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La seconda stagione della serie televisiva Covert Affairs è stata trasmessa in prima visione assoluta negli Stati Uniti d'America dal canale via cavo USA Network dal 7 giugno al 6 dicembre 2011; la prima parte della stagione, composta da 10 episodi, si è conclusa il 9 agosto 2011, mentre la seconda parte, formata da 6 episodi, è stata trasmessa dal 1º novembre 2011.
In Italia la stagione è stata trasmessa in prima visione da Mya, canale pay della piattaforma Mediaset Premium, dal 9 gennaio al 23 aprile 2012; in chiaro è attualmente trasmessa da Italia 1 dal 3 giugno 2013.
Tutti i titoli originali degli episodi sono anche titoli di canzoni dei R.E.M. nº Titolo originale Titolo italiano Prima TV USA Prima TV Italia 1 Begin the Begin Bentornato nell’agenzia! 7 giugno 2011 9 gennaio 2012 2 Good Advices Missione a Parigi 14 giugno 2011 16 gennaio 2012 3 Bang and Blame Addestramento pericoloso 21 giugno 2011 23 gennaio 2012 4 All the Right Friends Scambio di spie 28 giugno 2011 30 gennaio 2012 5 Around the Sun Operazione NASA 5 luglio 2011 6 febbraio 2012 6 The Outsiders Escursione in Bielorussia 12 luglio 2011 13 febbraio 2012 7 Half a World Away Dall'altra parte del mondo 19 luglio 2011 20 febbraio 2012 8 Welcome to the Occupation Ecoterroristi 26 luglio 2011 27 febbraio 2012 9 Sad Professor Alla ricerca del microdot 2 agosto 2011 5 marzo 2012 10 World Leader Pretend Un affare cinese 9 agosto 2011 12 marzo 2012 11 The Wake-Up Bomb La bomba 1º novembre 2011 19 marzo 2012 12 Uberlin L'ex informatrice 8 novembre 2011 26 marzo 2012 13 A Girl Like You Il cardinale 15 novembre 2011 2 aprile 2012 14 Horse to Water Scacco al re 22 novembre 2011 9 aprile 2012 15 What's the Frequency, Kenneth? MI6: servizi segreti britannici 29 novembre 2011 16 aprile 2012 16 Letter Never Sent Una vacanza pericolosa 6 dicembre 2011 23 aprile 2012
Bentornato nell’agenzia! Titolo originale: Begin the Begin Diretto da: Kate Woods Scritto da: Matt Corman e Chris Ord Trama Ben e Annie ritornano a Washington, dopo aver subito un tentato omicidio durante la sua convalescenza in un ospedale di Guam, ma il ragazzo scompare di nuovo dai canali ufficiali dell’agenzia per poter aiutare Arthur in missioni speciali sotto la sua direzione. Tuttavia, Annie non ha tempo di mettersi sulle sue tracce poiché viene immediatamente assegnata a una nuova missione, ovvero proteggere la tennista estone Nadia Levandi, che lavora segretamente per la CIA come risorsa ma che afferma di voler interrompere la collaborazione, minacciata dalla sua nuova coach. Infatti Annie intuisce che in realtà la donna è un'agente dei servizi segreti russi incaricata di eliminare lei e il suo fidanzato, un importante uomo d’affari intenzionato a liberarsi dall’influenza del Cremlino, e che deve dunque salvarli nel pochissimo tempo a disposizione con l’aiuto di Auggie.
Altri interpreti: Marija Karan (Nadia Levandi) Ascolti USA: telespettatori
Missione a Parigi Titolo originale: Good Advices Diretto da: Ken Girotti Scritto da: Stephen Hootstein Trama A una settimana dal suo compleanno e mentre Joan dovrà far parte di una giuria popolare presso un tribunale, Annie viene inviata in missione a Parigi dove deve conquistare la fiducia di una segretaria francese dell'ambasciata siriana per convincerla a diventare una risorsa per l'agenzia in modo tale da poter indagare su programmi sospetti di riarmo. Annie rincontra però anche Eyal nel corso di un ricevimento il quale sta cercando di portare avanti lo stesso incarico per conto del Mossad sotto le mentite spoglie di un collezionista d’arte cipriota. Tuttavia la giovane, dopo aver scoperto il loro gioco e fatto un’offerta a entrambi per le informazioni in suo possesso, viene ritrovata uccisa nel suo appartamento da un ignoto sicario, che inseguito da Eyal per i tetti si suicida. Annie utilizza allora tutti i riferimenti trovati fino a quel momento per riuscire a identificare un terrorista siriano presso una stazione ferroviaria cittadina con l'aiuto di Eyal. Quest’ultimo però viene rapito in un bar dai suoi uomini perché in possesso della foto e Annie si ritrova a doverlo furtivamente seguire fino a una villa in campagna per poi salvarlo, usando un abile diversivo.
