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L'undicesima stagione della serie televisiva Bones è stata trasmessa in prima visione assoluta negli Stati Uniti d'America da Fox dal 1º ottobre 2015 al 21 luglio 2016. Il quinto episodio della stagione costituisce la prima parte di un crossover con la serie Sleepy Hollow e si conclude nel quinto episodio della terza stagione di quest'ultima.

In Italia la stagione è stata trasmessa in prima visione assoluta su TOP Crime dal 22 settembre al 1º dicembre 2016.

nº Titolo originale Titolo italiano Prima TV USA Prima TV Italia 1 The Loyalty in the Lie Somiglianze 1º ottobre 2015 22 settembre 2016 2 The Brother in the Basement Ritorno al Jeffersonian 8 ottobre 2015 3 The Donor in the Drink Le ceneri scomparse 15 ottobre 2015 29 settembre 2016 4 The Carpals in the Coy-Wolves Il pasto dei lupi 22 ottobre 2015 5 The Resurrection in the Remains Esperimenti mortali 29 ottobre 2015 6 ottobre 2016 6 The Senator in the Street Sweeper Il senatore nella spazzatura 5 novembre 2015 7 The Promise in the Palace La scimmia ubriaca 12 novembre 2015 13 ottobre 2016 8 High Treason in the Holiday Season Alto tradimento 19 novembre 2015 9 The Cowboy in the Contest Cowboy contemporanei 10 dicembre 2015 20 ottobre 2016 10 The Doom in the Boom Un'esplosione di paura 11 The Death in the Defense Difesa d'ufficio 14 aprile 2016 27 ottobre 2016 12 The Murder of the Meninist Superstizioni sessiste 21 aprile 2016 13 The Monster in the Closet La madre ideale 28 aprile 2016 3 novembre 2016 14 The Last Shot at a Second Chance Una seconda occasione 5 maggio 2016 15 The Fight in the Fixer Non tutto è come sembra 12 maggio 2016 10 novembre 2016 16 The Strike in the Chord Note stonate 19 maggio 2016 17 The Secret in the Service Servizi segreti 26 maggio 2016 17 novembre 2016 18 The Movie in the Making Il primo piano 2 giugno 2016 19 The Head in the Abutment Omicidio sul ghiaccio 16 giugno 2016 24 novembre 2016 20 The Stiff in the Cliff Il cadavere nel crepaccio 23 giugno 2016 21 The Jewel in the Crown I gioielli della corona 14 luglio 2016 1º dicembre 2016 22 The Nightmare Within the Nightmare Incubi 21 luglio 2016

Somiglianze Titolo originale: The Loyalty in the Lie Diretto da: Randy Zisk Scritto da: Jonathan Collier Trama Sono passati sei mesi da quando Booth e Brennan hanno lasciato i rispettivi lavori all'FBI e al Jeffersonian. Brennan ha dato alla luce il suo secondo bambino, chiamato Hank come il nonno di Booth, e ha scritto un nuovo romanzo, mentre Booth ora addestra le reclute dell'FBI. La squadra del Jeffersonian viene chiamata per un corpo bruciato all'interno di un furgone e inizialmente si pensa che si tratti di Booth quando la sua pistola viene trovata sulla scena e dopo aver esaminato i resti, che presentano segni di abusi infantili. Brennan, molto preoccupata, si precipita al Jeffersonian per occuparsi personalmente del riesame e scopre che il corpo non è di Booth. Inoltre manifesta il suo disappunto per la gestione del laboratorio in sua assenza (infatti il suo posto era stato preso da Arastoo e la percentuale di casi irrisolti è aumentata). L'agente Aubrey è costretto a lavorare con l'agente Grace Miller delle Indagini Interne che respinge l'idea della scomparsa di Booth e lo aggiunge alla lista dei sospetti per l'omicidio. Brennan conclude che il corpo è di Jared Booth, il fratello di Seeley. Aubrey e Miller fanno visita a Kevin O'Donnell, un caro amico di Jared, ma non collabora. Il team scopre che Booth e altri quattro stavano rintracciando Masbourian un signore della droga. L'FBI perquisisce la casa di quest'ultimo e trova tre uomini morti nell'ufficio principale e la cassaforte vuota. Arastoo ha comprato un anello per fare la proposta di matrimonio a Cam, ma vengono interrotti da Hodgins. Successivamente Angela conferma che Booth era presente sulla scena poiché molto del suo sangue è stato rinvenuto lì. Caroline scopre che l'agente Miller ha nascosto che anche il suo partner è scomparso e consiglia ad Aubrey di indagare. Booth cauterizza le proprie ferite e viene rivelato che sta lavorando con Kevin e gli altri e che hanno rubato i soldi dalla cassaforte per poterli scambiare.

