__NOTOC__ La sesta stagione di SpongeBob è andata in onda negli Stati Uniti d'America dal 3 marzo 2008 al 5 luglio 2010. In Italia è stata trasmessa in prima assoluta dal 28 dicembre 2009 al 17 novembre 2010 su Italia 1, fatta eccezione per l'episodio SpongeBob e la Grande Onda, andato in onda in prima assoluta il 18 aprile 2009 su Nickelodeon. Tra il 2011 e il 2012 è andato in onda anche su Boing e Super!.
{| class="wikitable" ! colspan="2" |nº ! Titolo originale ! Titolo italiano ! Prima TV USA ! Prima TV Italia |- | rowspan="2" |101 | rowspan="2" | 1 |House Fancy |Casa eleganza |6 giugno 2007 |28 dicembre 2009 |- |Krabby Road |Il complesso musicale |3 luglio 2007 |29 dicembre 2009 |- | rowspan="2" |102 | rowspan="2" | 2 |Penny Foolish |Pazzo per un penny |7 luglio 2007 |30 dicembre 2009 |- |Nautical Novice |La patente nautica |rowspan=2|29 luglio 2007 |4 gennaio 2010 |- | rowspan="2" |103 | rowspan="2" |3 |Spongicus |Spongicus |5 gennaio 2010 |- |Suction Cup Symphony |La sinfonia |6 agosto 2007 |7 gennaio 2010 |- | rowspan="2" |104 | rowspan="2" | 4 |Not Normal |Non normale |4 settembre 2007 |8 gennaio 2010 |- |Gone |La sparizione |5 settembre 2007 |11 gennaio 2010 |- | rowspan="2" |105 | rowspan="2" | 5 |The Splinter |La spina |2 ottobre 2007 |12 gennaio 2010 |- |Slide Whistle Stooges |Il flauto fischiante |16 ottobre 2007 |13 gennaio 2010 |- | rowspan="2" |106 | rowspan="2" | 6 |A Life in a Day |Vivere alla grande |4 novembre 2007 |18 gennaio 2010 |- |Sun Bleached |L'abbronzatura |5 novembre 2007 |19 gennaio 2010 |- | rowspan="2" |107 | rowspan="2" | 7 |Giant Squidward |Il gigante |3 dicembre 2007 |rowspan=2|20 gennaio 2010 |- |No Nose Knows |Il naso nuovo |4 dicembre 2007 |- | rowspan="2" |108 | rowspan="2" | 8 |Patty Caper |L'ingrediente segreto |5 dicembre 2007 |14 gennaio 2010 |- |Plankton's Regular |Un cliente per Plankton |6 dicembre 2007 |15 gennaio 2010 |- | rowspan="2" |109 | rowspan="2" | 9 |Boating Buddies |Compagni di scuola |7 dicembre 2007 |rowspan=2|21 gennaio 2010 |- |The Krabby Kronicle |Il giornale |8 dicembre 2007 |- | rowspan="2" |110 | rowspan="2" | 10 |The Slumber Party |Il pigiama party |rowspan="2"|28 dicembre 2007 |rowspan=2|22 gennaio 2010 |- | Grooming Gary | Il concorso di bellezza |- |111 |11 |SpongeBob SquarePants vs. The Big One |SpongeBob e la grande onda |17 gennaio 2008 |18 aprile 2009 |- | rowspan="2" |112 | rowspan="2" | 12 |Porous Pockets |Soldi che vanno e vengono |28 gennaio 2008 |rowspan=2|26 gennaio 2010 |- |Choir Boys |I ragazzi del coro |20 febbraio 2008 |- | rowspan="2" |113 | rowspan="2" | 13 |Krusty Krushers |Evviva il wrestling |rowspan="4"|28 febbraio 2008 |rowspan=2|27 gennaio 2010 |- | The Card | La carta della collezione |- | rowspan="2" |114 | rowspan="2" | 14 |Dear Vikings |Cari Vichinghi |rowspan=2|28 gennaio 2010 |- | Ditchin''' | Niente bugie|- | rowspan="2" |115 | rowspan="2" | 15 |Grandpappy the Pirate|Il nonno pirata|18 marzo 2008 |rowspan=2|29 gennaio 2010 |- |Cephalopod Lodge|La loggia degli Adepti|27 marzo 2008 |- | rowspan="2" |116 | rowspan="2" | 16 |Squid's Visit|La visita|4 aprile 2008 |3 maggio 2010 |- |To SquarePants or Not To SquarePants|I pantaloni nuovi|7 aprile 2008 |4 maggio 2010 |- | rowspan="2" |117 | rowspan="2" | 17 |Shuffleboarding|Supereroi per un giorno|8 aprile 2008 |5 maggio 2010 |- |Professor Squidward|Il professor Squiddiil titolo a schermo appare come Il professore Squiddi |9 aprile 2008 |6 maggio 2010 |- | rowspan="2" |118 | rowspan="2" | 18 |Pet or Pests|Animaletti pestiferi|10 aprile 2008 |rowspan=2|10 maggio 2010 |- |Komputer Overload|Il computer va in tilt|15 aprile 2008 |- | rowspan="2" |119 | rowspan="2" | 19 |Gullible Pants|Il credulone|16 