A TNMplot egy nyílt hozzáférésű, webalapú bioinformatikai eszköz, amely a gének expressziós szintjeinek összehasonlítását teszi lehetővé normál, primer daganatos és áttéti minták között. A szolgáltatás célja, hogy interaktív, közérthető felületet biztosítson a daganatok molekuláris jellemzésére, klinikai biomarkerek azonosítására, valamint kutatási hipotézisek generálására nagy léptékű transzkriptomikai adatok alapján.
Háttér A TNMplot platformot Bartha Áron és Győrffy Balázs fejlesztette ki. A szolgáltatás elsőként 2021-ben jelent meg tudományos publikáció formájában. A platform fejlesztésének egyik fő motivációja az volt, hogy egységes és gyors elemzést tegyen lehetővé a nagy volumenű nyilvános adatbázisok (pl. TCGA, GTEx, TARGET) integrálásával.
Működés és funkciók A TNMplot lehetőséget nyújt egyedi gének vagy génlisták elemzésére, vizsgálva azok expressziós mintázatait különböző szöveti állapotokban. Az eszköz az alábbi vizualizációkat kínálja:
Boxplot: a génexpresszió összehasonlítása normál, daganatos és áttéti mintákban, Kaplan–Meier görbék: túlélési analízis és prognosztikai információ, ROC-görbék: diagnosztikai teljesítmény értékelése (area under the curve), Violin plot: az expressziós eloszlások szemléltetésére, Barplot és heatmap: génlisták expressziós mintázatainak megjelenítésére.
Az alkalmazott statisztikai tesztek között szerepel a t-próba, Mann–Whitney U-teszt, log-rank teszt és AUC kalkuláció. Az elemzésekhez tartozó p-értékek és konfidenciaintervallumok automatikusan megjelennek, és az eredmények képként és táblázatként is letölthetők.
Az adatbázis több mint 60 szövettípus expressziós adatait tartalmazza, összesen közel 56 000 minta alapján. A platform automatikusan felismeri a kiválasztott gén elérhetőségét és az adott szövetekben történő expresszióját, lehetővé téve a gyors validációt és kutatási hipotézisek tesztelését.
Tudományos alkalmazás A TNMplot platformot számos tudományos publikáció idézi és használja különféle daganattípusok elemzése során. Példák az alkalmazási területekre:
Kolorektális daganatok biomarker-elemzése, Májrák differenciáldiagnosztikai vizsgálata, Húgyhólyagrák expressziós profilozása, Tripla negatív emlődaganatok altípusainak vizsgálata, Tumorspecifikus expressziós eltérések detektálása és túléléshez való kapcsolódásuk vizsgálata.
A platform különösen hasznos preklinikai kutatásokban, valamint korai biomarker-jelöltek szűrésére.
Jegyzetek
További információk TNMplot – hivatalos weboldal
Kategória:Bioinformatika