miniatura|dereita|320 px|Bioko desde a costa camerunesa O actual territorio de Guinea Ecuatorial aséntase sobre medievais reinos tribais de escasa estruturación, sen dúbida xurdidos pola influencia da estruturas protoestatais máis avanzadas que se desenvolven contemporaneamente na zona (como o Reino Oyo ou o Reino do Congo), así o reino Benga da illa Mandj (logo chamada Corisco), o reino Bubi da illa de Bioko e as vilas-estado dos clans fang da parte continental.

Existe a posibilidade de que a zona do golfo de Guinea fose visitada por Hanón o Navegante, un xeneral cartaxinés que realizou unha viaxe bordeando as costas de África cara a finais do século VI a.C. ou comezos do século V a.C.

Dominio portugués (1471 - 1776) miniatura|250px|Mapa de 1729 mostrando a área xeográfica do golfo de Guinea onde se desenvolven as culturas bubi, fang e benga, entre outrasForon navegantes portugueses os primeiros europeos que con certeza exploraron o golfo de Guinea en 1471. O portugués Fernão do Pó situou a illa de Bioko nos mapas europeos ese ano, buscando unha ruta cara á India, á que bautizou Formosa (con todo, foi pronto coñecida polo nome do seu descubridor).

Cara a 1493, don João II de Portugal proclamouse xunto ao resto de títulos reais como Señor de Guinea e o primeiro Señor de Corisco. Os portugueses colonizaron as illas de Bioko, Annobón e Corisco en 1494, que os converteron en postos para o tráfico de escravos.

En 1641 a holandesa Compañía das Indias estableceuse sen o consentimento portugués na illa de Bioko, centralizando desde alí temporalmente o comercio de escravos do golfo de Guinea, aínda que os portugueses volveron facer acto de presenza na illa en 1648, substituíndo a Compañía holandesa por unha propia Compañía de Corisco dedicada ao mesmo comercio, construíndo unha das primeiras edificacións europeas na illa, o forte de Punta Joko.

Portugal vendeu man de obra escrava desde Corisco con contratos especiais a Francia, a quen contratou ata 49.000 guineanos escravos, a España e a Inglaterra en 1713 e 1753, sendo os principais colaboradores neste comercio os bengas, que tiñan boas relacións coas autoridades coloniais europeas (quen á súa vez non interviñan na política interna do país, o que sen dúbida axudaba), e que tamén posuían un sistema económico escravista propio, sendo xeralmente os seus servidores particulares pamues e nvikos.

miniatura|250px|Mapa mostrando a repartición entre Portugal e España de 1777 As illas permaneceron en mans portuguesas ata marzo de 1778, tralos tratados de San Ildefonso (1777) e o Pardo (1778), polos que se cedían a España as illas, xunto con dereitos de libre comercio nun sector da costa do golfo de Guinea entre os ríos Níxer e Ogooué, a cambio da disputada colonia do Sacramento. A partir dese momento, Guinea Ecuatorial foi parte do vicerreinado do Río da Prata (fundado en 1776) ata a súa desmembramento definitivo coa revolución americana (1810)xa que a última preocupación da Primeira Xunta de Goberno en Bos Aires era asumir a responsabilidade política polo territorio de Guinea Ecuatorial, dado o cúmulo de problemas con que se enfrontaba e a falta dunha relación concreta entre Bos Aires e aquela rexión.

Dominio hispano-británico (1776 - 1845)

O primeiro vicerrei con asento en Bos Aires don Pedro de Cevallos organizou unha expedición marítima que debía saír desde Bos Aires e Montevideo a cargo do Conde Argelejo, brigadier dos Reais Exércitos, co cargo de recibir e tomar posesión de Guinea Ecuatorial de mans portuguesas en nome da coroa española e establecer o goberno das mesmas, suxeito á autoridade do Vicerreinado do Río da Prata. O 17 de abril de 1778 o Conde de Arjelejo, sae de Montevideo rumbo a Bioko, para tomar posesión dos territorios do golfo de Guinea en nome de España, pero morrerá catro meses máis tarde. O segundo gobernador será Fernando Primo de Rivera, que o foi circunstancialmente do 14 de novembro de 1778 ao 30 de outubro de 1780, momento no que a misión española decide regresar, desentendéndose de actuar no territorio e abandonando o establecemento de Concepción, primeiro e provisional centro administrativo.

