Carriera Club Borja ha cominciato la carriera professionistica nell'El Nacional di Quito. Borja è riuscito a diventare capocannoniere di Coppa Libertadores 2006Capocannoniere con 5 reti insieme ad altri 13 giocatori mantenendo il primo posto per due mesi nonostante il suo trasferimento all'Olympiakos, senza che nessuno nel frattempo riuscisse a superarlo. Con il trasferimento ai campioni greci in carica dell'Olympiakos è diventato il primo ecuadoriano a giocare nel campionato greco.
Per la stagione 2007-2008 è stato ceduto in prestito al , squadra tedesca di 2. Bundesliga, con diritto di riscatto.
Nel dicembre del 2010 si è svincolato e si è trasferito in Messico al Puebla Fútbol Club.
Dal 2011 è un giocatore del Pachuca.
Nazionale Borja ha fatto parte della Nazionale ecuadoriana ai Mondiali 2006, nonostante la relativa inesperienza. Dopo aver disputato diverse gare nel girone di qualificazione, ha avuto solo una presenza nella fase finale, precisamente nella terza gara del girone, quella contro la Germania, persa 3-0.
Palmarès Individuale Capocannoniere della Coppa Libertadores: 1 2006 (5 gol, a pari merito con Aloísio José da Silva, José Luis Calderón, Agustín Delgado, Sebastián Ereros, Ernesto Farías, Fernandão, Marcinho, Daniel Montenegro, Nilmar, Mariano Pavone, Jorge Quinteros, Patricio Urrutia e Washington)
Palmarès Club Competizioni nazionali
El Nacional: Clausura 2005, 2006
Olympiakos: 2006-2007
Note
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Categoria:Calciatori della nazionale ecuadoriana