Prese parte alla Guerra vandalica e prestò servizio in Nord Africa come governatore militare locale nel corso degli anni 533–538, prima di essere spedito in Oriente contro i Persiani Sasanidi. In qualità di dux Mesopotamiae, Troglita si distinse personalmente in diverse battaglie. Nell'estate del 546 l'imperatore bizantino Giustiniano I (r. 527-565) scelse Troglita come comandante supremo delle truppe bizantine in Africa, dove la posizione bizantina era alquanto traballante a causa di una serie di rivolte da parte delle tribù berbere autoctone e dello stesso esercito imperiale. Troglita in breve tempo conseguì una prima vittoria nell'inverno del 546/547 contro i Mauri della Byzacena, ma fu sconfitto nell'estate del 547 dalle tribù della Tripolitania, e l'Africa fu ancora una volta esposta a devastanti incursioni. Troglita, riorganizzato il proprio esercito e ottenuto l'appoggio di alcuni comandanti tribali, si confrontò con la coalizione di tribù nemiche nei pressi dei Campi di Catone nell'estate 548, conseguendo una vittoria decisiva. Tale vittoria pose fine alla rivolta dei Mauri e permise di pacificare l'Africa bizantina.
I suoi successi militari, soprattutto contro i ribelli Mauri in Nord Africa, sono narrati nell'ultimo poema epico latino dell'Antichità, la Iohannis, seu de Bellis Libycis di Flavio Cresconio Corippo, che costrituisce la principale fonte biografica..
Origini Le origini di Giovanni Troglita sono incerte. Potrebbe essere nato in Tracia, ma il suo cognome peculiare potrebbe indicare piuttosto una provenienza da Trogilos (in greco: Τρώγιλος) in Macedonia.. Secondo le informazioni fornite dallo storico del VI secolo Procopio di Cesarea e dal panegirista di Troglita Flavio Cresconio Corippo, era il figlio di un certo Evanthes, e aveva almeno un fratello di nome Pappo. Lo stesso Troglita sposò la "figlia di un re", probabilmente un capotribù barbaro, da cui ebbe un figlio, Pietro.
Primi anni di carriera Giovanni Troglita combatté nella Guerra vandalica (533–534), sotto il comando di Belisario, e potrebbe essere identificabile con quel Giovanni che comandò un'unità di foederati nelle battaglie di Ad Decimum e di Tricamarum.; . Suo fratello, Pappo, fu ucciso nel corso della guerra, nelle fasi iniziali dell'invasione bizantina. Troglita rimase in Africa dopo la partenza di Belisario nel 534, combattendo in Byzacena i Mori (Mauri) sotto il comando di Salomone. All'epoca era probabilmente il governatore militare locale (dux) della Byzacena o, più probabilmente, della Tripolitania, in quanto è menzionato per aver condotto spedizioni vittoriose contro la tribù dei Leuathae.; . Troglita combatté anche contro l'esercito ribelle condotto da Stotzas, prendendo parte alla prima vittoria riportata da Belisario nei pressi di Membresa nel 536, e successivamente, sotto il comando del successore di Salomone Germano, nella battaglia di Scalas Veteres combattuta nella primavera del 537. In quest'ultima battaglia era uno dei comandanti della cavalleria dell'ala destra, che secondo lo storico Procopio fu sconfitta e messa in rotta dalle truppe di Stotzas, perdendo le proprie insegne. Nonostante ciò la battaglia fu vinta dalle truppe imperiali lealiste.Procopio, De Bello Vandalico II.XVII.7 Nel 538 Troglita si distinse personalmente nel corso della Battaglia di Autenti, combattuta probabilmente in Byzacena..
