Spider-Man 3 è un videogioco sviluppato da Treyarch, Beenox e Vicarious Visions, a seconda delle versioni, basato sul supereroe dei fumetti della Marvel Comics, l'Uomo Ragno. Si tratta dell'adattamento videoludico del film Spider-Man 3. Il videogioco è stato pubblicato il 4 maggio 2007 per le piattaforme Microsoft Windows, PlayStation 3, Wii, Xbox 360, PlayStation 2, Nintendo DS e Game Boy Advance, e nell'ottobre dello stesso anno per PlayStation Portable.
Sono uscite simultaneamente due versioni del videogioco, quella normale e una chiamata Spider-Man 3: Collector's Edition, disponibile esclusivamente per PlayStation 3, che include diversi contenuti speciali.
Trama Windows, PlayStation 3 e Xbox 360 La storia inizia con una nuova banda, i Dinamitardi, più simile a un'organizzazione avanzata che a un manipolo di criminali, che una sera fa esplodere il Carlyle Building; poco dopo Spider-Man interviene per salvare le persone intrappolate e occuparsi dei cattivi, risolvendo l'emergenza.
È passato circa un anno dagli eventi del capitolo precedente, e Spider-Man sembra aver trovato finalmente l'equilibrio tra la sua vita civile e quella da supereroe, grazie anche all'amore di Mary Jane. Gli inconvenienti però non mancano, come l'arrivo del fotografo rivale Eddie Brock al Daily Bugle, l'odio nei suoi confronti da parte del suo amico Harry Osborn, convinto che abbia ucciso suo padre, e l'arrivo in città di nuove bande. Così mentre Peter riceve diversi incarichi al Daily Bugle dal suo capo J. Jonah Jameson, come dover fotografare alcune misteriose lucertole giganti avvistate in città, nei panni di Spider-Man deve affrontare le tre nuove bande che terrorizzano la città: gli Apocalypse, le Dolcezze all'Arsenico e le Code di Drago. Scontrandosi con gli Apocalypse sventa i loro attacchi alla metropolitana, alla centrale elettrica e sconfigge il loro leader, per poi sventare anche i piani delle Dolcezze all'Arsenico, sconfiggendole durante un attacco a un teatro e più tardi alla loro fabbrica e nascondiglio - un magazzino pieno di fuochi d'artificio dove dovrà liberare degli ostaggi - e battendosi anche con le Code di Drago, che hanno cercato di dirottare un furgone pieno di antiche statue cinesi. Spider-Man deve anche occuparsi del ritorno dei Dinamitardi, che minacciano di far saltare in aria la metropolitana, ma è in grado di sventare il loro piano appena in tempo.
Una sera, dopo una lunga giornata di lotta contro il crimine, Peter accompagna Mary Jane a Central Park per parlare e stare un po' insieme. Mentre conversano a proposito di Harry, una sostanza aliena all'interno di una meteora si schianta lì vicino e, dopo esserne fuoriuscita, si attacca alla scarpa di Peter prima che riaccompagni Mary Jane a casa. Intanto Harry, nel nascondiglio di suo padre, si sottopone al siero del supersoldato, diventando il Nuovo Goblin. Nel frattempo, il dottor Curt Connors, professore di scienze all'università di Peter, si inietta un siero con DNA di lucertola nella speranza di far ricrescere il braccio destro mancante, ma invece si trasforma in una lucertola gigante, conosciuta da quel momento in poi come Lizard. Mentre studia il laboratorio di Connors, Peter trova una registrazione in video del dottore e scopre cosa è successo, ma viene attaccato di colpo da Lizard, che scappa nelle fogne. Dandogli la caccia, Spider-Man viaggia attraverso le fogne della città, e lungo la strada incontra numerose persone che Connors ha trasformato in altre lucertole col siero. Dopo aver combattuto le lucertole ed essere fuggito da una trivella gigante, Spider-Man alla fine affronta Lizard nella sua tana e scopre il suo piano per liberare le lucertole in città e prendere il controllo sulla popolazione. Sebbene Spider-Man sventa il suo piano e lo sconfigge, lui e le altre lucertole riescono a fuggire nelle fogne e nascondersi, e l'eroe rinuncia temporaneamente a cercarlo.