aprile 2008 |rowspan=2|11 maggio 2010 |- |Overbooked|Troppi impegni|rowspan=2|19 aprile 2008 |- | rowspan="2" |120 | rowspan="2" | 20 |No Hat for Pat|Il cappello da lavoro|rowspan=2|12 maggio 2010 |- |Toy Store of Doom|Il negozio di giocattoli|26 marzo 2008 |- | rowspan="2" |121 | rowspan="2" | 21 |Sand Castles in the Sand|La guerra dei castelli di sabbia|27 marzo 2008 |rowspan=4|15 novembre 2010 |- |Shell Shocked|SOS guscio|1º maggio 2008 |- | rowspan="2" |122 | rowspan="2" | 22 |Chum Bucket Supreme|Uno slogan da sballo|19 maggio 2009 |- |Single Cell Anniversary|Un regalo col cuore|3 giugno 2008 |- |123 |23 | rowspan="2" |Truth or Square|rowspan="2"|Memorie dal Freezer|rowspan="2"| 6 giugno 2008 |rowspan="2"| 26 dicembre 2009 |- |124 |24 |- | rowspan="2" |125 | rowspan="2" | 25 |Pineapple Fever|Chiusi in un ananas|2 giugno 2008 |rowspan=2|17 novembre 2010 |- |Chum Caverns|Le caverne lucentiil titolo a schermo appare come Le grotte lucenti |18 giugno 2008 |- |126 |26 |The Clash of Triton|La ribellione di Tritone|5 luglio 2008 |6 novembre 2010
Casa eleganza Guardando il suo programma preferito, "House Fancy" (in italiano "Casa Eleganza"), Squiddi si accorge che Squilliam ha una casa decisamente migliore della sua. Perciò, colto dalla rabbia, lo sfida a chi ha la casa più bella. Quindi Squiddi si fa aiutare da SpongeBob, che però distrugge la casa. Nonostante ciò Squiddi diventa il campione di "Casa Eleganza", perché distruggendo la casa SpongeBob ha ricreato uno stile primitivo.
Il complesso musicale Plankton evade di prigione, e come sempre vuole rubare la ricetta segreta del Krabby Patty. Per farlo usa una copertura e fonda un gruppo musicale insieme a SpongeBob, Patrick e Squiddi. Durante le prove, comunque, viene scoperto e condotto in prigione, dove il quartetto continua le prove.
Pazzo per un penny Mr. Krab, mentre sta facendo la spesa, vede SpongeBob raccogliere un penny per strada e allora decide a tutti costi di prenderselo. Dopo diversi tentativi infruttuosi, entra di nascosto a casa di SpongeBob per prenderlo. La spugna lo vede e gli dice che non era un penny, ma una gomma da masticare alla menta piperita. Mr. Krab se ne va e SpongeBob lascia Gary a giocare con la gomma, ma, dopo aver introdotto un po' di saliva nella "gomma", si scopre che in realtà è una banconota da 500$. Alla fine della puntata si vede Mr. Krab scavare attorno alla casa di SpongeBob, perché crede che la spugna abbia sotterrato il penny lì.
La patente nautica La signora Puff avverte i suoi studenti che il giorno dopo, invece di andare a scuola, andranno a visitare il museo della nautica. SpongeBob cerca di studiare la storia della nautica dai primordi, così da far colpo sulla signora Puff e poter aver finalmente la patente nautica. SpongeBob finisce di leggere il libro un minuto prima che il bus arrivi e, durante il viaggio, comincia a fare una serie di domande alla signora Puff, senza permetterle di rispondere. Arrivati al museo, SpongeBob "sostituisce" la signora Puff spiegando ai suoi compagni tutto ciò che si trova nel museo. Finita la visita, SpongeBob attiva i motori della "nave-museo", rischiando di distruggere Bikini Bottom. SpongeBob allora esegue una manovra mai effettuata prima perché troppo difficile: la spugna ci riesce e la signora Puff è pronta a consegnargli la patente. Quando SpongeBob sta per avere la patente, un addetto dice che non era SpongeBob a trasportare la nave, ma lui per portarla in porto per manutenzione. La signora Puff strappa quindi la patente nautica davanti agli occhi del suo studente, che rimane avvilito. L'addetto decide di offrire a SpongeBob un gelato, ma la spugna, per spegnere le luci nella nave, finisce per ribaltarla.
