Il Madrid Challenger 1999 è stato un torneo di tennis facente parte della categoria ATP Challenger Series nell'ambito dell'ATP Challenger Series 1999. È stata l'unica edizione del torneo e si è giocato a Madrid in Spagna dal 9 agosto al 15 1999 su campi in cemento.
Vincitori Singolare
Ota Fukárek ha battuto in finale Gouichi Motomura con il punteggio di 6–2, 6–7, 7–5
Doppio
Thomas Shimada / Myles Wakefield hanno battuto in finale David DiLucia / Stefano Pescosolido con il punteggio di 6–3, 7–6
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