è un videogioco stealth del 2004, sviluppato e pubblicato da Konami per PlayStation 2. Una versione americana ed europea in HD è stata sviluppata per PlayStation 3, Xbox 360 e PlayStation Vita nel 2012.
È il terzo episodio della saga iniziata con Metal Gear Solid (1998), ma, per quanto riguarda la trama, è il primo in ordine cronologico. Il gioco ha una storia ed elementi di tipo fantascientifico, più precisamente di fantapolitica.
Essendo un prequel, permette di capire anche alcuni punti fondamentali della storia degli altri due episodi.
Nel 2007 uscì un seguito semi-canonico: Metal Gear Solid: Portable Ops.
Nel 2025 è stato pubblicato un remake dal titolo Metal Gear Solid Δ: Snake Eater.
Trama Missione Virtuosa Primavera 1964. In piena guerra fredda un aereo dell'esercito statunitense sorvola lo spazio aereo sovietico con a bordo alcuni membri dell'unità FOX, tra i quali Naked Snake, Major Zero e Para-Medic. Scopo dell'operazione "Missione Virtuosa" è il salvataggio dello scienziato Nikolai Stepanovich Sokolov: questi infatti era riuscito a progettare e costruire un carro armato potentissimo, lo Shagohod, in grado di lanciare, da qualsiasi terreno e posizione, missili nucleari dall'Unione Sovietica contro gli Stati Uniti. Inorridito dalla sua stessa creazione, però, Sokolov si riparò negli Stati Uniti senza terminare il progetto. A questo punto, la trama di fantasia si intreccia con la realtà storica: si viene quindi a sapere che i sovietici hanno dislocato diverse testate nucleari a Cuba, un paese loro alleato. La crisi dei missili venne poi superata non tanto con l'accordo dello smantellamento delle testate sovietiche nell'isola e di quelle statunitensi in Turchia, quanto con la restituzione di Sokolov, che ora bisogna nuovamente recuperare.
Naked Snake effettua il primo lancio HALO della storia atterrando nella regione di Tselinoyarsk. Dopo aver evitato le sentinelle, riesce a localizzare Sokolov e si accinge a riportarlo in salvo quando si presenta un giovane Ocelot, ufficiale del GRU. Snake riesce a sconfiggere Ocelot momentaneamente e prosegue verso il punto di incontro stabilito per riportare Sokolov in America, ma mentre attraversa un ponte incontra The Boss, la sua vecchia mentore, con la quale aveva sviluppato la tecnica di combattimento corpo a corpo detta CQC (Close Quarter Combat). Essa rivela a Snake di aver disertato e di aver persino portato un regalino ai suoi nuovi alleati sovietici: una testata atomica miniaturizzata. The Boss è in compagnia del colonnello Volgin (un esaltato ufficiale del GRU) e della sua vecchia squadra, l'Unità Cobra, formata da The Pain, The Fear, The End, The Fury, The Sorrow e la stessa The Boss. Essi rapiscono Sokolov e lo portano su un elicottero, mentre Snake se la vede con The Boss, avendo la peggio. Il colonnello Volgin, un essere spregevole e sadico, ha l'ambizione di scalzare l'attuale capo del Soviet con un colpo di Stato al fine di passare il potere a Brežnev.
Così, per cancellare le prove del suo tradimento, lancia la testata atomica portatagli da The Boss, contro il centro di ricerca dove era tenuto Sokolov. A quel punto, il leader del Cremlino chiama il presidente U.S.A. e lo accusa del grave attacco atomico; in risposta, gli viene detto che i colpevoli sono Volgin e The Boss. Al che, il leader sovietico richiede che entrambi siano catturati e uccisi dagli stessi servizi segreti americani, per evitare una crisi gravissima. Gravemente ferito nel duello con The Boss, Snake viene riportato in America e curato alla meglio, per essere poi il prescelto dai Servizi, come l'unico in grado di assolvere alla difficile missione.
