Ha allenato le nazionali femminili di , e

Carriera Nielsen, la cui carriera di calciatore è ben presto interrotta a causa di un grave infortunio alla schiena, decide di intraprendere il percorso per ottenere l'abilitazione ad allenare squadre di calcio. Per oltre 15 anni allena per le squadre di club, responsabile tecnico nel FC København/KB dal 1995 al 2000, per passare poi al AaB Fodbold (2001-2002), (2002), AB (2003-2007) e (2008-2011).

Nel 2012 la federazione calcistica della Danimarca (DBU) gli affida la panchina della nazionale danese under 18, incarico che mantiene fino all'anno seguente quando rileva il dimissionario Kenneth Heiner-Møller alla guida della nazionale maggiore femminile. La sua esperienza con il calcio femminile inizia con le qualificazioni al campionato mondiale di Canada 2015, con la Danimarca che inserita nel gruppo 3 si classifica al terzo posto fallendo il traguardo. Nel frattempo la squadra viene invitata alle edizioni 2014 e 2015 dell'Algarve Cup, dove la nazionale danese raggiunge in entrambe le occasioni il sesto posto.

Nella seconda parte del 2015 inizia il percorso che porterà alla qualificazione all'Europeo dei Paesi Bassi 2017. Inserita nel gruppo 4, si classifica al secondo posto dietro alla accedendo alla fase finale mentre invitata nuovamente all'Algarve Cup la squadra si classifica al settimo posto nell'edizione 2016 e al terzo in quella 2017.

Nella fase finale dell'Europeo olandese la Danimarca si rivela un outsider, superando al secondo posto il gruppo A dietro ai , battendo ai quarti di finale per 2-1 le campionesse in carica della , in semifinale l'altra rivelazione del torneo, l', superata solo ai tiri di rigore, e venendo sconfitta dai Paesi Bassi in finale per 4-2, miglior risultato ottenuto dalla nazionale danese femminile nel torneo fino a quel momento. La prestazione gli procura una nomination come migliore allenatore di calcio femminile del mondo nello stesso anno. Tuttavia tre settimane più tardi decide di lasciare la responsabilità della nazionale femminile. Il bilancio della nazionale danese con Nielsen alla sua conduzione tecnica è di 26 vittorie su 57 incontri disputati, a cui si aggiungono 12 pareggi e 19 sconfitte, con 116 reti realizzate e 69 subite..

Nel 2018 decide di accettare la proposta della Federcalcio cinese per l'incarico di vice allenatore della formazione nazionale under 20 femminile, squadra che dopo aver conquistato l'accesso al mondiale di Francia 2018 di categoria viene eliminata dopo la fase a gironi dopo una vittoria, un pareggio e una sconfitta.

Dal 30 gennaio 2019 assume l'incarico di commissario tecnico della nazionale femminile di calcio della Svizzera, rilevando Martina Voss-Tecklenburg che aveva da tempo annunciato di trasferirsi alla Federcalcio tedesca, dirigendo la squadra nella sua prima partita ufficiale sulla panchina delle rossocrociate all'Algarve Cup 2019. Nielsen, che inizialmente era sotto contratto fino al dicembre 2021, nel giugno 2020 decide per un prolungamento del contratto al 31 dicembre 2022, che nel caso dell'avvenuto accesso all'europeo di Inghilterra 2022, inizialmente previsto per il 2021 ma poi slittato di un anno per le restrizioni dovute alla pandemia di COVID-19, si prolungherebbe anche in vista delle future qualificazioni al mondiale di Australia e Nuova Zelanda 2023.

Il 4 maggio 2023 è stato nominato direttore sportivo della squadra femminile del , ruolo ricoperto nel corso della stagione 2023-24.

Il 12 dicembre 2024 venne nominato commissario tecnico della nazionale femminile del Giappone, primo allenatore non giapponese nella storia della nazionale. Subito impegnato nella SheBelieves Cup 2025, guidò la nazionale nipponica al primo successo nel torneo, con tre vittorie contro , e . Nel 2026 guidò la squadra alla conquista della terza Coppa d'Asia, vincendo tutte le partite dalla fase a gironi fino alla finale contro l'Australia. Il 2 aprile successivo lasciò il ruolo poco prima della scadenza del contratto con la federazione giapponese, che non aveva proposto il rinnovo del contratto.

Palmarès Nazionale

Giappone: 2025

Giappone: 2026

Note

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