Ritornato all'università Peter, in abiti civili, viene improvvisamente attaccato da Harry, che vuole ucciderlo per vendicare la morte di suo padre. Dopo una battaglia in tutta la città, alla fine Peter sconfigge Harry e lo tramortisce involontariamente, prima di portarlo in ospedale per riprendersi. Nel frattempo, un detenuto fuggito di nome Flint Marko cerca di scappare dalla polizia e cade in una zona piena di sabbia, dove degli scienziati stanno facendo esperimenti sulle particelle che fondono Marko con la sabbia stessa, trasformandolo nell'Uomo Sabbia. Si scopre anche da alcune indagini della polizia che Marko è in realtà il vero assassino dello zio Ben, cosa che lascia Peter sconvolto. Il giorno seguente, Spider-Man sventa di nuovo i piani dei Dinamitardi, che hanno piazzato bombe in tutto il distretto finanziario e hanno attaccato anche una centrale nucleare, e scopre che il loro leader è Luke Carlyle, uno degli uomini d'affari più ricchi di New York. Dopo questi fallimenti, i Dinamitardi effettuano un attacco finale al Daily Bugle, rapendo J. Jonah Jameson, ma Spidey è in grado di disarmare le bombe piazzate nel giornale e quindi insegue il loro elicottero per salvare Jameson. Dopo averlo portato in salvo, Spider-Man combatte e riesce a distruggere il velivolo, ma Carlyle e i suoi uomini fuggono.
Allo stesso tempo, Spider-Man inizia a lavorare con la detective Jean DeWolff, che gli chiede aiuto contro alcuni corrieri di armi e poliziotti corrotti in cambio di informazioni sul caso del dinamitardo pazzo, su cui anche lei sta indagando. Spidey scatta foto di alcuni affari sporchi per DeWolff e la salva persino da alcuni poliziotti corrotti che tentano di ucciderla chiudendola in un'auto per gettarla in mare. Alla fine diventano amici, anche se DeWolff lo nega. Nel frattempo Mac Gargan, alias lo Scorpione, l'ex soggetto di un esperimento militare fallito che lo ha lasciato con una coda di scorpione meccanica non rimovibile (e che Spider-Man aveva precedentemente incontrato in una stazione della metropolitana anni fa durante il primo capitolo, prima che fuggisse), viene coinvolto in un esperimento dal Dr. Stillwell, uno scienziato a capo della società scientifica MechaBioCon (MBC). Questi mente a Gargan, dicendogli che lo avrebbe aiutato a rimuovere la coda, e invece sfrutta solo le sue abilità per i suoi scopi. Stillwell fornisce anche a Scorpione un'armatura che potenzia le sue abilità e, per assicurarsi che soddisfi le sue esigenze, crea anche un dispositivo di controllo mentale, che viene installato nel casco e può essere attivato a distanza in qualsiasi momento. Dopo che Stillwell ha spedito Scorpione sotto controllo mentale a liberare Rhino (altro supercriminale che Spider-Man aveva già combattuto un anno prima) da un furgone della polizia, Spider-Man assiste alla fuga di quest'ultimo e vede Gargan ferito che viene prelevato da un furgone MBC, venendo così a conoscenza dell'esistenza della società. Spider-Man in seguito decide di indagare sulla MBC e di saperne di più sul suo coinvolgimento con Scorpione, quindi si infiltra nella loro sede off-shore. Una volta lì, Spider-Man si fa strada attraverso tutti i robot di sicurezza e le guardie, e alla fine si imbatte in uno scienziato, il Dr. Andrews; costui ha davvero preso a cuore Gargan e rivela a Spider-Man che lo stanno trattenendo altrove, presso la sede centrale della MBC a Manhattan. Dopo essere scappato a fatica dal posto, Spider-Man ritorna in città e si infiltra nella sede centrale per trovare e salvare Gargan. Dopo essersi nuovamente fatto strada tra le guardie e i sistemi di sicurezza, Spider-Man trova finalmente Scorpione, ma Stillwell attiva il dispositivo di controllo mentale e lo scatena per ucciderlo. Il tessiragnatele ha un breve combattimento con Gargan prima che riesca a scappare in città, ma Spider-Man lo insegue fino a un ponte, dove distrugge i satelliti che alimentano il dispositivo, liberando Scorpione dal controllo mentale. Gargan ringrazia Spider-Man per il suo aiuto e inizia a pianificare la sua vendetta sulla MBC, mentre l'eroe torna a casa.
