é o nome con que se coñece á segunda parte da historia de Naruto, o manga de Masashi Kishimoto. Esta denominación é a que se adoptou no anime, e equivale á segunda parte do manga. O seguinte texto que está abaixo é o argumento de cada manga pero non está dividido de acordo ao modo no que o manga avanza.
A acción comeza tras os dous anos e medio que o protagonista, Naruto Uzumaki, pasou adestrando co seu mestre Jiraiya. Nela reaparecen todos os personaxes da anterior serie pero con máis experiencia e forza. Ademais, a Organización Akatsuki entra definitivamente en acción, tras a súa breve aparición na parte anterior, e revélanse os seus obxectivos. O inimigo principal da parte anterior de Naruto, Orochimaru, estivo mentres tanto adestrando a Sasuke Uchiha, antigo compañeiro de Naruto, que abandonou voluntariamente a aldea para gañar forza grazas a este personaxe, e así poder tomar vinganza contra o seu irmán, Itachi Uchiha.
O regreso a Konoha Anime 1-2, Manga 245-247. Ao seu regreso á Aldea Oculta de Konoha, Naruto Uzumaki atopa de novo a todos os seus compañeiros, algúns máis cambiados que outros. Sakura Haruno estivo adestrando con Tsunade, e a parte da súa mellora en técnicas médicas, adquiriu esa forza descomunal e absurda que caracteriza á quinta Hokage, para horror de Naruto. O seu sensei, Kakashi Hatake somételles a unha proba para comprobar canto melloraron nestes anos. Curiosamente, é a mesma á que lles someteu ao comezo da súa carreira como ninjas, quitarlle os cascabeis, aínda que aquela vez Sasuke Uchiha aínda estaba con eles.
O rescate de Gaara Anime 3-32, Manga 248-281. Gaara, que estableceu con Naruto unha profunda amizade por mor dos sucesos da primeira parte, converteuse no Kazekage da súa aldea. Ademais, dado que é un jinchūriki, atraeu a atención de Akatsuki. Por este motivo, Sasori e Deidara chegan á aldea, e tras un combate entre este último e Gaara, este finalmente cae nas garras da organización, que pretende extraer o monstro do seu interior, o Shukaku. Kakashi Kakashi, Naruto e Sakura, xunto á anciá Chiyo, e axudados polo equipo de Maito Gai, disponse a rescatar a Gaara. Isto leva a unha prolongada pelexa na que Sakura e Chiyo conseguen derrotar a Sasori. [Kakashi e Naruto conseguen rescatar a Gaara que con todo morreu por mor da extracción do Bijū. Deidara escapa, e preséntase un novo membro que ingresa en Akatsuki, Tobi, substituíndo a Sasori. Chiyo usa entón unha técnica prohibida pola cal resucita a Gaara a cambio da súa propia vida.
Sasuke e Sai Anime 33-52..., Manga 282-310. Sasori, antes de morrer reveloulles a Sakura e Chiyo o lugar e momento dunha reunión cun espía que introducira nas filas de Orochimaru. O equipo de Kakashi volve a Konoha, e para a nova misión, conseguir información sobre Orochimaru, Tsunade vese obrigada a facer cambios no equipo de Naruto e Sakura. Kakashi, que quedou moi debilitado tras usar o Mangekyō Sharingan na loita con Deidara, é substituído por Yamato. Ademais, debido á presión imposta por Danzō, un dos anciáns da aldea, antigo inimigo do terceiro Hokage e líder dunha parte do ANBU, a raíz, Sai pasa a ocupar o posto deixado por Sasuke. O novo equipo parte ao lugar que Sasori indicoulles, quedando patente no camiño que Sai é alguén peculiar que pronto se fai inimigo dos seus compañeiros. Yamato disfrázase como Sasori para enganar ao espía, que resulta ser Kabuto. Este descóbrelles grazas á aparición de Orochimaru e revela que en realidade se pasou ao bando do sannin tempo atrás. Naruto, cheo de carraxe cara Orochimaru por reter a Sasuke, libera de xeito inconsciente parte do chakra de Kyubi, chegando ata mostrar a cuarta cola do raposo. Tras obrigar a Orochimaru a fuxir debido á gran forza do raposo, Yamato consegue selar de novo o chakra deste en Naruto coa técnica Mokuton, que herdara do primeiro Hokage por ser unha vez suxeito de experimentos de Orochimaru.
