Iako je vrh Katoličke Crkve u Hrvatskoj nakon osnivanja NDH izrazio novim vlastima lojalnost i podršku, te zadovoljstvo zbog stvaranja hrvatske države, ubrzo su uslijedili i kritički istupi. Protiv politike kolektivne odmazde i proizvoljnih progona i ubijanja u NDH (vidi članak: Srbi u NDH) odlučno je verbalno prosvjedovao nadbiskup Alojzije Stepinac. Slično su postupali i drugi biskupi i svećenici. (Vidi također članak Stepinac i Židovi.) Nasuprot tome, osim Svetozara Rittiga, nijedan drugi velikodostojnik Katoličke Crkve nije aktivno sudjelovao u antifašističkoj borbi niti poticao svoje stado na sudjelovanje u aktivnoj antifašističkoj pobuni (koja je bila u tijeku) protiv vlasti NDH.
Podrška stvaranju Nezavisne Države Hrvatske Vrhovi Katoličke Crkve bili su nezadovoljni položajem Crkve u Kraljevini Jugoslaviji. Ustavna načela o ravnopravnosti vjera često su bila izigravana u korist Srpske pravoslavne Crkve. Beogradske vlasti su s velikim nepovjerenjem gledale osobito na Crkvu u Hrvatskoj. Katolički tisak otvoreno je iskazivao nezadovoljstvo postojećim položajem Crkve i sve se izrazitije vezivao uz hrvatski nacionalni pokret, a postupno izražavao i sve veću naklonost politici potpune hrvatske nezavisnosti.
Nakon proglašenja NDH Stepinac je posjetio Slavka Kvaternika, a ubrzo potom i dr. Antu Pavelića. Crkva je redovno kontaktirala s onima koji stvarno imaju vlast na određenom području radi svoje pastoralne misije i zaštite vjernika. Ipak, vrh Katoličke Crkve u Hrvatskoj pozdravio je pojavu nove države, kako to nepobitno proizlazi iz poslanice nadbiskupa Stepinca, objavljene potkraj travnja 1941. Obraćajući se tom poslanicom katoličkim svećenicima u NDH, Stepinac im je uputio poziv na »uzvišeni rad oko čuvanja i unapređenja« hrvatske države. U nastavku nadbiskup kaže: »Mi vjerujemo i očekujemo da će Crkva u uskrsloj Državi Hrvatskoj moći u punoj slobodi naviještati neoborive principe vječne Istine i Pravde.«
Od ostalih visokih crkvenih dostojanstvenika naglašenu podršku NDH i poglavniku iskazivao je sarajevski (vrhbosanski) nadbiskup Ivan Šarić. U svom pozdravu Paveliću on je posebno istakao da je s osnutkom NDH Pavelić »donio slobodu i nezavisnost hrvatskom narodu Bosne i Hercegovine«. (Matković, str. 125-126) Kasnije je pisao da »nikada Katolička crkve nije bila toliko zaštićena i u svojim nastojanjima za širenje istine toliko zagarantirana« kao u doba NDH. (Zbornik "Ante Pavelić - 100 godina", Zagreb, 1995, str. 186)
U srpnju 1941, nakon prve konferencije katoličkih biskupa u NDH, delegacija na čelu sa Stepincem primljena je kod poglavnika. Stepinac je u pozdravnoj riječi izajvio da ga biskupi posjećuju »kao legitimni predstavnici Crkve Božje u NDH s obećanjem iskrene i lojalne suradnje za bolju budućnost naše domovine«. Takva je izjava kasnije bila protumačena kao otvorena podrška ustaškom režimu, premda je ona mogla značiti i samo iskazivanje korektnog odnosa Crkve prema novoj vlasti. (Matković, str. 126-127)
Crkva je imala dovoljno razloga da održava dobre odnose s novom državom, kao i obrnuto. Ustaški je vrh ulagao velike napore u dobivanje priznanja Vatikana, pa je Stepinac pomogao u uspostavi kontakata s papom Piom XII. Vatikan je međutim priznao NDH "de facto", ali ne i "de iure", jer je nastavio održavati vezu s izbjegličkom jugoslavenskom vladom u Londonu).
Prosvjedi zbog progona i pogroma Prosvjedi nadbiskupa Stepinca Dana 14. svibnja 1941. nadbiskup Alojzije Stepinac je poslao poglavniku Paveliću prosvjedno pismo: »Ovaj čas primio sam vijest, da su ustaše u Glini postrijeljali bez suda i istrage 260 Srba. Ja znam, da su Srbi počinili teških zločina u našoj domovini u ovih dvadeset godina vladanja. Ali smatram ipak svojom biskupskom dužnošću, da podignem svoj glas i kažem, da ovo po katoličkom moralu nije dozvoljeno, pa Vas molim, da poduzmete najhitnije mjere, na cijelom teritoriju Nezavisne Države Hrvatske, da se ne ubije nijedan Srbin, ako mu se ne dokaže krivnja radi koje je zaslužio smrt.« (Krišto 2, dokument br. 15, str. 39–40)
Vidi također neke citate u članku Stepinac i Židovi..
