La stagione 1998-99 dei Minnesota Timberwolves fu la 10ª nella NBA per la franchigia.
I Minnesota Timberwolves arrivarono quarti nella Midwest Division della Western Conference con un record di 25-25. Nei play-off persero al primo turno con i San Antonio Spurs (3-1).
Roster
Staff tecnico Allenatore: Flip Saunders Vice-allenatori: Greg Ballard, Jerry Sichting, Randy Wittman
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