Con la nazionale giapponese è stato vicecampione d'Asia nel 2019.
Biografia È il più giovane di tre fratelli; il padre e i due fratelli maggiori praticavano anch'essi il calcio e furono determinanti nell'avvicinarlo allo sport durante l'infanzia. Makino ha ricordato di essere cresciuto in un ambiente familiare nel quale il pallone era costantemente presente e di aver iniziato a giocare soprattutto sotto l'influenza del padre e dei fratelli. Durante il periodo trascorso nel settore giovanile del Sanfrecce Hiroshima ricevette dai compagni di squadra e dal personale del dormitorio il soprannome di «Tonji» (トンジ), derivato dalla sua abitudine di mangiare frequentemente il «tonjiru», una zuppa giapponese a base di carne di maiale e verdure.
Il 24 marzo 2011 stipula un contratto di management con l'agenzia di spettacolo Horipro, affiancando progressivamente all'attività calcistica diverse apparizioni nei mezzi di comunicazione e nel settore dell'intrattenimento.
Nel giugno 2016 conosce, durante una cena organizzata da amici comuni, l'attrice Rin Takanashi. Dopo circa un anno e mezzo di relazione, nel dicembre 2017 le propone di sposarlo; il 20 gennaio 2018 i due annunciano pubblicamente il matrimonio, formalizzato il successivo 9 febbraio con la presentazione della documentazione matrimoniale.
Nel novembre 2025 Makino e Takanashi ricevono rispettivamente i riconoscimenti maschile e femminile della 23ª edizione del Best Formalist Award, diventando la prima coppia sposata a ottenere congiuntamente il premio nella storia della manifestazione.
Caratteristiche tecniche Difensore centrale di piede destro, era un giocatore dotato di notevole spirito combattivo, forza fisica e capacità di anticipo, particolarmente efficace nei duelli individuali e nell'uno contro uno. L'allenatore Yoshirō Moriyama, che lo aveva allenato nel settore giovanile del Sanfrecce Hiroshima, lo descrisse sinteticamente come un «combattente», mentre Mihailo Petrović ne sottolineò le caratteristiche tipiche del difensore. Si distingueva inoltre per le capacità di comunicazione e di organizzazione del reparto arretrato, alle quali univa una buona prestanza atletica e un'elevata aggressività agonistica.
Alto 182 cm, veniva utilizzato prevalentemente al centro della difesa, ma poteva agire anche sul centro-sinistra di una linea a tre. In quest'ultima posizione riusciva a sfruttare particolarmente la propria tecnica individuale e la capacità di avanzare palla al piede: durante gli anni al Sanfrecce, pur partendo dalla difesa a tre, non limitava infatti le proprie sortite offensive ai calci piazzati, ma tendeva ad accompagnare liberamente la manovra, spingendosi talvolta fino all'area avversaria attraverso progressioni e iniziative individuali.
Una delle caratteristiche più peculiari del suo repertorio era infatti la notevole propensione realizzativa per un difensore. Efficace nel gioco aereo e negli inserimenti sui calci piazzati, possedeva anche una discreta capacità di concludere con i piedi e tendeva ad accompagnare frequentemente l'azione nell'area avversaria. Era inoltre in grado di incaricarsi direttamente dell'esecuzione di calci di punizione e rigori, distinguendosi in particolare per la precisione nei primi. La marcata vocazione offensiva lo portò a definire scherzosamente il proprio ruolo «DFW», fusione tra defender e forward, per sottolineare la volontà di contribuire alla fase realizzativa pur giocando da difensore.
Nel corso della carriera ha realizzato 46 reti in 415 presenze in J1 League e sette in 41 incontri di J2 League, raggiungendo il proprio massimo stagionale con otto gol nel 2009.
Alla personalità estroversa affiancava leadership e una costante comunicazione con i compagni, diventando nel corso degli anni uno dei principali riferimenti delle retroguardie nelle quali ha militato. Nonostante l'intensità nei duelli, poteva mantenere un'elevata disciplina negli interventi: nel 2010 disputò tutte le 34 partite di campionato senza subire ammonizioni o espulsioni, ricevendo il premio individuale per il fair play e venendo contemporaneamente inserito nella formazione ideale della J. League.
