Il campionato italiano di calcio di Eccellenza regionale 1998-1999 è stato l'ottavo organizzato in Italia. Rappresenta il sesto livello del calcio italiano.
Questo è il campionato regionale della regione Molise.
Squadre partecipanti
Classifica finale Squadra 1. U.S. Bojano, Bojano693022356417+47 2. U.S. Venafro, Venafro673021455324+29 3. U.S. San Giorgio Collathia, Chieuti653019836118+43 4. Pol. Adriatica Petacciato, Petacciato5830161045827+31 5. U.S. Termoli, Termoli4930131074730+17 6. A.S. Atletico Trivento, Trivento4830146103623+13 7. S.S. Frenter Larino, Larino3930109112426-2 8. Pol. Polesiana, Campobasso3830911102526-1 9. U.S. Turris Santa Croce, S.Croce di Magliano (*)3730910114662-16 10. Pol. Olimpia Agnonese, Agnone3430810122630-4 11. S.S.C. Sancta Juxta Palata, Palata2930611132940-11 12. S.S. Sesto Campano, Sesto Campano293085172751-24 13. U.S. Montenero Calcio, Montenero di Bisaccia283077162345-22 14. U.S. San Martino in Pensilis, S.Martino in Pensilis243059162144-23 15. A.C. San Giuliano di Puglia, S.Giuliano di Puglia223057182364-41 16. Pol. Bonefro, Bonefro1930310172258-36 (*) A fine stagione Turris Santa Croce rinuncia al campionato di Eccellenza 1999-2000. Si iscrive in Prima Categoria.
Molise