Carriera Club Ha esordito in prima squadra nel corso della stagione 2003-2004, sotto la guida del tecnico Martin O'Neill, ma è diventato titolare inamovibile soltanto sotto la gestione di Gordon Strachan.
Nella stagione 2005-2006, ha messo a segno ben 8 reti, di cui 7 nella Scottish Premier League.
Indossò per la prima volta la fascia di capitano del nella stagione 2006-2007 per l'assenza di Neil Lennon ed il 31 luglio 2007 divenne ufficialmente il capitano.
Al termine della stagione 2008-2009 l'allenatore Gordon Strachan lascia la panchina del per quella del ; i dirigenti del club di Glasgow chiamano così alla guida della squadra l'inglese Tony Mowbray. Non essendo mai entrato nelle grazie del nuovo manager, agli inizi del 2010 McManus viene ceduto per 1,5 milioni di sterline al ,
Nel febbraio del 2012 il cede McManus in prestito al Bristol City sino al termine della stagione.
Rientrato nel proprio club di appartenenza, nell'estate del 2012 McManus ritrova Tony Mowbray come nuovo manager del Middlesbrough; rispetto ai tempi del il rapporto tra l'allenatore inglese e il difensore della nazionale scozzese non è per nulla mutato e di conseguenza Stephen si trova costretto a trascorrere anche la stagione 2012-2013 in prestito al Bristol City.
Nell'estate del 2013 McManus viene ingaggiato dal Motherwell.
Nazionale Ha esordito con la l'11 ottobre 2006 contro l', nella partita persa 2 a 0 a Kiev.
Dopo l'esclusione di Barry Ferguson dalla Nazionale (aprile 2009), McManus è diventato il nuovo capitano.
Palmarès Giocatore Competizioni nazionali
Celtic: 2003-2004, 2005-2006, 2006-2007, 2007-2008
Celtic: 2004, 2005, 2007
Celtic: 2006, 2009
Note
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