__NOTOC__ La seconda stagione della serie animata Gli Abissi è stata interamente pubblicata a livello internazionale nel 2017 e in Italia nel 2018.
nº Titolo originale Titolo italiano Data USA Data Italia1 (27)From The StarsDalle stelle8 gennaio 20182 (28)The Baltic Sea AnomalyL'anomalia del Baltico12 settembre 20179 gennaio 20183 (29)MermaidsLe sirene19 settembre 201710 gennaio 20184 (30)Treacherous WatersAcque infide26 settembre 201711 gennaio 20185 (31)Kenji's MonsterIl mostro di Kenji3 ottobre 201712 gennaio 20186 (32)Finn Comes AboardArriva Finn10 ottobre 201715 gennaio 20187 (33)Beware The SentinelsAttenti alle guardie17 ottobre 201716 gennaio 20188 (34)Hidden SecretsSegreti nascosti7 novembre 201717 gennaio 20189 (35)The MazeIl labirinto14 novembre 201718 gennaio 201810 (36)Whale Of A TaleLa balena19 gennaio 201811 (37)The MissingTutti spariti12 (38)Thunder And LightningTuoni e fulmini22 gennaio 201813 (39)The GatesLe porte23 gennaio 2018
Dalle stelle Ant scopre come funziona l'Ephemycron, ma ancora non sembra mostrare una via chiara per Lemuria. Un satellite dell'Autorità Mondiale degli Oceani si schianta nell'oceano e i Nekton hanno il compito di recuperarlo. Tuttavia, incontrano presto un nuovo avversario, Alpheus Benthos, che ha fatto precipitare il satellite per rubare i dati memorizzati a bordo. Scoprono presto che il satellite sta per esplodere e devono capire come portarlo il più lontano possibile prima che accada.
L'anomalia del Baltico Seguendo un simbolo indicata sulla mappa dell'Ephemycron, i Nekton esplorano l'anomalia del Mar Baltico, ma così facendo disturbano un'enorme colonia di gamberetti mantide che vive al suo interno, la quale attacca gli Aronnax.
Le sirene Mentre testa il nuovo Mimic Knight, Fontaine si finge una sirena per fare uno scherzo ad Ant. Prima che riesca a risolvere i problemi del Knight con il Professor Fiction, il capitano Hammerhead cattura lei e Fiction. Quindi costringe Fiction a costruire un Super Knight usando i rottami dell'Orca Nera, così da poter recuperare qualcosa da un sottomarino affondato. Fontaine si offre di recuperarlo al suo posto e (a causa di problemi con il Super Knight) Hammerhead accetta. Quando il tesoro torna indietro, si rivela essere una foto di Mad Madeline e sua madre vestite da sirene per il primo compleanno di Madeline, che Hammerhead voleva come regalo di compleanno per lei.
Acque infide I Nekton e l'Aronnax sono intrappolati in una strana area nel Triangolo delle Bermuda, dove lo spazio e il tempo sono distorti e dove tardigradi grandi come elefanti sono le uniche creature viventi, e all'esterno regna apparentemente il vuoto assoluto, che rende l'Aronnax immobile. Scoprono presto che l'ambiente farà a pezzi l'Aronnax se non scappano rapidamente, e Ant escogita una strategia di fuga guidata dai pesci per fuggire. Tuttavia, Alpheus e Proteus li seguono, rendendo la fuga ancora più complicata.
Il mostro di Kenji Uno strano mostro si sta dirigendo verso l'isola in cui vive Kenji e i Nekton vanno ad investigare. Con loro somma sorpresa, si trovano davanti un gigantesco Kaiju, che non riescono a fermare. I Nekton raggiungono Kenj, che rivela loro che il Kaiju è in realtà un gigantesco robot creato quando lavorava nel cinema. Poiché il robot sta seguendo la sua programmazione originale, i Nekton e Kenji devono trovare un modo per fermarlo prima che distrugga la grotta dei paguri giganti.
Arriva Finn Quando Finn sale a bordo dell'Aronnax con una mappa del tesoro, i Nekton sono sospettosi, ma presto si scopre che stava cercando di impedire a suo padre di cadere vittima di una maledizione. La maledizione si rivela presto reale, poiché il tesoro era ricoperto da una specie di tossina di aconito, e Will si ammala gravemente. Trovano un antidoto per salvare Will e poi riportano Finn all'Orca Nera.