Dopo il 538 venne mandato in Oriente, dove entro il 541 venne nominato dux Mesopotamiae, una delle più importanti cariche militari della regione. Arrestò un membro degli ambasceria inviata dal re ostrogoto Vitige ai Persiani per istigarli a rompere la pace con Bisanzio. Allo scoppio di una nuova guerra con i Sasanidi, secondo il suo panegirista Corippo Giovanni conseguì diversi successi contro l'esercito persiano: sconfisse il generale Nabedes nei pressi di Nisibis, condusse il suo esercito in un vittorioso attacco notturno contro i Persiani che stavano assediando Teodosiopoli, e in seguito sconfisse un altro esercito Persiano che stava assediando Dara, catturando il generale Mihr-Mihroe.J.A.S. Evans, The Age of Justinian: The Circumstances of Imperial Power, Routledge 1996, p. 166 Procopio, tuttavia, fornisce una versione dei fatti discordante relativamente alla prima battaglia, implicando che Troglita dovette essere salvato da Belisario da un improvviso attacco persiano, e non menziona per niente le altre due gesta.; . Nonostante ciò, Corippo sostiene che Giovanni ricevette delle lodi per il suo operato da Urbicio, uno dei consiglieri dell'imperatore Giustiniano I che erano stati inviati per supervisionare la guerra..
Comandante in Africa Nel frattempo in Africa, durante l'assenza di Giovanni Troglita, la situazione era diventata critica. Germano era riuscito a ristabilire la disciplina dell'esercito e a pacificare le province nevralgiche di Africa Proconsularis e di Byzacena. Gli succedette nel 539 Salomone, che cominciò il suo secondo mandato con grandi successi, sconfiggendo i Mauri dell'Aurès e acquisendo il controllo della Numidia e della Mauretania Sitifensis. Tuttavia la rivolta dei Mauri riprese di nuovo vigore nel 543, e Salomone cadde nella Battaglia di Cillium nel 544. Il suo successore, il nipote Sergio, si rivelò non all'altezza. Fu sconfitto dai Mauri, richiamato e sostituito dal senatore Areobindo, che fu a sua volta assassinato nella primavera del 546 nel corso di una nuova rivolta dell'esercito condotta dal generale Guntarico. Quest'ultimo intendeva rendersi indipendente da Costantinopoli, ma fu ben presto assassinato dall'armeno Artabane. La necessità di un nuovo e abile comandante in Africa era evidente per il governo centrale a Costantinopoli.. Nel 546 l'imperatore Giustiniano, forse consigliato in tal senso da Urbicio, come implica Corippo, richiamò Troglita dall'Oriente e lo nominò magister militum Africae.; .
Repressione della Rivolta Mora
Alla fine del 546, quando Giovanni Troglita raggiunse Cartagine, la situazione era tragica: le truppe imperiali, comandate da Marcenzio dux di Byzacena e da Gregorio l'armeno a Cartagine, erano esigue e demoralizzate. Esse continuarono a resistere asserragliate nelle città costiere, sottoposte al blocco da parte dei Mauri della Byzacena sotto il comando del loro capotribù Antalas, mentre le tribù tripolitane dei Leuathae e degli Asturae stavano devastando impunemente la Byzacena. Ricorrendo alla diplomazia, tuttavia, Giovanni riuscì a portare dalla propria parte i capotribù mauri Coutzinas e Ifisdaias, che si si unirono all'esercito imperiale con diverse migliaia dei propri uomini. Inoltre Iabdas, il capo degli Aurasii (le tribù dell'Aures), alla notizia dell'arrivo di Troglita, decise di ritirarsi in Nimidia con le proprie truppe adottando una politica di neutralità armata..
All'arrivo a Cartagine, Troglita riorganizzò l'esercito, rafforzando le truppe locali con i veterani portati con sé – prevalentemente arcieri a cavallo e catafratti – e, una volta ultimati i preparativi, marciò contro i ribelli. Ad Antonia Castra fu raggiunto da emissari per conto di Antalas, ma Troglita respinse le condizioni da loro proposte e li imprigionò. L'esercito bizantino marciò in Byzacena, liberò le città assediate, e unì le forze con quelle di Marcenzio. I Mauri, colti alla sprovvista dalla rapida avanzata dell'esercito imperiale, si ritirarono di nuovo nell'entroterra montagnoso, e sotto il comando di Ierna dei Leuathae e di Antalas, unirono le proprie forze presso Sbeitla (antica Sufetula). Corippo suggerisce che essi speravano che Troglita non avrebbe portato avanti il loro inseguimento nel mezzo dell'inverno e che la conformazione del terreno avrebbe dato loro un vantaggio sull'esercito imperiale. Troglita si accampò nelle vicinanze delle posizioni maure e spedì un inviato, Amanzio, ad Antalas per proporgli le sue condizioni: il generale offriva l'amnistia in cambio della sottomissione all'autorità imperiale.; .
