Lo Zagreb Open 1999 è stato un torneo di tennis facente parte della categoria ATP Challenger Series nell'ambito dell'ATP Challenger Series 1999. Il torneo si è giocato a Zagabria in Croazia dal 14 al 20 giugno 1999 su campi in terra rossa.
Vincitori Singolare
Andrea Gaudenzi ha battuto in finale Julien Boutter con il punteggio di 6–1, 6–4
Doppio
Ivan Ljubičić / Lovro Zovko hanno battuto in finale Jérôme Hanquez / Régis Lavergne con il punteggio di 6–3, 6–0
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