Os británicos ocuparon a illa de Bioko entre 1827 e 1832 para loitar contra o tráfico de escravos fundando o establecemento de Port Clarence, posteriormente Santa Isabel e hoxe Malabo. En 1836 o navegante español José de Mouros, visita Annobón, gobernada a illa por Pedro Pomba. Os británicos tras a súa saída de Bioko regresan en 1840, atacando varias dependencias españolas na illa tras propor a compra da illa a España. Para afianzar os dereitos de España, envíase a expedición de Juan José Lerena y Barry, que en marzo de 1843 izou o pavillón español en Santa Isabel (actual Malabo), recibindo a submisión de varios xefes locais.

Tamén a illa de Corisco estableceu acordos con España en 1843, como resultado dun arranxo entre Juan José Lerena y Barry co rei benga, Bonkoro I, quen morreu en 1846.

Dominio español (1845 - 1968)

De 1845 a 1926

O 13 de setembro de 1845, faise pública a Real Orde pola cal a Raíña Isabel II autoriza o traslado á rexión a todos os negros e mulatos libres de Cuba que voluntariamente o desexen.

A partir de 1855 prodúcese unha axitada época de loitas intestinas entre os bengas pola cuestión das xefaturas locais, loitas que terminan en 1858 coa chegada do primeiro gobernador español, Carlos de Chacón e Michelena, que nomea tenente gobernador de Corisco a Munga I (enfrontado a Bonkoro II) en 1858, deixando, de 1859 a 1875 unha gornición española na illa que logo sería trasladada á illa de Elobey Chico; dentro desta política de intervencionismo en 1864 o gobernador Ayllón nomea ao Rei de Elobey Grande, Bodumba. O 20 de xuño de 1861, publícase a Real Orde pola que se converte a illa de Bioko en presidio español; en outubro do mesmo ano dítase a Real Orde pola que, ao non ofrecerse voluntariamente negros emancipados de Cuba para inmigrar a Guinea, disponse que de non presentarse voluntarios procédase ao embarque, sen o seu consentimento, de 260 negros cubanos, aos que se unirán posteriormente represaliados políticos. A rexión será amplamente explorada por Manuel de Iradier e Bulfy, a cargo de dúas expedicións (en 1875 e 1884) que tamén tería por misión acabar cos levantamentos de varias vilas-estado fang. Durante o período 1887-1897, varios representantes españois establecen relacións co rei Moka de Bioko, quen na segunda metade do s. XIX unifica a todos os clans bubi (seguiranlle Sas Ebuera entre 1899-1904 e Malabo entre 1904-1937, ano este último no que o rei é encarcerado polas autoridades españolas). A porción continental, Río Muni, converteuse en protectorado en 1885 e en colonia en 1900, ano no que un tratado asinado en París determinou os límites do territorio recoñecido a España. Pola súa banda creouse tamén a Colonia de Elobey, Annobón e Corisco.

Colonia de Guinea Española (1926 - 1959) Ambos os territorios (insular e continental) foron unidos en 1926 como a colonia de Guinea Española. Para esta época terminan de disolverse as estruturas previas tradicionais dos reinos tribais, consolidándose a administración de corte europeo importada polos españois.

Con todo, España carecía da riqueza e o interese necesarios para desenvolver unha infraestrutura económica importante durante a primeira metade do século XX. No entanto, España desenvolveu grandes plantacións de cacao na illa de Bioko con miles de traballadores nixerianos importados como braceiros.

Na década de 1930 permaneceu fiel á Segunda República española ata setembro de 1936 cando, iniciada xa a Guerra Civil española é tomada polos militares alzados.