Corippo narra la battaglia conseguente approfonditamente, ma la sua imitazione del verso virgiliano fa sì che fornisca ben pochi dettagli concreti: è chiaro comunque che si trattò di uno scontro lungo, sanguinario e dall'esito a lungo incerto, che probabilmente ebbe luogo a sud o a est di Sufetula alla fine del 546 o all'inizio del 547. Alla fine i Bizantini prevalsero e respinsero i Mauri, sfondando le loro difese e assaltando il loro accampamento. Secondo Corippo, Ierna, il principale sacerdote del dio Gurzil, fu ucciso mentre tentava di proteggere un'immagine del dio. Molti altri comandanti tribali caddero, mentre il resto si disperse. Ciò che restava delle tribù tripolitane abbandonò la Byzacena, ed Antalas fu costretto alla resa. Inoltre molti prigionieri furono rilasciati dall'accampamento mauro, e tra il bottino vi erano le insegne militari perse da Salomone a Cillium nel 544.Procopio, De Bello Vandalico II.XXVIII.45 Esse furono inviate a Costantinopoli, mentre Troglita entrò trionfalmente a Cartagine.; .
Questa vittoria sembrò sancire la fine del conflitto e il ritorno della pace in Africa. Alcuni mesi dopo, tuttavia, i Leuathae, la più grande tribù della Tripolitania, ripresero le ostilità formando una coalizione sotto il comando del re dei Ifuraces, Carcasan. Dopo aver devastato la Tripolitania, si volsero ad occidente per devastare ancora una volta la Byzacena. Avvertito di ciò da Rufino, il dux di Tripolitania, Troglita si risolse ad affrontarli. L'esercito bizantino nel frattempo si era indebolito per via della necessità di inviare rinforzi in Italia dove Belisario era impegnato nella guerra contro gli Ostrogoti: dei nove reggimenti che Troglita aveva portato con sé da Costantinopoli, tre furono spediti in Italia. I Mauri sotto il comando di Antalas rimasero in ostilità ma decisero per il momento di non unirsi al conflitto; tuttavia i Bizantini furono privati dei servigi di Ifisdaias, che rifiutò di mettere a disposizione i propri uomini. Nonostante l'estate torrida, Troglita e i suoi uomini con marce spedite raggiunsero rapidamente i confini meridionali della Byzacena, lungo il margine del deserto, sperando di confrontarsi in quel luogo con i Mauri e prevenire un ulteriore saccheggio della provincia già stremata da tempo. I Mori inizialmente si ritirarono nell'arido entroterra, sperando di scrollarselo di dosso, ma l'esercito di Troglita, accompagnato da una carovana con acqua e provviste, li seguì nel deserto. Entrambi gli eserciti soffrirono di sete e fame, e lo scontento si diffuse tra i soldati bizantini. Infine l'armata diede segni di ammutinamento quando un'epidemia uccise gran parte dei cavalli dell'esercito, costringendo Troglita a ritirarsi più a nord verso la costa.; .
Troglita si posizionò tra l'altopiano di Matmata e la costa, e attese i Mauri in quel luogo. Tuttavia i venti avversi gli impedirono di ricevere rifornimenti dalle navi. Quando l'esercito mauro comparve anch'esso era parimenti stremato dalla fame e si diresse verso alcune fonti d'acqua, che Troglita tentò di raggiungere per primo. I Bizantini si accamparono a Marta nel distretto di Gallica, dove si svolse la battaglia. Si trattò di una disfatta per i Bizantini, che vennero messi in fuga.Iohannis, VI.497–773 Corippo, probabilmente nel tentativo di alleviare le responsabilità del proprio eroe Troglita, attribuisce la sconfitta all'indisciplina dell'esercito, sostenendo che Giovani era riluttante a scontrarsi in battaglia con i Mauri,Iohannis, VI.478–481 ma venne costretto dai propri soldati a combattere. Secondo il resoconto di Corippo, gli alleati mauri dei Bizantini furono i primi a lasciarsi travolgere dal panico e a battere in ritirata, provocando la disgregazione dell'intero esercito, malgrado il tentativo di Troglita e degli altri comandanti bizantini di mantenere la coesione.; .