Operazione Snake Eater Snake fa ritorno a Tselinoyarsk, una settimana dopo, ma stavolta gli obiettivi della missione, denominata Operation Snake Eater ("Operazione mangiaserpenti"), sono più complessi: oltre a salvare Sokolov, dovrà distruggere lo Shagohod, uccidere il colonnello Volgin, e soprattutto uccidere The Boss in quanto disertrice e traditrice. Avanzando incontra EVA, un'ex-agente della NSA che ha disertato nell'Unione Sovietica e che lo aiuterà nel corso della nuova operazione. In realtà, secondo gli ordini di Zero, Snake avrebbe dovuto incontrare un certo ADAM, ma la stessa EVA gli annuncia che ADAM è morto. Il giorno dopo Snake si ritrova a fare i conti con l'Unità Ocelot: dopo averli sconfitti, ritrova Ocelot in persona che prende in ostaggio EVA, ma entrambi riescono a farla franca, e ad Ocelot non resta che scappare. Snake prosegue il suo cammino e ritrova ancora una volta Ocelot, che lo sfida ad una duello uno-contro-uno; subito dopo The Pain interviene con i suoi calabroni e costringe Snake a gettarsi all'interno di una caverna in cerca di riparo. Qui affronta e sconfigge The Pain, dopodiché trova l'uscita della grotta.
Raggiunge un magazzino, dove vede Volgin infierire sadicamente su Tatyana (in realtà EVA, spacciatasi amante di Sokolov per poter spiare Volgin più da vicino e quindi fornire preziose informazioni a Snake). Snake arriva ai laboratori ed incontra Granin, il più grande scienziato militare sovietico, che passa il suo tempo ad ubriacarsi a causa dei suoi connazionali che hanno preferito finanziare lo Shagohod di Sokolov, e mettere da parte il suo progetto: il famigerato Metal Gear. Sentendosi tradito, Granin, cede a Snake informazioni su come raggiungere Groznyj Grad. Si dirige dunque verso la foresta ed incontra The Fear, temibile nonché invisibile avversario. Una volta sconfitto prosegue fino ad incontrare The End, leggendario cecchino ultracentenario. Si svolge allora una lunga ed estenuante battaglia tra i due, a colpi di fucile di precisione.
Sconfitto anche The End, il nostro eroe prosegue fino ad incontrarsi ancora con EVA, questa volta tra le Montagne di Krasnogorje (Le Montagne Rosse); ella gli consiglia di passare attraverso l'impianto fognario che passa anche sotto il complesso, ma qui Snake si trova a fare i conti con The Fury, un folle ex-astronauta munito di lanciafiamme. Dopo averlo ucciso, Snake si ritrova finalmente a Groznyj Grad, il centro dove viene tenuto prigioniero Sokolov; per riuscire a raggiungerlo, EVA gli consiglia di rubare i vestiti a Ivan Raikov, un maggiore del GRU "amico" di Volgin, e di travestirsi come lui, grazie anche all'apposita maschera in sua dotazione. Lo stratagemma riesce, e Snake incontra Sokolov; ma ecco apparire Volgin, che lo scopre dato che Snake non conosce l'affinità tra i due. Snake viene duramente percosso, poi viene portato nella sala delle torture, dove viene massacrato dal Colonnello. Nella sala ci sono anche Tatyana, Ocelot e The Boss. Ocelot comincia a sospettare che Tatyana sia una spia, e per questo sfida la sua fortuna ad una roulette russa con il revolver. La scena si svolge dinanzi a Snake che, calcolando precisamente il ritmo rotante delle pistole, si accorge che il prossimo colpo, destinato a Tatyana, sarà quello fatale. Dunque sferra un calcio ad Ocelot per impedire che Tatyana venga colpita, e per puro caso il proiettile sparato dalla pistola colpisce l'occhio destro di Snake, rendendolo permanentemente inutilizzabile. Grazie a uno stratagemma Snake riesce a fuggire attraverso le fogne inseguito dai cani e da Ocelot, ma alla fine di essa si apre una cascata: da lì, inseguito, egli si getta, cadendo e perdendo i sensi.
