2. liga NS Ludbreg u sezoni 1998./99. bila je nogometna liga trećeg stupnja na području Varaždinske županije te liga šestog stupnja nogometnog prvenstva Hrvatske. Liga se sastojala od 8 klubova. Prvak je bio "Mladost" iz Svetog Petra.
Ljestvica mj. klub ut. pob. ner. por. gol+ gol- bod1. Mladost Sveti Petar 21 16 1 4 67 28 492. Mladost Sigetec 21 15 2 4 81 27 473. Mladost Šemovec 20 13 2 5 60 28 414. Ajax Komarnica 21 12 1 8 61 53 375. Poljanec 20 9 1 10 69 60 286. Novakovec 21 8 0 13 51 63 247. Podravka Struga 21 6 1 14 46 80 198. Gora Globočec 21 0 0 21 23 127 0 (-1)
Izvori Franjo Vrtulek: Nogomet u ludbreškom kraju, Ludbreg, 1999.
1998-99 Ludbreg-2