Piazza (detto anche della Beata Vergine dell'Aiuto) è un esempio di architettura rinascimentale.
Fu edificato in pochi anni tra il 1515 e il 1522 sotto la guida di Antonio da Lonate, che avrebbe impostato la pianta centrale, e di "magistro Tomaxio ingeniero", probabilmente Tommaso Rodari, autore dei portali a ovest e a sud, e forse del loggiato nel tamburo sotto la cupola.
La pianta centrale dell'edificio, per la quale si è ipotizzata l'esistenza di un disegno bramantesco, si compone di un rigoroso volume cubico scandito da lesene e sormontato da un tiburio ottagonale con gugliotti e lanterna che interpreta in forme più leggere la tipologia della tradizione lombarda.
Internamente, la parte bassa, quadrata, che è tagliata negli angoli da archi diagonali formanti nicchie e cuffie, rimanda agli studi di chiese a pianta centrale compiuti da Leonardo, mentre il tamburo con una ghiera di nicchie (la corona dei dodici santi) riecheggia gli esempi di Santa Maria Incoronata di Canepanova a Pavia, dell'Incoronata a Lodi e della basilica di Santa Maria della Croce a Crema).
L'arredo interno include opere di scultura e dipinti di Gaudenzio Ferrari (tra cui lUltima cena, nell'altare di destra) e di Giovan Battista della Cerva ed una copia della perduta Madonna delle Vittorie di Giovan Paolo Lomazzo.
Una copia esatta del santuario, in dimensioni ridotte, fu edificata alla fine Ottocento a Crespi d'Adda.
Basilica di San Giovanni Battista
La basilica di San Giovanni Battista (uno dei due santi patroni della città, insieme a san Michele Arcangelo) ha il titolo di basilica romana minore.
L'edificio attuale fu costruito tra il 1609 e il 1635 nel luogo dove esisteva una primitiva cappella a tre navate dedicata dai Longobardi ad uno dei loro santi protettori. Il campanile fu costruito tra il 1400 e il 1418, dunque risulta essere più antico della chiesa attuale.
La facciata, completata tra il 1699 e il 1701 da Domenico Valmagini, presenta un ordine inferiore di lesene binate ioniche, un breve protiro con frontone arcuato, porte di rame e di bronzo, statue e bassorilievi..
L'interno, progettato dall'architetto Francesco Maria Richini, vi sono diversi dipinti del pittore bustocco Daniele Crespi, tra i quali Cristo morto con San Domenico.
Sul fianco destro della chiesa si trova il "mortorio", un tempietto di cui non si conosce l'autore, costruito tra il 1689 e il 1692. Sul fianco sinistro è stata collocata una statua della beata bustocca Giuliana Puricelli.
La piazza antistante la chiesa è stata creata demolendo alcuni edifici preesistenti e utilizzando l'area dell'antico cimitero, antecedente a quello che venne poi costruito appena fuori dal borgo, nell'attuale Parco Ugo Foscolo. Sulla stessa piazza si affacciano altri due edifici pregevoli: il palazzo Volonterio, recentemente restaurato e il credito varesino.
Prepositurale di San Michele Arcangelo
Una delle chiese principali della città è quella di San Michele Arcangelo, santo patrono della città,. la quale è anche sede di prepositura. Con il suo campanile risalente al X secolo, che costituisce l'elemento architettonico più antico della città, è situata al limite nord dell'antico borgo, in una zona leggermente più alta del resto dell'abitato esistente all'epoca. Per questo motivo si è molto propensi a pensare che la base del campanile stesso fosse una delle torri di una fortificazione preesistente, all'interno della quale probabilmente esisteva una cappella dedicata a tale santo (si ricordi che San Michele Arcangelo è patrono dei Longobardi).
La prima citazione della chiesa di San Michele risale al 1300 circa. Tra il 1652 e il 1679 venne ricostruita dall'architetto Francesco Maria Ricchino, che decise di capovolgerne l'orientazione. Nel 1796 fu completata la facciata, restaurata tra il 1924 e il 1925. Le pareti laterali e la volta furono restaurate nel 1834. Grazie al progetto voluto dall'allora prevosto don Luigi Brambillasca e al finanziamento della provincia di Varese presieduta da Marco Reguzzoni, nel 2004 la chiesa di San Michele ha visto un profondo restauro delle strutture portanti, di alcune opere d'arte e della facciata esterna. Nel 2007 sono iniziati dei lavori di restauro della torre campanaria, che si sono conclusi l'anno successivo.
Nella chiesa sono conservate varie reliquie, tra le quali l'intero corpo del martire San Felice.. Nella cappella invernale, ricavata nel 1991, si trova un crocifisso ligneo della metà del Trecento, che viene utilizzato nella funzione del Venerdì Santo per commemorare la passione e la morte in croce di Gesù.
Chiesa di San Luigi e Beata Giuliana
Eretta nei primi anni cinquanta per volere del prevosto di san Michele Arcangelo don Luigi Scola, sorge nel nuovo quartiere che prese il nome della beata Giuliana Puricelli. Fu aperta al culto il 15 settembre 1957. e divenne parrocchia l'anno successivo. La chiesa presenta una pianta rettangolare e fu costruita in calcestruzzo armato. Eretta in un'area che all'epoca era prevalentemente agricola, è dedicata alla beata bustocca nata nella non lontana Cascina dei Poveri e al santo gesuita Luigi Gonzaga, protettore degli studenti.
L'esterno della chiesa presenta dei muri in mattoni a vista, una facciata a capanna e un portale in calcestruzzo sormontato da un timpano triangolare vetrato. Sulla facciata sono presenti le raffigurazioni dei due santi. Quella della Beata Giuliana è un mosaico di Torildo Conconi, che nel 1984 riprese una tela di Biagio Bellotti conservata nel museo di arte sacra di San Michele Arcangelo e risalente al 1782.
Il campanile ha pianta ottagonale e si trova accanto al lato sud-est dell'edificio.
L'aula presenta una sola navata. Tra le opere più importanti presenti all'interno della chiesa, si distingue una tela del XVII secolo raffigurante la beata Giuliana, in seguito ridipinta.
Alla festa organizzata per i cinquant'anni di elevazione a parrocchia della chiesa ha partecipato anche l'allora arcivescovo di Milano, il cardinale Dionigi Tettamanzi.
Chiesa del Santissimo Redentore
Il tempio fu edificato su progetto di Antonio Garavaglia nel territorio che si trovava tra quello della giovane parrocchia di Beata Giuliana e quello che cinque anni più tardi sarebbe diventato il territorio della parrocchia di Madonna Regina. La chiesa fu consacrata nel 1962 e rimase sussidiaria della parrocchia di San Michele Arcangelo fino al 1973.
A partire da tale anno assurse essa stessa tale ruolo per far fronte al grande incremento demografico del quartiere che nel frattempo era sorto intorno alla chiesa. Oggi nel territorio della parrocchia vivono circa 7400 anime.