Hartert nacque ad Amburgo. Venne ingaggiato da Lionel Walter Rothschild come curatore ornitologico del suo museo privato a Tring dal 1892 al 1929.
Hartert pubblicò il giornale trimestrale del museo, Novitates Zoologicae (1894-1939) con Rothschild, e l'Hand List of British Birds (1912) con Jourdain, Ticehurst e Witherby. Scrisse Die Vögel der paläarktischen Fauna (1903-22) e viaggiò in India, Africa e Sudamerica per conto del suo datore.
Nel 1930, Hartert si ritirò a Berlino, dove morì.
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