Agli inizi fu allievo a Parigi del pittore paesaggista Louis Étienne Watelet.
Nel 1822 si trasferì con l'amico Pierre Thuillier a Roma, dove incontrò Camille Corot, di cui subì l'influenza nella pittura dei paesaggi.
Nei dipinti storici, invece, Aligny rimase fedele allo stile accademico.
Dal 1860 al 1872 diresse la Scuola di Belle Arti di Lione.
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