Povodom upućivanja "nearijevaca" u koncentracijske logore, Stepinac je 21. srpnja 1941. poslao poglavniku Paveliću dopis, koji je u historiografiji, publicistici i propagandi izazvao brojne kontroverze. Oni koji Stepinca osuđuju, navode ga kao dokaz licemjerja, s obzirom na to da samu ideju "sabirnih" logora ne dovodi u pitanje, te imajući u vidu masovne likvidacije koje su u to doba već u tijeku. No, moguće ga je shvatiti i kao dokaz istinske brige i pokušaja da se u danim okolnostima, gdje Crkva nema stvarnog utjecaja, barem malo ublaže ljudske patnje, uz laskanje onome tko ima vlast: »Pripominjem odmah, da sam uvjeren, da se ove pojave dešavaju bez Vašega znanja, a da će se jedva tko naći, koji će imati smjelosti, da Vas na njih upozori.«
»Čujem s više strana, da se tu i tamo nečovječno i okrutno postupa s nearijevcima prigodom deportiranja u sabirne logore, a i u samim tim logorima; što više, da od takva postupka nijesu izuzeta ni djeca, ni starci, ni bolesnici. Znadem, da među tima, koji se deportiraju, imade u novije vrijeme i katolika konvertita, pa mi je to više dužnost, da se za njih zauzmem. (…) odnosne mjere, koje se u tom smjeru provode, mogle bi se provoditi, a da postignu potpuni učinak, na humaniji i obzirniji način tako, da se u čovjeku zaista gleda čovjeka i sliku Božju. (…) Slobodan sam da spomenem i neke pojedinačne stvari u smjeru ublažavanja postupka: a) da se upućivanje u logore vrši na taj način, da im bude omogućeno da spreme najnužnije stvari, da mogu urediti svoje najhitnije obveze i prema obitelji i prema službi, b) da se otpremanje ne vrši u prenatrpanim plombiranim vagonima, naročito ne na udaljena mjesta, c) da se interniranima daje dovolja hrana, d) da se bolesnima omogući liječnička njega, e) da se dozvoli otpremanje najnužnije hrane i omogući dopisivanje s obitelji.« (Krišto 2, dokument br. 64, str. 77–78)
Postoje svjedočenja da se razmišljalo o uhićenju Stepinca, pa čak i atentat na njega. Vidi Vlasti NDH protiv Kaptola i Stepinca.
Alojzije Stepinac je u poznatoj propovijedi od 31. listopada 1943.g. u Mariji Bistrici kazao sljedeće:
"Odgovorit ćemo konačno i onima, koji nas optužuju, da smo pristaše rasizma, jer kao što vidite, katolička Crkva je u nečijim glavama za sve kriva. Mi smo svoje stanovište prema rasizmu definirali otkad rasizam postoji, a ne možda danas. A to stanovište je kratko i jasno. Katolička Crkva ne pozna rasa koje gospoduju i rasa koje robuju. Katolička Crkva pozna samo rase i narode kao tvorevine Božje, a ako koga više cijeni, to je onaj koji ima plemenitije srce, a ne jaču pesnicu. Za nju je čovjek jednako Crnac iz centralne Afrike, kao i Europejac. Za nju je kralj u kraljevskoj palači jednako kao i zadnji siromah i Ciganin pod šatorom. Ona među njima ne pozna bitne razlike kao čovjeka. Jedan i drugi imaju neumrlu dušu, jedan i drugi su istog kraljevskog podrijetla, vukući svoju lozu od Boga Stvoritelja. To je rasna nauka Katoličke Crkve, a sve drugo su obične podmetanja, za koju vrijedi riječ: "u laži su kratke noge"! Katolička Crkva ne može priznati, da bilo koja rasa ili narod, zato što je brojčano jači ili bolje oboružan, smije počinjati nasilja nad brojčano slabijim ili manjim narodom."Knjiga Esther Gitman:*" Kad hrabrost prevlada"
Sljedeći dokument njemačkog SS-a pokazuje da su i oni pozorno pratili Stepinčeve propovijedi, a sama propovijed od 31. listopada 1943.g. je okarakterizirana kao: "oštri napad dr. Stepinca protiv režima"
Prosvjedi drugih biskupa i svećenika Prosvjedovali su i drugi biskupi i svećenici. Mostarsko-duvanjski biskup Alojzije Mišić (inače franjevac) uputio je pismo Stepincu 18. kolovoza 1941., u kojem spominje pojave nasilja i bezakonja. (Krišto 2, dokument br. 82, str. 92–93)
