Vincitore della con la Nazionale inglese grazie ai tre punti decisivi da lui segnati con un drop nella finale contro l', si ritirò dall'attività internazionale il 12 dicembre 2011, dopo 91 incontri e punti marcati, cui vanno aggiunte 6 presenze e 67 punti nella selezione dei British Lions per un totale di punti in 97 test match che rendono Wilkinson il secondo miglior marcatore internazionale dopo il neozelandese Dan Carter; in precedenza Wilkinson aveva detenuto il primato dall'8 marzo 2008 — allorquando, con punti, aveva superato il gallese Neil Jenkins, fino ad allora detentore di tale record — al 27 novembre 2010, quando fu superato una prima volta a quota da Dan Carter e, successivamente, dal 26 febbraio — a quota — fino al 31 luglio 2011, quando Carter si portò a quota fissando il nuovo record.
Oltre ai citati primati, è al 2013 il miglior marcatore dei British and Irish Lions (67 punti), il detentore del record di punti realizzati al 2019 in Coppa del Mondo (277) e, a tutto il Sei Nazioni 2022, è, con 546 punti, secondo solo all'irlandese Ronan O'Gara (557).
A livello di club è globalmente autore di più di punti tra tutte le competizioni ufficiali cui ha preso parte dapprima con la maglia del , club di Premiership nel quale Wilkinson militò ininterrottamente dal 1997 al 2009 e con cui vanta un titolo di campione d’Inghilterra nel 1997-98, e a seguire con il , con il quale vinse due titoli consecutivi di campione d'Europa, nel 2013 e nel 2014, quest'ultimo accoppiato al titolo di campione di Francia.
A causa di una lunghissima serie di infortuni (alle ginocchia, ai legamenti, a un braccio, alle spalle e perfino a un rene), fu assente dalla Nazionale per più di 3 anni: esattamente 1 169 giorni intercorsero tra la finale di Sydney della Coppa 2003 contro l' e il successivo incontro disputato da Wilkinson, l'apertura del Sei Nazioni 2007 contro la . Nella sua partita di rientro Wilkinson realizzò 27 punti, il record per gli — validi per la Calcutta Cup, e fu nominato Man of the Match. In aggiunta a ciò, è il miglior realizzatore di drop della storia della Coppa del Mondo (29, per un totale di 87 punti).
Il 3 aprile 2009 Wilkinson ricevette la laurea honoris causa dall'Università del Surrey, per i suoi servizi resi allo sport. La cerimonia di conferimento del dottorato si tenne nella cattedrale di Guildford, sede dell'Università e capoluogo del Surrey. Dal 2 giugno 2014 è anche cittadino onorario di Tolone, a tre giorni di distanza dal suo ultimo incontro ufficiale, la finale del campionato francese vinta dal Tolone contro il il 31 maggio precedente.
Dirige inoltre, insieme a suo fratello Mark, l'azienda di abbigliamento di famiglia Fineside.
Biografia Nato a Frimley, cittadina del Surrey non molto distante da Londra, Jonny Wilkinson crebbe a Cheltenham (Gloucestershire), e fu iniziato alla pratica del rugby fin dai primissimi anni d'età; figlio di rugbista, infatti, fu avviato alla disciplina a quattro anni. Continuò a giocare durante tutta la sua carriera scolastica e, a 17 anni, arrivò con la squadra del suo liceo alle semifinali di un torneo nazionale interscolastico organizzato dal Daily Mail. All'epoca, Wilkinson era già un rugbista d'interesse nazionale: due anni prima, nel 1994, era stato infatti selezionato per la nazionale studentesca inglese che affrontò un tour in Australia e, in cinque incontri disputati, aveva messo a segno 94 punti. Nel 1997 prese un anno di pausa dall'università per tentare la carriera professionistica, accettando l'offerta di contratto dei Newcastle Falcons, club nel quale militò per 12 stagioni. Il suo immediato successo non gli permise più di riprendere gli studi e da allora rimase uno studente in sospeso («all'epoca tralasciai l'università, perché il rugby mi coinvolse… laurearmi a suo tempo è una cosa che avrei sempre desiderato fare», le sue parole al momento di ritirare la citata laurea honoris causa all'Università del Surrey).