Spongicus Plankton distrugge il Chum Bucket per costruirgli sopra un colosseo, dove si potrà assistere alla lotta mortale dei gladiatori gratuitamente. Tutti vanno a vedere lo spettacolo, lasciando il Krusty Krab vuoto; Mr. Krab propone di andarlo a vedere perché pensa che ci sia qualcosa sotto. Patrick sarà il gladiatore che dovrà lottare contro il leone marino e SpongeBob, preoccupato per l'amico, decide di introdursi nell'arena per salvarlo. Plankton nel frattempo obbliga tutti a comprare i suoi Chumstick a 10 dollari ciascuno, pena la fine precoce dello spettacolo. SpongeBob lancia via le salsicce che attraggono il leone marino su Plankton, che rischia di essere mangiato dalla bestia. Alla fine tutto torna alla normalità e il leone marino diventa il nuovo esperto finanziario del Krusty Krab, che obbliga i clienti a comprare i Krabby Patty a 10 dollari l'uno.
La sinfonia Squiddi vede che davanti a casa sua hanno montato un cartello pubblicitario, il quale dice che il giorno dopo ci sarà un'esposizione di sinfonie scritte da musicisti sconosciuti. Squiddi cerca di scrivere la sua opera, ma viene disturbato da SpongeBob e Patrick. Squiddi li butta fuori di casa, ma, nel farlo, Patrick si rompe il sedere. Quindi SpongeBob cerca di curarlo, provocando però urla e rumori che disturbano Squiddi. Nonostante ciò, Squiddi riesce a finire la sinfonia, ma, al momento dell'esibizione, si accorge di aver compreso nella sua sinfonia i rumori emessi da SpongeBob e Patrick. Alla fine, però, riesce a essere acclamato dal pubblico, venendo considerato un genio musicale.
Non normale SpongeBob corre come un pazzo per la casa, perché crede che occorra dimostrare l'allegria per la nuova giornata. Squiddi allora gli dice che ciò che sta facendo non è normale, esattamente come lui. SpongeBob cerca di capire come si diventa normali e cambia totalmente: niente lentiggini, niente pori e pelle perfettamente liscia. Dopo un po', SpongeBob incomincia a non essere apprezzato né da Patrick, né da Mr. Krab e neanche da Squiddi. SpongeBob cerca quindi di ridiventare anormale facendosi aiutare da Patrick; la spugna non ci riesce, ma, vedendo Squiddi diventato "normale", si ritrasforma nello "SpongeBob anormale" di sempre.
La sparizione SpongeBob scopre che tutti quanti a Bikini Bottom sono scomparsi e che è rimasto da solo. La solitudine lo farà letteralmente impazzire di tristezza, al punto da imitare i propri amici scomparsi e di diventare amico di una barca-mobile. Arriva poi un bus con tutti gli abitanti scomparsi che gli rivelano l'adesione alla "Giornata Nazionale No-SpongeBob" (a cui pure Patrick partecipa) e gli spiegano che in questo giorno si allontanano da lui per rilassarsi dal fastidioso tram tram e per "dedicargli la giornata" (ballare sulla cenere di una sua statua di legno incenerita). Alla fine, sarà Patrick a restare da solo.
La spina SpongeBob, mentre lavora al Krusty Krab, scivola su della salsa tartara, e si pianta una scheggia di legno nel pollice. Prova in ogni modo di rimuoverla, ma nulla. Temendo che Mr. Krab possa rispedirlo a casa in convalescenza per la cosa, SpongeBob chiede a Patrick di aiutarlo, ma egli peggiora le cose infettando la ferita e facendo gonfiare a dismisura il pollice. Mr. Krab comunque vede il pollice infermo e rimuove la spina, facendo sgonfiare il pollice. Krab è sollevato dal fatto che non deve concedere la mutua a SpongeBob; sentendo ciò Squiddi si ferisce apposta, solo per scoprire che il suo turno è finito e che nemmeno lui la può più avere.
Il flauto fischiante SpongeBob e Patrick infastidiscono Squiddi con i loro flauti a coulisse. Squiddi cerca in tutti i modi di seminare i due, ma essi lo raggiungono e infine lo coinvolgono nel gioco. Solo che poi ci prende un po' troppo la mano facendo infuriare i cittadini che vogliono fargliela pagare. Alla fine Squiddi ruba un camion con cui precipita giù da un burrone, venendo ricoverato all'ospedale, dove SpongeBob e Patrick decidono di continuare a suonare i loro flauti.
Vivere alla grande