Antes de saír fuxindo o sannin, Sai móstraselle como espía de Danzō, e márchase con el posto que o ancián desexa forxar unha alianza con Orochimaru. Os ninjas de Konoha perséguenlles e pescudan o paradoiro de Sasuke. Naruto cos seus compañeiros, que se infiltraron, atrapan a Sai, pero ao aparecer Kabuto, o suposto traidor inmobiliza ao servente de Orochimaru, permitindo que poidan ir todos a buscar a Sasuke. Sai, que é o primeiro en dar con el, mostra que a súa verdadeira misión é darlle morte por ser un perigo para a aldea. Tras unha grande explosión que fai saltar parte da gorida subterránea polo aire, todos os demais acoden e Naruto e Sakura atópanse con Sasuke, que se mostra indiferente a eles. Este ataca a Naruto, e ata consegue neutralizar por completo o chakra do raposo, deixando a Naruto fóra de combate. Sasuke, que se dispuña a realizar unha técnica descoñecida, é detido por Orochimaru, que lles forza a retirarse aducindo que os de Konoha poden ser máis útiles vivos para que poidan acabar cos membros de Akatsuki.
Hidan, Kakuzu e o Equipo 10 Anime 53-..., Manga 311-342. Logo de haberse reencontrado, Naruto, Sai, Sakura e Yamato regresan á aldea de Konoha sen lograr completar a súa misión. Tras o que pasou na procura de Sasuke, Sai faise amigo de Naruto e Sakura. Kakashi dille a Naruto que necesita volverse máis forte para poder traer de volta a Sasuke e dille unha forma de adestrar que só pode facer el.
Case cando o adestramento acabara de comezar, aparecen outros dous membros de Akatsuki Kakuzu e Hidan que atrapan a outros jinchūriki agora "o dúas colas", que é unha especie de gato morado xigante que esta dentro dunha jinchūriki chamada Yugito Nii da Aldea Oculta das Nubes e a outro que non ten jinchūriki; ademais matan a un monxe chamado Chiriku que pertence aos 12 gardiáns ninjas que protexen ao Daimyou que resulta ser amigo de Asuma.
O adestramento de Naruto trátase de facer un jutsu que exceda ao Rasengan usando a técnica Tajuu Kage Bunshin xa que para poder aprender a técnica a curto tempo ten que adestrar con miles de si mesmo; as dúas técnicas esenciais para facelo son "alterar a natureza" e "alterar a forma do chakra". Así que coa axuda de Kakashi e Yamato, que é capaz de controlar o chakra do Kyubi, logra empezar o seu adestramento. Kakashi explícalle a Naruto que hai cinco clases de chakra: Lume, Vento, Auga, Raio e Terra. Para poder saber que clase de chakra ten Naruto danlle un pedazo de papel o cal indica, ao cortarse, que é de chakra vento.
Deidara e Tobi atrapan a "Sanbi", Bijū de tres colas que é unha clase de tartaruga celeste. Tsunade é informada de que Chiriku foi atrapado e manda a un escuadrón ninja á caza de Akatsuki. Naruto segue no seu adestramento o cal é moi esgotador e fai que o chakra do Kyubi o domine cando se desespera. Unha parte do escuadrón chega ao Templo de Lume e inicia unha loita con Hidan o cal asasina a Asuma; tras isto Shikamaru xura vingar ao seu mestre.
O Equipo Asuma está decidido a deter aos Akatsuki e emprenden unha viaxe para vingar a morte da súa sensei enfrontándose aos seus asasinos. Antes de saír de Konoha, Tsunade detenos e dilles que non vaian, ao que Shikamaru oponse; Kakashi ofrécese a ir con eles deixando a Naruto e a Yamato sós no adestramento. Como Tsunade segue preocupada chama a Sakura para que lles diga a Naruto e Yamato que teñen 24 horas para completar a técnica e ir axudar. Mentres tanto, Hidan e Kakuzu acordan regresar a Konoha para capturar a Naruto; pero son retidos polo equipo Asuma. Durante a batalla, Kakuzu revela que o seu corpo está composto por cables e que non sente ningún escrúpulo ao atacar o seu propio compañeiro, que está baixo o control do "Jutsu posesión de sombras" de Shikamaru, e revela que el mesmo se compón de 5 entes diferentes que están representados no seu corpo como máscaras, e que simbolizan os seus corazóns, os cales rouban dos shinobis aos que se enfrontan (Kakashi destrúe un cun Raikiri neste punto e á vez aproveita para tomar un pouco do seu sangue).