Note. David Boreanaz, l'interprete di Seeley Booth, si era ammalato finendo in ospedale, perciò gli sceneggiatori si sono dovuti inventare la storyline della scomparsa del personaggio per permettergli di guarire completamente. La combinazione della cassaforte di Booth è 447, un numero ricorrente nel corso dell'intera serie e apparso, ad esempio, nel duecentesimo episodio, il cui significato verrà spiegato solo nell'ultimo episodio della serie.

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Ritorno al Jeffersonian Titolo originale: The Brother in the Basement Diretto da: Dwight Little Scritto da: Michael Peterson Trama In un flashback si vedono Booth, Kevin e altri due distruggere le prove e bruciare il furgone con il corpo di Jared all'interno. Booth insiste che deve essere lui a farlo. Nel presente, l'agente Miller ammette ad Aubrey e Caroline che il suo partner scomparso Richard aveva un elenco stampato di agenti sotto copertura dell'FBI. La squadra rinviene un dito mozzato della fidanzata di Richard, Chloe, che era trattenuta in cambio del riscatto per la lista, nel suo congelatore. Dopo aver recuperato le prove, la squadra scopre i corpi di Richard e Chloe. Al Jeffersonian arriva il dottor Benjamin Metzger, un analista forense digitale dell'FBI, per aiutare Angela. Tuttavia, le prove indicano che è stato proprio quest'ultimo a uccidere Richard e Chloe per ottenere l'elenco. Brennan si fa rivelare da Metzger la posizione di Booth. Nel magazzino in cui è nascosto, Booth continua a curare le proprie ferite mentre gli altri aspettano di vendere la lista per 2 milioni di dollari rubati dalla cassaforte in casa di Masbouriann. Kevin riceve un messaggio da Metzger che dice che Booth è dell'FBI e che si è unito al gruppo per evitare che la lista fosse divulgata quindi deve ucciderlo o l'affare salta; Kevin non vuole uccidere Booth, ma poi scoppia una colluttazione con gli altri due dove Kevin viene ucciso ma Booth riesce a sopraffarli. La squadra SWAT irrompe e Booth si riunisce con Brennan, scusandosi per non averle detto la verità. In ospedale, dopo aver subito un intervento, Brennan gli comunica che riprenderà il suo posto al Jeffersonian e gli dice che anche lui dovrebbe tornare all'FBI perché salvare vite è ciò che lui ha sempre voluto fare. Nel frattempo, Arastoo lascia Cam perché vuole andare avanti e non restare un tirocinante per sempre, perciò ha intenzione di cercare un altro impiego come capo antropologo forense altrove, e rimanere con lei significherebbe che dovrebbe seguirlo ovunque lo prenderanno e non vuole che lei ce l'abbia con lui per questo.

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Le ceneri scomparse Titolo originale: The Donor in the Drink Diretto da: Michael Lange Scritto da: Hilary Weisman Graham Trama Booth e Brennan tornano ai rispettivi lavori all'FBI e al Jeffersonian; indagano sulla morte di un uomo, identificato come Lloyd Nesbit, un inventore miliardario, trovato in un allevamento ittico e i cui organi sono stati asportati e venduti al mercato nero. Booth cerca di riadattarsi, anche se scopre che il suo ufficio è stato occupato da Aubrey, ed è frustrato poiché le ceneri di suo fratello sembrano scomparse. Nel frattempo, Hodgins incoraggia Angela a esporre le sue fotografie, e organizza una mostra al "Founding Fathers" a cui si presenta anche Sebastian Kohl, noto giornalista/fotografo che, ammirato, le consiglia di continuare a sviluppare il suo talento. Le indagini stabiliscono che a uccidere l'uomo con un pezzo di auto è stato il suo collaboratore, il quale ha anche venduto i suoi organi al mercato nero. Alla fine dell'episodio, Booth scopre che è stata la figlia a prendere la scatola contenente le ceneri di Jared, per usarla come scaletta per riuscire a entrare nella culla del fratellino.

