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La seconda stagione di Black Hole High è andata in onda negli USA dal 13 settembre 2003 al 31 gennaio 2004 sui canali Discovery Kids e NBC.
nºTitolo originaleTitolo italianoPrima TV USAPrima TV Italia 1 Wormhole 2 Buco Nero 2 13 settembre 2003 2 Pheromones Feromoni 20 settembre 2003 3 Cold Contaminazione 27 settembre 2003 4 Genome Genoma 4 ottobre 2003 5 Brainwaves Brainwaves 11 ottobre 2003 6 Chemistry Chimica 18 ottobre 2003 7 Ecosystem Ecosistema 6 dicembre 2003 8 Technology Tecnologia 13 dicembre 2003 9 Equation Equazione 3 gennaio 2004 10 Hemispheres Emisferi 10 gennaio 2004 11 Nutrition Dieta 17 gennaio 2004 12 Echolocation Udito speciale 24 gennaio 2004 13 Stopwatch Fermare il tempo 31 gennaio 2004