Carriera Giocatore Club Gli inizi e Sanfrecce Hiroshima Influenzato dal padre, appassionato e praticante di calcio, e dai due fratelli maggiori, Makino inizia a giocare all'età di sette anni, durante il primo anno della scuola elementare, entrando nell'Inokuchi Myojin FC, formazione nella quale milita fino al 1999. In questa fase viene impiegato prevalentemente come attaccante.
Nel 2000 entra nel settore giovanile del Sanfrecce Hiroshima. Inizialmente continua a giocare in posizione offensiva, formando anche una coppia d'attacco con Masato Morishige, per poi essere utilizzato da trequartista, esterno e centrocampista; durante il terzo anno della scuola media viene infine convertito definitivamente in difensore centrale dall'allenatore Toshiaki Tsukioka. Nel 2003 viene promosso nella formazione Youth e, a partire dalla seconda stagione, conquista un posto da titolare al centro della difesa. Contribuisce al raggiungimento della finale nelle tre principali competizioni nazionali giovanili e alla conquista di due titoli. Nell'ultima stagione nel settore giovanile ricopre, inoltre, il ruolo di capitano sia del Sanfrecce Hiroshima Youth sia della rappresentativa della prefettura di Hiroshima impegnata nel 60º Festival nazionale dello sport del Giappone.
Nel 2006 viene promosso definitivamente in prima squadra. Durante il campionato 2006 disputa la prima partita della carriera nella massima divisione giapponese, concludendo la stagione d'esordio con una presenza in campionato e una nella Coppa J. League.
Nel 2007, anche in seguito agli infortuni di Dario Dabac e Kōhei Morita, ottiene progressivamente maggiore spazio nelle rotazioni di Mihailo Petrović, stabilizzandosi successivamente nella formazione titolare. Disputa 18 incontri di campionato e realizza la prima rete della propria carriera in J. League Division 1; prende inoltre parte a quattro partite della Coppa J.League e a cinque della Coppa dell'Imperatore. Il Sanfrecce Hiroshima conclude tuttavia la stagione al sedicesimo posto e, dopo aver perso lo spareggio contro il Kyoto Sanga, retrocede in J. League Division 2. Makino decide di rimanere nella squadra anche nella serie cadetta.
In vista della stagione 2008 riceve la maglia numero 5, rimasta libera dopo il trasferimento di Yūichi Komano al Júbilo Iwata. Diventa uno degli elementi principali della retroguardia e, oltre al contributo difensivo, mostra una notevole efficacia offensiva: disputa 41 incontri di campionato realizzando sette reti. Il club di Hiroshima domina il torneo, conquista la J. League Division 2 e ottiene immediatamente il ritorno nella massima divisione. Nella stessa stagione conquista anche la Supercoppa del Giappone 2008, disputata il 1º marzo contro i Kashima Antlers: dopo il 2-2 maturato nei tempi regolamentari, il Sanfrecce Hiroshima si impone per 4-3 ai tiri di rigore, conquistando per la prima volta il trofeo.
Nel 2009, nuovamente sotto la guida di Petrović, Makino sviluppa ulteriormente la propria interpretazione offensiva del ruolo. Schierato prevalentemente sul centro-sinistra della difesa a tre, partecipa frequentemente alla costruzione e accompagna l'azione nella metà campo avversaria. Disputa 33 partite e realizza otto reti, miglior dato stagionale tra i difensori centrali del campionato e proprio primato personale in una singola stagione di J. League Division 1. Il Sanfrecce Hiroshima, nonostante fosse appena tornato nella massima categoria, conclude il campionato al quarto posto e conquista l'accesso all'AFC Champions League 2010. Parallelamente le prestazioni di Makino gli permettono di entrare nel giro della nazionale maggiore.