Deputacións Provinciais da Rexión Ecuatorial Española (1959 - 1963) En 1959, os territorios españois do golfo de Guinea adquiriron o status de provincias españolas ultramarinas, similar ao das provincias metropolitanas. Pola Lei de 30 de xullo de 1959, adoptan oficialmente a denominación de Rexión Ecuatorial Española e organizouse en dúas provincias: Fernando Poo e Río Muni. Como tal rexión, foi rexida por un gobernador xeral exercendo todos os poderes civís e militares. As primeiras eleccións locais celebráronse en 1959, e elixíronse os primeiros procuradores en cortes ecuatoguineanos.

Comunidade Autónoma de Guinea Ecuatorial (1963 - 1968) O 15 de decembro de 1963, o Goberno español someteu a referendo entre a poboación destas dúas provincias, un proxecto de Bases sobre Autonomía, que foi aprobado por abafadora maioría. En consecuencia, estes territorios foron dotados de autonomía adoptando oficialmente o nome de Guinea Ecuatorial, con órganos comúns a todo o territorio (Asemblea Xeral, Consello de Goberno e Comisario Xeral) e organismos propios de cada provincia. Aínda que o comisionado xeral nomeado polo goberno español tiña amplos poderes, a Asemblea Xeral de Guinea Ecuatorial tiña considerable iniciativa para formular leis e regulacións.

En novembro de 1965, a IV Comisión da Asemblea da ONU, aprobou un proxecto de resolución no que se pedía a España que fixase canto antes a data para a independencia de Guinea Ecuatorial. En decembro de 1966 o Consello de Ministros do Goberno español acorda preparar a Conferencia Constitucional. En outubro de 1967 inaugurouse dita Conferencia, presidida por Fernando María Castiella, ministro español de Asuntos Exteriores; á fronte da delegación guineana figuraba Federico Ngomo.

Estado independente (1968 - actualidade) Proclamación da independencia (1968) En marzo de 1968, baixo a presión dos nacionalistas ecuatoguineanos e das Nacións Unidas, España anunciou que concedería a independencia. Formouse unha convención constituínte que produciu unha lei electoral e un borrador de constitución. Terminada a segunda fase da Conferencia Constitucional, (17 de abril - 22 de xuño de 1968) levou a cabo a consulta. O referendo sobre a constitución produciuse o 11 de agosto de 1968, baixo a supervisión dun equipo de observadores das Nacións Unidas. Un 63% do electorado votou a favor da constitución, que prevía un goberno cunha Asemblea Xeral e un Tribunal Supremo con xuíces nomeados polo presidente.

O 22 de setembro celebráronse as primeiras eleccións presidenciais e ningún dos catro candidatos obtivo maioría absoluta. Unha semana despois foi elixido presidente de Guinea Ecuatorial Francisco Macías Nguema; o seu inmediato seguidor na elección foi Bonifacio Ondó Edu.

En setembro de 1968, Francisco Macías Nguema foi elixido primeiro presidente de Guinea Ecuatorial co apoio de movementos nacionalistas como o IPGE (Idea Popular de Guinea Ecuatorial), parte do MONALIGE (Movemento Nacionalista de Liberación de Guinea Ecuatorial) e o MUNGE (Movemento de Unión Nacional de Guinea Ecuatorial). A independencia proclamouse o 12 de outubro de 1968, adoptando o nome de República de Guinea Ecuatorial. Esta foi admitida na Ou.N.U. como membro 126 da Organización.

A ditadura de Macías (1968 - 1979) Macías non tardou moito en concentrar na súa persoa todos os poderes do estado (en xullo de 1970 creou un réxime de partido único, o PUNT (Partido Único Nacional dos Traballadores); en maio de 1971 partes cruciais da constitución foron abrogadas; e en xullo de 1972 se autoproclamou presidente vitalicio).

En 1973 promulgou unha nova constitución (a segunda do país), realizada á súa medida, que creaba un estado unitario, anulando o status anterior de federación entre Fernando Poo e Río Muni. Levou a cabo unha represión implacable contra os seus opoñentes políticos. Por mor dos seus métodos ditatoriais, máis de 100.000 persoas escaparon a países veciños; polo menos 50.000 dos que permaneceron no país morreron, e outros 40.000 foron sentenciados a traballos forzados.