Quella notte, dopo che Peter si è addormentato sfinito col costume addosso, il simbionte che si era portato fin dentro l'appartamento si avvicina a lui e lo avvolge completamente; risvegliandosi all'aperto nel cuore della città, il giovane si ritrova con un nuovissimo costume nero. Questa nuova tuta simbiotica aumenta considerevolmente la sua forza e agilità, ma si scoprirà in seguito che rende Spider-Man più aggressivo e meno propenso a comportarsi da eroe. Mentre è colpito dalla natura del simbionte, Peter individua l'Uomo Sabbia che ha appena rapinato una banca, e lo insegue nella metropolitana, combattendo contro di lui fin nelle fogne. Spider-Man riesce a sconfiggere Marko, ma il simbionte condiziona Peter e lo spinge a spazzarlo via violentemente con l'acqua di un condotto, apparentemente uccidendolo. Il giorno seguente, al Bugle, a Peter e ad Eddie viene assegnato lo stesso incarico: immortalare Spider-Man che ruba qualcosa per screditarlo, e chi lo fa per primo ottiene una promozione. Brock tenta di imbrogliare pagando qualcuno che si travesta da Spider-Man e simuli un reato, riuscendogli in maniera oltremodo maldestra, ma appare il vero Spider-Man, che influenzato dal costume nero rompe la telecamera di Brock e lo aggredisce. Brock allora gli dice di avere installato più macchine fotografiche che hanno immortalato il suo gesto, ma Spider-Man le trova tutte, le distrugge e si dilegua, mentre il fotografo giura vendetta.
Spider-Man ritorna poi nelle fogne per continuare a cercare Lizard, e si imbatte in Kraven il Cacciatore e la sua compagna Calypso, che stanno dando la caccia a Lizard considerandolo un trofeo esemplare, e per questo hanno già ucciso numerose altre lucertole che si trovavano sulla loro strada. Proprio mentre Kraven ha catturato Lizard e si prepara ad ucciderlo, Spider-Man interviene e combatte contro di lui, che usa varie pozioni magiche fornitegli da Calypso mentre Lizard scappa; quest'ultimo viene però rapidamente messo alle strette dalla donna, che usa una delle sue pozioni per trasformarlo in una mostruosa lucertola colossale nel tentativo di renderlo un avversario più degno. Dopo aver sconfitto Kraven, che riesce a fuggire, Spider-Man continua a inseguire Lizard e alla fine viene costretto ad affrontarlo in una pericolosa battaglia. Spider-Man sconfigge il Lizard gigante, che ritorna ad essere il Dr. Connors, e lo porta in ospedale; tuttavia, dopo il violento scontro, Spider-Man rimane preoccupato dall'eccesso di violenza che il costume nero gli ha fatto scatenare.
Qualche tempo dopo, Spider-Man sventa ancora una volta i piani delle Dolcezze all'Arsenico, che hanno cercato di rubare alcuni gioielli da un museo e in seguito hanno costretto un uomo innocente a sposare la loro leader. Tornando al Daily Bugle, Peter riceve un nuovo incarico: scattare foto del discorso della polizia in tribunale sulla guerra alle gang recentemente vinta e sull'arresto dei leader delle tre bande. Peter si reca in tribunale e scatta le foto, ma poi nota Wilson Fisk, alias Kingpin, il boss del crimine di New York, che aveva segretamente assunto tutte e tre le bande. Kingpin interrompe il discorso e libera i tre leader della banda, prima di andarsene con loro nel caos che ne deriva. Dopo aver sconfitto gli scagnozzi di Kingpin in tribunale, Peter torna al Bugle e dà le foto che ha fatto a Robbie, che poi gli dice dove trovare Fisk. La sera stessa, Spider-Man affronta Kingpin nel suo rifugio, dove sconfigge di nuovo tutti i suoi sicari, così come i tre leader delle bande che erano presenti, prima di combattere contro Kingpin stesso. Spider-Man riesce a sconfiggerlo, ma il simbionte lo condiziona ancora una volta e così lancia violentemente Kingpin fuori da una finestra, apparentemente uccidendo anche lui; questo fa capire definitivamente a Spider-Man che il costume nero ha un'influenza negativa sul suo comportamento, anche se lui non se ne è ancora sbarazzato.