Studiò al conservatorio di Bologna con padre Mattei e, giovanissimo, iniziò un'applaudita carriera di concertista in Italia e in varie nazioni d'Europa.
Compose diversa musica strumentale e due opere liriche, Francesca da Rimini e Amore ed inganno eseguite con successo al Teatro Carlo Felice di Genova nelle stagioni 1835 e 1837.
Il Teatro alla Scala di Milano gli commissionò un'opera, la cui partitura gli venne sottratta in condizioni drammatiche da malviventi prezzolati e quindi distrutta.
In ragione del trauma subito a seguito di tale aggressione, a soli trent'anni, la sua carriera venne definitivamente interrotta da gravi turbe psichiche.
Le partiture delle opere e la gran parte della sua produzione strumentale sono andate perdute. Si conservano tuttora presso l'Accademia Urbense di Ovada e presso i discendenti, spartiti di pezzi per pianoforte, per piano e canto nonché un'aria dall'opera lirica Francesca da Rimini
Bibliografia Cristina Bobbio, La vita e l'arte di Emmanuele Borgatta, tesi di laurea in Lettere e Filosofia, Genova, Università degli Studi, anno accad. 1987-1988; Cristina Bobbio, Emmanuele Borgatta: un musicista ritrovato, Urbs, Silva et Flumen, 1989; Cristina Bobbio, Emmanuele Borgatta: artista incompiuto, Urbs, Silva et Flumen, 1989; Daniele Calcagno, Il fondo Musicale dell'archivio dell'Accademia Urbense di Ovada, Urbs, Silva et Flumen, 2002.
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