Nel 2010 disputa tutte le 34 giornate di campionato, 33 delle quali integralmente, realizzando quattro reti. Esordisce inoltre nell'AFC Champions League 2010, nella quale colleziona quattro presenze e segna una rete. Nonostante la costante partecipazione alle azioni difensive, conclude l'intero campionato senza ricevere ammonizioni o espulsioni: al termine della stagione viene pertanto insignito del J.League Fair Play Individual Award e inserito per la prima volta nella formazione ideale della J. League.
Colonia Nel dicembre 2010 si reca in Germania con l'obiettivo di proseguire la carriera in Europa, sostenendo periodi di allenamento anche con il Borussia Dortmund e l'Hoffenheim. Il 30 dicembre il Sanfrecce Hiroshima annuncia quindi il suo trasferimento definitivo al Colonia, con cui sottoscrive un contratto valido fino al 30 giugno 2013; l'accordo tra i due club è stato raggiunto sulla cifra stimata di 2 milioni di euro. Il 29 gennaio 2011 disputa la prima partita in Bundesliga, venendo schierato titolare nella sconfitta esterna per 3-0 contro il St. Pauli. Nella seconda metà della stagione 2010-2011 raccoglie complessivamente cinque presenze. Non riesce tuttavia a conquistare un posto stabile nella formazione titolare e durante la stagione 2011-2012 viene utilizzato in altre tre occasioni. Durante la permanenza in Germania viene impiegato anche nella seconda squadra del club, il Colonia II, in Regionalliga. L'esperienza con la prima squadra si conclude pertanto con otto presenze nella massima divisione tedesca.
Urawa Red Diamonds L'11 gennaio 2012 viene annunciato il suo ritorno in Giappone, trasferendosi per una stagione in prestito agli Urawa Red Diamonds. A Saitama ritrova Mihailo Petrović, appena nominato allenatore della squadra e già suo tecnico durante l'esperienza al Sanfrecce Hiroshima. Il 10 marzo disputa la prima partita ufficiale con la nuova squadra proprio contro la società calcistica di Hiroshima, nella prima giornata del campionato, conclusa con la vittoria della sua precedente squadra per 1-0. Inserito nella difesa a tre di Petrović, torna a ricoprire un ruolo particolarmente congeniale alle proprie caratteristiche, potendo avanzare palla al piede e partecipare attivamente alla costruzione e alla fase offensiva. Disputa tutte le 34 partite di campionato e realizza sei reti, contribuendo al terzo posto degli Urawa Red Diamonds e alla conseguente qualificazione all'AFC Champions League 2013. Le prestazioni offerte convincono la società a trattenerlo oltre la scadenza del prestito e il 4 dicembre 2012 viene annunciato il suo trasferimento a titolo definitivo dal Colonia. Negli anni successivi diventa uno dei principali riferimenti della linea difensiva e uno dei giocatori maggiormente rappresentativi della squadra.
Nel 2014 gli Urawa Red Diamonds rimangono a lungo in testa alla classifica e si presentano alle ultime giornate come principale candidato al titolo, ma una serie negativa nel finale consente al Gamba Osaka di completare la rimonta e conquistare il campionato. I Reds concludono quindi l'annata al secondo posto.
Nel 2015 la squadra domina invece la prima fase del campionato, terminandola senza sconfitte e conquistando la J1 League 1st Stage. Makino mantiene un ruolo centrale nella retroguardia e, al termine dell'annata, viene inserito per la seconda volta nella formazione ideale della J. League.
Nel 2016 disputa 29 incontri e realizza tre reti, contribuendo al primo posto degli Urawa Red Diamonds nella classifica complessiva della stagione regolare. La squadra conquista inoltre la seconda fase del campionato, ma viene sconfitta dai Kashima Antlers nella finale per l'assegnazione del titolo. Makino viene comunque inserito per la terza volta nella formazione ideale della J. League. Nello stesso anno arriva il primo trofeo nazionale conquistato con la società. Il 15 ottobre viene schierato nella finale della Coppa J.League 2016 contro il Gamba Osaka: dopo l'1-1 maturato al termine dei tempi supplementari, gli Urawa Red Diamonds prevalgono per 5-4 ai tiri di rigore e conquistano la competizione.