Attenti alle guardie Mentre fotografa una barriera corallina, Kaiko trova un'antica tomba sommerso dal quale però non esce. Will, Ant e Fontaine partono a cercarla. Presto scoprono che la tomba è sorvegliata da un branco di velenosi pesci pietra. Quando i Nekton rimangono tutti e quattro intrappolati nel tempio, Ant scopre che essere il più piccolo dei Nekton ha i suoi vantaggi, permettendogli di fuggire e salvare la sua famiglia.
Segreti nascosti Il rover impazzisce e, mentre Will e Kaiko affrontano la situazione, Alpheus abborda l'Aronnax con un attacco ostile e porta Ant a bordo del suo sottomarino. Fontaine cerca di intrufolarsi per salvare Ant, ma viene catturata con l'Ephemycron, che aveva preso dall'Aronnax. Alpheus attiva con successo l'Ephemycron e Proteus rivela di essere un discendente della famiglia reale di Lemur, ma dopo una discussione con Proteus, Alpheus lo espelle dal sottomarino. Nella confusione, Ant e Fontaine fuggono con l'Ephemycron e tornano all'Aronnax.
Il labirinto I Nekton indagano su uno strano simbolo presente nella mappa dell'Ephemycron e trovano uno strano labirinto sommerso. Scoprono che il labirinto è in realtà una combinazione di pareti mobili, pareti fisse e ologrammi proiettati da sfere bioluminescenti. Giunti al centro, scoprono che il labirinto ha uno scopo: trattenere due minotauri, e devono fuggire sia dal labirinto che dai minotauri.
La balena Devil Daniels sta dando la caccia ad una balena bianca più grande del normale e i Nekton parto per salvarla. Notando le caratteristiche fisiche della balena, Ant scopre che si tratta in realtà di Moby Dick, la mitica balena bianca descritta da Herman Melville nell'omonimo romanzo. Anche Devil lo scopre e decide di catturarlo per un'attrazione nel suo parco a tema. Nonostante gli sforzi dei Nekton, ci riesce, e i Nekton devono liberare Moby Dick prima che il parco apra la mattina successiva.
Tutti spariti In seguito a una chiazza di petrolio, i Nekton trovano l'Orca Nera e scoprono che i pirati si nascondono dai "fantasmi". Scoprono che i "fantasmi" sono delle piccole anguille lunghe un metro. L'arrivo della madre anguilla, molto più grande, complica ulteriormente la situazione e devono riportarle le anguille prima che distrugga l'Orca Nera.
Tuoni e fulmini Nereus chiede aiuto ai Nekton per risolvere il mistero dei fulmini del Catatumbo, una tempesta di fulmini lungo le coste del Venezuela che si genera da migliaia di anni, che però si sta espandendo rapidamente. Scoprono che è la tempesta è alimentata da un Monumentul, in questo caso una torpedine gigantesca, che disattiva l'energia dell'Aronnax. Devono ripristinare l'energia dell'Aronnax prima che cada sul Munumentul e lo risvegli.
Le porte Alpheus contatta i Nekton e gli avvisa che ha finalmente trovato Lemuria, dopodiché attacca l'Aronnax e ruba l'Ephemycron. I Nekton si lanciano all'Inseguimento fino a raggiungere una gigantesca porta sigillata, la cui chiave sembra essere l'Ephemycron. Quando Alpheus apre la porta con l'Ephemycron, scoprono che all'interno c'è il Terrore, il più grande e pericoloso dei Monumentul, che si rivela essere il kraken. Ma Ant riesce a recuperare l'Ephemycrone a chiudere la porta prima che il Terrore si liberi. Mentre Alpheus scappa, sulla parete appare lo stemma della famiglia Nekton e anche il simbolo dello scettro di Dorieas (l'ultima regina di Lemuria), che ha il potere di controllare tutti i Monumentu, compreso il Terrore. Quando Nereus rivela ai Nekton che essi discendono proprio dalla famiglia reale di Lemuria, la famiglia diventa ancora più determinata a trovare la città perduta, dove è custodito lo scettro.