Ascolti USA: telespettatori
Addestramento pericoloso Titolo originale: Bang and Blame Diretto da: Allan Kroeker Scritto da: Erica Shelton Trama Dopo aver portato al pronto soccorso sua nipote in seguito a un incidente domestico e aver conosciuto il giovane medico Scott Weiss, Annie viene rimandata a Camp Peary, ufficialmente per completare l’addestramento con le armi. Il suo incarico stavolta consiste nell’indagare su una fuga di notizie sulle reclute, dopo che una conversazione in chat partita dall'interno del campo d'addestramento, ha smascherato l'identità di una talpa in servizio al regime iraniano. Durante il periodo alla farm della CIA, Annie sospetta inizialmente di Roy Gaskin, uno degli istruttori del campo ma poi, con l’aiuto di Auggie, scoprirà che il suo obiettivo è in realtà uno degli studenti del corso con forti legami familiari all'interno dell'agenzia stessa.
Altri interpreti: Ben Lawson (Scott Weiss), Tim Guinee (Roy Gaskin) Ascolti USA: telespettatori
Scambio di spie Titolo originale: All the Right Friends Diretto da: Stephen Kay Scritto da: Norman Morrill Trama Annie deve scortare la spia italiana Carlo Reni durante uno "scambio di prigionieri" tra servizi segreti nella provincia di Buenos Aires. Dopo che i due sfuggono all’agguato di un killer mercenario che è sulle loro tracce, Annie scopre che Carlo non è una spia bensì un giornalista e che qualcuno lo vuole morto a causa di una sua inchiesta sulle concessioni petrolifere in Sudamerica del suo governo. Una volta giunti in città e braccati dalla polizia locale che li vuole arrestare, Annie riceve da Joan l’ordine di non recarsi all’ambasciata italiana bensì al porto dove poi verranno recuperati da una squadra di supporto. Nel frattempo, Arthur offre ad Auggie il posto di capo dell’Office of Congressional Affairs, ruolo che però gli precluderebbe l'anonimato e lo costringerebbe ad abbandonare la sua vita da agente supervisore.
Altri interpreti: Ignacio Serricchio (Carlo Reni) Ascolti USA: telespettatori
Operazione NASA Titolo originale: Around the Sun Diretto da: Félix Alcalá Scritto da: Dana Calvo Trama Annie viene incaricata di indagare assieme a Jai su una talpa reclutata dalle FARC, ovvero il figlio adolescente di un capo ingegnere che lavora all'interno della NASA, e che potrebbe compromettere la sicurezza di alcuni satelliti spia statunitensi. Nel frattempo deve anche abituarsi al nuovo tecnico operativo Reva Kline, arrivata a sostituire Auggie dopo il suo approdo all'OCA e ancora poco a suo agio nel suo nuovo incarico. Auggie riceve come primo compito quello di desecretare alcune iniziative intraprese in Afghanistan, tuttavia egli decide di mantenere la sua copertura segreta e riconsidera la sua decisione riguardo all'OCA stessa.
Ascolti USA: telespettatori
Escursione in Bielorussia Titolo originale: The Outsiders Diretto da: Marc Roskin Scritto da: Julia Ruchman Trama Annie e Reva, in missione al confine polacco-bielorusso col compito di installare delle telecamere di sorveglianza nella foresta di Białowieża, scoprono per caso un grosso traffico di armi nascoste in un villaggio abbandonato; catturate dalla polizia segreta bielorussa, sono fatte prigioniere in attesa di un ingente riscatto. Jai, il quale nel frattempo stava cercando un nuovo lavoro a Berlino, deve dunque mettere in piedi una squadra di recupero non autorizzata per entrare in Bielorussia e salvarle: compito che diventa più difficile per via del malfunzionamento dell'elicottero che doveva servire alla fuga, fatto che costringe Annie e Reva a trovare un altro modo per lasciarsi gli inseguitori alle spalle e dirigersi verso il confine ucraino.