Shikamaru separa a Hidan de Kakuzu, deixándoo a este en batalla contra Ino, Chouji e Kakashi. Durante a pelexa, Shikamaru perde sangue, o que lle dá oportunidade a Hidan de comezar o seu ritual; pero o sangue que usa era realmente de Kakuzu (que Kakashi dálle a Shikamaru antes da batalla) e grazas a isto destrúe outro dos corazóns de Kakuzu antes de que poida roubarse o corazón de Kakashi. Logo, os fíos que manteñen unido o corpo de Kakuzu saen das súas coseduras corporais; antes de que ataque, Yamato, Sai, Sakura, e Naruto chegan a axudar.
Kakashi invoca a Pakkun para que Sai e Sakura axuden a Shikamaru. Hidan atópase entre fíos que teñen selos explosivos e está baixo o efecto do "Jutsu Posesión de Sombras", un buraco ábrese baixo os seus pés e Shikamaru dille que esa será a súa tumba, do cal Hidan rise xa que non pode morrer por máis que se lle fira, pero ao facer explosión os selos, cae ao buraco feito pedazos e é sepultado polas rocas.
Kakuzu enfróntase a Naruto, que revela a súa nova técnica "Fuuton: Rasen-Shuriken". Ao decatarse do inmenso poder e acumulación de chakra que ten esta técnica, Kakuzu intenta evadir o primeiro ataque, pero Naruto perde antes o control do chakra e é golpeado por Kakuzu, que se promete ser máis precavido. Naruto intenta de novo a súa técnica, pero é evadida. Kakuzu non se dá conta que atrás hai outro Naruto esperándoo e no aire golpéalle cun "Rasen-shuriken" que lle dá de cheo esnaquizándolle 2 corazóns máis.
Antes de morrer, Kakuzu mira a Kakashi e pregúntalle que clase de Genin vence a un ninja clase S, e Kakashi dille que as novas xeracións superan ás vellas. Logo disto o fulmínao co seu Raikiri. Logo de atoparse con Shikamaru, Sai e Sakura regresan cos demais e regresan a Konoha. Shikamaru faise a promesa a si mesmo de que cada xeración dos Nara que segue vixiará o buraco onde está Hidan enterrado para asegurarse de que nunca salga de aí. Ao regresar os equipos de Asuma e Kakashi, Tsunade recíbeos e decátase do que fai a nova técnica de Naruto, polo que lle prohibe volver usala. Este asegúralle que coñece os seus límites e saberá cando e como usala. Doutra banda, Kurenai aparece ás veces na tumba de Asuma, e Shikamaru decátase; el pregúntalle que lle ocorre e ela revela que está embarazada de Asuma.
Equipo hebi: Sasuke Uchiha e o retorno de Deidara Manga 343-362. Na mansión de Orochimaru este aparece con Sasuke despois de que el derrote un gran grupo de ninjas. Admirando a capacidade de Sasuke para derrotar ao grupo sen ser danado, Orochimaru pensa que o talento de Sasuke excedeu ata o seu á idade de Sasuke e está encantado polo feito de que o corpo de Sasuke pronto será o seu. Mentres que Orochimaru, o corpo que el habita comeza a fallar, Sasuke atácao. Indicando que el non ten nada bo que aprender del, Sasuke activa o seu selo maldito e o seu sharingan. Ao prever isto, Orochimaru revela a súa forma verdadeira como preparación de realizar o ritual de transferencia de alma. Logo de avanzar ao nivel 2 do seu selo maldito, Sasuke pode desmembrar a Orochimaru, matando aparentemente a este. Mentres que retrocede o seu selo maldito, Sasuke atópase paralizado polo veleno de Orochimaru, quen pronto se rexenera de modo que pode empezar a tomar o corpo de Sasuke. Este é transferido a unha dimensión dentro de Orochimaru, onde comeza a tomar o control do corpo de Sasuke, aínda que este procura utilizar unha técnica que desenvolvera en segredo exclusivamente para deter a técnica de Orochimaru por medio do seu sharingan logo de deter o proceso. Kabuto entra no cuarto, atopa a Sasuke tranquilo e a forma verdadeira de Orochimaru desmembrada por completo. Cando Sasuke sae do cuarto, Kabuto pregunta se el é Orochimaru ou Sasuke. Este utiliza o seu sharingan para mostrar a Kabuto a confrontación final entre os dous na dimensión de Orochimaru, da cal Sasuke sae como vencedor, aínda que Orochimaru segue vivo no seu interior, atrapado no seu sub-consente, da mesma forma en que outros estiveron dentro do seu antes.