Mentre è nell'acqua, svenuto, ha un incontro con l'anima di The Sorrow, antico compagno di The Boss e membro dei Cobra, dotato di poteri da medium. Snake, grazie a una grandissima forza di volontà, riesce a svegliarsi dall'incubo, sconfiggendo spiritualmente The Sorrow. Egli, quindi, proseguendo nella foresta in mezzo alla quale si è risvegliato, si incontra con EVA in una grotta, che gli riconsegna anche l'equipaggiamento sottrattogli durante le torture. Nel tepore della grotta, sdraiati davanti al fuoco, EVA cerca di dimostrare la sua "riconoscenza" a Snake, che l'ha salvata dalla roulette russa di Ocelot, ma lui rifiuta le sue avances, forse perché non vuole la pietà di EVA, avendo perduto il suo occhio destro. I due elaborano un piano per distruggere lo Shagohod, ed EVA parte a bordo della sua moto per preparare ai due una via di fuga. Penetrato nuovamente nella base, Snake piazza quindi il C3 (versione precedente del noto C4) con il fine di distruggere l'hangar contenente lo Shagohod, allontanandosi subito dopo. Ma non va molto lontano: viene fermato da Volgin che lo costringe a battersi con lui, mentre EVA viene scoperta e quasi resta uccisa.
Snake sconfigge Volgin, non con poca fatica, e fugge via prima che il C3 esploda. Purtroppo il fattore strategico dell'esplosione (il carburante dello Shagohod), viene vanificato poiché gli operatori rimuovono il carburante dai serbatoi, diminuendo di molto il danno dell'esplosione: lo Shagohod non è ancora distrutto. Volgin prende il comando dello Shagohod ed inizia così la fuga di Snake ed EVA in moto. Snake allora mette mano al lanciamissili RPG-7 e con una lunghissima battaglia tra la base, l'aeroporto e la foresta vicino all'OKB, distrugge finalmente il carro armato e sconfigge anche Volgin, che viene terminato da un fulmine. Snake ed EVA, fuggendo, hanno un brutto incidente con la moto, in seguito al quale la seconda viene ferita molto gravemente; i due riescono con molta fatica a fuggire nonostante uno stretto inseguimento da parte delle truppe di Volgin, e finalmente arrivano al lago Rokovoj Bereg. L'idrovolante che li porterà in salvo è pronto, ma Snake deve prima concludere la missione con quello che è il suo compito più difficile e ingrato: affrontare ed uccidere The Boss. Il duello fra i due si svolge in un enorme campo di stelle di Betlemme bianche che ondeggiano al vento; alla fine Snake ha la meglio e The Boss gli chiede di finirla con un ultimo proiettile.
Compiuta la missione, Snake entra nel velivolo pilotato da EVA, ormai sicuro di aver assolto a tutti i compiti; ma ecco che l'instancabile Ocelot penetra nell'aereo e costringe Snake all'ennesima sfida alla roulette russa uno-contro-uno. Nessuno dei due muore, perciò Ocelot saluta con rispetto Snake e salta dall'aereo, cadendo nel lago. Ma ecco che l'aereo è ora inseguito da due MiG-21 sovietici, che dovrebbero abbatterlo; proprio all'ultimo istante, però, il presidente Chruščëv, grato a Snake per il suo successo nella missione, ordina ai suoi jet di tornare indietro. Così l'aereo riesce ad atterrare in Alaska, e i nostri due eroi possono finalmente rilassarsi davanti al camino, con un bicchiere in mano; e alla fine, anche il gelido Snake riesce a sciogliersi tra le braccia della bella EVA. Ma al risveglio, una brutta sorpresa accoglie Snake: grazie ad un registratore, EVA racconta finalmente tutta la verità. Ella gli svela di non aver mai lavorato per l'NSA e di essere una spia cinese e che lo ha aiutato solo per ottenere le grandi ricchezze di Volgin, la cosiddetta Eredità dei Filosofi, con la quale il Colonnello ha finanziato la costruzione di Groznyj Grad e dello Shagohod, e permettere al suo paese di continuare la ricerca sulle armi nucleari per mettersi alla pari con le grandi potenze occidentali. Svela inoltre che sia "EVA" che "ADAM" erano in realtà due uomini. Il vero ADAM non si era presentato, permettendole di fingere di essere lei EVA.