Guest star: Peter Stormare (Max Kupala) Ascolti USA: telespettatori
Dall'altra parte del mondo Titolo originale: Half a World Away Diretto da: Félix Alcalá Scritto da: Julia Ruchman Trama Auggie è in vacanza a Istanbul per seguire un festival jazz internazionale, sua grande passione, ma il viaggio si trasforma in una missione personale quando in una registrazione audio del concerto riconosce casualmente la voce del terrorista che, quand'era un ufficiale delle forze speciali di stanza in Iraq, l'ha reso cieco. Aiutato da Franka, un’assistente di volo con cui ha avuto una fugace avventura, Auggie decide di risalire alla posizione in cui è avvenuta quella conversazione e poi di pedinare uno dei due uomini coinvolti affinché lo conduca al suo bersaglio. Nel frattempo, Annie è stata incaricata da Auggie di contattare a Baltimora la sorella del terrorista ma l’agente Rossabi è anch’esso sulle sue tracce e non vuole che Annie bruci il suo lavoro. Giunto a un piccolo aeroporto fuori città, Auggie lo trova nascosto dentro un aereo cargo e decide di vendicarsi disobbedendo inizialmente sia all’agenzia sia all'amica Annie, prima di rinsavire e limitarsi a catturare il criminale, consegnandolo a una prigione federale statunitense.
Guest star: Rebecca Mader (Franka) Ascolti USA: telespettatori
Ecoterroristi Titolo originale: Welcome to the Occupation Diretto da: John Fawcett Scritto da: Zak Schwartz Trama Mentre Annie sta facendo arrampicata sportiva assieme al medico con il quale sta uscendo, Joan riceve una richiesta d'aiuto dalla sua vecchia amica e collega Megan Wilkins, la quale sta lavorando da due anni sotto copertura in una compagnia petrolifera sudamericana. Megan è prigioniera nel grattacielo della compagnia a Città del Messico assieme agli altri dirigenti, tenuti in ostaggio da un gruppo di sedicenti ecoterroristi in cambio di un grosso riscatto. Assieme ad Annie e al redivivo Ben Mercer, Joan si mette subito in viaggio in una missione di ricognizione per trarre in salvo gli ostaggi, fingendo di far parte di una troupe televisiva ambientalista incaricata di fare un’intervista. Intanto, Jai scopre il legame tra suo padre Henry e la giornalista Liza Hearn, e chiede spiegazioni.
Altri interpreti: Sonya Salomaa (Megan Wilkins) Ascolti USA: telespettatori
Alla ricerca del microdot Titolo originale: Sad Professor Diretto da: J. Miller Tobin Scritto da: Alex Berger Trama Quando l'ex professore di lingue di Annie Mark Ramsay viene ucciso da agenti clandestini pakistani legati al Lashkar-e Taiba, la ragazza scopre da Joan che l'uomo era un agente della CIA e che fu proprio lui a reclutarla fin dai tempi dell’università. Ancora sconvolta dalla rivelazione, Annie si trova costretta a riferire la cosa all'ignara moglie Safia e allo stesso tempo deve recuperare un microdot, che contiene tutte le informazioni raccolte e per le quali l’uomo è stato assassinato. Inoltre Annie scopre che era proprio uno studente del suo corso che passava segretamente informazioni ai pakistani e di conseguenza deve trovare un modo per sfuggire ai suoi inseguitori. Come se ciò non bastasse e alla luce dell’esperienza subita, la ragazza incontra sempre più problemi nel cercare di tenere segreto alla sorella Danielle il suo lavoro di spia.
Altri interpreti: Laara Sadiq (Safia Ramsay) Ascolti USA: telespettatori
Un affare cinese Titolo originale: World Leader Pretend Diretto da: Kate Woods Scritto da: Matt Corman e Chris Ord Trama