Carriera professionistica La carriera professionistica di Wilkinson iniziò nel 1997 nei Newcastle Falcons come primo centro, ruolo nel quale dovette affrontare la concorrenza di Inga Tuigamala e dello scozzese Alan Tait; ciononostante riuscì a ritagliarsi un ruolo in squadra in occasione della conquista della Premiership 1997-98, proprio nella sua prima stagione a Newcastle. Nel marzo 1998 arrivò anche la sua prima convocazione in Nazionale inglese, nel Cinque Nazioni di quell'anno, sebbene solo come rimpiazzo in panchina. L'esordio avvenne il 4 aprile successivo, a Twickenham contro l' e, nel corso dell'estate, fu impiegato in quello che passò alla cronaca come il tour infernale nell'Emisfero Sud, in cui l' andò incontro ad alcune delle peggiori sconfitte della sua storia, compreso il pesantissimo 0-76 incassato dall', che costituisce tuttora il maggior passivo a carico della Nazionale inglese.
Nella stagione successiva, mentre a livello di club raggiunse la finale di Coppa Anglo-Gallese (perdendola contro gli ), in Nazionale Wilkinson fu incluso dal C.T. Clive Woodward nella lista dei giocatori che presero parte alla in Galles. L'esordio in Coppa del Mondo avvenne contro l', una Nazionale che fece da testimone a molte delle tappe della carriera del mediano inglese: nel 67-7 finale inflitto agli Azzurri, Wilkinson realizzò una meta, poi trasformata, calciò tra i pali altre cinque trasformazioni più altrettanti calci di punizione, per un totale di 32 punti personali. Tranne l'incontro vinto con , Wilkinson fu utilizzato fino agli ottavi di finale della Coppa. Nei quarti contro il Woodward tenne il giocatore in panchina; l' fu eliminata dal torneo dopo la sconfitta per 21-44 e il tecnico fu criticato sia per non aver espanso la rosa quando il regolamento glielo avrebbe consentito sia per non aver utilizzato nel momento cruciale i giocatori più determinanti, incluso lo stesso Wilkinson.
Alla ripresa dell'attività internazionale Wilkinson disputò tutte le cinque gare del Sei Nazioni 2000, il primo con tale nuova denominazione, nel quale la squadra inglese, pur vincendo il torneo, fallì il Grande Slam a causa della sconfitta nell'ultima giornata contro la . In giugno fu il protagonista della vittoria inglese a Bloemfontein contro il : la squadra vinse 27-22 e Wilkinson realizzò l'intero bottino per i suoi, calciando tra i pali 9 piazzati.
Fu, ancora, contro l' che Wilkinson registrò il suo record personale di 35 punti in un incontro singolo, nella seconda giornata del Sei Nazioni 2001 a Twickenham; nel prosieguo di stagione giunse pure la Coppa Anglo-Gallese, vinta 30-27 in finale sugli Harlequins e, nel corso di quell'estate, la chiamata come prima scelta nel tour dei British and Irish Lions in Australia: nel primo test match contro i padroni di casa a Brisbane, vinto per 29-13, Wilkinson segnò 3 piazzati, per un totale di 9 punti. Nel secondo, a Melbourne, si infortunò a una gamba ma riuscì a recuperare per il terzo match, in programma una settimana più tardi al Telstra Stadium di Sydney: nonostante la sconfitta per 29-23, Wilkinson segnò una meta, due trasformazioni e tre piazzati per un totale di 18 punti, eguagliando il record individuale per un singolo test match dei British Lions.
In un'altra occasione Wilkinson realizzò l'intero score per l': fu contro l' a Twickenham nel novembre di quello stesso anno, una vittoria per 21-15 frutto di cinque piazzati e due drop tra i pali. Qualche settimana dopo realizzò sette piazzati per un totale di 21 punti contro il , nell'incontro vinto 29-9.