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Il pasto dei lupi Titolo originale: The Carpals in the Coy-Wolves Diretto da: Randy Zisk Scritto da: Gene Hong Trama Un padre e un figlio a caccia scoprono un corpo smembrato e distrutto dai coyote in un bosco. La vittima era un agente immobiliare, ma anche un campione di "fanta football" americano, alle cui competizioni sembrano essere collegati molti sospettati. L'assassino si rivelerà essere l'amministratore di tali competizioni. Brennan chiede aiuto all'antropologa forense Beth Mayer, che fornisce diversi contributi al caso. Nel frattempo, Booth è infastidito dal fatto che la moglie abbia ucciso nel suo ultimo romanzo il suo alter ego letterario, l'Agente Speciale Andy Lister; il tirocinante Oliver Wells confida a Hodgins di soffrire di disfunzione erettile.

Altri interpreti: Betty White (dott.ssa Beth Mayer) Ascolti USA: telespettatori

Esperimenti mortali Titolo originale: The Resurrection in the Remains Diretto da: Chad Lowe Scritto da: Mary Trahan Trama Ad Halloween il team del Jeffersonian trova in una chiesa abbandonata il cadavere di una ragazza, una studentessa di medicina, sotto le assi del pavimento, e accanto a lei la tomba vecchia di 200 anni con il simbolo di una runa nordica inciso sopra; il simbolo raffigura un comandante delle forze britanniche della Guerra d'Indipendenza a cui manca la testa. Alla notizia della doppia scoperta, arrivano da Westchester l'Agente dell'FBI Abbie Mills e Ichabod Crane. Una volta ritrovata la testa mancante, gli esami rivelano che è lo strumento utilizzato dal fidanzato della ragazza per ucciderla.

Altri interpreti: Nicole Beharie (Abbie Mills), Tom Mison (Ichabod Crane) Note. L'indagine si conclude nell'episodio intitolato Gli zombie non parlano della terza stagione di Sleepy Hollow che vede la partecipazione, in qualità di special guest stars, di Emily Deschanel (Temperance Brennan) e David Boreanaz (Seeley Booth).

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Il senatore nella spazzatura Titolo originale: The Senator in the Street Sweeper Diretto da: Steve Robin Scritto da: Emily Silver Trama Nella spazzatura viene trovato il corpo di un Senatore; il caso conduce Booth e Brennan fino a Capitol Hill. Tra i sospettati ci sono la moglie della vittima e il capogruppo di maggioranza. L'assassino si rivelerà essere l'assistente del Senatore, che era anche l'amante della moglie. Caroline fa eseguire ad Aubrey un controllo sui precedenti della tirocinante Jessica Warren, da cui viene fuori che all'università lei si era unita a Greenpeace ed era stata coinvolta nell'esplosione di un ordigno durante una protesta. Dopo qualche tentennamento lui accetta il suo passato perché l'ha resa la persona che è oggi, e alla fine la porta a cena fuori: sembra che tra i due stia nascendo più di un'amicizia. Inoltre, Aubrey informa Booth delle sue ambizioni politiche in futuro.

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La scimmia ubriaca Titolo originale: The Promise in the Palace Diretto da: Jeannot Szwarc Scritto da: Joe Hortua Trama Alcuni ciclisti trovano nei boschi il corpo di una vittima, che si scopre essere una prestigiatrice. Booth e Brennan indagano al Magic Palace, il luogo in cui lavorava la vittima e vari sospetti riconducono all'interno della comunità di prestigiatori. Nel frattempo, Sebastian Kohl torna a lavorare con Angela sulla sua fotografia e in seguito chiede a Cam di uscire, ma lei non è sicura di essere pronta per una relazione dopo la sua rottura con Arastoo. Si scopre che l'assassino è proprio il proprietario del Magic Palace che aveva presa sotto la sua ala la vittima, ma quando aveva scoperto che la donna se ne voleva andare, aveva perso la testa strangolandola con un lucchetto. Alla fine Cam cerca di andare avanti accettando l'invito di Sebastian.

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Alto tradimento Titolo originale: High Treason in the Holiday Season Diretto da: Anne Renton Scritto da: Jon Cowan Trama