miniatura|300px|Exemplo dun pseudonó presente no compoñente de ARN da telomerase humana. A secuencia procede de Chen e Greider (2005) Chen JL, Greider CW. (2005). "Functional analysis of the pseudoknot structure in human telomerase RNA". Proc Natl Acad Sci USA 102(23): 8080–5.. miniatura|300px|Estrutura tridimensional dun pseudonó do ARN da telomerase humana. (A) modelo de variñas (B) esqueleto. Baseado en PDB - 1YMO PDB [http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1YMO Solution structure of the P2b-P3 pseudoknot from human telomerase RNA ].
Un pseudonó (pseudoknot, falso nó) é unha estrutura secundaria de ácido nucleico formada por polo menos dúas estruturas en talo-bucle (stem-loop) nas cales a metade dun talo está intercalada entre as dúas metades do outro talo. A estrutura en pseudonó foi primeiro recoñecida no virus do mosaico amarelo do nabo en 1982. Os pseudonós préganse en conformacións tridimensionais con forma de nó pero non son verdadeiros nós topolóxicos. Máis ben o que se observa neles é que parte dun bucle forma parte do talo do bucle adxacente, producíndose unha especie de solapamento (ver a figura).
Significado biolóxico Varios procesos biolóxicos importantes dependen de moléculas de ARN que forman estruturas en pseudonó. Por exemplo, o compoñente de ARN da telomerase contén un pseudonó que é esencial para a súa actividade. Varios virus utilizan unha estrutura en pseudonó para formar un motivo similar ao dos ARNt para infiltrarse na célula hóspede. A rexión pseudonó da ARNase P (un ribozima) é un dos elementos coa secuencia máis conservada na evolución. Os snoRNA de caixa H/ACA teñen unha secuencia de recoñecemento que forma pseudonós complexos co ARN obxectivo.
As moléculas de ARN con extensa estrutura terciaria a miúdo teñen considerables rexións pseudonó.
Predición e identificación A configuración estrutural dos pseudonós non facilita a súa detección biocomputacional debido á súa sensibilidade de contexto e natureza solapada. O emparellamento de bases nos pseudonós non está encadeada (nested); é dicir, os pares de bases solapan uns con outros na posición da secuencia. Isto fai que a presenza dos pseudonós nas secuencias de ARN sexa máis difícil de predicir polos métodos estándar máis utilizados como Mfold e Pfold, que non serven para predicir estruturas en pseudonó presentes nunha secuencia a estudar, e só poderán identificar o máis estable dos dous talos do pseudonó. É posible identificar unha determinada clase de pseudonós utilizando estes métodos baseados na programación dinámica, pero estes métodos non son exhaustivos e presentan diversas dificultades, como tamén a presentan os novos métodos baseados na gramática libre de contexto estocástica.Rivas E, Eddy S. (1999). "A dynamic programming algorithm for RNA structure prediction including pseudoknots". J Mol Biol 285(5): 2053–2068.Dirks, R.M. Pierce N.A. (2004) An algorithm for computing nucleic acid base-pairing probabilities including pseudoknots. "J Computation Chemistry". 25:1295-1304, 2004.Lyngsø RB, Pedersen CN. (2000). "RNA pseudoknot prediction in energy-based models". J Comput Biol 7(3–4): 409–427.Lyngsø, R. B. (2004). Complexity of pseudoknot prediction in simple models. Paper presented at the ICALP.
Pseudonó de rango longo miniatura|dereita|150 px|Estrutura secundaria dun pseudonó de rango longo. Un pseudonó de rango longo é un pseudonó que contén unha rexión bucle moi grande, e pode funcionar como un mecanismo de control transcricional.
Este tipo de pseudonós pénsase que regulan negativamente a expresión do operón IF3-L35-L20 de Escherichia coli. Este operón codifica o factor de tradución 3 (IF3) e as proteínas ribosómicas L35 e L20. Neste exemplo, a interacción ARN-ARN ocorre entre nucleótidos separados por unha rexión bucle de 300 nucleótidos. PMID 8861967
Tamén se cre que se require un pseudonó de rango longo para a actividade do ribozima VS de Neurospora. PMID 8654379
Notas
Véxase tamén Outros artigos Talo-bucle Secuencia palindrómica Repeticións invertidas
Categoría:Ácidos nucleicos Categoría:Xenética