U kasnijem pismu od 7. studenoga 1941. još je oštriji: »Postavljeni za stožernike i logornike zloupotrebili su položaj, iskoristili nastrane instinkte masa, podržali slabe ljudske strane, da je strahota, što je iz toga proizašlo. Suprut lijeka nigdje… Ljude se hvatalo ko zvjerinje. Klalo, ubijalo, žive u ponor bacalo. Ženske, majke s djecom, odrasle djevojke, djecu mušku i žensku bacali su u jame.« Navodi da je na taj način pobijeno tisuće "šizmatika" (tj. pravoslavaca). »Došlo je napokon i raseljavanje masa u Srbiju. Jauk, plač, žalost – bježanje na sve strane, čak i Mussoliniju u Rim otišla deputacija. (…) Posljedica bila nova talijanska okupacija Hercegovine. (…) Razumije se, razbježali se na sve strane stožernici, logornici i silnici, itd. Za silnike patila sirotinja.« (Krišto, 2, dokument br. 101, str. 108–109)
Za razliku od progona po nacionalnoj (Srbi, Romi) i vjerskoj osnovi, Katolička Crkva nikad nije organizirano ni pokušala pružiti zaštitu političkim protivnicima ustaškoga režima (npr. komunistima) niti pomoći u antifašističkoj borbi (dostavljanje hrane i pomoći borcima, pružanje zaštite, skrivanje i sl.). Stoga se može pretpostaviti da je Katolička Crkva bila protivnicom ustaškoga režima, ali ne i same Nezavisne Države Hrvatske.
Otpor prisilnom prijelazu u katoličanstvo (Napomena: Katolička Crkva ne koristi termin prekrštavanje, nego samo "prijelaz u katoličku vjeru" ili "konverzija", jer pravoslavci već jesu kršteni i Katolička ih crkva priznaje kao kršćane. Pogotovo ne pokrštavanje, jer pokrštavaju se pogani. O tome Krišto 3, str. 169)
NDH je odmah po uspostavi započela kampanju prisilnog prijelaza pravoslavnih u katoličku Crkvu. (Vidi članak Srbi u NDH.) S druge strane, mnogi Židovi tražili su spas od Holokausta u pokrštavanju (uglavnom uzalud, jer pogrom je provođen na rasnoj, a ne na vjerskoj osnovi, pa su pobijeni i ljudi koji su rođeni u kršćanskim obiteljima). Ovo je izazvalo ozbiljan institucionalni sukob s Rimokatoličkom crkvom.
Poglavnik Ante Pavelić je donio je 3. svibnja 1941. Zakonsku odredbu o prijelazu s jedne vjere na drugu, koja je bila usmjerena na sprječavanje takvih prelaza bez kontrole državnih organa. »Za valjanost prelaza potrebno je, da stranka, koja mijenja vjeru podnese pismenu prijavu upravnoj vlasti (…) i da dobije potvrdu o toj svojoj prijavi.« Također, uredba ukida sve dosadašnje zakonske propise o prijelazu s jedne vjere na drugu, a to znači i vjerske propise, što precizira i Uputa Ministarstva bogoštovlja i nastave od 27. svibnja 1941. (Krišto 2, dokument br. 32, str. 52). Suočeni s rasnim, nacionalnim i vjerskim progonima, mnogi su Židovi izrazili volju da se pokrste, a pravoslavci da prijeđu u Rimokatoličku Crkvu. To se pak, u slučaju pravoslavaca, na terenu obavljalo i prisilno. S druge strane, događalo se i to da pravoslavci prijete katoličkom svećeniku da ih što prije prevede u katoličku vjeru.
Crkva inzistira na svojim načelima o pristupu Crkvi to stvara osobite i složene probleme. Ona ne želi odustati od svojih pravila za prijelaz na katoličku vjeru, i ne želi prihvatiti državno miješanje u crkvenu nadležnost. U tom je smislu tijekom 1941. i Sveta Stolica slala upute. U svibnju 1941. Nadbiskupska kancelariju u Zagrebu šalje svećenstvu okružnicu, u kojoj upozorava da u tome treba postupati strogo po načelima Katoličke Crkve. »Pristup u Katoličku Crkvu može se dopustiti samo onim osobama, za koje postoji osvjedočenje, da to žele učiniti iskreno i s uvjerenjem o istinitosti naše svete vjere i o njenoj potrebi za spas duše.« Treba odbijati one »koji bi u Crkvu htjeli ući bez ispravnih motiva tražeći u njoj samo zaštitu svojih materijalnih interesa i egoističkih ciljeva«. (Krišto 2, dokument 16, str. 40–41) U praksi, župnicima u krajevima s većim brojem pravoslavnih bilo je nemoguće svakog posebno provjeravati i zahtijevati od biskupa dozvolu. Šibenski biskup dr. fra Jeronim Mileta u jednoj uputi od 13. lipnja 1941. ipak inzistira da tako treba činiti.