Un anno più tardi, nel novembre 2002, l' si apprestò a incontrare le squadre del Tri Nations a Twickenham: il 9 novembre fu il turno degli All Blacks, alla cui sconfitta per 31-28 contribuirono una meta, due conversioni, tre piazzati e un drop di Wilkinson (21 punti); una settimana dopo fu l' a essere sconfitta per 32-31 dopo aver condotto fino al 19-31: 22 dei 32 punti inglesi furono di Wilkinson, che trasformò le due mete di Jason Robinson e realizzò cinque piazzati. Infine, nel terzo consecutivo weekend, fu la volta del , che l' batté largamente per 53-3 e in cui il contributo di Wilkinson, pur rilevante (18 punti, frutto di 6 conversioni su 7 e 2 piazzati), fu più influente per lo scarto finale che per il risultato in sé. Nell'occasione, anche vista la fisicità del match, Wilkinson causò l'espulsione del suo avversario diretto, il sudafricano Jannes Labuschagne, responsabile di un placcaggio su di lui in netto ritardo. Anche Wilkinson dovette lasciare il campo, causa lussazione alla spalla sinistra nel corso di un durissimo ingaggio; il C.T. Woodward, dopo l'incontro, rilasciò accese dichiarazioni contro il gioco brutale degli Springbok, rei, a suo dire, di aver preso di mira i giocatori inglesi più tecnici, in particolare proprio lo stesso Wilkinson. Nella sua autobiografia Nine Lives, il suo compagno di squadra Matt Dawson scrisse di aver avuto, nel corso di tale incontro, la sensazione che i sudafricani fossero saliti a Twickenham con il preciso intento di mandare all'ospedale tutta la linea mediana inglese (i citati Dawson e Wilkinson più Robinson)..
Il Sei Nazioni 2003 vide il Grande Slam dell': la partita d'esordio contro la , anch'essa reduce da tre vittorie in altrettanti incontri con le squadre del Tri Nations, fu vinta per 25-17. Ancora l' fu testimone di una tappa della carriera di Wilkinson: contro di essa, a Twickenam, Wilkinson indossò per la prima volta la fascia da capitano, stante l'indisponibilità di Martin Johnson.
In giugno la Nazionale restituì la visita ad e : a Wellington cinque calci piazzati sotto un tempo inclemente costituirono tutto il punteggio con cui gli inglesi batterono gli All Blacks per 15-13; meno determinanti, ma ugualmente importanti, i 10 punti realizzati una settimana dopo a Melbourne contro gli Wallabies in un incontro che gli inglesi vinsero 25-14; infine, prima della Coppa del Mondo 2003, un 45-14 alla con 18 punti di Wilkinson.
La Coppa del Mondo 2003
Nel suo incontro inaugurale l' batté a Perth la per 84-6; il contributo di Wilkinson a tale score fu di 16 punti: ben più determinante, numericamente e per l'importanza dell'avversario, il suo apporto di 20 punti alla vittoria per 25-6 sul .
Wilkinson non prese parte alla più larga vittoria in un incontro di Coppa del Mondo, il 111-13 inflitto dagli inglesi agli uruguayani; nei quarti di finale 23 suoi punti furono altresì determinanti per il 28-17 finale con cui la squadra batté il e, in semifinale, realizzò addirittura l'intero score della partita contro la , sconfitta 24-7 con 5 calci piazzati e 3 drop goal.
Ma fu in finale contro l' che Wilkinson lasciò in maniera indelebile il segno sulla partita: nei secondi finali di un incontro combattuto e durissimo, trascinatosi per due tempi regolari più due supplementari in perfetta parità (una meta e quattro calci piazzati per parte, per un totale di 17-17), mentre il cronometro registrava il 99'34” di gioco, Wilkinson calciò dalla distanza di circa 30 metri dalla linea di meta australiana un pallone in drop verso i pali avversari: la palla entrò e l' vinse 20-17, spezzando così il dominio dell'Emisfero Sud nella Coppa del Mondo.
Già decorato a fine 2002 con l'onorificenza di Membro dell’Ordine dell’Impero Britannico (il più giovane rugbista del Regno Unito insignito di tale riconoscimento), consegnatagli poi in occasione del conferimento delle altre onorificenze ai suoi compagni di squadra alla fine del 2003, in occasione del giubileo della regina del 2004 gli fu conferita anche quella di Ufficiale dello stesso Ordine (OBE).
Gli infortuni e la lunga inattività Dopo la Coppa vinta Wilkinson affrontò una serie di infortuni che lo tennero lontano dall'attività internazionale per lunghissimo tempo: fuori dal Sei Nazioni 2004 a causa di un problema a una spalla, saltò anche il tour inglese in Nuova Zelanda e Australia.